Análises in silico da filogenia e do perfil de genes associados à virulência, dos genomas de linhagens de Escherichia coli de origem aviária

Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) infections are responsible for significant losses in the poultry industry worldwide. A zoonotic risk has been attributed to APEC strains because they present similarities to extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC) associated with illness in humans, mainly urinary tract infections and neonatal meningitis. Here, we present in silico analyses with pathogenic E. coli genome sequences, including recently available APEC genomes. The phylogenetic tree, based on multi-locus sequence typing (MLST) of seven housekeeping genes, revealed high diversity in the allelic composition. Nevertheless, despite this diversity, the phylogenetic tree was able to cluster the different pathotypes together. An in silico virulence gene profile was also determined for each of these strains, through the presence or absence of 83 well-known virulence genes/traits described in pathogenic E. coli strains. The MLST phylogeny and the virulence gene profiles demonstrated a certain genetic similarity between Brazilian APEC strains, APEC isolated in the United States, UPEC (uropathogenic E. coli) and diarrheagenic strains isolated from humans. This correlation corroborates and reinforces the zoonotic potential hypothesis proposed to APEC342129133CONSELHO NACIONAL DE DESENVOLVIMENTO CIENTÍFICO E TECNOLÓGICO - CNPQCOORDENAÇÃO DE APERFEIÇOAMENTO DE PESSOAL DE NÍVEL SUPERIOR - CAPESFUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA DO ESTADO DE SÃO PAULO - FAPESPsem informação23038.042588/2008-112010/51421-8; 2012/04931- 6; 2012/05073-3As infecções causadas por linhagens de Escherichia coli de origem aviária (APEC) são responsáveis por perdas significativas na indústria avícola em todo mundo. Risco zoonótico tem sido atribuído às linhagens APEC, devido às semelhanças existentes entre elas e linhagens de E. coli patogênicas extraintestinais (ExPEC) de origem humana, causadoras de infecções no trato urinário e meningite neonatal. Neste trabalho, apresentamos os resultados de análises in silico feitas a partir dos genomas de linhagens patogênicas de E. coli, incluindo genomas recentemente obtidos de linhagens APEC. Uma árvore filogenética foi obtida, com base na tipagem de sequência multilocus (MLST) de sete genes essenciais, revelando alta diversidade na composição de alelos, mas ainda assim possibilitando o agrupamento dos diferentes patótipos. Foi determinado também, para cada linhagem, o perfil gênico, por meio da presença ou ausência de 83 genes associados à virulência. A árvore filogenética e o perfil gênico demonstraram que existem semelhanças genéticas entre cepas APEC brasileiras, APEC isolada nos Estados Unidos, UPEC (uropathogenic E. coli) e linhagens produtoras de diarreia em humanos. Essa correlação corrobora e reforça a hipótese de que linhagens APEC apresentam potencial risco zoonótic

Características biológicas e estrutura clonal em amostras uropatogênicas de Escherichia coli

The aim of the present study was to determine biological characteristics such as expression of fimbriae, Congo red binding, production of hemolysin and aerobactin, adhesion to HeLa and uroepithelial cells and invasion of HeLa cells by Escherichia coli isolates obtained from patients showing clinical signs of urinary tract infection (UTI). Also, the presence of genes (apa, afa, spa) for fimbria expression and cytotoxic necrotizing factors (CNF1, CNF2) was assayed using specific primers in PCR. The data obtained were compared with the clonal relationships obtained by analysis of multilocus enzyme electrophoresis (MLEE), restriction fragment length polymorphism (RFLP) of the rDNA (ribotyping) and enterobacterial repetitive intergenic consensus-PCR (ERIC-PCR). All isolates but one presented a combination of at least two of the characteristics studied, a fact suggesting the presence of pathogenicity islands (PAIs). Diffuse adherence type to HeLa cells was observed to occur in most of the strains, but adhesion to uroepithelial cells seems to be a more reliable test to verify pathogenicity. Although four strains seemed to be able to invade HeLa cells when assayed by light microscopy, electron microscopy studies demonstrated that these strains were not invasive. MLEE, RFLP and ERIC-PCR were able to group the isolates differently into main clusters that were not correlated with the presence of pathogenic traits.O objetivo deste trabalho foi estudar características biológicas tais como a expressão de fímbrias e adesinas, capacidade de absorção do corante Vermelho Congo, produção de hemolisina e aerobactina, adesão e invasão a células HeLa e adesão a células do epitélio urinário em amostras de Eschericia coli isoladas de pacientes com sinais clínicos de infecção do trato urinário (UTI). A presença dos genes responsáveis pela expressão de fímbrias (apa, afa e spa) e das Citotoxinas Necrotizantes CNF1, CNF2 foi avaliada por PCR. Esses dados foram comparados com a estrutura clonal das amostras obtidas por análises de isoenzimas (MLEE), Ribotipagem (RFLP) e ERIC-PCR. Com uma única exceção, os isolados apresentaram combinação de ao menos duas das características estudadas, fato que sugere a existência de Ilhas de Patogenicidade (PAIs). A maioria das amostras apresentaram um padrão difuso de aderência a células HeLa. Os resultados indicam que a capacidade de adesão a células epiteliais do sistema urinário poderia ser um teste mais específico e correlacionado à patogenicidade. Embora os estudos com microscopia óptica indicassem que quatro linhagens pudessem ser invasivas, dados de microscopia eletrônica não confirmaram tais achados. As técnicas de MLEE, Ribotipagem e ERIC-PCR separaram os isolados em diferentes grupos principais mas estes não foram correlacionados à patogenicidade

Complete Genomic Sequence Of An Avian Pathogenic Escherichia Coli Strain Of Serotype O7:hnt.

Avian pathogenic Escherichia coli (APEC) is associated with colibacillosis in poultry. Here, we present the first complete sequence of an APEC strain of the O7:HNT serotype and ST73 sequence type, isolated from a broiler with cellulitis. Complete genomes of APEC with distinct genetic backgrounds may be useful for comparative analysis.

Touristic enterprises and family farming, elements for integration approach: case study in Serra da Mantiqueira, Minas Gerais

O meio rural adquiriu status de lócus do turismo onde a produção local é um dos principais atrativos. O objetivo deste artigo foi examinar as possibilidades e limitações de articulações entre a agricultura familiar e a iniciativa privada na perspectiva do turismo rural integrado no município de Piranguçu. Foram realizadas 46 entrevistas com agricultores locais e empreendedores do turismo. Observou‐se uma desconexão entre estes atores sociais. Os empreendedores privilegiavam a compra em supermercados e os agricultores a venda para mercados externos. Contudo, ambos demonstraram interesses em formar parcerias, embora haja necessidade de construir estratégias de diálogo para alinhar a demanda dos empreendimentos e a produção agrícola, e assegurar o comprometimento das partes para manterem e ampliarem o vínculo. Conclui‐se que o contexto é promissor para integrar as expectativas da agricultura familiar local e maximizar o potencial turístico do município.Rural areas have gradually become sites for tourism ventures where local products are highlighted as one of the main attractions. The objective of this article was to examine the possibilities and limitations of connecting family farming and private business ventures in the shape of integrated rural tourism in the munici‐ pality of Piranguçu. Forty six interviews were carried out with family farmers and tourist entrepreneurs. These revealed a total lack of connection between these social actors. Entrepreneurs preferred to buy in supermarkets and farmers to sell to foreign markets. However, both showed interest in forming partnerships, although there is a need to build dialogue strategies to align the demand of enterprises and agricultural production, and ensure the commitment of the parties to maintain and expand the link. It is concluded that the context is promising to integrate the local family farmers’ expectations and maximise the tourist potential of the municipality

Genetic analysis of enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) adherence factor (EAF) plasmid reveals a new deletion within the EAF probe sequence among O119 typical EPEC strains

Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) are classified into typical and atypical strains based on the presence of the E. coli adherence factor (EAF) plasmid. The EAF plasmid contains the bfp (bundle-forming pilus) operon and the perABC (plasmid encoded regulator) gene cluster. A 1-kb cryptic region of EAF plasmid has been widely used as a genetic probe for EPEC detection. However, some EPEC strains may harbor an EAF plasmid lacking the EAF probe sequence, which makes the differentiation between typical and atypical a complex task. In this study, we report the genetic analysis of the EAF plasmid-encoded genes in a collection of EPEC clinical isolates. A total of 222 EPEC clinical isolates, which were previously classified as typical (n = 70) or atypical (n = 152) by EAF probe reactivity, were screened for the presence of different EAF sequences by PCR and DNA hybridization. All typical strains possessed intact bfpA and perA genes, and most of them were positive in the PCR for EAF probe sequence. However, a subset of 30 typical strains, 22 of which belonged to O119 serogroup, presented a 1652 pb deletion in the region between 1093-bp downstream perC and 616-bp of the EAF fragment. The bfpA, bfpG, and per genes were found in all typical strains. In addition, 32 (21 %) atypical strains presented the perA gene, and 20 (13.2 %) also presented the bfpA gene. Among the 32 strains, 16 belonged to the O119:H2, O119:HND, and ONT:HND serotypes. All 32 atypical strains contained perA mutation frameshifts and possessed an IS1294 element upstream of the per operon as detected by PCR followed by restriction fragment length polymorphism (RFLP) typing and multiplex PCR. Among the 20 bfpA probe-positive strains, eight O119 strains possessed deletion in the bfp operon at the 3'end of bfpA due to an IS66 element. Our data show that typical O119 strains may contain a deletion within the EAF probe sequence not previously reported. This new finding suggests that care should be taken when using the previously described EAF PCR assay in epidemiological studies for the detection of typical O119 strains. In addition, we were able to confirm that some atypical strains carry vestiges of the EAF plasmid.1520

Conselho de disciplina e a corrupção na Polícia Militar do Paraná

Orientadores: Marcio Sergio B.S.de Oliveira; Inrineu Ozires CunhaMonografia (Especialização) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Sociais Aplicadas, Curso de Especialização em Planejamento e Controle em Segurança PúblicaResumo: Enfoca-se o Conselho de Disciplina e a corrupção na Polícia Militar do Paraná a corporação não está alheia aos acontecimentos e busca de forma constante eliminar tal prática em suas fileira, utilizando-se de um arcabouço jurídico capaz de fazer frente a este tipo de desvio de comportamento que muitos prejuízos tem trazido para a imagem da lnstituição. O texto foi dividido em capítulos distintos, em que inicialmente abordou-se, de maneira sucinta, o histórico da Corporação, depois passou-se a um breve histórico da evolução do processo administrativo na âmbito da lnstituição, e sua adequação aos ordenamentos da constituição cidada. Foram abordados os princípios legais aplicáveis ao Conselho de Disciplina, a aplicabilidade da Lei estadual n° 6.961/77. Enveredou-se para a independência das esferas penal, civil e administrativa, demonstrando que mesmo quando urn fato tiver que ser analisado pela justiça comum ou militar, támbém pode ser apreciado a luz do direito administrativo. Comparou-se a lei do Conselho com a previsão do art. 125, § 4° da CF, bem como como art 14, § 4° do ROE. Demonstrou-se que os atos ilegais, quando cometidos por integrantes da lnstituição, podem e devem ser apreciados administrativamente, em vista do resíduo moral, quando estes afetarem a honra pessoal, o pundonor militar e o decoro da classe, com base no Código da PMPR, no Regulamento de Ética Profissional do Militares Estaduais do Paraná, no ROE e principalmente na Lei no 6.961/77. Descreveram-se as principais condutas que embora nao sejam tipificadas como nome de corrupção, assim são entendidas, e para demonstrar os tipos de corrupção encontradas no seio da tropa, apresentaram-se casas que foram apurados através de conselho de disciplina e que se encontram publicados em boletins gerais da Corporação. Foram mostrados diversos entendimentos doutrinários e acordãos dos tribunais que embasam o posicionamento adotado, bem como dados estatístico

Ocorrência de seqüências relacionadas com a virulência e análise filogenética de estirpes comensais e patogênicas de Escherichia coli aviário (APEC)

The presence of iron uptake (irp-2, fyuA, sitA, fepC, iucA), adhesion (iha, lpfA O157/O141, lpfA O157/O154, efa, toxB) and invasion (inv, ial-related DNA sequences and assignment to the four main Escherichia coli phylogenetic groups (A, B1, B2 e D) were determined in 30 commensal E. coli strains isolated from healthy chickens and in 49 APEC strains isolated from chickens presenting clinical signs of septicemia (n=24) swollen head syndrome (n=14) and omphalitis (n=11) by PCR. None of the strains presented DNA sequences related to the inv, ial, efa, and toxB genes. DNA sequences related to lpfA O157/O154, iucA, fepC, and irp-2 genes were significantly found among pathogenic strains, where iucA gene was associated with septicemia and swollen head syndrome and fepC and irp-2 genes were associated with swollen head syndrome strains. Phylogenetic typing showed that commensal and omphalitis strains belonged mainly to phylogenetic Group A and swollen head syndrome to phylogenetic Group D. Septicemic strains were assigned in phylogenetic Groups A and D. These data could suggest that clonal lineage of septicemic APEC strains have a multiple ancestor origin; one from a pathogenic bacteria ancestor and other from a non-pathogenic ancestor that evolved by the acquisition of virulence related sequences through horizontal gene transfer. Swollen head syndrome may constitute a pathogenic clonal group. By the other side, omphalitis strains probably constitute a non-pathogenic clonal group, and could cause omphalitis as an opportunistic infection. The sharing of virulence related sequences by human pathogenic E. coli and APEC strains could indicate that APEC strains could be a source of virulence genes to human strains and could represent a zoonotic risk.A presença de seqüências de DNA associadas à capacidade de captação de ferro (irp-2, fyuA, sitA, fepC, iucA), adesão (iha, lpfA O157/O141, lpfA O157/O154, efa, toxB) e de invasão (inv, ial) e a classificação dentro dos quatro grupos filogenéticos principais de Escherichia coli (Grupos A, B1, B2 e D) foram determinadas, através de PCR, em 30 amostras comensais de E. coli isoladas de frangos e de 49 linhagens APEC (24 isoladas de frangos com septicemia, 14 isoladas de frangos com síndrome da cabeça inchada e 11 isoladas de embriões de galinhas com onfalite). Nenhuma das linhagens apresentou os genes inv, ial, efa, e toxB. Os genes lpfA O157/O154, iucA, fepC e irp-2 foram encontrados em freqüências significativas entre as amostras patogênicas. O gene iucA foi associado com amostras causadoras de septicemia e de síndrome da cabeça inchada. Os genes fepC e irp-2 foram associados a amostras causadoras de síndrome da cabeça inchada. A análise filogenética demonstrou que linhagens comensais e causadoras de onfalite pertenceram principalmente ao Grupo filogenético A, não patogênico. Amostras causadoras de síndrome da cabeça inchada pertenceram, em sua maioria, ao Grupo patogênico D. Linhagens causadoras de septicemia pertenceram aos Grupos A e D. Estes dados sugerem que linhagens APEC causadoras de septicemia provavelmente têm uma origem ancestral múltipla: uma derivada de uma linhagem patogênica e outra de uma linhagem não patogênica que possivelmente evoluiu através da aquisição horizontal de genes de virulência. Amostras causadoras de síndrome da cabeça inchada possivelmente constituem um grupo clonal patogênico. Por outro lado, amostras causadoras de onfalite possivelmente constituem um grupo clonal não patogênico, que, possivelmente causam onfalite devido a uma infecção oportunista. A presença de genes de virulência também encontrados em E. coli de origem humana pode indicar a possível ocorrência de zoonoses causadas por APEC.533540Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq

Estruturas de governança no setor de laranja no centro de abastecimento e logística de Pernambuco – CEASA – PE / Structures of governance in the orange sector in the center of supply and logistics of Pernambuco – CEASA – PE

A proposta do presente estudo é de contribuir para o conhecimento sobre a comercialização da laranja pera no Centro de Abastecimento e Logística de Pernambuco – CEASA-PE. Desta forma tem por  objetivo é identificar a estrutura de governança do setor de laranja pera na CEASA-PE., com base na Economia dos Custos de Transação, aplicado aos diferentes arranjos de governança vigentes. Para isso utiliza a metodologia da análise institucional discreta comparada proposta por Williamson (1985) e aplicada ao setor. Como resultado conclui que o setor está predominantemente vinculado à estrutura de governança híbrida por conter aspectos diversificados das demais estruturas que são abordados de acordo com cada elo analisado nesse trabalho