Molecular Detection of Hemagglutinin Gene Fragment of Avian Influenza Virus H9 Subtype Obtained from Poultry Commercial Farm with Prominent Symptom of Decreased Egg Production

Avian influenza virus H9N2 subtype is considered a low pathogenic strain that has been reported in Indonesia since late 2016. The outbreak has caused economic losses for farmers due to the sharp drop in egg production. The evidence of the existence of AIV H9N2 has been published, but very limited information on the prominent symptom and macroscopic lesion. This research was a retrospective study of suspected avian influenza H9 subtype, obtained from layer commercial farm with recorded characteristic symptoms. Specific trachea samples were collected and further processed to be isolated, propagated using embryonated chicken egg, and then extracted the RNA for molecular detection using real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-qPCR). A positive result was further detected in its H-9 gene with  RT-PCR technique and sequencing methods. One of five samples showed positive for RT-qPCR with CT value 30.19. Sequence analysis confirmed that the sample with characteristic macroscopic lesion could be detected in the presence of the AIV H9 subtype. Phylogenetic tree analyses revealed that this virus belongs to the China-Vietnam- Indonesia (CVI) lineage

PROFIL PLASMID Escherichia coli RESISTEN TERHADAP BEBERAPAANTIBIOTIKA YANG DIISOLASI DARI PETERNAKAN AYAMKOMERSIAL

The aim of this study was to find out the plasmid profile of the antibiotic resistant E. coli, to ampicillin, streptomycin and enrofloxacin. Eight of E. coli isolates have been identified and further assessed for sensitivity to these antibiotics, which then were isolated their plasmids.The antibiotics resitant E. coli were cultured on lactose broth, incubated in a shaker incubator at 37°Covernight. Cell collection has been done by centrifugation at 12.000rpm for 5 minutes two times. Plasmid isolation was carried out by lyses alkali method, using solution I, II, and III. Plasmid precipitation was done by added 00 MNa acetate and ethanol absolute. Plasmid profile was performed on 1% agarose on electrophoretic analysis using plasmid marker. The result indicated that the E. coli resistant antibiotics have one to three of plamids and it\u27s profile appears as flourescent pita upon ultraviolet radiation, which indicated as a mega plasmid on the 4268 bp, 4973 bp, 5148 bp, and between 5148 bp -21226 bp. Each E. coli isolate showed 1to 3DNA pitas of plasmids

EFEKTIVITAS PENGOBATAN PREPARAT KOMBINASI AMOKSISILIN DAN KOLISTIN SULFAT PADAKASUS INFEKSI BUATAN Escherichia coli PATOGEN PADA AYAM BROILER

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektifitas penggunaan preparat kombinasi amoksisilin dan kolistin suIfat pada kasus infeksi buatan Escherichia coli pada ayam broiler. Sebanyak 140 ekor ayam broiler dipelihara sejak umur satu hari menurut pemeliharaan standar yang lazim. Pada umur 21 hari, ayam tersebut dipisahkan menjadi duayaitu 118 ekor sebagai ayam perlakuan sedangkan sisanya 22 ekor sebagai kontrol. Ayam perlakuan diinfeksi E. coli patogenik isolat asal unggas (EC/Kls/4/02) secara intra peritoneal dosis 0,5 ml dari suspensi Mac Farland I. Segera setelah diinfeksi ayam tersebut diobati dengan preparat kombinasi amoksisilin dan kolistin dosis 1 gram per liter,diberikan selama 7 hari. Kelompok kontrol diinfeksi E. coli sebagaimana kelompok perlakuan tetapi tidak diobati. Respon pengobatan yang diamati adalah kesembuhan ayam yang teramati tanpa adanya gejala klinis, dan penampilan ayam paska pengobatan yang meliputi: rasio jumlah ayam terjual dari jumlah yang diinfeksi, berat badan dan tingkatkonversi pakan. Untuk membandingkan pengaruh pengobatan antara kelompok perlakuan dan kontrol diuji dengan analisis Chi- Square menggunakan program Student Edition of Statistic 4.0. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa prosentase ayam terjual sebanyak 86,4 %, dengan berat rerata pada umor 38 hari 1,48kg serta nilai efisiensipakan feedconvertion ratio 1,81. Secara statistik pengaruh pengobatan tersebut terdapat perbedaan yang bermakna pada tingkat signifikasi 0,5%, antara kelompok perlakuan dan kontrol. Berdasarkan data tersebut maka dapat disimpulkan bahwa respon pengobatan pada kasus infeksi buatan E. coli menggunakan preparat kombinasi amoksisilin dan kolistin sulfat,cukup baikuntuk mengatasi infeksi tersebut.Kata kunci: Escherichia coli, kombinasi antibiotik, potensi zooteknik aya

ISOLASI DAN PROPAGASI AGEN PENYEBAB PENYAKIT DART KASUS TERDIAGNOSA PENYAKIT INFECTIOUS LARYNGOTRACHEITIS (ILT) PADA TELUR AYAM BEREMBRIO = ISOLATION AND PROPAGATION OF THE CAUSATIVE AGENT FROM FIELD CASE SPECIFIC TO IN

Penyakit Infectious Laryngotracheitis (ILT) merupakan penyaldt penting pada unggas, karena mampu menimbulkan kerugian ekonomi yang cukup tinggi. Penyakit ILT di Indonesia banyak dijumpai di lapangan tetapi belum banyak dilaporkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mempropagasi agen penyebab penyakit yang tersifat sebagai penyakit 1LT menggunakan telur ayam berembrio umur 9 11 hari. Spesimen berupa eksudat trakea disuspensi dalam phosphate buffer saline (PBS), disentrifugasi berpendingin pada kecepatan 12.000 X g suhu 4°C selama 30 menit. Supematan diambil dan ditambahkan antibiotik dan antifungi kemudian diinkubasi selarna 2 sampai 4 jam. Setelah diinkubasi supernatan diambil sampel dan ditanam pada media plat agar darah untuk mengetahui kemungkinan masih terdapatnya kontaminasi bakteri clan jamur. Supernatan kemudian diinokulasi pada membran korioalantois telur ayam berembrio umur 9 11 hari. Perturnbuttan virus ILT ditandai adanya lesi plak pada membran korioalantois dan secara histopatologis teramati benda inklusi intranuldear spesifik untuk virus 1LT. Berdasarkan data yang diperoleh pada penelitian ini dapat disimpulkan bahwa agen penyebab penyakit yang tersifat sebagai penyakit ILT, dapat diisolasi dan dipropagasi menggunakan telur ayam berembrio, serta menunjukkan lesi spesifik untuk virus ILT. Kata kunci : Infectious Laryngotracheitis, telur ayam berembrio, benda inklusi intranuldea

Studi Lesi Makroskopis dan Mikroskopis Embrio Ayam yang Diinfeksi Virus Newcastle Disease Isolat Lapang yang Virulen = A Study of Macroscopic and Microscopic Lesions of Chicken Embryos Infected by Virulent Newcastle Dise

Newcastle disease (ND) is caused by Avian paramyxovirus, family Paramyxoviridae, one of the major diseases in chickens. This research was aimed to find lesions in chicken\u27s embryo organs macroscopically and microscopically, infected by pathogenic ND virus. Embryonic chicken eggs (ECE) were inoculated by the ND Salatiga virus and ND La Sota virus as a control avirulent virus.Aquabidestilata used as a negative control. ECE wich showed the death of the embryos, stored in the refrigerator. The allantois fluid was collected, for further examination of viral growth. Chicken embryos that died then observed macroscopically. The organs of chicken embryos were made into histopathologic preparations stained with Hematoxylin and ,Eosin (H&E) for microscopic analysis. The identification of ND virus growth on isolates was done by haemagglutination and haemagglutination inhibition test using an anti-ND serum. The chicken embryos that were infected by the ND Salatiga virus died approximately 26 hours post-inoculation. Macroscopic lesions were visible as haemorrhage in the skin. Microscopic lesions indicated the congestion and haemorrhage in lungs, inflammation and congestion in the skin, congestion in intestines, liver, kidneys and heart. There was also mild congestion on the skin in chicken embryos infected by ND La Sota virus. The microscopic lesions showed congestion in lungs, liver, kidneys and heart, also the inflammation and congestion on the skin. The macroscopic and microscopic lesions of chicken embryos infected by the ND Salatiga virus were more severe than lesions caused by ND La Sota virus

Penentuan Patogenesitas Molekuler Virus Newcastle Disease yang Diisolasi dari Ayam Komersial Tahun 2013-2016

Newcastle Disease (ND) atau yang dikenal dengan “Tetelo” masih menjadi masalah di peternakan unggas komersil, meskipun telah dilakukan vaksinasi ND secara rutin, namun wabah ND masih tetap terjadi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui patogenesitas molekuler dan genotipe virus ND berdasarkan analisis sekuen fragmen gen F, serta melihat hubungan kekerabatan antara isolat dalam penelitian dengan isolat ND di Indonesia sebelumnya serta strain vaksin pada peternakan ayam yang menerapkan vaksinasi ND secara berkala. Penelitian ini menggunakan primer yang didesain dengan konsensus fragmen gen F dari GenBank dan desain dengan aplikasi amplifX pada posisi 91-800 nt dengan panjang 710bp. Urutan basa pada primer kemudian di cek dengan BLAST primer dan di uji spesifisitas dengan beberapa virus penyakit unggas yaitu vaksin infectious bronchitis (IB) 120, virus vaksin infectious laryngotracheitis (ILT), virus vaksin avian influenza (AI), dan virus vaksin infectious bursal disease (IBD). Delapan sampel paru diperoleh dari delapan peternakan ayam komersial di Yogyakarta, Semarang, Jakarta, Magelang dan Muntilan. Tiga sampel diisolasi pada telur ayam berembrio dan diidentifikasi menggunakan uji HA dan HI. Lima sampel lain dilakukan ekstraksi secara langsung dari gerusan organ paru. Sampel di identifikasi dengan metode reverse transciptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) untuk mendeteksi gen F menggunakan  primer forward 5’ TCT CTT GAT GGC AGG CCT CTT G ‘3 dan reverse 5’ CCG CTA CCG ATT AAT GAG CTG AGT’3 dengan panjang produk 710 bp. Hasil penelitian menunjukkan bahwa seluruh sampel positif virus ND. Analisis hasil sekuen dengan menggunakan perangkat lunak MEGA v.7 didapatkan susunan asam amino penyusun cleavage site 112RRQKR↓F117 dan 112RRRKR↓F117yang menunjukkan bahwa virus ND tersebut digolongkan strain velogenik. Berdasarkan analisis pohon filogenetik isolat ND-Layer/GK-SR1/2013, ND-Lay/Pullet-80/ 27/16 (N), ND-Bro/Lingga 2L/24/2 (N), dan ND-Lay/Smg-P/2015 merupakan genotip VIIi, sedangkan 3 isolat ND yaitu ND-Bro/Yog-P/2015, JKT/P1/2016 (Jakarta), dan JKT/P2/2016 (Jakarta) merupakan ND genotip VIIh. Jarak genetik isolat yang diteliti dengan virus ND Indonesia yang pernah dilaporkan sebelumnya pada fragmen gen F posisi 91-798 berkisar 0,4 – 9,6 % dengan tingkat homologi mencapai 90,4 – 99,5%

Molecular Characterization and Pathogenesis of Newcastle Disease Virus Isolated from Brontok Eagle in West Java, Indonesia

Newcastle disease (ND) is a contagious disease in poultry and numerous birds of various ages. Eagle is considered a potential reservoir for ND transmission as a wild  bird. This  research  was  conducted  to  molecularly  characterize  Newcastle disease virus (NDV) isolated from ND cases in Brontok Eagle and analyze the pathogenesis  in  chicken  embryos.  qRT-PCR  was  conducted  as  confirmation of  NDV  without  mixing  Avian  Influenza  (AI).  Sequencing  the  fusion  (F)  and haemagglutinin-neuraminidase (HN) genes from the three NDVs was performed with  a  specific  primer. Amino  acid  sequence  compared  with  other  NDV  from Genbank.  Pathogenicity,  genetic  variation,  distance,  and  phylogenetic  studies were  analyzed  using  bioinformatics  software  (MEGA-X).  This  study  analyzed pathogenesis  based  on  lesions  and  distribution  of  viral  antigens  in  chicken embryos  infected  with  NDV.  Observations  were  based  on  tissue  lesions  with HE and IHC staining. NDV isolated from three Brontok Eagles is classified as velogenic  strain,  virulent  NDV  (KRQKRF),  and  belonging  to  Genotype  VII subgenotype VII.2. The NDV was detected in various organ lesions, more severe in  the  pulmo,  trachea,  proventriculus,  and  intestine  of  chicken  embryos. That is still similar to the previous case reports in the field. These results show that NDV, which infected Brontok Eagle, has similar molecular characteristics and pathogenesis in chickens. These cases could be a threat to the poultry industry. Further research, surveillance, and monitoring of wild birds are needed to obtain more NDV epidemiological information in wild birds

Identifikasi Subtipe Hemaglutinin Virus Avian Influenza Pada Berbagai ,

Wabah avian influenza yang high pathogenic telah terjadi di beberapa wilayah di Indonesia. Infeksi virus ini menimbulkan penyakit respirasi dengan mortalitas yang tinggi pada berbagai spesies unggas, termasuk itik, ayam dan puyuh. Isolasi virus Al dari sampel itik, ayam kampung, petelur dan pedaging telah berhasil dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Fakultas Kedokteran Hew an Universitas Gadjah Mada, menggunakan telur ayam berembrio. Subtipe hemaglutinin virus diidentifikasi dengan RT-PCR menggunakan primer spesifik H5 dan H7. Hasil penelitian memberi indikasi bahwa virus AI yang terisolasi tersebut termasuk dalam subtipe H5. Kata kunci : avian influenza, subtype hemaglutinin, RT-PC

Pengembangan Deteksi Aeromonas hydrophila pada Ikan Nila (Oreochromis niloticus) dengan Metoda Agar Gel Presipitasi di Yogyakarta

Aeromonas hydrophila telah diidentifikasi sebagai agen penyebab penyakit pada ikan Nila.Mikroorganisme ini diketahui patogen terhadap manusia terutama sebagai penyebab gastroentritis, meskipun demikian, belum dilaporkan adanya infeksi pada manusia di Yogyakarta. Uji karakteristik biokimiawi dapat mengarahkan pada diagnosa yang kurang akurat, oleh karena itu terdapat kebutuhan untuk mengembangkan metode yang lebih spesifik dan akurat, yaitu dengan metode agar gel presipitasi (AGP). Dua sampel yang dikoleksi berasal dari lokasi budidaya ikan Nila di Yogyakarta yang terjadi outbreak A. hydrophila dengan mortalitas lebih dari 50%. Antigen terlarut yang tahan terhadap panas dipersiapkan dari 4 kultur isolat murni yang diperoleh untuk uji AGP. Antiserum yang digunakan untuk uji pada sumuran adalah antiserum A. hydrophila (ATCC 35654) yang diproduksi dengan menginokulasikan whole-cell antigen (heat-stable) dan antigen flagellar (formalin-killed) pada kelinci. Kontrol positif yang digunakan untuk uji ini berasal dari A. hydrophila (ATCC 35654), dan kontrol negatif berasal dari Edwardsiella tarda (E. tarda) ATCC 15947 dan Aeromonas salmonicida (A. salmonicida). Antiserum yang digunakan terhadap kultur isolat murni dan juga kontrol positif menunjukkan adanya reaksi positif saat diujikan menggunakan metode AGP. Hasil reaksi positif adalah dengan adanya pembentukan garis presipitasi diantara sumuran antiserum dan antigen, sedangkan hasilnegatif tidak menunjukkan adanya garis presipitasi tersebut. Hasil dari uji ini menunjukkan bahwa AGP dapat dianggap sebagai metode yang dapat digunakan dan diandalkan (reliable) untuk mengidentifikasi A. hydrophila. Hasil yang sama ditunjukkan melalui uji AGP terhadap antiserum pada isolat A. hydrophila yang berasal dari isolat sampel ikan Nila dari Yogyakarta serta A. hydrophila sebagai kontrol positif (ATCC 35654)