A fine-tuned global distribution dataset of marine forests

Species distribution records are a prerequisite to follow climate-induced range shifts across space and time. However, synthesizing information from various sources such as peer-reviewed literature, herbaria, digital repositories and citizen science initiatives is not only costly and time consuming, but also challenging, as data may contain thematic and taxonomic errors and generally lack standardized formats. We address this gap for important marine ecosystem-structuring species of large brown algae and seagrasses. We gathered distribution records from various sources and provide a fine-tuned dataset with ~2.8 million dereplicated records, taxonomically standardized for 682 species, and considering important physiological and biogeographical traits. Specifically, a flagging system was implemented to signal potentially incorrect records reported on land, in regions with limiting light conditions for photosynthesis, and outside the known distribution of species, as inferred from the most recent published literature. We document the procedure and provide a dataset in tabular format based on Darwin Core Standard (DwC), alongside with a set of functions in R language for data management and visualization.FCT: (SFRH/BPD/111003/2015) / (SFRH/BSAB/150485/2019) / (SFRH/BD/144878/2019)(PTDC/MAREST/6053/2014) / MARFOR (BIODIVERSA/004/2015) / UIDB/04326/2020info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Drifting fronds and drifting alleles: the genetic architecture of the estuarine seaweed Fucus ceranoides L.

Tese de dout., Ecologia (Ecologia das Populações), Faculdade de Ciências e Tecnologia, Univ. do Algarve, 2011SFRH/BD/31017/2006In this thesis I investigate the population genetic structure of the estuarine seaweed Fucus ceranoides. My main objective was to look into the processes shaping its genetic make-up, particularly the effects of limited dispersal, past range-dynamics and introgression. In CHAPTER II a combination of molecular markers was employed to infer the patterns of genetic exchange between F. ceranoides and two parapatric congeners, and to assess its consequences for the species intraspecific phylogeography. The results revealed the historical introgression of F. vesiculosus organellar genomes into the F. ceranoides gene pool, and their extensive spread concurrently with the species’ northwards, post-glacial range expansion. This was the first study documenting the role of genetic surfing in producing extensive introgression in a marine organism. In CHAPTER III, the population genetic structure of F. ceranoides is examined throughout its entire distributional range with microsatellite markers with the objective of assessing the effects of limited dispersal and past range dynamics on the geographical organization of its genetic variation. This study showed that restricted dispersal has contrasting effects at the scales of meta-population (connectivity) versus range dynamics (habitat tracking), and that dispersal restrictions can result in either genetic divergence (refugial areas) or homogeneity (recently colonized areas) depending on the maturity and demographic history of the populations. In CHAPTER IV, the fine-scale phylogeographic structure of F. ceranoides in NW Iberia was described using both microsatellites and mtDNA sequence data. Iberian F. ceranoides were subdivided in three genetic groups displaying a nearly perfect parapatric distribution. The lack of evidence for dispersal barriers suggests that the sharp genetic discontinuities detected correspond to secondary contact zones of formerly vicariant sub-populations, which are retained due to persistent founder effects. Taken together, these results confirm the very limited connectivity of F. ceranoides populations and the primacy of history and drift over gene-flow.Nesta tese foi investigada a estrutura genética populacional da macroalga estuarina Fucus ceranoides. O objectivo principal foi determinar os processos que contribuíram para moldar a distribuição da sua variação genética, concretamente os efeitos do seu reduzido potencial de dispersão, da sua história biogeográfica, e de eventuais casos de introgressão. No capítulo II inferiram-se os padrões de troca de genes entre o F. ceranoides e dois congéneres, e determinou-se o seu impacte na filogeografia intraspecifica da espécie. Os resultados revelaram a introgressão antiga de organelos de F. vesiculosus no “pool” genético do F. ceranoides, e a sua ampla propagação no decurso da expansão pós-glaciar desta espécie. Este foi o primeiro estudo a documentar um caso de surfe genético de material introgredido num organismo marinho. No capítulo III foi examinada a estrutura genética do F. ceranoides com 9 microsatélites, com o objectivo de avaliar os efeitos da reduzida capacidade de dispersão e de alterações históricas de distribuição do F. ceranoides na organização geográfica da sua variação genética. Conclui-se que a baixa capacidade dispersiva tem efeitos contrastantes à escala da metapopulação (conectividade) e da biogeografia (“habitat tracking”), e que a mesma pode resultar quer num aumento da diferenciação genética (nos refúgios climáticos) quer na sua homogenização (áreas recentemente recolonizadas), dependendo da idade e história demográfica das populações. No capítulo VI, a estrutura genética do F. ceranoides no Noroeste da Península Ibérica é descrita com base em microsatélites e sequências de ADN mitocondrial. Determinou-se que os F. ceranoides ibéricos estão subdivididos em três grupos genéticos com uma distribuição parapátrica quase perfeita. Na ausência de evidências que suportem a existência de barreiras à dispersão na área, as discontinuidades genéticas foram interpretadas como correspondendo a zonas de contacto secundário de sub-populações anteriormente isoladas, e a sua aparente estabilidade resultante de fortes efeitos de precedência. No seu conjunto, estes resultados demonstram a reduzida conectividade das populações de F. ceranoides e a primazia de processos históricos e de deriva genética sobre o fluxo genético.Fundação para a Ciência e Tecnologia, (FCT

Unusual Rhythm Behind a Narrow Complex Tachycardia

info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Fine-scale genetic breaks driven by historical rangedynamics and ongoing density-barrier effects in theestuarine seaweed Fucus ceranoides L.

Factors promoting the emergence of sharp phylogeographic breaks include restricted dispersal, habitat discontinuity, physical barriers, disruptive selection, mating incompatibility, genetic surfing and secondary contact. Disentangling the role of each in any particular system can be difficult, especially when species are evenly distributed across transition zones and dispersal barriers are not evident. The estuarine seaweed Fucus ceranoides provides a good example of highly differentiated populations along its most persistent distributional range at the present rear edge of the species distribution, in NW Iberia. Intrinsic dispersal restrictions are obvious in this species, but have not prevented F. ceranoides from vastly expanding its range northwards following the last glaciation, implying that additional factors are responsible for the lack of connectivity between neighbouring southern populations. In this study we analyze 22 consecutive populations of F. ceranoides along NW Iberia to investigate the processes generating and maintaining the observed high levels of regional genetic divergence. Results Variation at seven microsatellite loci and at mtDNA spacer sequences was concordant in revealing that Iberian F. ceranoides is composed of three divergent genetic clusters displaying nearly disjunct geographical distributions. Structure and AFC analyses detected two populations with an admixed nuclear background. Haplotypic diversity was high in the W sector and very low in the N sector. Within each genetic cluster, population structure was also pervasive, although shallower. Conclusions The deep divergence between sectors coupled with the lack of support for a role of oceanographic barriers in defining the location of breaks suggested 1) that the parapatric genetic sectors result from the regional reassembly of formerly vicariant sub-populations, and 2) that the genetic discontinuities at secondary contact zones (and elsewhere) are maintained despite normal migration rates. We conclude that colonization and immigration, as sources of gene-flow, have very different genetic effects. Migration between established populations is effectively too low to prevent their differentiation by drift or to smooth historical differences inherited from the colonization process. F. ceranoides, but possibly low-dispersal species in general, appear to be unified to a large extent by historical, non-equilibrium processes of extinction and colonization, rather than by contemporary patterns of gene flow.Peer Reviewe

Room for improvement in the initial martini 3 parameterization of peptide interactions

Funding Information: We thank T. Cordeiro for bringing to our attention the coiled coil system that motivated part of this study. J.K.S. acknowledges an internship sponsored by Fundação Luso-Americana para o Desenvolvimento through its Study in Portugal Network. M.N.M. thanks Fundação para a Ciência e a Tecnologia, Portugal for fellowship CEECIND/04124/2017 , and for funding project MOSTMICRO-ITQB with references UIDB/04612/2020 and UIDP/04612/2020 . Publisher Copyright: © 2023 The AuthorsThe Martini 3 coarse-grain force field has greatly improved upon its predecessor, having already been successfully employed in several applications. Here, we gauge the accuracy of Martini 2 and 3 protein interactions in two types of systems: coiled coil peptide dimers in water and transmembrane peptides. Coiled coil dimers form incorrectly under Martini 2 and not at all under Martini 3. With transmembrane peptides, Martini 3 represents better the membrane thickness–peptide tilt relationship, but shorter peptides do not remain transmembranar. We discuss related observations, and describe mitigation strategies involving either scaling interactions or restraining the system.publishersversionpublishe

Clinical evaluation of chairside Computer Assisted Design/Computer Assisted Machining nano‐ceramic restorations: Five‐year status

ObjectivesThis investigation was a longitudinal, randomized clinical trial to measure the clinical performance of a nano‐ceramic material (Lava Ultimate/3M) for chairside Computer Assisted Design/Computer Assisted Machining (CAD/CAM) fabricated restorations.Materials and MethodsOne hundred and twenty chairside CAD/CAM onlays were restored with a CEREC system randomly assigned to 60 leucite‐reinforced ceramic (IPS EmpressCAD/Ivoclar Vivadent AGBendererstrasse 2FL‐9494 SchaanLiechtenstein) onlays and 60 nano‐ceramic (Lava Ultimate/3M) onlays. Equal groups of onlays were cemented using a self‐etch and a total etch adhesive resin cement. The onlays were recalled for a period of 5 years.ResultsAt 1 week postoperatively, 10% of the onlays cemented with both the self‐etch and total etch adhesive resin cements were reported as slightly sensitive. However, all patients were asymptomatic by the 4th week without treatment. Four leucite‐reinforced onlays and one nano‐ceramic onlay fractured and required replacement.ConclusionsAdhesive retention with a self‐etch or total etch cementation technique resulted in a similar clinical outcome with no reported debonds. The nano‐ceramic onlays had a lower incidence of fracture compared to the leucite‐reinforced ceramic onlays with both having a very low risk of fracture. Nano‐ceramic onlays performed equally as well as glass ceramic onlays over 5 years of clinical service.Clinical SignificanceCeramic materials have been a mainstay for chairside CAD/CAM restorations for the past 30 years and a new category of resilient ceramics with a resin matrix has been introduced reported to offer ceramic‐like durability and esthetics with resin‐like efficiency in handling. There are no long‐term clinical studies on the performance of these materials. This is a 5‐year randomized clinical trial on the performance of nano‐ceramic onlays.Peer Reviewedhttps://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/154462/1/jerd12516.pdfhttps://deepblue.lib.umich.edu/bitstream/2027.42/154462/2/jerd12516_am.pd

Avaliação de serviços de ecossistema de conservação do solo associados a processos erosivos

Estudos recentes mostram a necessidade de incorporar os conceitos de serviços de ecossistema e de sistemas sócio-ecológicos nos processos de planeamento e gestão dos espaços naturais. Esta necessidade reflete não só a importância dos ecossistemas, e dos serviços que lhes estão associados, para o sucesso dos processos de planeamento, mas também a relevância da implementação de estudos interdisciplinares que acrescentem conhecimento na avaliação das interações entre Homem e Natureza. Neste contexto, foram desenvolvidos um conjunto de trabalhos que pretendem, em zonas bastante distintas em termos climáticos e de ocupação e gestão do solo (i.e. Alto‐Minho [NO de Portugal] e Portel [SE de Portugal]), mostrar a aplicação e a importância da avaliação de serviços de ecossistema para a condução dos processos de planeamento local, definição de estratégias de gestão da terra e definição de políticas de investimento e regulamentação das atividades em espaço rural. A utilização de técnicas de detecção remota, assim como de um modelo conceptual orientado à identificação e quantificação de serviços de ecossistema associados à proteção do solo,permitem-­‐nos inferir por um lado, quais as estratégias de gestão da terra mais adequadas à provisão deste serviço, identificando assim limiares de gestão adequados, e por outro, quais as necessidades de planeamento e regulamentação à escala regional. Sendo o solo o elemento central do desenvolvimento local e regional, os resultados obtidos evidenciam o valor dos serviços de ecossistema associados à proteção do solo e a necessidade de definir novos planos e estratégias de gestão da terra que contribuam para a mitigação dos riscos associados à erosão do solo não só à escala local, como à escala regional

Controle glicêmico em pacientes diabéticos atendidos em centros de atenção primária à saúde

OBJECTIVE: To identify factors associated to poor glycemic control among diabetic patients seen at primary health care centers. METHODS: A cross-sectional study was carried out in a sample of 372 diabetic patients attending 32 primary health care centers in southern Brazil. Data on three hierarchical levels of health unit infrastructure, medical care and patient characteristics were collected. RESULTS: The frequency of poor glycemic control was 50.5%. Multivariate analysis (multilevel method) showed that patients with body mass indexes below 27 kg/m², patients on oral hypoglycemic agents or insulin, and patients diagnosed as diabetic over five years prior to the interview were more likely to present poor glycemic control when compared to their counterparts. CONCLUSIONS: Given the hierarchical data structuring, all associations found suggest that factors associated to hyperglycemia are related to patient-level characteristics.OBJETIVO: Identificar fatores associados à falta de controle glicêmico em pacientes diabéticos atendidos em centros de atenção primária à saúde. MÉTODOS: Estudo transversal em amostra de 372 pacientes diabéticos atendidos nos 32 centros de atenção primária de uma cidade do sul do Brasil. Foram coletados dados ordenados em três níveis hierárquicos: estrutura das unidades de saúde, características do processo do cuidado médico e pacientes diabéticos. RESULTADOS: A freqüência de falta de controle glicêmico foi de 50,5%. A análise multivariada (método multinível) mostrou que pacientes com Índice de Massa Corporal abaixo de 27 kg/m², em tratamento medicamentoso e com mais de cinco anos de diagnóstico de diabetes, tiveram maior probabilidade de apresentar hiperglicemia quando comparados a seus pares. CONCLUSÕES: Considerando a estrutura hierárquica dos dados, todas as associações encontradas sugerem que os fatores associados à hiperglicemia são relacionados a características dos pacientes

Idade, origem e protólitos de granitos variscos de três áreas portuguesas

Publicação digital - Online em 5 Fev. 201

Moralidade e Adolescência: Regras, Projetos de Vida e Dependência Química

A adolescência é considerada a fase da vida caracterizada por vulnerabilidades e oportunidades de desenvolvimento. O presente estudo objetivou estudar essa fase buscando investigar concepções e juízos dos participantes, a respeito de regras, projetos de vida e dependência química, a fim de encontrar fatores com eles relacionados que pudessem sugerir desafios e oportunidades para o desenvolvimento saudável de adolescentes. Participaram cinco díades compostas por um jovem adolescente usuário de substâncias psicoativas, participante de atividades de um CAPS/ad, e por um irmão dele, não usuário, com diferença de idade de até 5 anos. Cada participante se submeteu a entrevista individual para investigar concepções e juízos, em três fases: a primeira objetivou conhecê-los a respeito de regras presentes no contexto familiar e de amizades apresentadas pelos participantes; a segunda, a respeito de seus projetos de vida e a terceira, sobre a problemática da dependência química. Os dados foram analisados descritivamente com indicação da incidência de respostas. Foram organizados em categorias, por sua vez agrupados em blocos temáticos quando isso contribuísse com a análise. Os resultados relativos ao primeiro tema mostram diferenças entre os contextos, como a presença marcante da autoridade microssistêmica no contexto familiar, para os usuários, como formuladora de regras de controle, enquanto para os não usuários essas regras resultariam de acordo mútuo a favor da convivência marcada por relações recíprocas. Os não usuários destacam sua percepção de regras mais flexíveis e ausência de autoridade reguladora na amizade, o que leva a maior liberdade, em tal contexto, para expressão de si e de suas vontades. Os resultados indicam que os usuários de drogas estejam em nível mais heterônomo de consciência das regras que seus irmãos não usuários. Resultados referentes ao segundo tema mostraram que os projetos de vida dos usuários são egocentrados, enquanto alguns não usuários relataram projetos baseados em princípios da ética. Usuários mostraram ter dificuldade para elaborar estratégias eficientes para alcançar seus projetos, revelando-se dependentes de fatores sobre os quais não têm controle, o que evidencia heteronomia. Resultados referentes ao terceiro tema mostram que não usuários referem-se ao usuário identificando-o com clareza como dependente químico, enquanto usuários revelaram ambivalência quanto à concepção de si mesmos como dependentes, identificando fatores externos como responsáveis por sua condição, esquivando-se de responsabilidade, com prejuízo para o prognóstico. Considerando a articulação entre os três temas, é possível dizer que usuários de drogas mostraram menor autonomia e não utilizam autorregulação intencional com direcionamento sustentável ao estabelecerem seus projetos de vida e buscarem estratégias para alcançá-los. Isso os deixa vulneráveis e favorece o aumento da manifestação de comportamentos indesejáveis. A necessidade de estímulo a práticas adolescentes que favoreçam o desenvolvimento da autonomia, a assunção de responsabilidades e as escolhas associadas a oportunidades de desenvolvimento saudável são evidenciadas pelos dados obtidos