Attempts to detect retrotransposition and de novo deletion of Alus and other dispersed repeats at specific loci in the human genome

Dispersed repeat elements contribute to genome instability by de novo insertion and unequal recombination between repeats. To study the dynamics of these processes, we have developed single DNA molecule approaches to detect de novo insertions at a single locus and Alu-mediated deletions at two different loci in human genomic DNA. Validation experiments showed these approaches could detect insertions and deletions at frequencies below 10(-6) per cell. However, bulk analysis of germline (sperm) and somatic DNA showed no evidence for genuine mutant molecules, placing an upper limit of insertion and deletion rates of 2 x 10(-7) and 3 x 10(-7), respectively, in the individuals tested. Such re-arrangements at these loci therefore occur at a rate lower than that detectable by the most sensitive methods currently available

L1 retrotransposon-mediated stable gene silencing

RNA interference (RNAi) is widely used for functional studies and has been proposed as a potential therapeutic agent. Current RNAi systems are largely efficient, but have limitations including transient effect, the need for viral handling and potential insertional mutations. Here, we describe a simple L1 retrotransposon-based system for the delivery of small interfering RNA (siRNA) and stable silencing in human cells. This system demonstrated long-term siRNA expression and significant reduction in both exogenous and endogenous gene expression by up to 90%. Further characterization indicated that retrotransposition occurred in a controlled manner such that essentially only one RNAi-cassette was integrated into the host genome and was sufficient for strong interference. Our system provides a novel strategy for stable gene silencing that is easy and efficient, and it may have potential applications for ex vivo and in vivo molecular therapy

Les logiques associatives dans la communauté arménienne d’Égypte

La communauté arménienne d'Égypte, bien que de taille plus modeste que les communautés grecque, italienne ou juive, joue un rôle de médiation technique, linguistique très important dès l'émergence de l'État moderne égyptien au début du xixe siècle, médiation suscitée « par le haut » c'est-à-dire par Muhammad Ali lui-même. Dès le dernier tiers du xixe siècle cependant, la médiation se déplace, pour deux raisons principalement : d'une part, l'État égyptien ne sollicite plus les communautés en t..

Deux familles arméniennes dans l’Égypte du XIXe siècle : les Tcherakian et les Nubarian

L’article porte sur deux familles arméniennes, les Nubarian et les Tcherakian, productrices de plusieurs hauts serviteurs dans l’administration de Muhammad Ali et de ses successeurs, au point d’être indissociables de l’histoire de l’Égypte du xixe siècle. Ces deux familles ne tissent entre elles aucune alliance matrimoniale et limitent leurs liens, la première étant apostolique, la seconde catholique. Elles entretiennent cependant une relation professionnelle étroite et constante. L’étude conjointe des archives dont elles sont l’objet permet à l’auteur de reconstituer leurs parcours entremêlés et fragmentés sur quatre générations, de s’interroger sur les modalités de formation de ces deux grandes familles, les infléchissements et angles morts de leurs trajectoires. À l’évidence, ces familles développent des stratégies qui, non seulement favorisent l’acquisition et le maintien de leur situation au sommet de l’État, mais assurent la transmission de leurs positions à leurs descendants. Cependant, si elles contribuent grandement à la modernisation de l’économie et de l’administration égyptienne, elles participent également à l’émancipation de celle-ci vis-à-vis de l’Empire ottoman. À telle enseigne que les familles, sur le déclin, doivent se retirer : à la fin du xixe siècle, les Tcherakian comme les Nubarian achèvent ensemble de servir l’Égypte, pour s’engager dans la cause arménienne.This article portrays the destiny of two Armenian families, the Nubarian and the Tcherakian, in Egypt during the 19th century. Both came from the central lands of the Ottoman Empire at the beginning of the 19th century. They both used to occupy some of the highest positions in the Egyptian administration. Being granted with a remarkable ability to adapt themselves to any situation, those two families, who shared a parallel route, maintained their influence until the turn of the 20th century when their role was progressively questioned

Les usages linguistiques des Arméniens en Égypte au XIXe siècle

La présente étude permet de mettre en valeur, d'éclairer ce qui, bien souvent, est laissé dans l'ombre, ce qui ne fait pas partie des conclusions delarecherche mais de son échafaudage. Les sources sont en effet d'abord considérées comme pourvoyeuses d'information ; pourtant, les informations ne sont dégagées qu'à partir d'une langue qui fait perpétuellement obstacle, écran. C'est la langue dans laquelle s'écrivent au quotidien les registres, la correspondance et, de manière plus emphatique, l..

Two patients with cystic fibrosis, nonsense mutations in each cystic fibrosis gene, and mild pulmonary disease

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Statistical analysis of simple repeats in the human genome

The human genome contains repetitive DNA at different level of sequence length, number and dispersion. Highly repetitive DNA is particularly rich in homo-- and di--nucleotide repeats, while middle repetitive DNA is rich of families of interspersed, mobile elements hundreds of base pairs (bp) long, among which the Alu families. A link between homo- and di-polymeric tracts and mobile elements has been recently highlighted. In particular, the mobility of Alu repeats, which form 10% of the human genome, has been correlated with the length of poly(A) tracts located at one end of the Alu. These tracts have a rigid and non-bendable structure and have an inhibitory effect on nucleosomes, which normally compact the DNA. We performed a statistical analysis of the genome-wide distribution of lengths and inter--tract separations of poly(X) and poly(XY) tracts in the human genome. Our study shows that in humans the length distributions of these sequences reflect the dynamics of their expansion and DNA replication. By means of general tools from linguistics, we show that the latter play the role of highly-significant content-bearing terms in the DNA text. Furthermore, we find that such tracts are positioned in a non-random fashion, with an apparent periodicity of 150 bases. This allows us to extend the link between repetitive, highly mobile elements such as Alus and low-complexity words in human DNA. More precisely, we show that Alus are sources of poly(X) tracts, which in turn affect in a subtle way the combination and diversification of gene expression and the fixation of multigene families

L'identité au miroir du droit. Le statut des personnes en Égypte (fin xixe - milieu xxe siècle)

Le but de cette présentation est de tenter une évaluation dans le temps des marges formelles de jeu sur les statuts et les identités en Égypte, à une époque où l'ordre ottoman, fondé sur l'encadrement communautaire, n'en finit pas de disparaître pour céder la place à un ordre national qui, se voulant plus égalitaire, ne reconnaît que des individus, des citoyens. Cet ordre juridique ottoman, lui-même tardif, s'effondre en trois étapes: par la définition positive d'une citoyenneté (1926-1929),..