Bovine leukemia virus detection in Creole Colombian breeds using nested-PCR

Se evaluó la presencia del virus de la leucosis bovina (VLB) en 360 muestras de ADN de ocho razas bovinas criollas: Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) y San Martinero (SM), dos Razas Sintéticas Colombianas: Lucerna (LUC) y Velásquez (VEL) y dos razas foráneas: Brahmán (B) y Holstein (H). Para la detección del pro-virus se amplificó una región del gen env viral, mediante PCR anidada. La presencia del VLB fue mayor en la raza HV seguido por ChS (83.3% y 60% respectivamente), VEL y LUC tuvieron el mismo porcentaje (50%), en CAS, CCC y CQT la presencia del virus fue de 26.7%, 23.3% y 16.7% respectivamente; no se encontró el virus en BON, SM y RS. En las razas foráneas la presencia fue de 83.3% para H y 6.7% para B. Se encontró dependencia altamente significativa entre la presencia del VLB y la raza, el sexo y región de origen de la muestra. El promedio de presencia en las razas criollas fue menor que en las foráneas, menor en los machos que en las hembras y en la región norte que en el suroccidente y el centro del país.Using 360 DNA samples from eight Creole bovine breeds Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) and San Martinero (SM), two synthetic Colombian breeds: Lucerna (LUC) and Velásquez (VEL) and two introduced breeds Brahmán (B) and Holstein (H); the presence of Bovine Leukemia Virus (BLV) was evaluated through the amplification of a viral gene region env (provirus detection nested-PCR). The percentage of presence and independence test were calculated (X2). Presence of BLV was higher in HV breed, followed by ChS (83.3% and 60% respectively); VEL and LUC breeds showed the same percentage (50%). In CAS, CCC and CQT the presence of virus was 26.7%, 23.3% y 16.7% respectively. On the other hand, no virus presence was found in BON, SM and RS. For the introduced breeds the presence of virus was 83.3% for H and 6.7% for B. The average of presence for Creole bovine breeds was lower than introduced breeds. A high and significant dependence was found between the presence of BLV with breed, sex and sampling places. The presence was lower in males than in females and in the northern part than the southwestern and central areas of the country.Fil: Hernandez Herrera, Darwin Yovanny. Universidad Nacional de Colombia; ColombiaFil: Posso Terranova, Andrés Mauricio. Universidad Nacional de Colombia; ColombiaFil: Benavides, Javier Antonio. Universidad Nacional de Colombia; ColombiaFil: Muñoz Flórez, Jaime Eduardo. Universidad Nacional de Colombia; ColombiaFil: Giovambattista, Guillermo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico CONICET- La Plata. Instituto de Genética Veterinaria "Ing. Fernando Noel Dulout". Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Instituto de Genética Veterinaria; ArgentinaFil: Álvarez Franco, Luz Ángela. Universidad Nacional de Colombia; Colombi

Bovine leukemia virus detection in Creole Colombian breeds using nested-PCR

Se evaluó la presencia del virus de la leucosis bovina (VLB) en 360 muestras de ADN de ocho razas bovinas criollas: Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) y San Martinero (SM), dos Razas Sintéticas Colombianas: Lucerna (LUC) y Velásquez (VEL) y dos razas foráneas: Brahmán (B) y Holstein (H). Para la detección del pro-virus se amplificó una región del gen env viral, mediante PCR anidada. La presencia del VLB fue mayor en la raza HV seguido por ChS (83.3% y 60% respectivamente), VEL y LUC tuvieron el mismo porcentaje (50%), en CAS, CCC y CQT la presencia del virus fue de 26.7%, 23.3% y 16.7% respectivamente; no se encontró el virus en BON, SM y RS. En las razas foráneas la presencia fue de 83.3% para H y 6.7% para B. Se encontró dependencia altamente significativa entre la presencia del VLB y la raza, el sexo y región de origen de la muestra. El promedio de presencia en las razas criollas fue menor que en las foráneas, menor en los machos que en las hembras y en la región norte que en el suroccidente y el centro del país.Using 360 DNA samples from eight Creole bovine breeds Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) and San Martinero (SM), two synthetic Colombian breeds: Lucerna (LUC) and Velásquez (VEL) and two introduced breeds Brahmán (B) and Holstein (H); the presence of Bovine Leukemia Virus (BLV) was evaluated through the amplification of a viral gene region env (provirus detection nested-PCR). The percentage of presence and independence test were calculated (X2). Presence of BLV was higher in HV breed, followed by ChS (83.3% and 60% respectively); VEL and LUC breeds showed the same percentage (50%). In CAS, CCC and CQT the presence of virus was 26.7%, 23.3% y 16.7% respectively. On the other hand, no virus presence was found in BON, SM and RS. For the introduced breeds the presence of virus was 83.3% for H and 6.7% for B. The average of presence for Creole bovine breeds was lower than introduced breeds. A high and significant dependence was found between the presence of BLV with breed, sex and sampling places. The presence was lower in males than in females and in the northern part than the southwestern and central areas of the country.Instituto de Genética Veterinari

Bovine leukemia virus detection in Creole Colombian breeds using nested-PCR

Se evaluó la presencia del virus de la leucosis bovina (VLB) en 360 muestras de ADN de ocho razas bovinas criollas: Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) y San Martinero (SM), dos Razas Sintéticas Colombianas: Lucerna (LUC) y Velásquez (VEL) y dos razas foráneas: Brahmán (B) y Holstein (H). Para la detección del pro-virus se amplificó una región del gen env viral, mediante PCR anidada. La presencia del VLB fue mayor en la raza HV seguido por ChS (83.3% y 60% respectivamente), VEL y LUC tuvieron el mismo porcentaje (50%), en CAS, CCC y CQT la presencia del virus fue de 26.7%, 23.3% y 16.7% respectivamente; no se encontró el virus en BON, SM y RS. En las razas foráneas la presencia fue de 83.3% para H y 6.7% para B. Se encontró dependencia altamente significativa entre la presencia del VLB y la raza, el sexo y región de origen de la muestra. El promedio de presencia en las razas criollas fue menor que en las foráneas, menor en los machos que en las hembras y en la región norte que en el suroccidente y el centro del país.Using 360 DNA samples from eight Creole bovine breeds Blanco Orejinegro (BON), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Caqueteño (CQT), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (RS) and San Martinero (SM), two synthetic Colombian breeds: Lucerna (LUC) and Velásquez (VEL) and two introduced breeds Brahmán (B) and Holstein (H); the presence of Bovine Leukemia Virus (BLV) was evaluated through the amplification of a viral gene region env (provirus detection nested-PCR). The percentage of presence and independence test were calculated (X2). Presence of BLV was higher in HV breed, followed by ChS (83.3% and 60% respectively); VEL and LUC breeds showed the same percentage (50%). In CAS, CCC and CQT the presence of virus was 26.7%, 23.3% y 16.7% respectively. On the other hand, no virus presence was found in BON, SM and RS. For the introduced breeds the presence of virus was 83.3% for H and 6.7% for B. The average of presence for Creole bovine breeds was lower than introduced breeds. A high and significant dependence was found between the presence of BLV with breed, sex and sampling places. The presence was lower in males than in females and in the northern part than the southwestern and central areas of the country.Instituto de Genética Veterinari

Estudios de asociación genómica en ovinos de América Latina. Revisión

Sheep are one of the most important domestic species worldwide due to their productive and reproductive potential. Therefore, identifying the best animals with productive characteristics of economic interest is the main goal in flock breeding programs. However, in most of Latin American countries, animal selection is inefficient due to subjective selection and the complex nature of these characteristics; given their quantitative nature, their expression involves the interaction of multiple genes with the environment. Currently, due to the advances in new sequencing, genotyping, and genome-wide association studies (GWAS) technologies, it has been possible to identify numerous variations in the DNA of animals, mainly single nucleotide polymorphisms (SNP) that can be found in genes that affect the expression of traits of economic interest. This review presents the progress in implementing genome-wide association studies (GWAS) in Latin America, their use in sheep production systems, and the results obtained in productive, reproductive, functional, or quality traits.Los ovinos, son una de las especies domésticas más importantes a nivel mundial, debido al potencial productivo y reproductivo que poseen. En este sentido, identificar los mejores animales para características productivas de interés económico, es el objetivo principal en los programas de selección y mejoramiento genético de los rebaños. Sin embargo, en la mayoría de los países de América Latina la selección de los animales no es eficiente, debido a la elección subjetiva de los mismos y a la naturaleza compleja de estas características, ya que, al ser de carácter cuantitativo, su expresión involucra la interacción de múltiples genes con el ambiente. En la actualidad, gracias a los avances en las tecnologías de nueva secuenciación, genotipado y análisis de asociación genómica (GWAS), se han podido identificar numerosas variaciones en el ADN de los animales, principalmente polimorfismos de nucleótido simple (SNP) que pueden encontrarse en genes que afectan la expresión de rasgos económicos de interés. Esta revisión presenta los avances de la implementación de los análisis de asociación genómica (GWAS), en América Latina, su aplicación en los sistemas productivos de ovinos y los resultados que se han obtenido al indagar en características de tipo productivo, reproductivo, funcional o de calidad.

Genetic diversity of BoLA-DRB3 gene in Colombian creole Hartón del Valle cattle

The objective of this study was to evaluate the genetic diversity of ball-DRB3 gene in the Colombian creole Hartón del Valle cattle. A total of 93 Hartón del Valle (HV), 30 Lucerne (LUC), and 30 Holstein (HOL) animals were evaluated for DRB3 gene polymorphism using the PCR-SBT method. The number of alleles found were 27, 17 and 14 for HV, LUC, HOL, respectively. The most frequent alleles were DRB3*1101 (14.5%) in HV; LUC DRB3 * 0701 in LUC; and *1107, *1501 and *2301 in HOL (11.7%). Expected heterozygosity values were higher than observed, which resulted in a low fixing index, positive F IS (significant only for HV), and no significant deviations from Hardy- Weinberg equilibrium for LUC. The molecular analysis of variance reflected little variation between breeds (3%) and a moderate genetic differentiation (F ST = 0.056 p<0.01). Regarding sequence, LUC was the most diverse breed, no neutral selection is occurring, and none of the breeds is in selection equilibrium. Comparison with reports on other breeds showed high genetic diversity in Colombian breeds. We conclude that HV has high genetic diversity in BoLA-DRB3 locus. The cause of this polymorphism may be due in part to the origin of HV. This high variation can be maintained by selection equilibrium.O objetivo desta pesquisa foi avaliar a diversidade genética do gene BoLA-DRB3 no gado crioulo colombiano Hartón del Valle. O estudo se fez com 93 animais Hartón del Valle (HV), 30 Lucerna (LUC) e 30 Holandês (HOL). Avaliou-se o polimorfismo do gene DRB3 utilizando a metodologia PCR-SBT. Encontraram-se 27 alelos na raça HV, 17 em LUC e 14 em HOL. O alelo com maior frequência em HV foi o DRB3*1101 (14,5%), na raça LUC os alelos DRB3*0701, *1107, *1501 e *2301 ao igual que o alelo DRB3*0701 na raça HOL tiveram a maior frequência (11,7%). Os valores de heterocigocidade esperada foram maiores que a observada, o que se traduz em um valor baixo do índice de fixação, valores de F IS positivos só foram significativos no HV e desvio do equilíbrio de Hardy- Weinberg foram não significativos em LUC. O Analice de variância molecular reflexou pouca variação entre raças (3%) e uma diferenciação genética moderada (F ST= 0,056 p<0,01). No nível de sequência destacasse que, a raça mais diversa é LUC, que não está apresentando seleção neutral e que nenhuma das raças encontra-se em equilíbrio de seleção balanceadora. Se comparar com outras raças reportadas, as raças colombianas exibiram uma alta diversidade genética. Conclui-se que a raça HV tem alta diversidade genética no locus BoLA DRB3, que a origem do polimorfismo pode se dever em parte àorigem da raça e que essa alta variação pode ser mantida mediante o equilíbrio de seleçãoEl objetivo de esta investigación fue evaluar la diversidad genética del gen BoLA-DRB3 en el ganado criollo Colombiano Hartón del Valle. En 93 animales Hartón del Valle (HV), 30 Lucerna (LUC) y 30 Holstein (HOL) se evaluó el polimorfismo del gen DRB3 usando la metodología PCR-SBT. Se encontraron 27 alelos en la raza HV, 17 en LUC y 14 en HOL. El alelo más frecuente en HV fue el DRB3*1101 (14,5%), en la raza LUC los alelos DRB3*0701, *1107, *1501 y *2301 al igual que el alelo DRB3*0701 en la raza HOL tuvieron la frecuencia más alta (11,7%). Los valores de heterocigocidad esperada fueron más altos que la observada, lo que se tradujo en un valor bajo del índice de fijación, valores de F IS positivos solo significativo en el HV y desviaciones del equilibrio de Hardy-Weinberg no significativos en LUC. El análisis de varianza molecular reflejó poca variación entre razas (3%) y una diferenciación genética moderada (F ST= 0,056 p<0,01). A nivel de secuencia se resalta que, la raza más diversa es LUC, que no se está presentando selección neutral y que ninguna de las razas se encuentra en equilibrio de selección balanceadora. La comparación con otras razas reportadas, mostró alta diversidad genética en las razas colombianas. Se concluye que la raza HV tiene alta diversidad genética en el locus BoLA-DRB3, que el origen del polimorfismo puede deberse en parte al origen de la raza y que esta alta variación puede ser mantenida mediante equilibrio de selección

Polimorfismo genético de beta-lactoglobulina y alphalactoalbúmina en el ganado criollo colombiano, mediante PCR-SSCP Genetic polymorphism of beta-lactoglobulin and alpha-lactoalbumin in Colombian Creole cattle by PCR-SSCP

La población de ganado criollo colombiano ha venido presentando una inquietante disminución al pasar de 23.415 ejemplares en 1999 a 20.102 en 2003. A pesar de los esfuerzos por recuperar las razas criollas el panorama para su conservación es incierto, por tanto la búsqueda de caracteres deseables puede contribuir a su valoración y conservación. Los genes relacionados con el mejoramiento de la calidad de la leche producida por estas razas se consideran de gran importancia en la industria láctea, por tal razón y con el objetivo de caracterizar los genes beta-lactoglobulina y alpha-lactoalbúmina se analizaron 30 muestras de sangre de cada una de las razas criollas (Blanco Orejinegro, Caqueteño, Casanareño, Costeño con cuernos, Chino Santandereano, Hartón del Valle, Romosinuano y Sanmartinero), dos razas sintéticas colombianas (Lucerna y Velásquez) y dos razas foráneas (Holstein y Brahman). Se amplificaron fragmentos de 262pb para beta-lactoglobulina (b-LG) y de 166 pb para alpha-lactoalbúmina (a-LA) que se genotipificaron mediante PCR-SSCP. El promedio de la frecuencia para b-LG A y b-LG B fue de 0.46 ± 0.020 y de 0.53 ± 0.020, respectivamente, y de 0.35 ± 0.019 para a-LA A y 0.64 ± 0.019 para a-LA B. El promedio de diversidad genética (He) para b-LG fue 0.498 y de 0.455 para a-LA. Los ganados criollos representan una base genética valiosa, como alternativa para mejorar genéticamente los hatos destinados a la producción de leche con mejores características en calidad para la industria láctea.The Colombian Creole Cattle has showed a preoccupant population decreasing, from 23,415 individuals in 1999 to 20,102 in 2003. Despite that many efforts to recover the creole breeds have been done, its future conservation is unclear. Searching for economic desirable genes may contribute to its preservation and utilization as a genetic resource. Genes related with the improvement of milk proteins are considered as an economic important factor by the dairy industry. With the aim of characterize betalactaglobulin (b-LG) and alpha-lactalbumin (a-LA) genes, 30 samples from each of the creole breeds (Blanco Orejinegro, Caqueteño, Casanareño, Costeño Con Cuernos, Chino Santandereano, Hartón del Valle, Romosinuano and Sanmartinero), two Colombian breeds (Lucerna and Velásquez) and two introduced breeds (Holstein and Brahman) were analyzed. A DNA fragment of 262 pb for b-LG and 166 for a-LA using PCR-SSCP were amplified and analyzed. The average frequencies for b-LG (A) and b-LG (B) were 0.46 ± 0.020 and 0.53 ± 0.020, respectively, and 0.35 ± 0.019 for a-LA (A) and 0.64 ± 0.019 for a-LA (B). The genetic diversity (He) average for b-LG was 0.498 and 0.455 for a-LA. Creole breeds represent a valuable genetic base as an alternative for breeding and improvement programs in dairy production herds in order to produce milk with desirable characteristics for the dairy industry

Polimorfismo genético de beta-lactoglobulina y alphalactoalbúmina en el ganado criollo colombiano, mediante PCR-SSCP

La población de ganado criollo colombiano ha venido presentando una inquietante disminución al pasar de 23.415 ejemplares en 1999 a 20.102 en 2003. A pesar de los esfuerzos por recuperar las razas criollas el panorama para su conservación es incierto, por tanto la búsqueda de caracteres deseables puede contribuir a su valoración y conservación. Los genes relacionados con el mejoramiento de la calidad de la leche producida por estas razas se consideran de gran importancia en la industria láctea, por tal razón y con el objetivo de caracterizar los genes beta-lactoglobulina y alpha-lactoalbúmina se analizaron 30 muestras de sangre de cada una de las razas criollas (Blanco Orejinegro, Caqueteño, Casanareño, Costeño con cuernos, Chino Santandereano, Hartón del Valle, Romosinuano y Sanmartinero), dos razas sintéticas colombianas (Lucerna y Velásquez) y dos razas foráneas (Holstein y Brahman). Se amplificaron fragmentos de 262pb para beta-lactoglobulina (b-LG) y de 166 pb para alpha-lactoalbúmina (a-LA) que se genotipificaron mediante PCR-SSCP. El promedio de la frecuencia para b-LG A y b-LG B fue de 0.46 ± 0.020 y de 0.53 ± 0.020, respectivamente, y de 0.35 ± 0.019 para a-LA A y 0.64 ± 0.019 para a-LA B. El promedio de diversidad genética (He) para b-LG fue 0.498 y de 0.455 para a-LA. Los ganados criollos representan una base genética valiosa, como alternativa para mejorar genéticamente los hatos destinados a la producción de leche con mejores características en calidad para la industria láctea

Allelic frequency of the Kappa-Casein gene in Colombian and creole cattle breeds

Colombia has one of the most genetically diverse creole cattle populations, with eight creole breeds and two improved creole (Colombian) breeds. A high demand for meat and milk has led to the inevitable selection of highly productive cattle and the introduction of foreign breeds. Unfortunately, these breeds are often ill-suited for tropical conditions. These factors threaten the size of the creole livestock population, which is considered part of Colombia's national heritage. Objective: to estimate the allelic frequencies of the Kappa-Casein gene (CNS3) in Colombian creole cattle breeds (GCC). Methods: a total of 354 blood samples were taken from 30 animals of each of the following breeds: Blanco Orejinegro (BON), Caqueteño (CQT), Casanareño (CAS), Horned Costeño (Costeño con Cuernos, CCC), Chino Santandereano (ChS), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (ROM), and Sanmartinero (SM), each representing the 8 established ''criollo'' (creole) breeds; the Lucerna (LUC) and Velasquez (VEL) representing the two Colombian improved breeds; and Brahman and Holstein as control breeds. DNA was extracted by a salting-out procedure and a 453 bp fragment on chromosome 6 was amplified by PCR. CSN3 alleles were identified using single strand conformation polymorphism (SSCP) and their sequence compared with those of the Genebank for Bos taurus and Bos indicus. Results: higher frequencies for allele variants of CSN3 A (0.39) and B (0.41) were found relative to the frequencies of I (0.038), G (0.095), A1 (0.025), E (0.006), and N (0.006). The allele of interest (CSN3 B) had a high frequency in the CCC (0.81), ROMO (0.66), CQT (0.55), ChS (0.48), and VEL (0.43) breeds. Conclusions: these findings suggest that Colombian creole breeds harbor a high genetic diversity which enriches its gene pool and warrants future conservation efforts to protect its integrity.A Colômbia é um dos países mais diversificado em recursos genéticos crioulos, tem oito bovinos da raça nativa e duas raças melhoradas ou raças crioulo colombiano (GCC). A alta demanda por alimentos tem levado a uma seleção forçada das pessoas altamente produtivas e/ou introdução de raças estrangeiras mal adaptados às condições tropicais, que têm prejudicado o tamanho efetivo de animais considerados património crioulo. Objetivo: estimar a frequência do alelo do gene Kappa-Caseína (CNS3) na (GCC). Métodos: foram utilizados 354 amostras de sangue de oito raças nativas (30 indivíduos por raça): Blanco Orejinegro (BON), Caqueteño (CQT), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (ROM) e Sanmartinero (SM), dois Colombianas Lucerna (LUC) e Velásquez (VEL) e dois controles (Brahman and Holstein). Para estimar a freqüência de alelos de κ-caseína (CSN3), amplificaram um fragmento de 453 pb para CSN3. Os alelos foram identificados por PCR-SSCP. Resultados: encontramos uma maior freqüência de variantes do CSN3 A (0.39) e B (0.41), comparado com I (0.038), G (0.095), A1 (0.025), E (0.006) e N (0.006). O alelo de interesse CSN3 B apresentou alta freqüência em raças CCC (0.81), ROMO (0.66), CQT (0.55), CHS (0.48) e VEL (0.43). Conclusões: estes resultados sugerem que o CCG é um recurso genético, que abriga uma grande diversidade genética e apoia a necessidade de avaliação e caracterização dos recursos genéticos animais como um primeiro passo para a conservação.Colombia es uno de los países más diversos en recursos genéticos criollos. Posee ochos razas de ganado criollo (GCC) y dos razas de criollo mejorado o razas colombianas. La creciente demanda de alimentos ha generado una forzosa selección de individuos altamente productivos e introducción de razas foráneas (Holstein y Brahman) poco adaptadas a condiciones tropicales, lo que ha puesto en riesgo el tamaño efectivo del ganado criollo, considerado patrimonio nacional. Objetivo: estimar la frecuencia alélica del gen (CNS3) de la Kappa-Caseína en el (GCC). Métodos: se usaron 354 muestras de sangre de ocho razas bovinas criollas (30 individuos por raza): Blanco Orejinegro (BON), Caqueteño (CQT), Casanareño (CAS), Costeño con Cuernos (CCC), Chino Santandereano (ChS), Hartón del Valle (HV), Romosinuano (ROMO) y Sanmartinero (SM), dos colombianas Lucerna (LUC) y Velásquez (VEL) y dos controles Brahman y Holstein. Con el fin de estimar la frecuencia de los alelos k-caseína (k-CN) se amplificó un fragmento de 453 pb para k-CN (cromosoma 6). Los alelos se identificaron mediante la técnica PCR-SSCP. Resultados: se encontró mayor frecuencia para las variantes de k-CN A (0.39) y B (0.41), en comparación a I (0.038), G (0.095), A1 (0.025), E (0.006) y N (0.006). El alelo de interés k-CN B presentó alta frecuencia en las razas CCC (0.81), ROMO (0.66), CQT (0.55), ChS (0.48), y VEL (0.43). Conclusiones: la alta frecuencia del alelo de interés del gen k-CN ratifica al GCC como alternativa viable en esquemas sostenibles de producción de leche de mejor calidad y corrobora la necesidad de evaluación y caracterización de recursos zoogenético, como primer paso para su conservación

Assessing the genetic diversity and ancestry of Hartón del Valle cattle using mitochondrial DNA

The Hartón del Valle(HV)cattleisa Criollo breed of Spanish descent that has adapted to the conditionsof the Cauca valley (Colombia). This breed is currently listed as “vulnerable” because its population has dramatically declined in the last two years. Prompted by the uncertain future of this breed and its importance as a potential resource of valuable genes. Objective: this study addressed the diversity, genetic structure and ancestry of HV cattle using mitochondrial DNA (mtDNA). Methods: a 350-bp fragment was amplified and sequenced from 72 HV animals in 9 separate farms and from animals of Brahman and Holstein breeds. To analyze the breed's ancestry, the sequences were compared with 560 sequences available in the GenBank, representing 50 Bos taurus and Bos indicus breeds. Results: in accordance with the Spanish origin of the HV breed, there was a high representation of European mtDNA (91.7%) and a low representation of African (5.5%) and Middle Eastern mtDNA (2.7%). The average haplotype diversity was 0.65 ± 0.05. The farm with the oldest ancestry was the only population in which three mitochondrial lineages were observed; unfortunately, it was recently depopulated. Proximity was observed between HV and two Columbian breeds, the Romosinuano and Costeño con Cuernos. A comparative analysis with the sequences deposited in the GenBank from numerous breeds revealed the presence of 37 haplotypes, seven of which were unique to HV. Conclusions: the following Iberian breeds were found to be most closely related to HV: Tudanca, Rubia Gallega, Negra Serrana, Murciana, Pajuna, Avileña, Garvonesa and Mertolenga. Phylogenetic analysis confirmed the Iberian ancestry and some African influence on this Latin American Criollo breed.O Hartón del Valle (HV) é uma raça adaptada às condições da região pertencente ao departamento do Valle del Cauca (Colombia). A raça está catalogada como vulnerável já que sua população tem sido reduzida drasticamente nos últimos dois anos. Objetivo: devido a incerteza no futuro da raça e a sua importancia como recurso potencial na segurança alimentaria regional, abordou-se o estudo da diversidade, a estrutura genética e a ancestralidade do gado HV, utilizando DNA mitocondrial (mtDNA). Métodos: para isto, se amplificou e sequenciou um fragmento de 350 pares de bases em 72 animais provenientes de nove populações e também de controles das raças Brahman e Holandesa. Para analizar a ancestralidade das sequências, estas foram comparadas com outras 560 de 50 raças Bos taurus y Bos indicus depositadas no genebank. Resultados: de acordo com sua origem espanhola, foi encontrada uma marcada influência do DNA mitocondrial europeu (91.7%), e baixa participação de taurinos de origem africana (5.5%) e do Oriente Próximo (2.7%). A média da diversidade haplotípica foi de 0.65 ± 0.05. A população de gado HV mais antiga foi a única que apresentou as três linhagens mitocondriais encontradas; embora, esta população foi terminada recentemente. Observou-se também proximidade do gado HV com as raças colombianas da região Caribe, Romosinuano e Costeño con Cuernos. A comparação com as sequências depositadas no genebank com diferentes raças revelou a presença de 37 haplotipos, dos quais sete foram únicos no HV. Conclusões: as raças ibéricas mais aproximadas do HV foram: Tudanca, Rubia Gallega, Negra Serrana, Murciana, Pajuna, Avileña Garvonesa e Mertolenga. A árvore filogenética confirmou sua ancestralidade ibérica e a influência africana nas raças crioulas da América Latina.El Hartón del Valle (HV),es una raza adaptada a las condiciones del Valle del Cauca(Colombia) que está catalogada como “vulnerable” y cuya población ha descendido drásticamente en los últimos dos años. Objetivo: debido al futuro incierto y a la importancia como recurso potencial en la seguridad alimentaria regional se abordó el estudio de la diversidad, la estructura genética y la ancestría del HV, mediante ADN mitocondrial (ADNmt). Métodos: se amplificó y secuenció un fragmento de 350 pb en 72 animales HV, provenientes de nueve poblaciones y de controles de las razas Brahman y Holstein. Para analizar la ancestría las secuencias fueron comparadas con 560 secuencias de 50 razas Bos taurus y Bos indicus, depositadas en el GenBank. Resultados: de acuerdo con su origen español, se encontró una marcada influencia del ADNmt europeo (91.7%) y baja participación de taurinos de origen africano (5.5%) y del cercano Oriente (2.7%). La diversidad haplotípica promedio fue 0.65 ± 0.05. El hato más antiguo fue el único que mostró los tres linajes mitocondriales, sin embargo, este ha sido liquidado recientemente. Se observó proximidad entre el HV con las razas colombianas Romosinuano y Costeño con Cuernos. La comparación con las secuencias depositadas en el GenBank con diferentes razas reveló la presencia de 37 haplotipos, de los cuales siete fueron únicos en el HV. Conclusiones: las razas ibéricas más cercanas al HV fueron: Tudanca, Rubia Gallega, Negra Serrana, Murciana, Pajuna, Avileña, Garvonesa y Mertolenga. El árbol filogenético confirmó la ancestralidad ibérica y la influencia africana en las razas criollas de América Latina

Selección masal por peso y coloración en tilapia roja Mass selection by weight and coloration in red tilapia

Para evaluar la efectividad de la selección masal por color y peso se analizaron dos generaciones (G1 y G2) de alevinos de tilapia roja Oreochromis sp. De 40.000 larvas a la sexta semana se eliminaron los alevinos manchados y blancos y a las 14 semanas se separaron por sexos. Se midió el peso (g), la longitud total (cm), la altura (cm) y el ancho (cm) de 150 individuos a las 6, 14 y 24 semanas de edad. En la semana 24 se escogieron 150 machos y 450 hembras con las coloraciones deseables y mayor peso. La selección resultó efectiva para coloración en G2, puesto que la proporción de individuos rojos se incrementó en 15% con respecto a los testigos. Entre generaciones (G1 y G2) el efecto de la selección fue positivo, debido a que la proporción de rojos se incrementó de 64% a 84% y se redujo la de manchados de 31% a 13%. En ambas generaciones los machos fueron significativamente más pesados que las hembras. Se encontraron notables diferencias entre generaciones para peso y talla, puesto que los selectos superaron al control en 27% y 8% (G1) y en 22% y 11% (G2) para el peso y la talla, respectivamente.In order to evaluate the effectiveness of mass selection by color and weight, two generations (G1 y G2) of red tilapia Oreochromis sp. were analyzed. 40000 larvae were used, at the sixth week fries with black spots and white were eliminated, and at week 14, the fishes were separated by sex. The weight (g), length, height and width (cm) were measured in a sample of 150 individuals at 6, 14 and 24 weeks. At week 24, the best 150 males and 450 females with desirable colorations and higher weight were chosen. The selection was effective for coloration in G2, because proportion of red individuals increased in 15% compared to the control. The effect of the selection between generations (G1 y G2) was positive because proportion of red fries increased from 64% to 84%, and the spotted ones were reduced from 31% to 13%. In both generations males were significantly weighted than the females. For weight and size, significant differences between generations were found due to the fact that the selected ones were over the control on 27% and 8% (G1) and 22% and 11% (G2) for weight and size respectively