Métodos de fenotipagem e estádios fenológicos para quantificar o sistema radicular de feijoeiro

The objective of this work was to evaluate root phenotyping methods and the ideal phenological stage to quantify the root system of fixed and segregating common bean populations, in order to select superior genotypes. The experiment was carried out in two municipalities in the state of Santa Catarina, Brazil, and the treatments consisted of six genotypes, the Shovelomics and WinRHIZO root phenotyping methods, and the V4-4, R6, and R8 phenological stages. The simple lattice experimental design was used to evaluate the following variables: basal root angle, vertical root length, left and right horizontal root length, total root length, projected area, and root average volume and diameter. For all variables, there was a significant interaction between phenotyping methods and phenological stages, showing their influence on root system evaluation. The Shovelomics and WinRHIZO phenotyping methods are efficient in quantifying the root system of common bean plants and show specificity for phenological stages, regardless of the genotype. The quantification of the root system of fixed and segregating genotypes is analogous in both methods. The Shovelomics method is more efficient in evaluating the root system of common bean at the R8 stage, and the WinRHIZO method, at the R6 stage.O objetivo deste trabalho foi avaliar métodos de fenotipagem de raízes e o estádio fenológico ideal para quantificação do sistema radicular de populações fixas e segregantes de feijoeiro, para selecionar genótipos superiores. O experimento foi realizado em dois municípios do estado de Santa Catarina, Brasil, e os tratamentos consistiram em seis genótipos, nos métodos de fenotipagem Shovelomics e WinRHIZO, e nos estádios fenológicos V4-4, R6 e R8. O delineamento experimental látice simples foi utilizado para avaliar as seguintes variáveis: ângulo de raiz basal, comprimento vertical das raízes, comprimento horizontal esquerdo e direito das raízes, comprimento total das raízes, área projetada, e volume e diâmetro médio de raízes. Para todas as variáveis, houve interação significativa entre os métodos de fenotipagem e os estádios fenológicos, o que mostra a influência desses na avaliação do sistema radicular. Os métodos de fenotipagem Shovelomics e WinRHIZO são eficientes para a quantificação do sistema radicular do feijoeiro e apresentam especificidade para o estádio fenológico, independentemente do genótipo. A quantificação do sistema radicular de genótipos fixos e segregantes é análoga em ambos os métodos. O método Shovelomics é mais eficiente para avaliar o sistema radicular do feijoeiro na fase R8, e o método WinRHIZO, na fase R6

Correlação fenotípica e efeitos diretos e indiretos de componentes da parte aérea com a distribuição radicular de feijão-comum

The objective of this work was to estimate the phenotypic correlation and the direct and indirect effects of the aerial part components of common bean (Phaseolus vulgaris) that are associated with root distribution, in order to facilitate the indirect selection for this character. Sixteen genotypes were used, from which 12 are segregating populations in the F6 generation and four are fixed populations, which were conducted in field conditions in a randomized complete block design, with two replicates. The root system evaluation was performed according to Böhm’s method. Pearson’s phenotypic correlation was estimated by the path analysis. The characters stem diameter, leaf area index, first pod set, and root angle showed the highest positive correlations with root distribution and, therefore, may help the indirect selection for this character. The residual effect was higher than the determination coefficient, which indicates that the independent characteristics do not have a total influence on root distribution, and the low values of the determination coefficients can be attributed to environmental effects, competition for nutrients, and to different physiological mechanisms that control the expression of several genes with minor effects.O objetivo deste trabalho foi estimar a correlação fenotípica e os efeitos diretos e indiretos dos componentes da parte aérea do feijoeiro (Phaseolus vulgaris) que estão associados à distribuição radicular, para facilitar a seleção indireta quanto a este caráter. Utilizaram-se 16 genótipos, dos quais 12 são populações segregantes em geração F6 e quatro populações fixas, conduzidas em campo em delineamento de blocos ao acaso, com duas repetições. A avaliação do sistema radicular foi realizada conforme o método de Böhm. A correlação fenotípica de Pearson foi estimada por meio da análise de trilha. Os caracteres diâmetro de caule, índice de área foliar, inserção da primeira vagem e ângulo de raiz apresentaram as maiores correlações positivas com a distribuição radicular e podem, portanto, auxiliar a seleção indireta quanto a esse caráter. O efeito residual foi superior ao coeficiente de determinação, o que é indício de que as características independentes não têm influência total sobre a distribuição radicular, e os baixos valores dos coeficientes de determinação podem ser atribuídos a efeitos de ambiente, à competição por nutrientes e a diferentes mecanismos fisiológicos que controlam a expressão de vários genes com efeitos menores

ASSOCIAÇÃO ENTRE CARACTERÍSTICAS DE QUALIDADE DE SEMENTES E RENDIMENTO DE GRÃOS EM CULTIVARES DE FEIJÃO

The bean cultivation is highly relevant nationally. In addition to the grain yield trait, many agronomic characters are important in defining the productive potential of a bean cultivar. Thus, the objective of this work was to evaluate the association of characteristics of seed quality with grain yield in bean cultivars. The experiments were carried out in a completely randomized design and randomized blocks, both with four replications, using ten bean cultivars. The evaluated traits were grain yield (kg ha-1), number of normal and abnormal seedlings, seedling length (cm), root length (cm), shoot length (cm), fresh and dry seedling mass (g) and cotyledon fresh dry mass (g). The principal component analysis captured a percentage change in the two initial axes of 67.40 for variables, and 99.15 for cultivars. The variables grain yield, cotyledon dry mass and cotyledon fresh mass were positively related, with a strong association. The variable with the greatest contribution to the discrimination of cultivars was grain yield. The seedling length, abnormal seedlings and normal seedlings showed less contributions, and can be used complementarily to discriminate genotypes.O cultivo de feijão apresenta elevada relevância em âmbito nacional. Além do rendimento de grãos, demais caracteres agronômicos associados são importantes na definição do potencial produtivo de um cultivar. Desse modo, o objetivo do trabalho foi avaliar a associação de características da qualidade de sementes com o rendimento de grãos em cultivares de feijão. Os experimentos foram executados em delineamento inteiramente casualizado e blocos ao acaso, ambos com quatro repetições, utilizando dez cultivares de feijão. As características avaliadas foram: rendimento de grãos (kg ha-1), número de plântulas normais e anormais, comprimento de plântula (cm), comprimento de raiz (cm), comprimento de parte aérea (cm), massa fresca e seca de plântulas (g), e de massa fresca e seca cotilédones (g). A análise de componentes principais captou uma variação percentual nos dois eixos iniciais de 67,40 para variáveis, e 99,15 para os cultivares. As variáveis rendimento de grãos, massa seca de cotilédones e massa fresca de cotilédones relacionaram-se positivamente, com forte associação. A variável com maior contribuição para a discriminação dos cultivares foi o rendimento de grãos. O comprimento de plântulas, plântulas anormais e plântulas normais apresentaram menores contribuições e podem ser utilizadas complementarmente na discriminação de genótipos

DESEMPENHO DE CULTIVARES DE SOJA EM DIFERENTES AMBIENTES DE CULTIVO

Anualmente, inúmeros cultivares de soja são desenvolvidos por programas de melhoramento genético. Desse modo, é importante obter informações sobre o comportamento desses cultivares em distintos ambientes. Objetivou-se com a elaboração do trabalho avaliar o efeito da interação genótipo*ambiente no desempenho de cultivares de soja em diferentes ambientes de cultivo. O delineamento experimental utilizado foi de blocos ao acaso com três repetições. Durante a execução dos experimentos, foi avaliado o desempenho produtivo de seis cultivares de soja em seis ambientes. A variável considerada foi o rendimento de grãos (kg ha-1). As informações foram submetidas a análise de variância, análise de regressão linear simples e teste de comparação de médias. A média geral de produtividade de grãos foi de 2960 kg ha-1. Aanálise de regressão indicou dois cultivares com adaptabilidade ampla, três cultivares com adaptabilidade específica a ambientes desfavoráveis e um cultivar com adaptabilidade específica a ambientes favoráveis. Dentre os cultivares avaliados, quatro apresentaram comportamento esperado ao longo dos ambientes de cultivo. Os cultivares exibiram comportamento análogo quanto ao rendimento de grãos. Por meio da aplicação da metodologia da regressão linear, foi possível obter informações relevantes para cultivo de soja em ambientes subsequentes.Palavras-chave: Glicine max L.; interação genótipo*ambiente; adaptabilidade; estabilidade. PERFORMANCE OF SOYBEAN CULTIVARS IN DIFFERENT GROWING ENVIRONMENTS ABSTRACT:Annually, numerous soybean cultivars are developed by breeding programs. Thus, is important to obtain information about of these cultivars behavior in different environments. The objective of this work was to evaluate the effect of the genotype * environment interaction on the performance of soybean cultivars in different growing environments. The experimental design used was randomized blocks with three replications. During the execution of the experiments, was evaluated the productive performance of six soybean cultivars in six environments. The trait considered was grain yield (kg ha-1). The information was submitted to analysis of variance, simple linear regression analysis and means comparison test. The overall mean grain yield was 2960 kg ha-1. Regression analysis indicated two cultivars with broad adaptability, three cultivars with specific adaptability to unfavorable environments and one cultivar with specific adaptability to favorable environments. Among the evaluated cultivars, four showed prospective behavior throughout the cultivation environments. The cultivars exhibited analogous behavior regarding grain yield. The application of the linear regression methodology provided relevant information for soybean cultivation in subsequent environments.Keywords: Glicine max L.; genotype*environment interaction; adaptability; stability

Variabilidade e correlações entre caracteres agronômicos em populacões mutantes de physalis

The physics populations cultivated in Brazil have a restricted genetic base, which makes the genetic progress of the species difficult. A tool available for variant variations is an associated with studies of favorable correlations or cultivar development. The objective was to characterize the variability in characters of was physalis and to obtain estimates of phenotypic correlations between agronomic importance. The gamma treatments were three physalis populations (Colombia, Lages and Fraiburgo), ingredients to irradiation (Co60) in seeds and three exposure times at M0 (0, 250 and 500 Grays). The experimental design used was randomized blocks, with three replications. They were the pH, a titratable total determination (ATT), the total soluble solids (SST), maturation index (IM, SST/ATT), the number of flowers (NDF) and fruits (NFR), the weight of fruits without boll (PDF, in g) and total productivity (PROD in kg ha-1). The results demonstrate that they exist as physical mutant populations when compared to their recognized populations (cultured populations) for the qualitative components (acidity and solids to be evaluated) and not for their proven results. There are positive results between fruits and solid materials, as well as selection it is possible to obtain results with more balanced flavor.As populações de physalis cultivadas no Brasil apresentam base genética restrita, o que dificulta o progresso genético da espécie. A ferramenta disponível para a obtenção de variantes é a mutação que associada aos estudos das correlações favorecem o desenvolvimento de novas cultivares. O objetivo foi caracterizar a variabilidade fenotípica em populações de physalis cultivadas e mutantes conjuntamente com a obtenção de estimativas de correlações fenotípicas e seus desdobramentos em efeitos diretos e indiretos entre caracteres de importância agronômica. Os tratamentos foram a combinação de três populações de physalis (Colômbia, Lages e Fraiburgo), submetidas à irradiação gama (Co60) em três tempos de exposição (0, 250 e 500 Grays-Gy) nas sementes. O delineamento experimental utilizado foi blocos ao acaso, com três repetições. Foram avaliados o pH, a acidez total titulável (ATT), os sólidos solúveis totais (SST, em °Brix), índice de maturação (IM, razão SST/ATT), o número de flores (NDF) e de frutos (NFR), o peso de frutos sem capulho (PDF, em g) e a produtividade total (PROD em kg ha-1). Os resultados demostraram que existe variação para as populações mutantes de physalis quando comparado as suas testemunhas (populações cultivadas) para os componentes qualitativos (acidez e sólidos totais) e não para os quantitativos. Existe correlação positiva entre acidez e sólidos totais, assim através de cruzamentos entre as populações contrastantes da seleção é possível obter genótipos com frutos de sabor mais equilibrad

A Transcript Finishing Initiative for Closing Gaps in the Human Transcriptome

We report the results of a transcript finishing initiative, undertaken for the purpose of identifying and characterizing novel human transcripts, in which RT-PCR was used to bridge gaps between paired EST clusters, mapped against the genomic sequence. Each pair of EST clusters selected for experimental validation was designated a transcript finishing unit (TFU). A total of 489 TFUs were selected for validation, and an overall efficiency of 43.1% was achieved. We generated a total of 59,975 bp of transcribed sequences organized into 432 exons, contributing to the definition of the structure of 211 human transcripts. The structure of several transcripts reported here was confirmed during the course of this project, through the generation of their corresponding full-length cDNA sequences. Nevertheless, for 21% of the validated TFUs, a full-length cDNA sequence is not yet available in public databases, and the structure of 69.2% of these TFUs was not correctly predicted by computer programs. The TF strategy provides a significant contribution to the definition of the complete catalog of human genes and transcripts, because it appears to be particularly useful for identification of low abundance transcripts expressed in a restricted set of tissues as well as for the delineation of gene boundaries and alternatively spliced isoforms

Identification of human chromosome 22 transcribed sequences with ORF expressed sequence tags

Transcribed sequences in the human genome can be identified with confidence only by alignment with sequences derived from cDNAs synthesized from naturally occurring mRNAs. We constructed a set of 250,000 cDNAs that represent partial expressed gene sequences and that are biased toward the central coding regions of the resulting transcripts. They are termed ORF expressed sequence tags (ORESTES). The 250,000 ORESTES were assembled into 81,429 contigs. Of these, 1,181 (1.45%) were found to match sequences in chromosome 22 with at least one ORESTES contig for 162 (65.6%) of the 247 known genes, for 67 (44.6%) of the 150 related genes, and for 45 of the 148 (30.4%) EST-predicted genes on this chromosome. Using a set of stringent criteria to validate our sequences, we identified a further 219 previously unannotated transcribed sequences on chromosome 22. Of these, 171 were in fact also defined by EST or full length cDNA sequences available in GenBank but not utilized in the initial annotation of the first human chromosome sequence. Thus despite representing less than 15% of all expressed human sequences in the public databases at the time of the present analysis, ORESTES sequences defined 48 transcribed sequences on chromosome 22 not defined by other sequences. All of the transcribed sequences defined by ORESTES coincided with DNA regions predicted as encoding exons by genscan. (http://genes.mit.edu/GENSCAN.html)