Accuracy of the urine point-of-care circulating cathodic antigen assay for diagnosing Schistosomiasis mansoni infection in Brazil: a multicenter study

Secretaria de Vigilância em Saúde / Fundo Nacional de Saúde / Ministério da Saúde - [TED/FNS: 118/2017; SIAFI: 691919 / 25000.479741/2017-05Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Educação em Ambiente e Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Ceará. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Fortaleza, CE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Ciência, Tecnologia, Inovação e Insumos Estratégicos. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Parasitoses Intestinais, Esquistossomose e Malacologia. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Educação em Ambiente e Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências da Saúde. Unidade de Doenças Infecciosas. Vitória, ES, Brasil / Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Laboratório de Parasitologia Biomédica. Porto Alegre, RS, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil / Yale University. School of Public Health. Department of Epidemiology of Microbial Diseases. New Haven, CT, USA.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Educação em Ambiente e Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Laboratório de Parasitologia Biomédica. Porto Alegre, RS, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Ministério da Saúde. Secretaria de Ciência, Tecnologia, Inovação e Insumos Estratégicos. Instituto Evandro Chagas. Laboratório de Parasitoses Intestinais, Esquistossomose e Malacologia. Ananindeua, PA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Laboratório de Parasitologia Biomédica. Porto Alegre, RS, Brasil.Universidade Federal do Ceará. Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas. Fortaleza, CE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul. Laboratório de Parasitologia Biomédica. Porto Alegre, RS, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil.Background: The World Health Organization recommends a market-ready, urine-based point-of-care diagnostic test for circulating cathodic antigens (CCA) to determine the prevalence of S. mansoni. This study evaluated the performance of the URINE CCA (SCHISTO) ECO TESTE® (POC-ECO), which is currently available in Brazil. Methods: Residents from eight sites with different prevalence estimates provided one urine sample for POC-ECO and one stool sample for Kato-Katz (KK) and Helmintex® (HTX) testing as an egg-detecting reference for infection status. Results: None of the study sites had significantly higher POC-ECO accuracy than KK. Conclusions: POC-ECO is not currently recommended in Brazilian schistosomiasis elimination programs

International multicenter observational study on assessment of ventilatory management during general anaesthesia for robotic surgery and its effects on postoperative pulmonary complication (AVATaR) : study protocol and statistical analysis plan

Introduction: Robotic-assisted surgery (RAS) has emerged as an alternative minimally invasive surgical option. Despite its growing applicability, the frequent need for pneumoperitoneum and Trendelenburg position could significantly affect respiratory mechanics during RAS. AVATaR is an international multicenter observational study aiming to assess the incidence of postoperative pulmonary complications (PPC), to characterise current practices of mechanical ventilation (MV) and to evaluate a possible association between ventilatory parameters and PPC in patients undergoing RAS. Methods and analysis: AVATaR is an observational study of surgical patients undergoing MV for general anaesthesia for RAS. The primary outcome is the incidence of PPC during the first five postoperative days. Secondary outcomes include practice of MV, effect of surgical positioning on MV, effect of MV on clinical outcome and intraoperative complications. Ethics and dissemination: This study was approved by the Institutional Review Board of the Hospital Israelita Albert Einstein. The study results will be published in peer-reviewed journals and disseminated at international conferences. Trial registration number: NCT02989415; Pre-results

ATLANTIC ‐ PRIMATES : a dataset of communities and occurrences of primates in the Atlantic Forests of South America

Primates play an important role in ecosystem functioning and offer critical insights into human evolution, biology, behavior, and emerging infectious diseases. There are 26 primate species in the Atlantic Forests of South America, 19 of them endemic. We compiled a dataset of 5,472 georeferenced locations of 26 native and 1 introduced primate species, as hybrids in the genera Callithrix and Alouatta. The dataset includes 700 primate communities, 8,121 single species occurrences and 714 estimates of primate population sizes, covering most natural forest types of the tropical and subtropical Atlantic Forest of Brazil, Paraguay and Argentina and some other biomes. On average, primate communities of the Atlantic Forest harbor 2 ± 1 species (range = 1–6). However, about 40% of primate communities contain only one species. Alouatta guariba (N = 2,188 records) and Sapajus nigritus (N = 1,127) were the species with the most records. Callicebus barbarabrownae (N = 35), Leontopithecus caissara (N = 38), and Sapajus libidinosus (N = 41) were the species with the least records. Recorded primate densities varied from 0.004 individuals/km2 (Alouatta guariba at Fragmento do Bugre, Paraná, Brazil) to 400 individuals/km2 (Alouatta caraya in Santiago, Rio Grande do Sul, Brazil). Our dataset reflects disparity between the numerous primate census conducted in the Atlantic Forest, in contrast to the scarcity of estimates of population sizes and densities. With these data, researchers can develop different macroecological and regional level studies, focusing on communities, populations, species co‐occurrence and distribution patterns. Moreover, the data can also be used to assess the consequences of fragmentation, defaunation, and disease outbreaks on different ecological processes, such as trophic cascades, species invasion or extinction, and community dynamics. There are no copyright restrictions. Please cite this Data Paper when the data are used in publications. We also request that researchers and teachers inform us of how they are using the data.Fil: Culot, Laurence. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; BrasilFil: Pereira, Lucas Augusto. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; BrasilFil: Agostini, Ilaria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical; Argentina. Centro de Investigaciones del Bosque Atlántico; ArgentinaFil: de Almeida, Marco Antônio Barreto. Pontificia Universidade Católica do Rio Grande do Sul; BrasilFil: Alves, Rafael Souza Cruz. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; BrasilFil: Baldovino, María Celia. Centro de Investigaciones del Bosque Atlántico; Argentina. Universidad Nacional de Tucumán. Facultad de Ciencias Naturales e Instituto Miguel Lillo. Instituto Miguel Lillo; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tucumán; ArgentinaFil: Di Bitetti, Mario Santiago. Centro de Investigaciones del Bosque Atlántico; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Puerto Iguazú | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Puerto Iguazú; ArgentinaFil: Oklander, Luciana Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Puerto Iguazú | Universidad Nacional de Misiones. Instituto de Biología Subtropical. Instituto de Biología Subtropical - Nodo Puerto Iguazú; ArgentinaFil: Holzmann, Ingrid. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Salta. Instituto de Bio y Geociencias del NOA. Universidad Nacional de Salta. Facultad de Ciencias Naturales. Museo de Ciencias Naturales. Instituto de Bio y Geociencias del NOA; ArgentinaFil: Dums, Marcos. RUMO S.A. Licenciamento Ambiental; BrasilFil: Lombardi, Pryscilla Moura. RUMO S.A. Licenciamento Ambiental; BrasilFil: Bonikowski, Renata Twardowsky Ramalho. RUMO S.A. Licenciamento Ambiental; BrasilFil: Age, Stéfani Gabrieli. RUMO S.A. Licenciamento Ambiental; BrasilFil: Souza Alves, João Pedro. Universidade Federal de Pernambuco; BrasilFil: Chagas, Renata. Universidade Federal da Paraíba; BrasilFil: da Cunha, Rogério Grassetto Teixeira. Universidade Federal de Alfenas; BrasilFil: Valença Montenegro, Monica Mafra. Centro Nacional de Pesquisa e Conservaçao de Primates Brasileiros; BrasilFil: Ludwig, Gabriela. Centro Nacional de Pesquisa e Conservaçao de Primates Brasileiros; BrasilFil: Jerusalinsky, Leandro. Centro Nacional de Pesquisa e Conservaçao de Primates Brasileiros; BrasilFil: Buss, Gerson. Centro Nacional de Pesquisa e Conservaçao de Primates Brasileiros; BrasilFil: de Azevedo, Renata Bocorny. Centro Nacional de Pesquisa e Conservaçao de Primates Brasileiros; BrasilFil: Filho, Roberio Freire. Universidade Federal de Pernambuco; BrasilFil: Bufalo, Felipe. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; BrasilFil: Milhe, Louis. Université D'Avignon et des Pays du Vaucluse; FranciaFil: Santos, Mayara Mulato dos. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; BrasilFil: Sepulvida, Raíssa. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; BrasilFil: Ferraz, Daniel da Silva. Universidade do Estado de Minas Gerais; BrasilFil: Faria, Michel Barros. Universidade do Estado de Minas Gerais; BrasilFil: Ribeiro, Milton Cezar. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; BrasilFil: Galetti, Mauro. Universidade Estadual Paulista Julio de Mesquita Filho; Brasi

NEOTROPICAL XENARTHRANS: a data set of occurrence of xenarthran species in the Neotropics

Xenarthrans – anteaters, sloths, and armadillos – have essential functions for ecosystem maintenance, such as insect control and nutrient cycling, playing key roles as ecosystem engineers. Because of habitat loss and fragmentation, hunting pressure, and conflicts with 24 domestic dogs, these species have been threatened locally, regionally, or even across their full distribution ranges. The Neotropics harbor 21 species of armadillos, ten anteaters, and six sloths. Our dataset includes the families Chlamyphoridae (13), Dasypodidae (7), Myrmecophagidae (3), Bradypodidae (4), and Megalonychidae (2). We have no occurrence data on Dasypus pilosus (Dasypodidae). Regarding Cyclopedidae, until recently, only one species was recognized, but new genetic studies have revealed that the group is represented by seven species. In this data-paper, we compiled a total of 42,528 records of 31 species, represented by occurrence and quantitative data, totaling 24,847 unique georeferenced records. The geographic range is from the south of the USA, Mexico, and Caribbean countries at the northern portion of the Neotropics, to its austral distribution in Argentina, Paraguay, Chile, and Uruguay. Regarding anteaters, Myrmecophaga tridactyla has the most records (n=5,941), and Cyclopes sp. has the fewest (n=240). The armadillo species with the most data is Dasypus novemcinctus (n=11,588), and the least recorded for Calyptophractus retusus (n=33). With regards to sloth species, Bradypus variegatus has the most records (n=962), and Bradypus pygmaeus has the fewest (n=12). Our main objective with Neotropical Xenarthrans is to make occurrence and quantitative data available to facilitate more ecological research, particularly if we integrate the xenarthran data with other datasets of Neotropical Series which will become available very soon (i.e. Neotropical Carnivores, Neotropical Invasive Mammals, and Neotropical Hunters and Dogs). Therefore, studies on trophic cascades, hunting pressure, habitat loss, fragmentation effects, species invasion, and climate change effects will be possible with the Neotropical Xenarthrans dataset

ATLANTIC-PRIMATES: a dataset of communities and occurrences of primates in the Atlantic Forests of South America

Primates play an important role in ecosystem functioning and offer critical insights into human evolution, biology, behavior, and emerging infectious diseases. There are 26 primate species in the Atlantic Forests of South America, 19 of them endemic. We compiled a dataset of 5,472 georeferenced locations of 26 native and 1 introduced primate species, as hybrids in the genera Callithrix and Alouatta. The dataset includes 700 primate communities, 8,121 single species occurrences and 714 estimates of primate population sizes, covering most natural forest types of the tropical and subtropical Atlantic Forest of Brazil, Paraguay and Argentina and some other biomes. On average, primate communities of the Atlantic Forest harbor 2 ± 1 species (range = 1–6). However, about 40% of primate communities contain only one species. Alouatta guariba (N = 2,188 records) and Sapajus nigritus (N = 1,127) were the species with the most records. Callicebus barbarabrownae (N = 35), Leontopithecus caissara (N = 38), and Sapajus libidinosus (N = 41) were the species with the least records. Recorded primate densities varied from 0.004 individuals/km 2 (Alouatta guariba at Fragmento do Bugre, Paraná, Brazil) to 400 individuals/km 2 (Alouatta caraya in Santiago, Rio Grande do Sul, Brazil). Our dataset reflects disparity between the numerous primate census conducted in the Atlantic Forest, in contrast to the scarcity of estimates of population sizes and densities. With these data, researchers can develop different macroecological and regional level studies, focusing on communities, populations, species co-occurrence and distribution patterns. Moreover, the data can also be used to assess the consequences of fragmentation, defaunation, and disease outbreaks on different ecological processes, such as trophic cascades, species invasion or extinction, and community dynamics. There are no copyright restrictions. Please cite this Data Paper when the data are used in publications. We also request that researchers and teachers inform us of how they are using the data. © 2018 by the The Authors. Ecology © 2018 The Ecological Society of Americ

Ecologia do Alouatta fusca em floresta de encosta e de restinga no Sul do Brasil

Orientador: Eleonore Zulnara Freire SetzDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas. Instituto de BiologiaResumo: Neste estudo comparei a ecologia do A. fusca em mata de encosta e de restinga no município de Porto Alegre, próximo ao limite sul de distribuição da espécie. A mata de encosta diferencia-se da mata de restinga por se assentar sobre um escudo cristalino, apresentando maior riqueza, eqüidade, e conseqüente diversidade, e altura média das árvores superior. A mata de restinga ocupa os cordões arenosos às margens do Lago Guaíba, apresentando muitas epífitas e figueiras. Ficus organensis e Coussapoa microcarpa compreendem 55,3% de sua Dominância relativa. Em 1998 e 1999 acompanhamos dois bandos, um em cada fisionomia, utilizando o método scan samp/ing. No verão foram realizados 483 horas de observação (1448 scans) dos bandos, e no inverno, 386 horas (1160 scans). O bando da restinga, em números absolutos, se alimentou de menos espécies em ambas estações (contudo a diferença não foi significativa), mas consumiu mais frutos durante o verão (59% dos registros de alimentação vs. 39%, P=0,016), em sua maioria frutos de Moraceae. Além de diversas lianas não identificadas, as espécies mais utilizadas pelo bando da encosta no verão foram F. organensis e Lonchocarpus sp. (46, 7%). Na mata de restinga destacaram-se F. organensis e C. microcarpa (66,5%). Já no inverno, Zanthoxy/um spp. responde pela maior parte dos registros na encosta e Diospyrus inconstans na restinga. Com respeito ao orçamento de atividades, no verão o bando da encosta apresentou maior tempo gasto em movimento, 8% vs 5% na restinga (P=0,012) e socialização, 4% vs 2% (P=0,003), entretanto o tempo em forrageio na restinga foi maior, 35% vs 27% (P=0,001). No inverno, não houve diferença. Na encosta, a área do bando variou entre 6,4 e 6,15 ha, com um percurso médio de 774 (:t136, n=10) e 394 (:t126, n=10) metros durante o verão e inverno, respectivamente. O bando da restinga utilizou a emsma área em ambas estações (4 há), percorrendo em média 640 (:!:.,77 , n=9) metros no verão e 338 (:!:.,77 , n=10) metros no inverno. Em termos gerais, os bandos adotam um comportamento alimentar mais generalista no inverno, paralelamente à uma diminuição na importância de frutos na dieta e, nos custos de procura do alimento. Nesta estação, provavelmente devido à menor diferença na disponibilidade de recursos entre as matas, as diferenças ecológicas se amenizam entre os bandosAbstract: I compared the activities in groups of the brown howler monkey A/ouatta fusca in forests growing on hillsides and on a sand flat bordering Lago Guaíba in Porto Alegre, RS, near its southern range limit. The hillside forest is taller and has a higher species diversity of trees and only two tree species Ficus organensis and Coussapoa microcarpa (Moraceae) comprised 53% of the sand forest vegetation. During 1998 and 1999 I conducted 1448 and 1160 scan samples (483 and 386 h observation) on two howler groups, one in each forest type. The troop in sand forest fed on fewer plant species both in summer and winter, and consumed fruits, especially Moraceae, more often during summer (59% vs. 39% winter, P = 0.016). During summer the occupying group hillside fed mainly on F. organensis and Lonchocarpus sp. (46%) along with several lianas, whereas in sand forest F. organensis and C. microcarpa (66.5%) predominated. In winter howlers favored Zanthoxy/um sp. (Rutaceae) on the hillside and Diospyrus inconstans in the sand forest. Calculated activity budgets showed that during the summer the hillside group spent more time in movement (8% vs. 5%, P = 0.012) and in grooming (4% vs. 2%, P = 0.003) whereas time spent feeding in the sand forest was proportionately greater (35% vs. 27%, P = 0.001). No time budget differences existed between the two groups in winter. Home range size of the hillside group varied between 6.40 (summer) and 6.15 ha (winter) with mean day ranges of 774 ( :t136, n=10) and 394 (:t126, n=10) m, respectively. The home range size of the sand forest howlers was approximately 4.0 ha independent of season and mean day ranges varied respectively from 640 (:t77 , n=9) to 338 (:t177, n=10) m in winter and summer. In general, the howlers reduced fruit consumption (availability) and were more generalist in their feeding during winter. During winter, perhaps because of the reduction in difference in resource availability, differenc.es in time budget and food specialization diminished.MestradoMestre em Ecologi

Wealth and abundance of the medium and large fauna in three models of protected area in the south Brazil

Orientador: Eleonore Zulnara Freire SetzTese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de BiologiaResumo: A fragmentação e a perda de hábitats são as principais ameaças à conservação da diversidade biológica, especialmente em países megadiversos, para onde as previsões apontam um grande número de extinções. A fauna de médio e grande porte, dada as suas inerentes necessidades de área e de recursos, torna-se particularmente vulnerável a estes eventos de extinção. No entanto, o grupo preenche uma importante parcela na dinâmica dos ecossistemas. Animais realizam importantes papéis, como por exemplo, a dispersão, a escarificação e a predação de sementes; a polinização, a herbivoria, a regulação de populações, dentre outros. Logo, o empobrecimento da fauna, em termos de sua riqueza e abundância, em uma floresta, desencadeia mudanças em sua estrutura e composição florística, podendo inclusive levar espécies vegetais ao desaparecimento. Inúmeros trabalhos no campo da Biologia da Conservação vêm sendo desenvolvidos com o objetivo de compreender como a fragmentação age sobre as espécies e os ecossistemas e como estes efeitos poderiam ser minimizados. No presente estudo, três situações em diferentes contextos envolvidos na conservação da fauna de médio e grande porte são abordadas: (1) a conservação desta parcela da comunidade em uma Área Protegida sob intenso uso humano, no caso, uma Terra Indígena; (2) as respostas desta comunidade frente a uma paisagem parcialmente construída em uma Floresta Nacional; e por fim, (3) a efetividade de diferentes modelos de Áreas Protegidas na conservação de mamíferos de médio e grande porte, tendo sempre como parâmetros, a riqueza e a abundância da comunidade. Como resultados, a Terra Indígena apresentou a riqueza e a abundância da fauna de médio e grande porte inferior à esperada. Na Floresta Nacional, possivelmente devido às características particulares da paisagem que proporcionam certo grau de heterogeneidade e existência de corredores, não foi possível detectar um uso diferencial da fauna entre os ecossistemas naturais e construídos. E todas as Áreas Protegidas, ainda que de diferentes modelos, apresentaram pelo menos um evento de extinção. As unidades sujeitas ao uso humano direto, a Terra Indígena e a Floresta Nacional, apresentaram 4/5 e 3/4 da riqueza de espécies esperadaAbstract: Fragmentation and loss of habitats are the main threats to biological diversity conservation, especially in the "megadiverse¿ countries, where forecasts signal a great number of extinctions. Medium and large fauna, given their inherent needs in terms of area and resources, become particularly vulnerable to extinction events. However, the group is vital in the ecosystems¿ functionality. Animals play important roles in forests, for example, in dispersion, scarification and predation of seeds; pollination, herbivory, and population regulation, among others. Therefore the impoverishment of forest fauna, in terms of richness and abundance, triggers changes in its structure and flora composition, possibly even leading to the disappearance of plant species. Countless works in the field of conservation biology have been developed with the objective of understanding how fragmentation acts on the species and the ecosystems and how these effects could be minimized. The present study approaches three situations in different contexts, yet directly involved in the conservation of medium and large fauna, namely: (1) the conservation of this community in a Protected Area, but under intense use by humans, i.e. indigenous territory or land; (2) this community's in a landscape partially built in a National Forest; and, finally, (3) the effectiveness of different models of Protected Areas in the conservation of medium and large mammals, always maintaining as parameters the richness and abundance of the community. In the indigenous land, richness and abundance of the medium and large fauna were lower than expected. In the National Forest, due to the peculiar characteristics of the landscape, which provides a certain degree of heterogeneity and the existence of corridors, it was not possible to detect a diferential fauna use between the natural and constructed ecosystems. Furthermore, all the Protected Areas, although different models, presented at least one extinction event. The other two units, subject to direct human use, Indigenous Land and National Forest, presented 4/5 and 3/4 of the expected species richnessDoutoradoEcologiaDoutor em Ecologi