A integração do Arca - Repositório Institucional da Fiocruz com a Plataforma de Ciência de Dados aplicada à Saúde

Apresenta o projeto desenvolvido entre o Laboratório de Ciência de Dados aplicada À Saúde, do Instituto de Informação Científica e Tecnológica em Saúde (ICICT) e o Arca – Repositório Institucional da Fiocruz. O projeto teve como objetivos: melhorar a curadoria dos dados inseridos no repositório institucional, visando a qualidade das informações, e a recuperação e a visualização de dados, oferecendo uma plataforma que permite a extração de informações com potencial de uso pela gestão e pela pesquisa. No processo de curadoria foi possível identificar inconsistências no preenchimento dos metadados, utilizando classificação automática e machine learning, e consequente correção, de forma a garantir a qualidade das informações e dos dados extraídos. Outro fator importante para a realização do projeto foi a utilização do software Kibana e do Elasticsearch para a visualização de dados de forma dinâmica, oferecendo uma plataforma de exploração interativa para extração e mineração de dados. O software permitiu a utilização de filtros e combinações de dados contidos no Arca, como produção por tipo de material, Unidades da Fiocruz, assunto, autor, ano e direito autoral de forma que possam ser manipulados pelas diferentes unidades/comunidades representadas no Repositório Institucional.Fundação Oswaldo Cru

A integração do Arca - Repositório Institucional da Fiocruz com a Plataforma de Ciência de Dados aplicada à Saúde

Apresenta o projeto desenvolvido entre o Laboratório de Ciência de Dados aplicada À Saúde, do Instituto de Informação Científica e Tecnológica em Saúde (ICICT) e o Arca – Repositório Institucional da Fiocruz. O projeto teve como objetivos: melhorar a curadoria dos dados inseridos no repositório institucional, visando a qualidade das informações, e a recuperação e a visualização de dados, oferecendo uma plataforma que permite a extração de informações com potencial de uso pela gestão e pela pesquisa. No processo de curadoria foi possível identificar inconsistências no preenchimento dos metadados, utilizando classificação automática e machine learning, e consequente correção, de forma a garantir a qualidade das informações e dos dados extraídos. Outro fator importante para a realização do projeto foi a utilização do software Kibana e do Elasticsearch para a visualização de dados de forma dinâmica, oferecendo uma plataforma de exploração interativa para extração e mineração de dados. O software permitiu a utilização de filtros e combinações de dados contidos no Arca, como produção por tipo de material, Unidades da Fiocruz, assunto, autor, ano e direito autoral de forma que possam ser manipulados pelas diferentes unidades/comunidades representadas no Repositório Institucional.Fundação Oswaldo Cru

A integração do Arca - Repositório Institucional da Fiocruz com a Plataforma de Ciência de Dados aplicada à Saúde

Apresenta o projeto desenvolvido entre o Laboratório de Ciência de Dados aplicada À Saúde, do Instituto de Informação Científica e Tecnológica em Saúde (ICICT) e o Arca – Repositório Institucional da Fiocruz. O projeto teve como objetivos: melhorar a curadoria dos dados inseridos no repositório institucional, visando a qualidade das informações, e a recuperação e a visualização de dados, oferecendo uma plataforma que permite a extração de informações com potencial de uso pela gestão e pela pesquisa. No processo de curadoria foi possível identificar inconsistências no preenchimento dos metadados, utilizando classificação automática e machine learning, e consequente correção, de forma a garantir a qualidade das informações e dos dados extraídos. Outro fator importante para a realização do projeto foi a utilização do software Kibana e do Elasticsearch para a visualização de dados de forma dinâmica, oferecendo uma plataforma de exploração interativa para extração e mineração de dados. O software permitiu a utilização de filtros e combinações de dados contidos no Arca, como produção por tipo de material, Unidades da Fiocruz, assunto, autor, ano e direito autoral de forma que possam ser manipulados pelas diferentes unidades/comunidades representadas no Repositório Institucional.Fundação Oswaldo Cru

The complete genome sequence of Chromobacterium violaceum reveals remarkable and exploitable bacterial adaptability

Chromobacterium violaceum is one of millions of species of free-living microorganisms that populate the soil and water in the extant areas of tropical biodiversity around the world. Its complete genome sequence reveals (i) extensive alternative pathways for energy generation, (ii) ≈500 ORFs for transport-related proteins, (iii) complex and extensive systems for stress adaptation and motility, and (iv) wide-spread utilization of quorum sensing for control of inducible systems, all of which underpin the versatility and adaptability of the organism. The genome also contains extensive but incomplete arrays of ORFs coding for proteins associated with mammalian pathogenicity, possibly involved in the occasional but often fatal cases of human C. violaceum infection. There is, in addition, a series of previously unknown but important enzymes and secondary metabolites including paraquat-inducible proteins, drug and heavy-metal-resistance proteins, multiple chitinases, and proteins for the detoxification of xenobiotics that may have biotechnological applications

ATLANTIC EPIPHYTES: a data set of vascular and non-vascular epiphyte plants and lichens from the Atlantic Forest

Epiphytes are hyper-diverse and one of the frequently undervalued life forms in plant surveys and biodiversity inventories. Epiphytes of the Atlantic Forest, one of the most endangered ecosystems in the world, have high endemism and radiated recently in the Pliocene. We aimed to (1) compile an extensive Atlantic Forest data set on vascular, non-vascular plants (including hemiepiphytes), and lichen epiphyte species occurrence and abundance; (2) describe the epiphyte distribution in the Atlantic Forest, in order to indicate future sampling efforts. Our work presents the first epiphyte data set with information on abundance and occurrence of epiphyte phorophyte species. All data compiled here come from three main sources provided by the authors: published sources (comprising peer-reviewed articles, books, and theses), unpublished data, and herbarium data. We compiled a data set composed of 2,095 species, from 89,270 holo/hemiepiphyte records, in the Atlantic Forest of Brazil, Argentina, Paraguay, and Uruguay, recorded from 1824 to early 2018. Most of the records were from qualitative data (occurrence only, 88%), well distributed throughout the Atlantic Forest. For quantitative records, the most common sampling method was individual trees (71%), followed by plot sampling (19%), and transect sampling (10%). Angiosperms (81%) were the most frequently registered group, and Bromeliaceae and Orchidaceae were the families with the greatest number of records (27,272 and 21,945, respectively). Ferns and Lycophytes presented fewer records than Angiosperms, and Polypodiaceae were the most recorded family, and more concentrated in the Southern and Southeastern regions. Data on non-vascular plants and lichens were scarce, with a few disjunct records concentrated in the Northeastern region of the Atlantic Forest. For all non-vascular plant records, Lejeuneaceae, a family of liverworts, was the most recorded family. We hope that our effort to organize scattered epiphyte data help advance the knowledge of epiphyte ecology, as well as our understanding of macroecological and biogeographical patterns in the Atlantic Forest. No copyright restrictions are associated with the data set. Please cite this Ecology Data Paper if the data are used in publication and teaching events. © 2019 The Authors. Ecology © 2019 The Ecological Society of Americ

Mortality from gastrointestinal congenital anomalies at 264 hospitals in 74 low-income, middle-income, and high-income countries: a multicentre, international, prospective cohort study

Summary Background Congenital anomalies are the fifth leading cause of mortality in children younger than 5 years globally. Many gastrointestinal congenital anomalies are fatal without timely access to neonatal surgical care, but few studies have been done on these conditions in low-income and middle-income countries (LMICs). We compared outcomes of the seven most common gastrointestinal congenital anomalies in low-income, middle-income, and high-income countries globally, and identified factors associated with mortality. Methods We did a multicentre, international prospective cohort study of patients younger than 16 years, presenting to hospital for the first time with oesophageal atresia, congenital diaphragmatic hernia, intestinal atresia, gastroschisis, exomphalos, anorectal malformation, and Hirschsprung’s disease. Recruitment was of consecutive patients for a minimum of 1 month between October, 2018, and April, 2019. We collected data on patient demographics, clinical status, interventions, and outcomes using the REDCap platform. Patients were followed up for 30 days after primary intervention, or 30 days after admission if they did not receive an intervention. The primary outcome was all-cause, in-hospital mortality for all conditions combined and each condition individually, stratified by country income status. We did a complete case analysis. Findings We included 3849 patients with 3975 study conditions (560 with oesophageal atresia, 448 with congenital diaphragmatic hernia, 681 with intestinal atresia, 453 with gastroschisis, 325 with exomphalos, 991 with anorectal malformation, and 517 with Hirschsprung’s disease) from 264 hospitals (89 in high-income countries, 166 in middleincome countries, and nine in low-income countries) in 74 countries. Of the 3849 patients, 2231 (58·0%) were male. Median gestational age at birth was 38 weeks (IQR 36–39) and median bodyweight at presentation was 2·8 kg (2·3–3·3). Mortality among all patients was 37 (39·8%) of 93 in low-income countries, 583 (20·4%) of 2860 in middle-income countries, and 50 (5·6%) of 896 in high-income countries (p<0·0001 between all country income groups). Gastroschisis had the greatest difference in mortality between country income strata (nine [90·0%] of ten in lowincome countries, 97 [31·9%] of 304 in middle-income countries, and two [1·4%] of 139 in high-income countries; p≤0·0001 between all country income groups). Factors significantly associated with higher mortality for all patients combined included country income status (low-income vs high-income countries, risk ratio 2·78 [95% CI 1·88–4·11], p<0·0001; middle-income vs high-income countries, 2·11 [1·59–2·79], p<0·0001), sepsis at presentation (1·20 [1·04–1·40], p=0·016), higher American Society of Anesthesiologists (ASA) score at primary intervention (ASA 4–5 vs ASA 1–2, 1·82 [1·40–2·35], p<0·0001; ASA 3 vs ASA 1–2, 1·58, [1·30–1·92], p<0·0001]), surgical safety checklist not used (1·39 [1·02–1·90], p=0·035), and ventilation or parenteral nutrition unavailable when needed (ventilation 1·96, [1·41–2·71], p=0·0001; parenteral nutrition 1·35, [1·05–1·74], p=0·018). Administration of parenteral nutrition (0·61, [0·47–0·79], p=0·0002) and use of a peripherally inserted central catheter (0·65 [0·50–0·86], p=0·0024) or percutaneous central line (0·69 [0·48–1·00], p=0·049) were associated with lower mortality. Interpretation Unacceptable differences in mortality exist for gastrointestinal congenital anomalies between lowincome, middle-income, and high-income countries. Improving access to quality neonatal surgical care in LMICs will be vital to achieve Sustainable Development Goal 3.2 of ending preventable deaths in neonates and children younger than 5 years by 2030

Water consumption when exposed to sun and shade for native goats in the semiarid of the State of Paraiba, Brazil Consumo de água quando exposta ao sol e à sombra por caprinos nativos no Semiárido Paraibano

This work aimed to evaluate the preference and water consumption of native goats in the semiarid of Brazil. The water was freely supplied, in individual buckets, one exposed to the sun and the other in the shade. The experiment was realized using 18 animals of Moxotó, Graúna and Azul breeds, with average weight of 16,6 ± 2,4 kg, kept in confinement in individual stalls equipped with feeders and drinkers, during the period from January to February of 2009. The water temperature was measured by sensors (thermocouples type T - copper/constantan), which were coupled to a system of data acquisition. It was observed that the average water temperature exposed to the sun was 29.02 ºC, and 23.85 ºC in the shade. For all breeds there was a preference for the water exposed to the sun, corresponding to an average consumption of 64.71% of the total. Among the breeds, the greatest preference for water exposed to the sun was the Azul (71.18%), followed by the Moxotó (65.95%) and the Graúna (57.00%). The animals consumed more water during the day, and the average water consumption was 1.15 grams day-1, corresponding to 6.9 % of body weight of the animals.<br>O trabalho teve o objetivo de avaliar a preferência e o consumo de água por caprinos nativos no semiárido brasileiro, fornecida à vontade, em baldes individuais, sendo um exposto ao sol e outro à sombra. O experimento foi realizado, utilizado-se de 18 animais das raça Moxotó, Graúna e Azul, com peso vivo médio de 16,6 ± 2,4 kg, mantidos em confinamento, em baias individuais, providas de comedouro e bebedouro, durante o período de janeiro a março de 2009. A temperatura da água foi medida através de sensores (termopares tipo T - cobre/constantan), que estavam acoplados a um sistema de aquisição de dados. Observou-se que a temperatura média da água exposta ao sol foi de 29,02 ºC, e à sombra, de 23,85 ºC. Para todas as raças, houve preferência pela água exposta ao sol, correspondendo a um consumo médio de 64,71% do total. Entre as raças, a maior preferência pela água exposta ao sol foi da Azul (71,18%), seguida da Moxotó (65,95%) e Graúna (57,00%). Os animais consumiram mais água no período diurno, sendo o consumo médio de 1.150 gramas dia-1, correspondendo a 6,9% do peso vivo dos animais