Genómica de agentes infecciosos: avances y perspectivas en microbiología clínica

El descubrimiento de los secretos de la biología molecular ha marcado un punto de inflexión en las ciencias biológicas. La genómica es parte fundamental de este auge y se define básicamente como el estudio de la composición, estructura y función del material genético de los organismos vivos. El presente es un artículo de revisión sobre genómica de agentes infecciosos, el cual toca aspectos como la historia y los avances en el tema, para luego entrar en materia sobre ejemplos del conocimiento actual de los genomas de los más importantes agentes de interés en salud pública, así como las aplicaciones de los mismos para el mejoramiento de la salud humana. Al final, se ofrece una perspectiva para el futuro de la genómica y conclusiones sobre su aplicación en el ámbito nacional

Diversity of Bacillus thuringiensis strains isolated from coffee plantations infested with the coffee berry borer Hypothenemus hampei

The coffee berry borer Hypothenemus hampei Ferrari (Coleoptera: Scolytidae) was first reported infecting Costa Rican coffee plantations in the year 2000. Due to the impact that this plague has in the economy of the country, we were interested in seeking new alternatives for the biological control of H. hampei, based on the entomopathogenic bacteria Bacillus thuringiensis. Atotal of 202 B. thuringiensis isolates obtained from Costa Rican coffee plantations infested with H. hampei were analyzed through crystal morphology of the crystal inclusions and SDS-PAGE of d-endotoxins, while 105 strains were further evaluated by PCR for the presence cry, cyt and vip genes. Most of the Bt strains showed diverse crystal morphologies: pleomorphic (35%), oval (37%), bipyramidal (3%), bipyramidal and oval (12%), bipyramidal, oval and pleomorphic (10%) and bipyramidal, oval and cubic (3%). The SDS-PAGE analyses of the crystal preparations showed five strains with d-endotoxin from 20 to 40 kDa, six from 40 to 50 kDa, seven from 50 to 60 kDa, 19 from 60 to 70 kDa, 29 from 70 to 100 kDa and 39 from 100-145 kDa. PCR analyses demonstrated that the collection showed diverse cry genes profiles having several genes per strain: 78 strains contained the vip3 gene, 82 the cry2 gene, 45 the cry1 and 29 strains harbored cry3-cry7 genes. Atotal of 13 strains did not amplified with any of the cry primers used: cry1, cry2, cry3-7, cry5, cry11, cry12 and cry14. Forty-three different genetic profiles were found, mainly due to the combination of cry1A genes with other cry and vip genes. The genetic characterization of the collection provides opportunities for the selection of strains to be tested in bioassays against H. hampei and other insect pests of agricultural importance.En el año 2000 se reportó por primera vez la principal plaga del cafeto, conocida como broca (Hypothenemus hampei Ferrari) (Coleoptera: Scolitidae) en plantaciones de este cultivo en Costa Rica. Debido al impacto que esta plaga tiene en la economía del país, surgió la necesidad de encontrar una alternativa para el control biológico de esta plaga, basadas en la bacteria entomopatógena Bacillus thuringiensis. El objetivo de este trabajo fue aislar y caracterizar cepas de Bacillus thuringiensis a partir de plantaciones de café infestadas con H. hampei. Se aislaton 202 cepas que se analizaron mediante la morfología del cristal, SDS-PAGE de las d-endotoxinas, mientras que 105 cepas se evaluaron mediante PCR para determinar la presencia de genes cry, cyt y vip. La mayoría de las cepas presentaron diversas morfologías del cristal: pleomórficos (35%), ovalados (37%), bipiramidales (3%), bipiramidales y ovalados (12%), bipiramidales, ovalados y pleomórficos (10%) y bipiramidales, ovalados y cúbicos (3%). El análisis electorforético de las proteínas mostró que 5 cepas contenían d-endotoxinas con pesos moleculares entre los 20 y 40 kDa, 6 entre los 40 y 50 kDa, 7 entre los 50 y 60 kDa, 19 cepas entre los 60 y 70 kDa, 29 entre los 70 y 100 kDa y 39 cepas entre los 100 y 145 kDa. Los análisis mediante PCR mostró que la colección presenta una gran diversidad de genes cry, observándose varios genes por cepa: 78 cepas presentaron el gen vip3, 82 el gen cry2, 45 el gen cry1 y 29 cepas los genes cry3 y cry7. Un total de 13 cepas no amplificaron con los iniciadores cry1, cry2, cry3-7, cry5, cry11cry12 y cry14. Se encontraron 43 perfiles genéticos diferentes, detectándose principalmente la combinación de genes cry1A con otros genes cry o vip. La caracterización genética de esta colección provee información importante para la selección de cepas de Bacillus thuringiensis que se evaluarán mediante bioensayos contra Hypothenemus hampei u otras plagas de importancia económicaFundación para la Cooperación Costa Rica-Estados Unidos de América//CR-USA/Estados UnidosPrograma de Cooperación del Gobierno de MéxicoPrograma Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo//CYTED/EspañaUniversidad de Costa Rica//UCR/Costa RicaUCR::Vicerrectoría de Investigación::Unidades de Investigación::Ciencias Básicas::Centro de Investigación en Biología Celular y Molecular (CIBCM

Polymorphism in TGFB1 is associated with worse non-relapse mortality and overall survival after stem cell transplantation with unrelated donors.

Transforming growth factor beta-1, encoded by the TGFB1 gene, is a cytokine that plays a central role in many physiological and pathogenic processes. We have sequenced TGFB1 regulatory region and assigned allelic genotypes in a large cohort of hematopoietic stem cell transplantation patients and donors. In this study, we analyzed 522 unrelated donor-patient pairs and examined the combined effect of all the common polymorphisms in this genomic region. In univariate analysis, we found that patients carrying a specific allele, 'p001', showed significantly reduced overall survival (5-year overall survival 30.7% for p001/ p001 patients vs. 41.6% others; P=0.032) and increased non-relapse mortality (1-year nonrelapse mortality: 39.0% vs. 25.4%; P=0.039) after transplantation. In multivariate analysis, the presence of a p001/ p001 genotype in patients was confirmed as an independent factor for reduced overall survival [hazard ratio=1.53 (1.04-2.24); P=0.031], and increased non-relapse mortality [hazard ratio=1.73 (1.06-2.83); P=0.030]. In functional experiments we found a trend towards a higher percentage of surface transforming growth factor beta-1-positive regulatory T cells after activation when the cells had a p001 allele (P=0.07). Higher or lower production of transforming growth factor beta-1 in the inflammatory context of hematopoietic stem cell transplantation may influence the development of complications in these patients. Findings indicate that TGFB1 genotype could potentially be of use as a prognostic factor in hematopoietic stem cell transplantation risk assessment algorithms

Actualización de las hipótesis sobre la etiología de Arteria coronaria izquierda anómala desde la arteria pulmonar (ALCAPA)

Anomalous left coronary artery from the pulmonary artery(ALCAPA) is a rare cardiac malformation that consists of the anomalous origin of the left coronary artery from the pulmonary artery. Before its first description in 1933, various hypotheses about its embryonic origin had already begun to be proposed, starting with Hbnkossof in 1911, then Hackensellner in 1956 and finally Bogers in 1988, the first two hypotheses are incongruous with cardiac embryology, on the other hand Bogers take is the most accepted at present, which explains that it is due to an incorrect alignment of the myocardial tissue to the pulmonary artery trunk would cause the anomalous origin of the coronary arteries, thanks to advances in the field of molecular study, the fundamental role played by the ligand CXCL12 and its respective receptor CXCR4 in the origin of the coronary arteries has been found to play a very important role, CXCL12 is secreted by the cells of the wall aortic and plays a chemoattractant role towards CXCR4-positive peritroncal endothelial cells for to guide migration and subsequent penetration into the aorta, therefore a mutation in CXCL12 or CXCR4 could be responsible for the misalignment of myocardial tissue described by Bogers, which leads to abnormal development of ACs. The objective of the study is to carry out an updated review on the different theories of the embryological origin and molecular bases of ALCAPA. A literature realize in the databases of MedLine (PubMed), Access Medicina, Clinical Key and Science Direct about the ALCAPA congenital anomaly, obtaining 50 articles after their selection process.Anomalous left coronary artery from the pulmonary artery (ALCAPA) es una malformación cardiaca poco frecuente que consiste en el nacimiento anómalo de la coronaria izquierda desde la arteria pulmonar. Antes de su primera descripción en 1933 ya se había comenzado a plantear diversas hipótesis sobre su origen embrionario, comenzando con Hbnkossof en 1911, luego Hackensellner en 1956 y finalmente Bogers en 1988. Las dos primeras hipótesis son incongruentes con la embriología cardiaca, por otro lado la hipótesis de Bogers es la más aceptada en la actualidad, Ésta explica que es debido a una alineación incorrecta del tejido miocárdico al tronco de la arteria pulmonar , lo que provocaría el origen anómalo de las coronarias. Gracias a los avances en el campo del estudio molecular se ha encontrado el papel fundamental que desempeña el ligando CXCL12 y su respectivo receptor CXCR4 en el origen de las arterias coronarias. CXCL12 es secretado por las células de la pared aórtica y desempeña una función quimioatrayente hacia las células endoteliales peritroncales positivas para CXCR4 para guiar la migración y posterior penetración en la aorta. Por lo tanto una mutación en CXCL12 o CXCR4 podrían ser las responsables de esa alineación incorrecta del tejido miocárdico descrita por Bogers que termina en un desarrollo anormal de las AC. El objetivo del estudio es realizar una revisión actualizada sobre las distintas teorías del origen embriológico y bases moleculares de ALCAPA. Se realizó una búsqueda en la literatura en las bases de datos MedLine (PubMed), Access Medicina, Clinical Key y Science Direct, sobre la anomalia congénita ALCAPA obteniendo 50 artículos después del proceso de selección de los mismos

La imagen narrativa como herramientas para el abordaje psicosocial en escenarios de violencia. Departamentos del Atlántico Cesar Cordoba Guajira y Magdalena

No aplicaA lo largo de los años, hemos visto muchos casos de violaciones del derecho internacional humanitario y de los derechos humanos en zonas históricamente vulnerables y en zonas donde los grupos armados se han organizado. En Colombia, las preocupaciones incluyen desapariciones, intimidación, asesinatos selectivos, violencia sexual, deportaciones masivas y progresivas, extorsión, encarcelamiento, minas antipersonales y otros artefactos explosivos, control social y reclutamiento de menores en grupos y pandillas armadas. Por lo que este artículo propone, el papel del psicólogo en relación con las víctimas que varía en función de los actos o hechos con la víctima el cual es responsable de comprender, prevenir, mitigar, gestionar y controlar las consecuencias emocionales y psicosociales a través de la implementación del acompañamiento a afectados por el conflicto armado en las poblaciones de Magdalena, Guajira, Cesar, Atlántico y Córdoba. En este se enfatiza en la importancia de comprender el entorno y el territorio como elementos simbólicos e integrales, así como la importancia de reconocer el valor del simbolismo y la subjetividad en las narrativas y metáforas relacionadas con la violencia. Es esencial subrayar que tanto la imagen como la narrativa actúan como fuentes de recuerdos vívidos que permiten reflexionar sobre el impacto psicosocial de la violencia. Además, se analizan los recursos para afrontar y superar estas situaciones, reflexionando sobre la experiencia desde una perspectiva psicosocial y política.Over the years, we have seen many cases of violations of international humanitarian law and human rights in historically vulnerable areas and in areas where armed groups have organized. In Colombia, concerns include disappearances, intimidation, targeted killings, sexual violence, mass and progressive deportations, extortion, imprisonment, landmines and other explosive devices, social control, and recruitment of minors into armed groups and gangs. Therefore, this article proposes, the role of the psychologist in relation to victims varies depending on the acts or events with the victim, which is responsible for understanding, preventing, mitigating, managing and controlling the emotional and psychosocial consequences through the implementation of support for those affected by the armed conflict in the towns of Magdalena, Guajira, Cesar, Atlántico and Córdoba. This emphasizes the importance of understanding the environment and territory as symbolic and integral elements, as well as the importance of recognizing the value of symbolism and subjectivity in narratives and metaphors related to violence. It is essential to emphasize that both the image and the narrative act as sources of vivid memories that allow us to reflect on the psychosocial impact of violence. In addition, the resources to confront and overcome these situations are analyzed, reflecting on the experience from a psychosocial and political perspective

Methodology for selecting atmospheric monitoring sitesin urban areas affected by emissions from mobile sources

El monitoreo atmosférico es una de las etapas fundamentales en la identificación de estrategias para minimizar, prevenir y controlar los impactos de la dispersión de contaminantes en el aire, sobre la salud pública y el ambiente. Por tanto, el objetivo principal de este articulo consiste en proponer una metodología para la selección de  sitios de monitoreo atmosférico en zonas urbanas afectadas por las emisiones de fuentes móviles. Primeramente se identificaron los sitios que presentaban mayor flujo vehicular y se priorizaron teniendo presente  los siguientes  criterios  de selección: seguridad, influencia de otras fuentes, facilidad del montaje de los equipos,  accesibilidad al sitio, identificación de barreras y obstáculos,  registro histórico de datos  y grado de concentración  usando el software CALINE 3.La modelación agrupo datos característicos de las vías, meteorológicos y de flujo vehicular de un año típico de la zona en estudio.   A cada uno de estos parámetros le es asignada una valoración cuantitativa, la cual define los sitios donde se realizará el monitoreo. Como resultados se desarrolló una guía para seleccionar los lugares en donde se puedan desarrollar campañas de monitoreo atmosférico asociadas a fuentes móviles. La metodología fue aplicada en la ciudad de Cartagena de Indias haciendo uso del modelo de calidad del aire CALINE3.Atmospheric monitoring is one of the fundamental steps in identifying strategies to minimize, prevent and control the impact of the dispersion of pollutants in the air, on public health and the environment. Therefore, the main objective of this article is to propose a methodology for selecting air monitoring sites in urban areas affected by emissions from mobile sources. First, the places with the highest vehicular flow were identified and prioritized according to the following selection criteria: safety, influence of other sources, ease of assembly of equipment, accessibility to the site, identification of barriers and obstacles, historical record of data and degree concentration of the pollutant: in this case carbon monoxide, using CALINE 3 software. The modeling grouped characteristic data related with roads, meteorology and vehicular flow of a typical year of the zone under study. A quantitative assessment is assigned to each of these parameters, which defines the sites where the monitoring will be performed. As a result, it was developed a guide to select those places where atmospheric monitoring campaigns related with mobile sources can be held. This methodology was applied in the city of Cartagena de Indias by using air quality model for assessment, CALINE

Time series clustering of T cell subsets dissects heterogeneity in immune reconstitution and clinical outcomes among MUD-HCT patients receiving ATG or PTCy

IntroductionAnti-T-lymphocyte globulin (ATG) or post-transplant cyclophosphamide (PTCy) prevent graft-versus-host disease (GVHD) after hematopoietic cell transplantation (HCT), yet individual patients benefit differentially.MethodsGiven the sparse comparative data on the impact of cellular immune reconstitution in this setting, we studied flow cytometry and clinical outcomes in 339 recipients of 10/10 matched-unrelated donor (MUD) HCT using either ATG (n=304) or PTCy (n=35) for in vivo T cell manipulation along with a haploidentical PTCy control cohort (n=45). Longitudinal cellular immune reconstitution data were analyzed conventionally and with a data science approach using clustering with dynamic time warping to determine the similarity between time-series of T cell subsets.ResultsConsistent with published studies, no significant differences in clinical outcomes were observed at the cohort level between MUD-ATG and MUD-PTCy. However, cellular reconstitution revealed preferences for distinct T cell subpopulations associating with GVHD protection in each setting. Starting early after HCT, MUD-PTCy patients had higher regulatory T cell levels after HCT (p <0.0001), while MUD-ATG patients presented with higher levels of γδ T- or NKT cells (both p <0.0001). Time-series clustering further dissected the patient population’s heterogeneity revealing distinct immune reconstitution clusters. Importantly, it identified phenotypes that reproducibly associated with impaired clinical outcomes within the same in vivo T cell manipulation platform. Exemplarily, patients with lower activated- and αβ T cell counts had significantly higher NRM (p=0.032) and relapse rates (p =0.01).DiscussionThe improved understanding of the heterogeneity of cellular reconstitution in MUD patients with T cell manipulation both at the cohort and individual level may support clinicians in managing HCT complications

Diseño de un árbol solar para la seccional del Bajo Cauca de la Universidad de Antioquia

En este trabajo se presenta el diseño conceptual y de detalle de una estructura de metal que asemeja un árbol real con ramas, en cuya parte superior se ubican paneles solares fotovoltaicos. La energía generada será usada para cargar baterías de móviles, tabletas y computadoras portátiles de la comunidad universitaria de la seccional del Bajo Cauca de la Universidad de Antioquia, localizada en las coordenadas de latitud 7,990584° y longitud −75,193100°. Para el diseño del árbol, inicialmente, se realizó una estimación del recurso solar en la seccional, por lo que se estableció que el promedio anual de las horas solar pico fue equivalente a 18,74 MJ/m2. Con base en un requerimiento energético diario de 1400 Wh/día, se determinó que el número de paneles a instalarse de 180 Wp es de 2. La estructura del árbol fue analizada numéricamente utilizando un software de elementos finitos con el fin de determinar las tensiones y deformaciones debidas a las cargas externas y a su propio peso para garantizar su integridad estructural. El diseño presentado constituye una estructura portátil que puede producir energía verde y proporcionar un lugar de encuentro en la seccional del Bajo Cauca.The conceptual and detailed design of a metal structure resembling a real tree with branches, in whose upper part photovoltaic solar panels are located, is presented in this work. The energy generated will be used to charge batteries for mobile phones, tablets and laptops belonging to the university community in Bajo Cauca headquarter of Universidad de Antioquia, located at a latitude of 7.990584° and a longitude of -75.193100°. For the design of the tree, an estimation of the solar resource in the headquarter was initially conducted; it was established that the annual average of peak solar hours was equivalent to 18.74 MJ/m2. Based on a daily energy requirement of 1400 Wh/day, the number of 180 Wp panels to be installed was determined to be 2. The tree structure was numerically analyzed using a finite element software in order to determine the stresses and deformations due to external loads and its own weight to guarantee its structural integrity. The featured design is a portable structure that can produce green energy and provide a meeting place at the Bajo Cauca headquarter

Functional upgrading in China’s export processing sector

Functional upgrading occurs when a firm acquires more sophisticated functions within an existing value chain. In this paper, we analyze if there is evidence of this type of upgrading in China’s export processing regime by investigating dynamics in the relative prevalence of Import & Assembly (IA) versus Pure Assembly (PA) processing trade over the period 2000-2013. Firms in both regimes provide similar manufacturing services to foreign companies, but IA firms also conduct the sophisticated tasks of quality control, searching, financing and storing imported materials. Consistent with a trend of functional upgrading, we show that the share of IA trade in total processing trade has increased rapidly during the period 2000-2006, both overall and within product categories. Furthermore, we find that this trend has gone hand in hand with improvements in a sector’s labor productivity and unit values. Against expectations, we find that this process has slowed down notably during the period 2006-2013.status: publishe