Noodonderzoek in de Sint-Mauritiuskerk te Bilzen (prov. Limburg)

Restauratiewerken aan de Sint-Mauritiuskerk te Bilzen en het plaatsen van een nieuw verwarmingssysteem vormden de aanleiding voor een noodinterventie in verschillende fases. Dankzij de medewerking van de kerkfabriek Sint-Mauritius, de firma Goedleven uit Brasschaat en het archtitectenbureau Spectrum uit Hasselt konden enkele bijkomende sonderingen uitgevoerd worden. De eerste interventie vond plaats van 14 tot en met 22 oktober 1993. Bij het graven van de verwarmingskanalen aan het westeind van het rond 1905 ingekorte koor, stootten arbeiders op een grafkelder in baksteen, waarna het Instituut voor het Archeologisch Patrimonium (I.A.P) betrokken werd bij de werken. Een tweede grafkelder, in mergel, die iets meer westelijk te situeren is, op de grens van het oorspronkelijke gotische koor en het schip, werd aangesneden bij het leggen van de fundering van de trap naar het hoger gelegen koor. Van de gelegenheid werd gebruik gemaakt om te peilen naar het bestaan van eventuele voorgangers van de gotische kerk. In de daarop volgende maanden werden enkele bijkomende werkputten uitgezet: van 20 tot en met 26 januari 1994 aan de zuidzijde van de middenbeuk, van 31 januari tot en met 5 februari in de zuidelijke zijbeuk en tenslotte van 14 tot en met 18 maart aan de westzijde van het schip. Voordien had T. Waegeman archeologische controles uitevoerd in de sleuven langs de buitenmuren. De zeer losse vulling van de ondergrond van het gebouw, resultaat van eeuwen begravingen dwong ons meestal te kiezen voor een opgraving in arbitraire niveaus

Een opgraving heropgegraven. Norbertijnen in Ninove (prov. Oost-Vlaanderen). Interimverslag

Van 1 juni tot en met 8 oktober 1993 voerde het I.A.P. op het site van de voormalige Sint-Cornelius en Cyprianus-abdij te Ninove een wetenschappelijk onderzoek uit

Are all health gains equally important? An exploration of acceptable health as a reference point in health care priority setting

Background: Accumulating evidence suggests that members of society prefer some QALY gains over others. In this paper, we explore the notion of acceptable health as a reference point in assessing the value of health gains. The value of health benefits may be assessed in terms of their position relative to this reference level, benefits above the level of acceptable health being valued differently from benefits below this level. In this paper we focus on assessing the level of acceptable health at different ages and associations with background variables. Methods: We recruited a sample of the adult population from the Netherlands (n = 1067) to investigate which level of health problems they consider to be acceptable for people aged 40 to 90, using 10-year intervals. We constructed acceptable health curves and associated acceptable health with background characteristics using linear regressions. Results: The results of this study indicate that the level of health problems considered acceptable increases with age. This level was associated with respondents' age, age of death of next of kin, health and health behaviour. Conclusions: Our results suggest that people are capable of indicating acceptable levels of health at different ages, implying that a reference point of acceptable health may exist. While more investigation into the measurement of acceptable health remains necessary, future studies may also focus on how health gains may be valued relative to this reference level. Gains below the reference point may receive higher weight than those above this level since the former improve unacceptable health states while the latter improve acceptable health states

The effect of morphometric atlas selection on multi-atlas-based automatic brachial plexus segmentation

Purpose: The present study aimed to measure the effect of a morphometric atlas selection strategy on the accuracy of multi-atlas-based BP autosegmentation using the commercially available software package ADMIRE (R) and to determine the optimal number of selected atlases to use. Autosegmentation accuracy was measured by comparing all generated automatic BP segmentations with anatomically validated gold standard segmentations that were developed using cadavers. Materials and methods: Twelve cadaver computed tomography (CT) atlases were included in the study. One atlas was selected as a patient in ADMIRE (R), and multi-atlas-based BP autosegmentation was first performed with a group of morphometrically preselected atlases. In this group, the atlases were selected on the basis of similarity in the shoulder protraction position with the patient. The number of selected atlases used started at two and increased up to eight. Subsequently, a group of randomly chosen, non-selected atlases were taken. In this second group, every possible combination of 2 to 8 random atlases was used for multi-atlas-based BP autosegmentation. For both groups, the average Dice similarity coefficient (DSC), Jaccard index (JI) and Inclusion index (INI) were calculated, measuring the similarity of the generated automatic BP segmentations and the gold standard segmentation. Similarity indices of both groups were compared using an independent sample t-test, and the optimal number of selected atlases was investigated using an equivalence trial. Results: For each number of atlases, average similarity indices of the morphometrically selected atlas group were significantly higher than the random group (p<0,05). In this study, the highest similarity indices were achieved using multi-atlas autosegmentation with 6 selected atlases (average DSC = 0,598; average JI = 0,434; average INI = 0,733). Conclusions: Morphometric atlas selection on the basis of the protraction position of the patient significantly improves multi-atlas-based BP autosegmentation accuracy. In this study, the optimal number of selected atlases used was six, but for definitive conclusions about the optimal number of atlases and to improve the autosegmentation accuracy for clinical use, more atlases need to be included

Optimal number of atlases and label fusion for automatic multi-atlas-based brachial plexus contouring in radiotherapy treatment planning

Background: The present study aimed to define the optimal number of atlases for automatic multi-atlas-based brachial plexus (BP) segmentation and to compare Simultaneous Truth and Performance Level Estimation (STAPLE) label fusion with Patch label fusion using the ADMIRE (R) software. The accuracy of the autosegmentations was measured by comparing all of the generated autosegmentations with the anatomically validated gold standard segmentations that were developed using cadavers. Materials and methods: Twelve cadaver computed tomography (CT) atlases were used for automatic multiatlas-based segmentation. To determine the optimal number of atlases, one atlas was selected as a patient and the 11 remaining atlases were registered onto this patient using a deformable image registration algorithm. Next, label fusion was performed by using every possible combination of 2 to 11 atlases, once using STAPLE and once using Patch. This procedure was repeated for every atlas as a patient. The similarity of the generated automatic BP segmentations and the gold standard segmentation was measured by calculating the average Dice similarity (DSC), Jaccard (JI) and True positive rate (TPR) for each number of atlases. These similarity indices were compared for the different number of atlases using an equivalence trial and for the two label fusion groups using an independent sample-t test. Results: DSC's and JI's were highest when using nine atlases with both STAPLE (average DSC = 0,532; JI = 0,369) and Patch (average DSC = 0,530; JI = 0,370). When comparing both label fusion algorithms using 9 atlases for both, DSC and JI values were not significantly different. However, significantly higher TPR values were achieved in favour of STAPLE (p < 0,001). When fewer than four atlases were used, STAPLE produced significantly lower DSC, JI and TPR values than did Patch (p = 0,0048). Conclusions: Using 9 atlases with STAPLE label fusion resulted in the most accurate BP autosegmentations (average DSC = 0,532; JI = 0,369 and TPR = 0,760). Only when using fewer than four atlases did the Patch label fusion results in a significantly more accurate autosegmentation than STAPLE

M & L Jaargang 26/2

Werner Wouters Stadsarcheologie in Vlaanderen. Een korte inleiding.Marie Christine Laleman Het geheugen van een stad: drie decennia Gentse stadsarcheologie. [A citys memory: three decades of city archeology in Ghent.]Gent speelde met de officiële oprichting in 1975 van een Dienst Archeologie en Historische Monumenten in België een pioniersrol.Figuren als Firmin De Smidt, Adelbert Van de Walle en Siegfried De Laet hadden weliswaar het pad gebaand, maar na de stadsarcheologische verkenning van de buitentuin van de Sint-Pietersabdij zou niets meer zijn zoals het was.Joan Vandenhoute en Patrick Raveschot, pioniers van het eerste uur, kunnen het niet meer navertellen, maar met Marie Christine Laleman wordt het verleden meer dan ooit een gesprekspartner voor de toekomst.Bieke Hillewaert Archeologie in Brugge. Van Stedelijke naar intergemeentelijke dienst. [Achaeology in Bruges. From urban to inter-municipal service.]De belangrijke archeologische verzameling van de Brugse Stedelijke Musea vormde de achtergrond voor de oprichting in 1977 van een eigen Stedelijke Archeologische Dienst. Nog maar pas in 2004 ging deze op in Raakvlak, een interlokale vereniging - tussen polders en zandstreek - voor archeologie in Brugge en Ommeland. Vanuit de nieuwe vestiging in de Pakhuizen aan de Komvest legt Bieke Hillewaert de link tussen de Société Archéologique de Bruges en de Lokale Archeologische Advieskaart, met duidelijke klemtoon op het bodemonderzoek.Bart Robberechts, Liesbeth Troubleyn, Raf Ribbens en Frank Kinnaer Mechelen en de stedelijke dienst Archeologie. [Mechelen and the municipal archaeology sevice.]Heel wat water vloeide door Zenne en Dijle sinds de vroegste graafwerken in de Mechelse Sint-Romboutskathedraal, nauwelijks een eeuw terug, en het recente archeologisch onderzoek van de Grote Markt, Veemarkt en het Minderbroederklooster.In het zog van een lange traditie aan archeologische verenigingen en voor een alerte bevolking werd in 2004 het onwaarschijnlijke bewaarheid: de oprichting van een stedelijke dienst Archeologie zonder eigen stadsarcheoloog: een uitdaging waar Bart Robberechts, Liesbeth Troubleyn, Raf Ribbens en Frank Kinnaer intussen met succes vaste vorm aan gaven.Johan Veeckman en Tim Bellens Stadsarcheologie in Antwerpen. [City archaeology in Antwerp.]Na een blitse start in 1952, in de schaduw van het Steen, belandde het stadsarcheologisch onderzoek in de Scheldestad voor lange jaren in de spreekwoordelijke steeg.De ruim 400 publicaties wijzen immers ook tegelijk op de keerzijde van de medaille: archeologie gelieerd met museale werking en niet met ruimtelijke ordening.Sinds 1995 vonden archeologie en monumentenzorg elkaar in de huidige Stadsontwikkeling. Johan Veeckman en Tim Bellens juichen de evolutie met recente resultaten toe.Hubert Heymans en Anja Neskens Stadsarcheologie in Maaseik. [City archaeology in Maaseik.]Hiertoe gestimuleerd door lokale privé-sponsoring en de creatie van een eerste archeologisch museum nam de stad Maaseik reeds in 1984 de moedige beslissing tot aanstelling van een stadsarcheoloog annex conservator.Beperkte middelen beperkten ook de interventies tot noodopgravingen, occasioneel tot ruimer onderzoek. Wat kaarslicht en een Agnus Dei zoal vermogen verneemt de lezer met Hubert Heymans en Anja Neskens hierbij uit eerste bron.Summar

Implementing systems medicine within healthcare

Comentari editorialThe cause of a complex disease cannot be pinpointed to a single origin; rather, a highly complex network of many factors that interact on different levels over time and space is disturbed. This complexity requires novel approaches to diagnosis, treatment, and prevention. To foster the necessary shift to a pro-active systems medicine, proof-of-concept studies are needed. Here, we highlight several systems approaches that have been shown to work within the field of respiratory medicine, and we propose the next steps for broader implementation

Deciphering the intracellular metabolism of Listeria monocytogenes by mutant screening and modelling

Background: The human pathogen Listeria monocytogenes resides and proliferates within the cytoplasm of epithelial cells. While the virulence factors essentially contributing to this step of the infection cycle are well characterized, the set of listerial genes contributing to intracellular replication remains to be defined on a genome-wide level. Results: A comprehensive library of L. monocytogenes strain EGD knockout mutants was constructed upon insertion-duplication mutagenesis, and 1491 mutants were tested for their phenotypes in rich medium and in a Caco-2 cell culture assay. Following sequencing of the plasmid insertion site, 141 different genes required for invasion of and replication in Caco-2 cells were identified. Ten in-frame deletion mutants were constructed that confirmed the data. The genes with known functions are mainly involved in cellular processes including transport, in the intermediary metabolism of sugars, nucleotides and lipids, and in information pathways such as regulatory functions. No function could be ascribed to 18 genes, and a counterpart of eight genes is missing in the apathogenic species L. innocua. Mice infection studies revealed the in vivo requirement of IspE (Lmo0190) involved in mevalonate synthesis, and of the novel ABC transporter Lmo0135-0137 associated with cysteine transport. Based on the data of this genome-scale screening, an extreme pathway and elementary mode analysis was applied that demonstrates the critical role of glycerol and purine metabolism, of fucose utilization, and of the synthesis of glutathione, aspartate semialdehyde, serine and branched chain amino acids during intracellular replication of L. monocytogenes. Conclusion: The combination of a genetic screening and a modelling approach revealed that a series of transporters help L. monocytogenes to overcome a putative lack of nutrients within cells, and that a high metabolic flexibility contributes to the intracellular replication of this pathogen