Restauration myope d'images sévèrement dégradées

Le but de cet article est de présenter une méthode qui consiste à filtrer l'image préalablement à tout traitement de restauration proprement dit (déconvolution myope) puis d'évaluer l'efficacité de cette méthode comparativement à celle des méthodes classiques de restauration (qui, pour certaines d'entre elles, réalisent souvent implicitement l'élimination du bruit conjointement à la déconvolution). D'un point de vue utilisateur, cette étude permet de préjuger de l'efficacité des deux approches retenues sur les différents cas traités et ainsi, d'appréhender de manière synthétique et objective leurs qualités et défauts respectifs et relatifs. Elle apporte quelques éléments de réponse sur le traitement du flou et du bruit, lorsque les images sont sévèrement dégradées

French "service public" & public service obligation

Le service public est, en droit français, un concept central du droit de l’action publique dont les fondements théoriques et doctrinaux reposent sur la garantie de la solidarité sociale et sur la préservation d’un intérêt général holiste par l’action de l’État et des personnes publiques. Cependant, si le droit national connaît depuis plusieurs décennies une notion spécifique nommée l’ « obligation de service public », renvoyant à un moyen d’investiture d’un tiers partenaire de l’administration pour lagestion d’un service d’intérêt général, il faut savoir que se diffuse aujourd’hui une autre conception de cette notion. En effet, le droit de l’Union européenne connaît une notion spécifique et marchande nommée elle aussi, pour des raisons historiques et pratiques, l’ « obligation de service public ». Celle-ci se fonde sur une acception particulière de l’intérêt général dont l’origine dépend d’abord du désintérêt de l’opérateur économique pour la gestion d’une activité. Ainsi, l’obligation de service public participe principalement au maintien et au rétablissement de l’équilibre d’un marché concurrentiel que l’on estime garant de l’intérêt général et de la solidarité. Mais elle tend aussi, dans sa mise en oeuvre, à limiter au maximum les atteintes à la concurrence que l’intervention publique pourrait générer. C’est alors que, contrairement au service public, le régime de l’obligation de service public implique et impose peu à peu l’externalisation des activités d’intérêt général. Cette notion traduit en définitive une vision spécifique de la « commande publique » en se démarquant ainsi du modèle national de ladélégation de service public. Par le truchement de l’obligation de service public dans son acception européenne, les autorités publiques peuvent organiser le marché (elles le commandent) et elles peuvent aussi le solliciter et le dynamiser (elles lui commandent) afin que ce dernier garantisse, par son équilibre, l’existence et la fourniture de prestations. Cette obligation de service public impose d’ailleurs un ensemble de principes de gestion qui, bien que proches des grandes lois du service public français, tendent à instrumentaliser l’action de l’État au profit de l’équilibre et de la dynamique d’un marchédésormais européen. La généralisation et la diffusion de la notion européenne d’obligation de service public, notamment àtravers les conditions propres au financement du service public, bouleversent le cadre normatif et conceptuel relatif à l’action de l’État. Ce mouvement traduit un changement de paradigme marquant l’effacement de l’État interventionniste et la consécration de l’État ordonnateur.The « service public » is a key concept of French administrative law. It is based on the assumption that public entities are the initial guarantors of the public interest and solidarity. Today however, the « service public » was replaced by a specific notion that emerged from the law of the European Union and instead of being based on the ability of the State, it is based on the ability of the market. This concept is the «obligation de service public» (public service obligation) and it tends to regulate the role and intervention of the State in order to preserve the competition in the market. Through this change appears a new conception of the role of the State

Etude du complexe de réparation par excision de nucléotides

During my thesis I worked on two projects, the first one was focused on the functional study of TTDA subunit of TFIIH, which is a general transcription factor involved in NER, we made a double hybrid screening to identify new interactants of TTDA subunit, and we could select ZBTB38, which is known to be implicated in methyl dependant gene repression; we confirmed its interaction with TTDA and its involvement in NER. The second project was entiteled Molecular Insights into the formation of the nucleotide excision repair complex revealed on undamaged chromatin. we analyzed the formation of the PInC independently of DNA damage by using the LacO-LacR system. We observed a sequential and ordered self-assembly of the PInC operating upon immobilization of individual NER factors on undamaged chromatin and mimicking that functioning on a bona fide NER substrate. We also revealed that the recruitment of TTDA, involved in Trichothiodystrophy disorder, was key in the completion of the PInC.Mon travail de thèse s’est axé sur deux projets, le premier a porté sur l’étude fonctionnelle de la sous unité TTDA de TFIIH, un facteur général de transcription impliqué dans la réparation NER, afin d’identifier de nouveaux partenaires de la sous unité TTDA nous avons réalisé un crible double hybride et ainsi sélectionné ZBTB38, une protéine impliqué dans la répression de gènes portant des methylations CpG, nous avons confirmé son interaction avec TTDA, et son implication dans la réparation NER. La deuxième partie a porté sur l’étude du recrutement des facteurs NER sur la chromatine en absence de lésions de l’ADN. En utilisant le système rapporteur LacO/LacR nous avons observé que l’immobilisation de l’un des facteurs NER sur la chromatine non endommagée permet l’assemblage du PInC de façon séquentielle et ordonnée. Nous avons aussi révélé que TTDA, connue pour être impliquée dans la trichothiodystrophie, joue un rôle clé dans la complétion du PInC

Study of nucleotide excision repair complex

Mon travail de thèse s’est axé sur deux projets, le premier a porté sur l’étude fonctionnelle de la sous unité TTDA de TFIIH, un facteur général de transcription impliqué dans la réparation NER, afin d’identifier de nouveaux partenaires de la sous unité TTDA nous avons réalisé un crible double hybride et ainsi sélectionné ZBTB38, une protéine impliqué dans la répression de gènes portant des methylations CpG, nous avons confirmé son interaction avec TTDA, et son implication dans la réparation NER. La deuxième partie a porté sur l’étude du recrutement des facteurs NER sur la chromatine en absence de lésions de l’ADN. En utilisant le système rapporteur LacO/LacR nous avons observé que l’immobilisation de l’un des facteurs NER sur la chromatine non endommagée permet l’assemblage du PInC de façon séquentielle et ordonnée. Nous avons aussi révélé que TTDA, connue pour être impliquée dans la trichothiodystrophie, joue un rôle clé dans la complétion du PInC.During my thesis I worked on two projects, the first one was focused on the functional study of TTDA subunit of TFIIH, which is a general transcription factor involved in NER, we made a double hybrid screening to identify new interactants of TTDA subunit, and we could select ZBTB38, which is known to be implicated in methyl dependant gene repression; we confirmed its interaction with TTDA and its involvement in NER. The second project was entiteled Molecular Insights into the formation of the nucleotide excision repair complex revealed on undamaged chromatin. we analyzed the formation of the PInC independently of DNA damage by using the LacO-LacR system. We observed a sequential and ordered self-assembly of the PInC operating upon immobilization of individual NER factors on undamaged chromatin and mimicking that functioning on a bona fide NER substrate. We also revealed that the recruitment of TTDA, involved in Trichothiodystrophy disorder, was key in the completion of the PInC

Study of nucleotide excision repair complex

Mon travail de thèse s’est axé sur deux projets, le premier a porté sur l’étude fonctionnelle de la sous unité TTDA de TFIIH, un facteur général de transcription impliqué dans la réparation NER, afin d’identifier de nouveaux partenaires de la sous unité TTDA nous avons réalisé un crible double hybride et ainsi sélectionné ZBTB38, une protéine impliqué dans la répression de gènes portant des methylations CpG, nous avons confirmé son interaction avec TTDA, et son implication dans la réparation NER. La deuxième partie a porté sur l’étude du recrutement des facteurs NER sur la chromatine en absence de lésions de l’ADN. En utilisant le système rapporteur LacO/LacR nous avons observé que l’immobilisation de l’un des facteurs NER sur la chromatine non endommagée permet l’assemblage du PInC de façon séquentielle et ordonnée. Nous avons aussi révélé que TTDA, connue pour être impliquée dans la trichothiodystrophie, joue un rôle clé dans la complétion du PInC.During my thesis I worked on two projects, the first one was focused on the functional study of TTDA subunit of TFIIH, which is a general transcription factor involved in NER, we made a double hybrid screening to identify new interactants of TTDA subunit, and we could select ZBTB38, which is known to be implicated in methyl dependant gene repression; we confirmed its interaction with TTDA and its involvement in NER. The second project was entiteled Molecular Insights into the formation of the nucleotide excision repair complex revealed on undamaged chromatin. we analyzed the formation of the PInC independently of DNA damage by using the LacO-LacR system. We observed a sequential and ordered self-assembly of the PInC operating upon immobilization of individual NER factors on undamaged chromatin and mimicking that functioning on a bona fide NER substrate. We also revealed that the recruitment of TTDA, involved in Trichothiodystrophy disorder, was key in the completion of the PInC

Effects of oxygen flow rate on the properties of ZnO thin films prepared by DC reactive magnetron sputtering

International audienc

Histone Methyltransferase DOT1L Drives Recovery of Gene Expression after a Genotoxic Attack

International audienceUV-induced DNA damage causes repression of RNA synthesis. Following the removal of DNA lesions, transcription recovery operates through a process that is not understood yet. Here we show that knocking-out of the histone methyltransferase DOT1L in mouse embryonic fibroblasts (MEF(DOT1L)) leads to a UV hypersensitivity coupled to a deficient recovery of transcription initiation after UV irradiation. However, DOT1L is not implicated in the removal of the UV-induced DNA damage by the nucleotide excision repair pathway. Using FRAP and ChIP experiments we established that DOT1L promotes the formation of the pre-initiation complex on the promoters of UV-repressed genes and the appearance of transcriptionally active chromatin marks. Treatment with Trichostatin A, relaxing chromatin, recovers both transcription initiation and UV-survival. Our data suggest that DOT1L secures an open chromatin structure in order to reactivate RNA Pol II transcription initiation after a genotoxic attack

Cellular characteristics of MEF cells.

1<p>- Recovery of Cell Survival.</p>2<p>- As observed in <a href="http://www.plosgenetics.org/article/info:doi/10.1371/journal.pgen.1003611#pgen.1003611-vanderHorst1" target="_blank">[38]</a>.</p>3<p>- Host Cell Reactivation Assay.</p>4<p>- As observed in <a href="http://www.plosgenetics.org/article/info:doi/10.1371/journal.pgen.1003611#pgen.1003611-Harada1" target="_blank">[39]</a>.</p><p>The cellular characteristics of MEF cells studied in this report are summarized. In bold we highlighted the characteristics of MEF^DOT1L that differ from MEF^CSB.</p

DOT1L ensures binding of RNA Pol II to chromatin after UV irradiation.

<p>(<b>A</b>) Schematic diagram showing the FRAP assay. Cells were transfected with a GFP-RNA Pol II construct (on RPB1). A small region in the middle of the nucleus was bleached and the subsequent fluorescence recovery was followed in time. When indicated, cells were UV-irradiated, 1 hour before the photobleaching. (<b>B–C</b>) FRAP curves of RNA Pol II-GFP protein stably expressed in either MEF^WT (<b>B</b>) or MEF^DOT1L (<b>C</b>) cells untreated (green) or treated (red) with UV (16 J/m²), 1 hour before photobleaching. Cells were photobleached with a 488 nm laser at maximum power 4 sec after the beginning of the acquisition. One image per 20 msec was taken during 20 sec in the photobleached area. SEM is within the range of 1% and is shown is supplemental Data 1.</p

Inhibition of the initiation-to-elongation transition phase in the absence of DOT1L, after UV irradiation.

<p>(<b>A</b>) Schematic representation of measuring the initiation-to-elongation transition rate of RNA Pol II transcription <i>in vivo</i> on endogenous genes. We reversibly blocked gene transcription by incubating cells with DRB. Cells are depleted of their pre-mRNA pool within few hours of incubation with the drug <a href="http://www.plosgenetics.org/article/info:doi/10.1371/journal.pgen.1003611#pgen.1003611-Singh1" target="_blank">[28]</a>. Following the chase of DRB, RNA Pol II is released from promoter-proximal regions and newly synthesized pre-mRNA appear; the level of pre-mRNA is measured using oligonucleotides targeting respectively the exon/intron junctions of the gene. (<b>B</b>) Schematic diagram showing the experimental approach used to measure the rate of initiation-to-elongation transition phase by RNA Pol II after UV irradiation. MEF cells were treated with DRB for 3 hours before chase and addition of fresh medium at t = 0 hour. When indicated, cells were UV irradiated at t = 0 hour, before the addition of fresh medium or treated with TSA for 12 hours before the addition of DRB. (<b>C</b>) Expression levels of the newly synthesized Exon1 of the <i>Utrophin</i> gene in MEF^WT and MEF^DOT1L cells treated with 100 µM of DRB for 3 hours before the addition of fresh medium. The cells were harvest at intervals of 10 minutes for RNA isolation and qRT-PCR was performed using oligonucleotides targeting respectively the Exon1 and Intron1 of the gene. Relative expression values compared to mock treated cells are plotted against time (±SD). AUC was determined and p-value was extrapolated using t-test. (<b>D</b>) Expression levels of the newly synthesized Exon1 of the <i>Utrophin</i> gene in either MEF^WT or MEF^DOT1L irradiated with UV-C (15 J/m²) after treatment as in (<b>C</b>). AUC was determined and p-value was extrapolated using t-test. (<b>E</b>) Expression levels of the newly synthesized Exon1 of the <i>Utrophin</i> gene in either MEF^WT or MEF^DOT1L treated with TSA (20 nM) for 12 hours before addition of DRB for 3 hours and UV-C irradiation (15 J/m²). TSA was maintained in the medium during DRB treatment and time course. AUC was determined and p-value was extrapolated using t-test. (<b>F</b>) MEF^WT, MEF^CSB and MEF^DOT1L were irradiated with increasing doses of UV-C light. Cell survival was determined 96 hours later, as detailed in the Experimental Procedures. Data were normalized to the mock treated controls (as value of 1). Means of three independent experiments are shown (± SD). When indicated, cells were treated with TSA (10 nM), 12 hours before UV irradiation, and TSA was maintained for the time of the experiment.</p