Développement et application d’outils cliniques nutritionnels en immunothérapie orale

Problématique: En immunothérapie orale (ITO), le manque de variété et l’aversion envers les doses d’allergènes peuvent compromettre l’adhérence au traitement, toutefois essentielle pour maintenir la désensibilisation. Le but de l’étude était de développer et de valider une nouvelle intervention nutritionnelle pour l’utilisation d’options d’équivalences à domicile. Méthodes: L’intervention a été développée selon les besoins de familles déjà en ITO, exprimés lors d’entrevues préliminaires. De nouveaux patients débutant l’ITO ont ensuite été invités dans un essai contrôlé randomisé pour évaluer l’impact de l’intervention. Les participants (n = 30) ont été randomisés en 3 groupes : A) Consultation nutritionnelle avec outils d’options d’équivalences (intervention complète); B) Consultation nutritionnelle sans les outils (intervention partielle) et C) Groupe contrôle avec l’intervention complète retardée de 4 semaines. La compétence des parents pour le calcul de doses d’équivalences était suivie de façon longitudinale par une série d’exercices pratiques. Résultats: Les résultats aux exercices étaient en moyenne supérieurs avec l’intervention complète (93,3% ± 3,1), comparés au groupe contrôle sans intervention (1,7% ± 1,7, p<0,001). La compétence était maintenue 12 semaines plus tard (résultats de 88,9% ± 4,7). Sans les outils, l'acquisition initiale (résultats de 46,7% ± 7,3) et la rétention après 4 semaines (résultats de 26,7% ± 5,1) étaient inférieures, mais augmentaient après l’ajout des outils (résultats de 83,3% ± 7,5). La satisfaction et la diversité des doses ont également augmenté avec l’intervention complète. Conclusion: Cette étude démontre l'efficacité d'un programme d'intervention nutritionnelle pour accompagner la gestion des doses d'allergènes à domicile. L'utilisation de documents écrits est essentielle pour en obtenir tout le bénéfice.Background: During oral immunotherapy (OIT), lack of palatability or diversity in daily allergen doses can compromise treatment adherence, which is essential to maintain benefit. The aim of the study was to develop and validate a nutritional intervention program on the use of whole food alternatives for allergen daily dosing during OIT. Methods: The program was initially developed based on preliminary interviews with families already on OIT. Patients beginning OIT were then invited to participate to an open-label randomized controlled trial to assess the impact of the intervention. Participants (n=30) were randomized into 3 arms when they transferred to whole foods: A) Dietitian counselling with supporting documents (full intervention); B) Dietitian counselling without document; C) Control group where full intervention was delayed by 4 weeks. Parent competency was followed longitudinally using a series of practical food dose calculation exercises. Results: Results of exercises at week 4 were in average higher in the full intervention group (93.3% ± 3.1) compared to reference group without intervention (1.7% ± 1.7, p<0.0001). Competency was maintained 12 weeks after intervention (results of 88.9% ±4.7). Without written documents, the initial acquisition (results of 46.7% ±7.3) and retention of competency at 4 weeks (results of 26.7% ±5.1) were lower, but competency was rescued by adding written documents (results of 83.3% ±7.5). Patient satisfaction and food diversity also increased with full intervention. Conclusion: This study demonstrates the efficacy of a nutritional intervention program to help patients and their parents manage their OIT allergen doses. The use of written documents is essential to achieve the full benefit

Stratégies logistiques des donneurs d'ordres oeuvrant dans le domaine des matières dangereuses.

RÉSUMÉ Depuis plusieurs années, les accidents de matières dangereuses (Toulouse en 2001, Saint-Basilele- Grand en 1988 ou Mississauga-Toronto en 1979) attirent avec raison l'attention du public, des gouvernements et des chercheurs. En raison de la croissance continue de ce secteur d'activité, le nombre d’accidents est appelé à augmenter si les mesures de mitigation du risque demeurent inchangées. Par conséquent, la population s'oppose de plus en plus à la venue d'activités industrielles à risque sur le territoire de leur collectivité. De nouvelles législations sont régulièrement introduites afin de régir ce domaine industriel et des méthodologies visant la minimisation des risques sont développées. Pendant ce temps, les entreprises font face à un univers logistique complexe (choix d'un mode de transport, choix d'un transporteur, choix d'un fournisseur, prise en compte du coût, prise en compte des réglementations, prise en compte du risque, etc.) auquel les modèles développés par les chercheurs peuvent difficilement répondre. En effet, ces modèles étudient essentiellement le trajet exact emprunté par les matières dangereuses (planification tactique) et en mettant l'accent sur la minimisation des risques, suggèrent des choix allant parfois à l'encontre des réalités des entreprises qui doivent considérer la viabilité financière de chaque option. Également, afin d'être compétitives les entreprises ont de plus en plus recours à la sous-traitance et sont portées à aller chercher leurs matières premières de plus en plus loin afin de diminuer les coûts d'achat. Ces pratiques peuvent augmenter le niveau de risque et certaines entreprises en sont très conscientes, cependant elles affirment que le critère risque ne peut simplement pas compétitionner avec le critère coût lors de la prise de décision logistique. Il existe donc un besoin de voir apparaître des modèles d'optimisation des choix logistiques (planification stratégique) adoptant le point de vue des entreprises et vérifiant l'interaction entre les facteurs risque et coût afin de voir si les pertes encourues suite à un accident de matières dangereuses sont suffisamment élevées pour influencer les choix logistiques. Ce sont d'ailleurs les principaux objectifs de la thèse. Le point de vue des sites fixes est avant tout examiné puisqu'ils sont plus à même d'influencer la chaine logistique que ne le sont les transporteurs. Afin d'y parvenir, la situation actuelle doit premièrement être examinée. Ce document présente donc :----------ABSTRACT For several years, hazardous materials accidents (Toulouse in 2001, Saint-Basile-le-Grand in 1988 or Mississauga-Toronto in 1979) have drawn particular attention among various groups: the public, the governments and the researchers. Because of the continuous growth of this industry, the number of accidents would even increase if security measures remain unchanged. Consequently, new legislations are regularly introduced, methodologies aimed toward risks minimization are developed and new facilities generally face opposition. Meanwhile, firms are faced with complex logistics decisions: selection of the means of transportation, carrier selection, supplier selection, taking costs into accounts, taking regulations into account, taking risk into account, etc. However, current logistics models can hardly answer these questions as most are only aimed toward hazardous materials routing (tactical planning) and primarily focus on risks minimization. Hence, to stay competitive, firms tend to subcontract hazmat-related activities and raw materials are bought further and further away to reduce purchase costs. While these practices can increase risk levels firms state that in most cases, costs are simply too important to take risks into account. There is thus a need for new operational research models aimed at optimizing hazardous materials logistics choices (strategic planning) and adopting the firm’s point of view. The way exploitation costs and risk interact should also be examined to see if accident penalties are high enough to influence the decision-making process. These are the main goals of this thesis. We mainly focus on fixed installations, rather than on carriers, as they can influence hazmat logistics the most. However, before such an optimization model can even be developed, the current situation must be carefully examined. Hence, this document presents in turn: an analysis of the relevant literature, a survey of hazardous materials logistics, the influence of the organisational factors on the level of risk then finally, the modeling and the optimization of hazardous material logistics choices (including a sensitivity analysis). Hazardous materials literature was first examined: general statistics on dangerous goods accidents, risk analysis, transportation and location problems and risk management. Although thi

Portrait des activités de stockage et de transport liées aux matières dangereuses

L’objectif de cette étude était de faire un portrait du stockage et du transport des matières dangereuses au Canada et plus précisément au Québec. Nous sommes partis d’une représentation simplifiée de la chaine logistique de matières dangereuses (MD) pour bien montrer les différentes activités et les opérations de chargement-déchargement. La gestion des MD est encadrée par de nombreuses réglementations et par un système de classification des différentes matières parfois complexe. Certaines entreprises ont mis en place ces programmes qui vont au-delà des réglementations. Il apparaît que ces démarches sont très positives et contribuent à améliorer la gestion des MD. L’étude du stockage des MD au Canada et au Québec montre qu’il existe différents types de sites de stockage. Il faut distinguer les entreprises dont les activités sont dédiées aux MD (production de MD, transport exclusif de MD, etc.) de celles qui les utilisent dans leur procédé de fabrication sans que le produit final soit une MD. Nous avons dressé un portrait géographique des lieux de stockage des MD. En élaguant les établissements agricoles des sites, nous obtenons des répartitions de MD très liées au tissu industriel. De plus, nous avons étudié les différents modes de transport afin de pouvoir les comparer et identifier des tendances. Le transport routier des MD peut tout autant être effectué par de grands transporteurs que de petits transporteurs. Dans certains cas, le transport se fait pour compte propre. Les MD les plus transportées au Canada appartiennent à trois classes: la classe 3 des liquides inflammables, la classe 2 des gaz et la classe 8 des substances corrosives. On trouve ensuite la classe 4 des solides inflammables et la classe 9 « divers » qui recouvrent les matières dangereuses non incluses dans les huit premières classes. Concernant les échanges avec l’extérieur, les États-Unis sont logiquement le partenaire commercial privilégié du Canada. Une dynamique importante avec le transport par route et par rail s’est mise en place, essentiellement avec l’Ontario et le Québec. Enfin, nous nous sommes intéressés aux accidents impliquant des MD. Le nombre de déversements déclarés augmente mais les quantités déversées diminuent. Les causes de ces déversements sont à la fois d’origine mécanique et humaine. Dans le cas des accidents de transport, nous avions déjà étudié plusieurs bases de données (Transport Canada, SAAQ et CSST par le biais de l’IRSST). Pour compléter notre portrait, nous avons repris les principaux résultats concernant la distribution temporelle et spatiale des accidents, par mode de transport, par classe de matière dangereuse et selon les circonstances, les causes et les conséquences de l’accident. Dans l’ensemble du Canada, le nombre de blessés et de morts dans des accidents mettant en cause des MD est relativement faible. Toutefois, ces accidents peuvent avoir des conséquences financières et environnementales importantes. Cette recherche a été effectuée dans le cadre du projet de recherche GLOBAL mis en place par l’INERIS (Institut National de l’Environnement Industriel et des Risques) en France. La collaboration du CIRANO et de l’École Polytechnique de Montréal au projet « GLOBAL » de l’INERIS porte d’une part sur plusieurs opérations effectuées conjointement (notre équipe se chargeant de l’application québécoise de ces opérations) : Description des activités de stockage et de transport des matières dangereuses (rencontres des acteurs de la chaîne logistique de MD + enquête par questionnaires) (opération A); Revue des réglementations applicables au stockage et transport des matières dangereuses (opération B); Revue des bases de données existantes sur les accidents impliquant des matières dangereuses (opération C). D’autre part, notre équipe se chargera des deux volets de recherche suivants (opération N): Évaluation économique des coûts du transport de matières dangereuses (opération N1); Analyse des stratégies logistiques dans un contexte de stockage et de transport de matières dangereuses et incitations économiques (opération N2). Ce rapport présente l’opération A du projet GLOBAL.

Les enjeux de la santé et la sécurité du travail pour les entreprises utilisant des matières dangereuses au Québec

Depuis plusieurs années, le groupe Risque au CIRANO (Centre interuniversitaire de recherche en analyse des organisations) a mené plusieurs projets de recherche sur différents aspects de la gestion des risques liés au stockage et au transport de matières dangereuses impliquant différents partenaires gouvernementaux, des affaires municipales et de l’industrie. Le plus important d’entre eux est le projet GLOBAL-Québec. Dans le cadre du projet GLOBAL-Québec, une série de rapports qui couvrent des aspects plus larges que la SST a été rédigé et remis aux partenaires sur : • Les activités de stockage et de transport liées aux MD au Québec (De Marcellis-Warin, N., Peignier I., Alvarez P., Trépanier M., Leroux M-H., 2008a • Les réglementations applicables au stockage et au transport des matières dangereuses au Québec (De Marcellis-Warin N., Favre S., Peignier I., Trépanier M., 2006a) • Les accidents durant le transport et le stockage des matières dangereuses au Québec (De Marcellis-Warin N., Leroux M.H., Peignier I., Trépanier M., 2006b) • Les coûts du transport de marchandises et les spécificités du TMD (De Marcellis-Warin, N., Peignier I., Lupan, D., 2007) • Les stratégies logistiques dans un contexte de stockage et de transport de matières dangereuses et incitations économiques (De Marcellis-Warin, N., Leroux M-H., Peignier I., Trépanier M., 2008b) Ce rapport fait le bilan des notions qui ont été étudiées dans le projet GLOBAL-Québec en mettant l’accent spécifiquement sur les aspects de santé et sécurité au travail. Nous souhaitions en effet faire une étude plus spécifique des enjeux liés à la santé et sécurité au travail (SST) pour les entreprises utilisant des matières dangereuses au Québec. Le rapport peut aussi disponible à l'adresse suivante : http://www.irsst.qc.ca/fr/_publicationirsst_100444.html

Microsatellite mapping of QTLs affecting resistance to coccidiosis (Eimeria tenella) in a Fayoumi × White Leghorn cross

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>Avian coccidiosis is a major parasitic disease of poultry, causing severe economical loss to poultry production by affecting growth and feed efficiency of infected birds. Current control strategies using mainly drugs and more recently vaccination are showing drawbacks and alternative strategies are needed. Using genetic resistance that would limit the negative and very costly effects of the disease would be highly relevant. The purpose of this work was to detect for the first time QTL for disease resistance traits to <it>Eimeria tenella </it>in chicken by performing a genome scan in an F2 cross issued from a resistant Fayoumi line and a susceptible Leghorn line.</p> <p>Results</p> <p>The QTL analysis detected 21 chromosome-wide significant QTL for the different traits related to disease resistance (body weight growth, plasma coloration, hematocrit, rectal temperature and lesion) on 6 chromosomes. Out of these, a genome-wide very significant QTL for body weight growth was found on GGA1, five genome-wide significant QTL for body weight growth, plasma coloration and hematocrit and one for plasma coloration were found on GGA1 and GGA6, respectively. Two genome-wide suggestive QTL for plasma coloration and rectal temperature were found on GGA1 and GGA2, respectively. Other chromosme-wide significant QTL were identified on GGA2, GGA3, GGA6, GGA15 and GGA23. Parent-of-origin effects were found for QTL for body weight growth and plasma coloration on GGA1 and GGA3. Several QTL for different resistance phenotypes were identified as co-localized on the same location.</p> <p>Conclusion</p> <p>Using an F2 cross from resistant and susceptible chicken lines proved to be a successful strategy to identify QTL for different resistance traits to <it>Eimeria tenella</it>, opening the way for further gene identification and underlying mechanisms and hopefully possibilities for new breeding strategies for resistance to coccidiosis in the chicken. From the QTL regions identified, several candidate genes and relevant pathways linked to innate immune and inflammatory responses were suggested. These results will be combined with functional genomics approaches on the same lines to provide positional candidate genes for resistance loci for coccidiosis. Results suggested also for further analysis, models tackling the complexity of the genetic architecture of these correlated disease resistance traits including potential epistatic effects.</p

An ontological foundation for ocular phenotypes and rare eye diseases.

BACKGROUND: The optical accessibility of the eye and technological advances in ophthalmic diagnostics have put ophthalmology at the forefront of data-driven medicine. The focus of this study is rare eye disorders, a group of conditions whose clinical heterogeneity and geographic dispersion make data-driven, evidence-based practice particularly challenging. Inter-institutional collaboration and information sharing is crucial but the lack of standardised terminology poses an important barrier. Ontologies are computational tools that include sets of vocabulary terms arranged in hierarchical structures. They can be used to provide robust terminology standards and to enhance data interoperability. Here, we discuss the development of the ophthalmology-related component of two well-established biomedical ontologies, the Human Phenotype Ontology (HPO; includes signs, symptoms and investigation findings) and the Orphanet Rare Disease Ontology (ORDO; includes rare disease nomenclature/nosology). METHODS: A variety of approaches were used including automated matching to existing resources and extensive manual curation. To achieve the latter, a study group including clinicians, patient representatives and ontology developers from 17 countries was formed. A broad range of terms was discussed and validated during a dedicated workshop attended by 60 members of the group. RESULTS: A comprehensive, structured and well-defined set of terms has been agreed on including 1106 terms relating to ocular phenotypes (HPO) and 1202 terms relating to rare eye disease nomenclature (ORDO). These terms and their relevant annotations can be accessed in http://www.human-phenotype-ontology.org/ and http://www.orpha.net/ ; comments, corrections, suggestions and requests for new terms can be made through these websites. This is an ongoing, community-driven endeavour and both HPO and ORDO are regularly updated. CONCLUSIONS: To our knowledge, this is the first effort of such scale to provide terminology standards for the rare eye disease community. We hope that this work will not only improve coding and standardise information exchange in clinical care and research, but also it will catalyse the transition to an evidence-based precision ophthalmology paradigm

An ontological foundation for ocular phenotypes and rare eye diseases.

BACKGROUND: The optical accessibility of the eye and technological advances in ophthalmic diagnostics have put ophthalmology at the forefront of data-driven medicine. The focus of this study is rare eye disorders, a group of conditions whose clinical heterogeneity and geographic dispersion make data-driven, evidence-based practice particularly challenging. Inter-institutional collaboration and information sharing is crucial but the lack of standardised terminology poses an important barrier. Ontologies are computational tools that include sets of vocabulary terms arranged in hierarchical structures. They can be used to provide robust terminology standards and to enhance data interoperability. Here, we discuss the development of the ophthalmology-related component of two well-established biomedical ontologies, the Human Phenotype Ontology (HPO; includes signs, symptoms and investigation findings) and the Orphanet Rare Disease Ontology (ORDO; includes rare disease nomenclature/nosology). METHODS: A variety of approaches were used including automated matching to existing resources and extensive manual curation. To achieve the latter, a study group including clinicians, patient representatives and ontology developers from 17 countries was formed. A broad range of terms was discussed and validated during a dedicated workshop attended by 60 members of the group. RESULTS: A comprehensive, structured and well-defined set of terms has been agreed on including 1106 terms relating to ocular phenotypes (HPO) and 1202 terms relating to rare eye disease nomenclature (ORDO). These terms and their relevant annotations can be accessed in http://www.human-phenotype-ontology.org/ and http://www.orpha.net/ ; comments, corrections, suggestions and requests for new terms can be made through these websites. This is an ongoing, community-driven endeavour and both HPO and ORDO are regularly updated. CONCLUSIONS: To our knowledge, this is the first effort of such scale to provide terminology standards for the rare eye disease community. We hope that this work will not only improve coding and standardise information exchange in clinical care and research, but also it will catalyse the transition to an evidence-based precision ophthalmology paradigm

Stratégies logistiques dans un contexte de stockage et de transport de matières dangereuses et incitations économiques

L’objectif de cette étude était de faire le portrait des stratégies logistiques et des incitatifs économiques guidant les manières de faire des entreprises québécoises. La modélisation des activités de transport et de stockage dans les chaînes logistiques repose habituellement sur une représentation tacite ou mathématique du flux physique. Se limiter à cette seule représentation nous semble insuffisant en matière de risque. Cette étude propose tout d’abord l’insertion de nouveaux outils graphiques afin de mieux représenter les chaînes logistiques de matières dangereuses. La représentation bi-niveaux proposé permet de faire apparaître plus clairement les interactions de responsabilité et les transferts de risque entre les nombreux partenaires : producteurs, transporteurs, stockeurs, commissionnaires et consommateurs. Ensuite, nous avons cherché à identifier les facteurs déterminants dans les choix logistiques de l’entreprise, par exemple, comment certains facteurs, qui sont reliés plus spécifiquement à la SST, peuvent influencer les choix reliés au transport (formation requise des travailleurs et conditions de travail, historique d’accidents du transporteur, comparaison du montant de la prime CSST, réputation du transporteur, etc.). De plus, d’une façon plus générale, nous avons cherché à identifier les différentes stratégies qui s’offrent aux entreprises en tenant compte des trois variables (stockage / transport / quantité) et des deux facteurs (coût et risque). Pour y parvenir, nous avons effectué au Québec. Le questionnaire d’enquête comporte une centaine de questions séparées en neufs sections comprenant : Identification de l’entreprise; Identification d’un site où il y a des MD; Approvisionnement en matières dangereuses; Expédition des matières dangereuses; Matières dangereuses sur le site fixe identifié; Coûts liés aux approvisionnements et expéditions de MD; Sous-traitants avec activités reliées aux MD; Maîtrise du risque; Réglementation MD. Les résultats de l’enquête par questionnaire et les entrevues sont très intéressants et ont permis de mètre en évidences les différences de pratique d’une entreprise à l’autre selon leur taille, leur secteur d’activités, leur position par rapport aux infrastructures de transport et leur culture organisationnelle. Cette recherche a été effectuée dans le cadre du projet de recherche GLOBAL mis en place par l’INERIS (Institut National de l’Environnement Industriel et des Risques) en France. La collaboration du CIRANO et de l’École Polytechnique de Montréal au projet « GLOBAL » de l’INERIS porte d’une part sur plusieurs opérations effectuées conjointement (notre équipe se chargeant de l’application québécoise de ces opérations) : Description des activités de stockage et de transport des matières dangereuses (rencontres des acteurs de la chaîne logistique de MD + enquête par questionnaires) (opération A); Revue des réglementations applicables au stockage et transport des matières dangereuses (opération B); Revue des bases de données existantes sur les accidents impliquant des matières dangereuses (opération C). D’autre part, notre équipe se chargera des deux volets de recherche suivants (opération N): Évaluation économique des coûts du transport de matières dangereuses (opération N1); Analyse des stratégies logistiques dans un contexte de stockage et de transport de matières dangereuses et incitations économiques (opération N2). Ce rapport présente l’opération N2 du projet GLOBAL. La version complète du rapport est confidentielle

The need for widely available genomic testing in rare eye diseases: an ERN-EYE position statement.

BACKGROUND: Rare Eye Diseases (RED) are the leading cause of visual impairment and blindness for children and young adults in Europe. This heterogeneous group of conditions includes over 900 disorders ranging from relatively prevalent disorders such as retinitis pigmentosa to very rare entities such as developmental eye anomalies. A significant number of patients with RED have an underlying genetic etiology. One of the aims of the European Reference Network for Rare Eye Diseases (ERN-EYE) is to facilitate improvement in diagnosis of RED in European member states. MAIN BODY: Technological advances have allowed genetic and genomic testing for RED. The outcome of genetic testing allows better understanding of the condition and allows reproductive and therapeutic options. The increase of the number of clinical trials for RED has provided urgency for genetic testing in RED. A survey of countries participating in ERN-EYE demonstrated that the majority are able to access some forms of genomic testing. However, there is significant variability, particularly regarding testing as part of clinical service. Some countries have a well-delineated rare disease pathway and have a national plan for rare diseases combined or not with a national plan for genomics in medicine. In other countries, there is a well-established organization of genetic centres that offer reimbursed genomic testing of RED and other rare diseases. Clinicians often rely upon research-funded laboratories or private companies. Notably, some member states rely on cross-border testing by way of an academic research project. Consequently, many clinicians are either unable to access testing or are confronted with long turnaround times. Overall, while the cost of sequencing has dropped, the cumulative cost of a genomic testing service for populations remains considerable. Importantly, the majority of countries reported healthcare budgets that limit testing. SHORT CONCLUSION: Despite technological advances, critical gaps in genomic testing remain in Europe, especially in smaller countries where no formal genomic testing pathways exist. Even within larger countries, the existing arrangements are insufficient to meet the demand and to ensure access. ERN-EYE promotes access to genetic testing in RED and emphasizes the clinical need and relevance of genetic testing in RED