Editorial. facultad de ingeniería 150 años

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Un ministerio para la ciencia y la tecnología

En medio de la abrumadora dinámica política de los últimos días, pasó casi desapercibida la aprobación en la Cámara de Representantes de un proyecto de ley para la creación del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación. Dos representantes liberales antioqueños, Iván Darío Agudelo y John Jairo Roldán, asumieron el proyecto como su tarea, y fue aprobado por unanimidad a pesar de no ser bandera de gobierno ni de partido (¿o tal vez por eso?)

A new gene inventory of the ubiquitin and ubiquitin-like conjugation pathways in giardia intestinalis

BACKGROUND Ubiquitin (Ub) and Ub-like proteins (Ub-L) are critical regulators of complex cellular processes such as the cell cycle, DNA repair, transcription, chromatin remodeling, signal translation, and protein degradation. Giardia intestinalis possesses an experimentally proven Ub-conjugation system; however, a limited number of enzymes involved in this process were identified using basic local alignment search tool (BLAST). This is due to the limitations of BLAST’s ability to identify homologous functional regions when similarity between the sequences dips to < 30%. In addition Ub-Ls and their conjugating enzymes have not been fully elucidated in Giardia. OBJETIVE To identify the enzymes involved in the Ub and Ub-Ls conjugation processes using intelligent systems based on the hidden Markov models (HMMs). METHODS We performed an HMM search of functional Pfam domains found in the key enzymes of these pathways in Giardia’s proteome. Each open reading frame identified was analysed by sequence homology, domain architecture, and transcription levels. FINDINGS We identified 118 genes, 106 of which corresponded to the ubiquitination process (Ub, E1, E2, E3, and DUB enzymes). The E3 ligase group was the largest group with 82 members; 71 of which harbored a characteristic RING domain. Four Ub-Ls were identified and the conjugation enzymes for NEDD8 and URM1 were described for first time. The 3D model for Ub-Ls displayed the β-grasp fold typical. Furthermore, our sequence analysis for the corresponding activating enzymes detected the essential motifs required for conjugation. MAIN CONCLUSIONS Our findings highlight the complexity of Giardia’s Ub-conjugation system, which is drastically different from that previously reported, and provides evidence for the presence of NEDDylation and URMylation enzymes in the genome and transcriptome of G. intestinalis

Inhibición parcial de dos genes que codifican para proteínas del empalmosoma en Giardia intestinalis

Introduction. Giardia intestinalis is an early divergent organism that was recently shown to have introns. The machinery responsible for the removal of introns in higher eukaryotes is the spliceosome, which consists of five ribonucleoproteins. Each of these ribonucleoproteins has a small nuclear RNA, a set of seven Sm proteins (B, D1, D2, D3, E, F and G) and several specific proteins. Some genes that encode spliceosome proteins have been bioinformatically identified in the parasite genome. Although it is assumed that the spliceosome is responsible for splicing in this parasite, biochemical characterization is lacking. Objective. To inhibit two G. intestinalis spliceosome protein genes in order to determine whether this inhibition affects parasite growth or encystation. Materials and methods. Antisense sequences of the genes encoding the spliceosomal parasite proteins SmB and SmD3 were cloned into a specific G. intestinalis vector. G. intestinalis individuals were subsequently transfected with the recombinant vectors and those parasites that incorporated the vector were selected. A decrease in mRNA levels by real-time PCR was confirmed and the growth and encystation in wild and transfected parasites was assessed. Results. A decrease of 40% and 70% of SmB and SmD3 mRNA levels, respectively, was observed. Growth and encystation in these parasites were not affected. Conclusion. Decrease of SmB and SmD3 mRNA levels does not affect the parasite, indicating that the spliceosome remains functional or that splicing is not essential for parasite viability.Introducción. Giardia intestinalis es un organismo tempranamente divergente en el que recientemente se demostró la presencia de intrones. La maquinaria responsable de la remoción de intrones en organismos eucariotas superiores es el empalmosoma, el cual está conformado por cinco ribonucleoproteínas, cada una de las cuales tiene un ARN pequeño nuclear, un set de siete proteínas Sm (B, D1, D2, D3, E, F y G) y varias proteínas específicas. En G. intestinalis se han identificado los genes de algunas proteínas del empalmosoma por bioinformática. Aunque se asume que este es el responsable del empalme en el parásito, su caracterización bioquímica no se ha hecho.Objetivo. Inhibir dos genes que codifican para proteínas del empalmosoma de G. intestinalis con el fin de determinar si esta inhibición afecta el crecimiento o el enquistamiento del parásito.Materiales y métodos. En un vector específico para G. intestinalis se clonaron secuencias antisentido de los genes que codifican para las proteínas SmB y SmD3 del empalmosoma del parásito. Posteriormente, se transfectó G. intestinalis con los vectores recombinantes y se seleccionaron aquellos parásitos que lo incorporaron. Se confirmó la disminución del mensajero mediante reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en tiempo real, y se evaluaron el crecimiento y el enquistamiento en parásitos silvestres y transfectados.Resultados. Se observó una disminución de 40 y 70 % en el ARNm de SmB y SmD3, respectivamente. El crecimiento y el enquistamiento no se vieron afectados en estos parásitos.Conclusión. La disminución de SmB y SmD3 no afectó al parásito, lo que indica que el empalmosoma sigue siendo funcional, o que el empalme no es una función vital del parásito

Preparación de columnas de afinidad con actina -F y actina-G para la obtención de proteínas de unión a actina en Plasmodium falciparum

Affinity columns were prepared with F-actin (filaments), G-actin (monomers) and bovine serum albumin, BSA, (control) to obtain actin binding proteins from radioactively labelled Plasmodium falciparum extracts. Polymerisation was confirmed and the binding of ligands to the resin was quantified. The results show high affinity chromatography specificity as described here. Four proteins were obtained in the G-actin columns' eluted fractions and 16 in the corresponding F-actin columns' fractions.Con el fin de obtener proteínas de unión a actina de extractos de P. falciparum marcados radioactivamente, se prepararon columnas de afinidad con actina-F (fibrilar), actina-G (globular) y albúmina sérica bovina. Se comprobó la polimerización y se cuantificó la unión de los ligandos a la resina activada. Los resultados obtenidos demostraron una alta especificidad de las columnas. Se obtuvieron cuatro proteínas que se unieron a la columna de actina-G y 16 que se unieron a la columna de actina-F

Comparación de técnicas in vitro para detectar resistencia de Plasmodium falciparum a medicamentos

Plasmodium falciparumcauses the most severe form of human malaria, resulting in 2.7 million deaths throughout the world last year.The major control for this disease is through chemotherapy but the treatment has been complicated by the emergence of resistance to most of the currently available antimalarials; this situation shows the necessity of mapping resistance and for defining the relationship between drug usage politics and the spread of resistance. In this paper four techniques are compared: a modified radiometric micro-test for detecting resistance to several drugs and the modification made to a test used for establishing chloroquine resistance (Rapid-test) is explained.The use of PCR assays to detect pfmdrl gene polymorphism (P falciparum multidrug resistant gene) associated with chloroquine-resistance and to detect DHFR (dihydrofolate reductase) and DHPS (dihydropteroate synthetase) mutalions related to pyrimethamine and sulfadoxine resistance is also demonstrated. Results suggest that the PCR assay is the most convenient approach. However, the use of the modified microtest for the determination of resistance to the quinine-like antimalarials is recommended because the molecular basis of their resistance to drugs remains unknown.Debido a que la resistencia de Plasmodium falciparuma medicamentos se percibe como uno de los problemas que más agrava la situación de la malaria en Colombia, existe la necesidad de implementar procedimientos que permitan hacer una búsqueda amplia y confiable de resistencia para establecer la prevalencia y la variación del fenómeno al nivel epidemiológico. En este trabajo se estableció la resistencia de varias cepas de referencia y algunos aislamientos de campo de P falciparum a medicamentos como cloroquina, amodiaquina, mefloquina, quinina, halofantrina, pirimetamina y sulfadoxina. La búsqueda de resistencia se hizo a través de cuatro estrategias experimentales: una prueba modificada en nuestro laboratorio, eficaz para detectar resistencia a varios medicamentos de manera simultánea (prueba radiométrica); ensayos de PCR para detectar el polimorfismo de la región 3' del gen pfmdrl (gen de resistencia múltiple a medicamentos de P falciparum) asociado con resistencia a cloroquina; ensayos de PCR para detectar mutaciones en la dihidrofolato reductasa (DHFR) y en la dihidropteroato sintetasa (DHPS), relacionadas con resistencia a pirimetamina y sulfadoxina respectivamente, y una técnica modificada por nosotros para establecer resistencia a cloroquina (Rapid-test). Se estableció que el ensayo más adecuado para hacer una búsqueda de resistencia in vitro a medicamentos es el PCR. Infortunadamente, aun se desconocen las bases moleculares de la resistencia a varios de los antimaláricos empleados y esto hace que la prueba radiométrica sea la mejor alternativa para detectar, a escala epidemiológica, la resistencia in vitro a cloroquina, amodiaquina, mefloquina, quinina y halofantrina