Malaria: a retrospective study of clinical suspected infection cases by Plasmodium sp. between 2010 and 2014

[PT] A malária é uma infeção parasitária causada por um protozoário intracelular obrigatório (género Plasmodium), cuja transmissão é assegurada quando uma fémea de mosquito género Anopheles infetada efetua a sua refeição de sangue num indivíduo. Estão descritas mais de 150 espécies mas apenas 5 infetam o Homem: P. falciparum, P. vivax, P. malariae, P. ovale e mais recentemente, P. knowlesi, uma espécie que causa malária em macacos no sudeste asiático. É a doença parasitária mais frequentes para o Homem, encontrando-se infetada cerca de 5% da população mundial, sendo o P. falciparum o agente mais disseminado, responsável por mais de 80% dos casos mundiais e o que apresenta uma patogenia mais agressiva. O objetivo deste estudo foi descrever as características demográficas dos casos de malária, em doentes com quadro clinico compatível e cujo diagnóstico laboratorial foi confirmado. As metodologias de diagnóstico utilizadas foram, serológicas (IFI), moleculares (PCR em tempo real, adaptada de Swan et al.) e a pesquisa direta em gota espessa e esfregaço. Foram analisadas 471 amostras, 6 das quais provenientes do surto de ébola (África Ocidental, 2014). Detetaram-se 55 (11,7%) casos positivos. Todos os casos positivos de malária são importados. A maioria dos casos ocorreu em viajantes, indivíduos adultos. Pelo facto da transmissão local continuar a ser possível na Europa e pela quantidade de viagens efetuadas entre a Europa e os países endémicos, salienta-se a necessidade de vigilância e prevenção desta parasitose.[EN] Malaria is a human disease caused by a protozoan infection of red blood cells transmitted by the bite of a female anopheline mosquito. There are described more than 150 species of Plasmodium but only five infected humans, P. falciparum, P. vivax, P. malariae, P. ovale and more recently P. knowlesi, a specie that causes malaria in monkeys in Southeast Asia. Malaria is the most important parasitic disease of man; approximately 5% of the world’s population is infected. P. falciparum is the most widespread specie responsible for over 80% of cases worldwide and which has a more aggressive pathogenesis. The aim of the study was to describe the demographic characteristics of malaria cases, in patients with clinical symptoms compatible with malaria and whose laboratory diagnosis was confirmed. The methods of diagnosis used were: serological (IIF), molecular (real-time PCR, adapted Swan et al.) and direct visualization of thick and thin blood smears. We analyzed 471 specimens, 6 of which belonging to Ebola outbreak (West Africa, 2014). Fifty-five (11.7%) were positive cases. All positive cases of malaria are imported. Most cases occurred in adults travellers. Since local transmission continues to be possible in Europe and the big number of trips between Europe and endemic countries are a reality underlines the need of surveillance and prevention of this disease

Malaria: laboratory confirmation of clinical suspected cases of Plasmodium sp. between 2010-2017

A malária é uma infeção parasitária causada por um protozoário intracelular obrigatório (género Plasmodium), cuja transmissão é assegurada quando uma fémea de mosquito género Anopheles infetada efetua a sua refeição de sangue num indivíduo. Estão descritas mais de 150 espécies mas apenas 5 infetam o Homem: P. falciparum, P. vivax, P. malariae, P. ovale e mais recentemente, P. knowlesi, uma espécie que causa malária em macacos no sudeste asiático. É a doença parasitária mais frequente para o Homem, encontrando-se infetada cerca de 5% da população mundial, sendo o P. falciparum o agente mais disseminado, responsável por mais de 80% dos casos mundiais e o que apresenta uma patogenia mais agressiva. O objetivo deste estudo foi descrever as características demográficas dos casos de malária, em doentes com quadro clinico compatível e cujo diagnóstico laboratorial foi confirmado. As metodologias de diagnóstico utilizadas foram, serológicas (IFI), moleculares (PCR em tempo real, adaptada de Swan et al.) e a pesquisa direta em gota espessa e esfregaço. Foram analisadas 700 amostras, 15 das quais provenientes do sur to de ébola (África Ocidental, 2014/2015). Detetaram-se 103 (14,7%) casos positivos. Todos os casos positivos de malária são impor tados. A maioria dos casos ocorreu em viajantes, indivíduos adultos. Pelo facto da transmissão local continuar a ser possível na Europa e pela quantidade de viagens efetuadas entre a Europa e os países endémicos, salienta-se a necessidade de vigilância e prevenção desta parasitose.Malaria is a human disease caused by a protozoan infection of red blood cells transmitted by the bite of a female anopheline mosquito. There are described more than 150 species of Plasmodium but only five infected humans, P. falciparum, P. vivax, P. malariae, P. ovale and more recently P. knowlesi, a specie that causes malaria in monkeys in Southeast Asia. Malaria is the most impor tant parasitic disease of man; approximately 5% of the world’s population is infected. P. falciparum is the most widespread specie responsible for over 80% of cases worldwide and which has a more aggressive pathogenesis. The aim of the study was to describe the demographic characteristics of malaria cases, in patients with clinical symptoms compatible with malaria and whose laboratory diagnosis was confirmed. The methods of diagnosis used were: serological (IIF), molecular (real-time PCR, adapted Swan et al.) and direct visualization of thick and thin blood smears. We analyzed 700 specimens, 15 of which belonging to Ebola outbreak (West Africa, 2014/2015). One hundred and three (14.7%) were positive cases. All positive cases of malaria are impor ted. Most cases occurred in adults travellers. Since local transmission continues to be possible in Europe and the big number of trips between Europe and endemic countries are a reality underlines the need of sur veillance and prevention of this disease.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Toxoplasmose: diagnóstico laboratorial de casos clínicos suspeitos de infeção entre 2009 e 2013

Objetivo: Este estudo tem como objetivo descrever as características demográficas de doentes com quadro clínico suspeito de toxoplasmose, cujo diagnóstico laboratorial foi confirmado no Laboratório Nacional de Referência de Infeções Parasitárias e Fúngicas do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA) entre janeiro de 2009 e dezembro de 2013

SARS-CoV-2 introductions and early dynamics of the epidemic in Portugal

Genomic surveillance of SARS-CoV-2 in Portugal was rapidly implemented by the National Institute of Health in the early stages of the COVID-19 epidemic, in collaboration with more than 50 laboratories distributed nationwide. Methods By applying recent phylodynamic models that allow integration of individual-based travel history, we reconstructed and characterized the spatio-temporal dynamics of SARSCoV-2 introductions and early dissemination in Portugal. Results We detected at least 277 independent SARS-CoV-2 introductions, mostly from European countries (namely the United Kingdom, Spain, France, Italy, and Switzerland), which were consistent with the countries with the highest connectivity with Portugal. Although most introductions were estimated to have occurred during early March 2020, it is likely that SARS-CoV-2 was silently circulating in Portugal throughout February, before the first cases were confirmed. Conclusions Here we conclude that the earlier implementation of measures could have minimized the number of introductions and subsequent virus expansion in Portugal. This study lays the foundation for genomic epidemiology of SARS-CoV-2 in Portugal, and highlights the need for systematic and geographically-representative genomic surveillance.We gratefully acknowledge to Sara Hill and Nuno Faria (University of Oxford) and Joshua Quick and Nick Loman (University of Birmingham) for kindly providing us with the initial sets of Artic Network primers for NGS; Rafael Mamede (MRamirez team, IMM, Lisbon) for developing and sharing a bioinformatics script for sequence curation (https://github.com/rfm-targa/BioinfUtils); Philippe Lemey (KU Leuven) for providing guidance on the implementation of the phylodynamic models; Joshua L. Cherry (National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health) for providing guidance with the subsampling strategies; and all authors, originating and submitting laboratories who have contributed genome data on GISAID (https://www.gisaid.org/) on which part of this research is based. The opinions expressed in this article are those of the authors and do not reflect the view of the National Institutes of Health, the Department of Health and Human Services, or the United States government. This study is co-funded by Fundação para a Ciência e Tecnologia and Agência de Investigação Clínica e Inovação Biomédica (234_596874175) on behalf of the Research 4 COVID-19 call. Some infrastructural resources used in this study come from the GenomePT project (POCI-01-0145-FEDER-022184), supported by COMPETE 2020 - Operational Programme for Competitiveness and Internationalisation (POCI), Lisboa Portugal Regional Operational Programme (Lisboa2020), Algarve Portugal Regional Operational Programme (CRESC Algarve2020), under the PORTUGAL 2020 Partnership Agreement, through the European Regional Development Fund (ERDF), and by Fundação para a Ciência e a Tecnologia (FCT).info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Malaria: retrospective study of suspected clinical cases of Plasmodium sp. infection (2010-2020)

A malária, é uma infeção parasitária causada por um protozoário intracelular obrigatório (género Plasmodium), cuja transmissão é assegurada quando uma fémea de mosquito género Anopheles infetada efetua a sua refeição de sangue num individuo. Estão descritas mais de 150 espécies, mas apenas cinco infetam o Homem: P. falciparum, P. vivax, P. malariae, P. ovale e mais recentemente, P. knowlesi, uma espécie que causa malária em macacos no sudeste asiático. É a doença parasitária mais importante para o Homem, encontrando-se infetada cerca de 5% da população mundial, sendo o P. falciparum o agente mais disseminado, responsável por mais de 80% dos casos mundiais e o que apresenta uma patogenia mais agressiva. O objetivo deste estudo foi efetuar o diagnóstico laboratorial em doentes com quadro clínico compatível com malária e descrever as características demográficas nos casos confirmados. As metodologias de diagnóstico utilizadas foram, serológicas (IFI), moleculares (PCR em tempo real, adaptada de Swan et al. e a pesquisa direta em gota espessa e esfregaço. Foram analisadas 802 amostras, 15 das quais provenientes do surto de ébola (África ocidental, 2014). Detetaram-se 124 (15,5%; 124/802) casos positivos. Todos os casos positivos de malária são importados. A maioria dos casos ocorreu em de viajantes, indivíduos adultos. Pelo facto de a transmissão local continuar a ser possível na Europa e pela quantidade de viagens efetuadas entre a Europa e os países endémicos salienta se a necessidade de vigilância, e prevenção desta parasitose.Malaria is a human disease caused by a protozoan infection of red blood cells transmitted by the bite of a female anopheline mosquito. There are described more than 150 species of Plasmodium but only five infected humans, P. falciparum, P. vivax, P. malariae, P. ovale and more recently P. knowlesi, a specie that causes malaria in monkeys in Southeast Asia. Malaria is the most important parasitic disease of man; approximately 5% of the world’s population is infected. P. falciparum is the most widespread specie responsible for over 80% of cases worldwide and which has a more aggressive pathogenesis. The aim of the study was to perform laboratory diagnosis in patients with clinical symptoms compatible with malaria and describe the demographic characteristics in confirmed cases. The methods of diagnosis used were serological (IIF), molecular (real-time PCR, adapted Swan et al.) and direct visualization of thick and thin blood smears. We analysed 802 specimens, 15 of which belonging to Ebola outbreak (West Africa, 2014). 124 (15.5%; 124/802) were positive cases. All positive cases of malaria are imported. Most cases occurredin adults travellers. Since local transmission continues to be possible in Europe and the big number of trips between Europe and endemic countries are a reality underlines the need of surveillance and prevention of this disease.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Laboratory diagnosis of suspected clinical cases of Toxoplasma gondii infection, 2009-2020

O estudo foi realizado com o objetivo de descrever as características demográficas de pacientes com quadro clínico suspeito de toxoplasmose. O diagnóstico laboratorial destes casos foi confirmado no Laboratório Nacional de Referência em Infeções Parasitárias e Fúngicas do Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge, entre janeiro de 2009 e dezembro de 2020. Toxoplasma gondii é um protozoário intracelular obrigatório e o agente etiológico da toxoplasmose, que pode infetar a grande maioria dos vertebrados, incluindo humanos. A transmissão da infeção toxoplasmática ocorre pela ingestão de qualquer uma das formas de resistência (sejam os cistos contidos na carne de animais infetados ou os oocistos expelidos nas fezes de felinos que, no solo e após a esporulação, tornam-se infeciosos e contaminam os alimentos e a água), bem como a transmissão placentária, por meio da passagem dos taquizoítos da mãe para o feto. Para o diagnóstico laboratorial da infeção adquirida, foram utilizados métodos sorológicos (Aglutinação Direta (AD), Ensaio Fluorescente Enzimático (ELFA), Ensaio de Aglutinação Imunoabsorvente com Imunoglobulina (ISAGA), e Immunoblot (IB) e métodos moleculares (PCR em tempo real) amplificação da região repetida do REP-529pb. Para o diagnóstico laboratorial da infeção congênita (pré e pós-natal), foram realizadas as mesmas metodologias descritas anteriormente, bem como a inoculação em camundongos utilizando diferentes produtos biológicos, nomeadamente sangue materno e recém-nascido, líquido amniótico e placenta. Durante o período de estudo de 12 anos, foram analisadas amostras biológicas de 6.658 casos suspeitos de toxoplasmose, dos quais 1.663 casos positivos foram confirmados (25%). Destes, 1.638 (98,5%) correspondem a pacientes com infeção toxoplasmática adquirida e 25 (1,5%) a pacientes com infeção toxoplasmática congênita. Os resultados indicam que a identificação dos casos de toxoplasmose no estudo corrobora os resultados referenciados em estudos anteriores e demonstra a importância do diagnóstico laboratorial e da vigilância sistemática desta infeção. Essa vigilância é particularmente importante em gestantes e em indivíduos imunocomprometidos, por se tratar de grupos populacionais onde essa parasitose é responsável por elevados índices de morbidade e letalidade.The study was carried out with the objective to describe the demographic characteristics of patients with a suspected clinical picture of toxoplasmosis. The laboratory diagnosis of these cases was confirm at the National Reference Laboratory for Parasitic and Fungal Infections of the National Institute of Health Doctor Ricardo Jorge, between January 2009 and December 2020. Toxoplasma gondii is an obligate intracellular protozoan and the etiologic agent of toxoplasmosis, which can infect the vast majority of vertebrates, including humans. The transmission of toxoplasmic infection occurs by ingesting any of the forms of resistance (whether the cysts contained in the meat of infected animals or the oocysts expelled in the feces of felines that, in the soil and after sporulation, become infectious and contaminate food and water), as well as placental transmission, through the passage of the mother's tachyzoites to the fetus. For the laboratory diagnosis of acquired infection, serological methods were used (Direct Agglutination (AD), Enzyme-Linked Fluorescent Assay (ELFA), Immunoglobulin Immunosorbent Agglutination Assay (ISAGA), and Immunoblot (IB) and molecular methods (real-time PCR) amplification of the REP-529bp repeated region. For the laboratory diagnosis of congenital infection (pre and postnatal), the same methodologies described previously were carried out, as well as the inoculation in mice using different biological products, namely maternal and new-born blood, amniotic fluid and placenta. During the 12-year study period, biological samples from 6658 suspected cases of toxoplasmosis were analysed, of which 1663 positive cases were confirmed (25%). Of these, 1638 (98.5%) correspond to patients with acquired toxoplasmic infection and 25 (1.5%) to patients with congenital toxoplasmic infection. The results indicate that the identification of toxoplasmosis cases in the study corroborates the results referenced in previous studies and demonstrates the importance of the laboratorial diagnosis and the systematic surveillance of this infection. This surveillance is particularly important in pregnant women and in immunocompromised individuals, as they are population groups where this parasitosis is responsible for high rates of morbidity and lethality.info:eu-repo/semantics/publishedVersio