Evolution of antibody landscape and viral envelope escape in an HIV-1 CRF02_AG infected patient with 4E10-like antibodies

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>A minority of HIV-1 infected individuals develop broad cross-neutralizing (BCN) plasma antibodies that are capable of neutralizing a spectrum of virus variants belonging to different HIV-1 clades. The aim of this study was to identify the targeted epitopes of an individual with BCN plasma antibodies, referred to as ITM4, using peptide phage display. This study also aimed to use the selected mimotopes as tools to unravel the evolution of the antibody landscape and the viral envelope escape which may provide us with new insights for vaccine design.</p> <p>Results</p> <p>This study led us to identify ITM4 plasma antibodies directed to the 4E10 epitope located in the gp41 membrane-proximal external region (MPER). Analysis of antibody specificities revealed unusual immunogenic properties of the ITM4 viral envelope, as not only the V3 loop and the gp41 MPER but also the C1 and lentivirus lytic peptide 2 (LLP2) region seem to be targets of the immune system. The 4E10-like antibodies are consistently elicited during the 6-year follow up period. HIV-1 ITM4 pseudoviruses showed an increasing resistance over time to MPER monoclonal antibodies 4E10 and 2F5, although no changes are found in the critical positions of the epitope. Neutralization of COT6.15 (subtype C; 4E10-sensitive) pseudoviruses with alanine substitutions in the MPER region indicated an overlapping specificity of the 4E10 monoclonal antibody and the ITM4 follow up plasma. Moreover the 4E10-like antibodies of ITM4 contribute to the BCN capacity of the plasma.</p> <p>Conclusions</p> <p>Using ITM4 BCN plasma and peptide phage display technology, we have identified a patient with 4E10-like BCN antibodies. Our results indicate that the elicited 4E10-like antibodies play a role in virus neutralization. The viral RNA was isolated at different time points and the ITM4 envelope sequence analysis of both early (4E10-sensitive) and late (4E10-resistant) viruses suggest that other regions in the envelope, outside the MPER region, contribute to the accessibility and sensitivity of the 4E10 epitope. Including ITM4 specific HIV-1 Env properties in vaccine strategies may be a promising approach.</p

Stem Cells Propagate Their DNA by Random Segregation in the Flatworm Macrostomum lignano

Adult stem cells are proposed to have acquired special features to prevent an accumulation of DNA-replication errors. Two such mechanisms, frequently suggested to serve this goal are cellular quiescence, and non-random segregation of DNA strands during stem cell division, a theory designated as the immortal strand hypothesis. To date, it has been difficult to test the in vivo relevance of both mechanisms in stem cell systems. It has been shown that in the flatworm Macrostomum lignano pluripotent stem cells (neoblasts) are present in adult animals. We sought to address by which means M. lignano neoblasts protect themselves against the accumulation of genomic errors, by studying the exact mode of DNA-segregation during their division

Eindrapport SD 24/7 project:Smart Diabetes 24/7

mHealth 24/7 is een dienst die diabetespatiënten helpt om op eenvoudige wijze toezicht te houden op hun eigen gezondheid. mDiabetes 24/7 is een prototype app binnen de dienst mHealth 24/7. Op dit moment kunnen patiënten met het prototype van de app hun bloedsuikerwaardes, een eetdagboek en de hoeveelheid toegediende insuline bijhouden. mHealth 24/7 heeft de wens geformuleerd om haar informatievoorziening aan diabetespatiënten verder uit te breiden, door gepersonaliseerd inzicht te geven in de oorzaak van stijgingen en dalingen van hun bloedsuikerwaarden. Meer informatie stelt de patiënt in staat om beter gemotiveerde maatregelen te nemen en stimuleert therapietrouw waarmee later complicaties kunnen worden voorkomen. Dit verbetert de kwaliteit van leven en vermindert kosten. In het project is gerealiseerd dat data uit een activity tracker en omgevingstemperatuur ingelezen wordt in de app en wordt geïntegreerd met bestaande data zoals bloedsuikerwaarde. Daarnaast kunnen patiënten handmatig aangeven hoe ze zich voelen. Patiënten krijgen daarmee inzicht in het effect van activiteit, omgevingstemperatuur en stemming op fluctuaties in bloedsuikerwaardes. In een pilot met 25 proefpersonen is de technische werking van de verrijkte app getest evenals de functionaliteit. Er is aangetoond dat de app werkt en dat voor gebruikers de verrijking van de informatie in de app met hartslag, omgevingstemperatuur en stemming van toegevoegde waarde is. Wel blijkt dat een app zoals deze foutloos en realtime moet werken en de gebruiksinterface dusdanig moet werken, dat de gebruikers er uitsluitend gemak van ondervinden. Diabetes is een arbeidsintensieve ziekte en nog meer werk is ongewenst! Als in een volgende pilot meer data kan worden verzameld, kan worden gewerkt aan het voorspellen van fluctuaties in bloedsuikerwaardes waardoor een patiënt ook voortijdig gewaarschuwd kan worden. Vanuit verschillende marktpartijen zoals ziekenhuizen en zorgverzekeraars is interesse getoond voor het project. Gezamenlijk gaan deze partijen aanspraak doen op tijdelijke financiering vanuit de “Beleidsregel Innovatie Kleinschalige Experimenten

Een inheems-Romeinse nederzetting in het zandlemige deel van de civitas Menapiorum (midden 1ste eeuw-eind 3de eeuw na Chr.). Archeologisch onderzoek op de site Menen-Kortewaagstraat

Van april 2006 tot en met juni 2007 voerde het VIOE (nu Onroerend Erfgoed) een preventief archeologisch onderzoek uit op het bedrijventerrein Menen-Oost-Uitbreiding. De opgravingen leverden vooral structuren en vondsten op van een kleine inheems-Romeinse nederzetting bestaande uit meerdere grachtensystemen, een aantal erven en een grafveld. Het betreft een meerfasige nederzetting die bewoond was van het midden van de 1ste eeuw tot het einde van de 3de eeuw na Chr. Het belang van de opgraving en de uitwerking van de site Menen-Kortewaagstraat ligt in het volledige beeld dat de site ophangt van een kleine inheems-Romeinse nederzetting in het zandlemige deel van het Menapische gebied. Omdat de site zowel een bewoningszone als een grafveld omvat, kon er informatie over heel wat facetten van het leven in de nederzetting worden ingewonnen, zoals de inrichting van de nederzetting, de aard van de bewoning, de economische activiteiten, rituele handelingen en de zorg voor de doden

Las espigas de aparición tardía en trigo : condiciones que determinan su ocurrencia y consecuencias sobre el rendimiento

p.35-45Se evaluó la aparición tardía de espigas en el cultivo de trigo, para la sub región triguera II N argentina, discutiéndose las consecuencias sobre el rendimiento y sus componentes. A estos efectos se utilizaron resultados de ensayos multi locales (5 sitios) durante dos campañas (1982-1983) donde se varió la dosis y el momento de aplicación de nitrógeno. Se demostró la incidencia de la disponibilidad y el momento de aplicación del nitrógeno sobre la magnitud de este grupo de espigas, en condiciones de sequía en encañazón seguidas por importantes lluvias en pre floración, pudiendo estas representar el 40 por ciento de las espigas totales a cosecha. La contribución de estas espigas sobre el rendimiento se redujo a cerca de la mitad de la ejercida sobre el número de granos por metro cuadrado. Esto se debió a que los pesos de milgranos de este grupo de espigas fueron afectados por altas temperaturas durante su periodo de llenado, retrasando respecto al primer grupo. Se destaca el interés para el agrónomo de cuantificar este fenómeno para mejorar las estimaciones de rendimientos y los estudios de fechas de adición de nitrógeno

Duplex Labeling and Manipulation of Neuronal Proteins Using Sequential CRISPR/Cas9 Gene Editing

CRISPR/Cas9-mediated knock-in methods enable the labeling of individual endogenous proteins to faithfully determine their spatiotemporal distribution in cells. However, reliable multiplexing of knock-in events in neurons remains challenging because of cross talk between editing events. To overcome this, we developed conditional activation of knock-in expression (CAKE), allowing efficient, flexible, and accurate multiplex genome editing in rat neurons. To diminish cross talk, CAKE is based on sequential, recombinase-driven guide RNA (gRNA) expression to control the timing of genomic integration of each donor sequence. We show that CAKE is broadly applicable to co-label various endogenous proteins, including cytoskeletal proteins, synaptic scaffolds, ion channels and neurotransmitter receptor subunits. To take full advantage of CAKE, we resolved the nanoscale co-distribution of endogenous synaptic proteins using super-resolution microscopy, demonstrating that their co-organization depends on synapse size. Finally, we introduced inducible dimerization modules, providing acute control over synaptic receptor dynamics in living neurons. These experiments highlight the potential of CAKE to reveal new biological insight. Altogether, CAKE is a versatile method for multiplex protein labeling that enables the detection, localization, and manipulation of endogenous proteins in neurons.Significance StatementAccurate localization and manipulation of endogenous proteins is essential to unravel neuronal function. While labeling of individual proteins is achievable with existing gene editing techniques, methods to label multiple proteins in neurons are limiting. We introduce a new CRISPR/Cas9 strategy, CAKE, achieving faithful duplex protein labeling using sequential editing of genes. We use CAKE to visualize the co-localization of essential neuronal proteins, including cytoskeleton components, ion channels and synaptic scaffolds. Using super-resolution microscopy, we demonstrate that the co-organization of synaptic scaffolds and neurotransmitter receptors scales with synapse size. Finally, we acutely modulate the dynamics of synaptic receptors using labeling with inducible dimerization domains. Thus, CAKE mediates accurate duplex endogenous protein labeling and manipulation to address biological questions in neurons

Reduced capacity of antibodies from patients infected with human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) group O to neutralize primary isolates of HIV-1 group M viruses

Neutralizing antibody patterns in sera of persons infected with human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) groups M and a to their homologous and heterologous primary isolates were determined in a peripheral blood mononuclear cell-based neutralization assay and correlated with their ability to bind to V3 loop synthetic peptides. Most HIV-1 group M sera (9/16) neutralized HIV-1 group a viruses, whereas fewer group a sera (3/13) only weakly neutralized HIV-1 group M viruses. Group M sera neutralizing HIV-1 group a viruses neutralized other HIV-1 group M viruses with titers of 1:10-1:1280. V3 loop binding capacity of sera did not reflect their neutralizing capacity of the homologous isolate. Despite the reduced neutralizing capacity of group a-infected patients &apos; sera to group M viruses, some group M- infected patients &apos; sera neutralized both HIV-1 group M and a isolates, suggesting that they share some conserved neutralizing epitopes. Nucleic acid sequence analysis of the envelope gene of hu-man immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) isolates has thus far distinguished at least 8 subtypes, A-H [1-3], which to-gether are referred to as HIV-1 group M (for major). However, the relevance of these genetic subtypes in terms of neutraliza

Ryanodine receptor cluster fragmentation and redistribution in persistent atrial fibrillation enhance calcium release

In atrial fibrillation (AF), abnormalities in Ca(2+) release contribute to arrhythmia generation and contractile dysfunction. We explore whether RyR cluster ultrastructure is altered and is associated with functional abnormalities in AF.status: publishe