T4 RNA Ligase 2 truncated active site mutants: improved tools for RNA analysis

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>T4 RNA ligases 1 and 2 are useful tools for RNA analysis. Their use upstream of RNA analyses such as high-throughput RNA sequencing and microarrays has recently increased their importance. The truncated form of T4 RNA ligase 2, comprising amino acids 1-249 (T4 Rnl2tr), is an attractive tool for attachment of adapters or labels to RNA 3'-ends. Compared to T4 RNA ligase 1, T4 Rnl2tr has a decreased ability to ligate 5'-PO₄ends in single-stranded RNA ligations, and compared to the full-length T4 Rnl2, the T4 Rnl2tr has an increased activity for joining 5'-adenylated adapters to RNA 3'-ends. The combination of these properties allows adapter attachment to RNA 3'-ends with reduced circularization and concatemerization of substrate RNA.</p> <p>Results</p> <p>With the aim of further reducing unwanted side ligation products, we substituted active site residues, known to be important for adenylyltransferase steps of the ligation reaction, in the context of T4 Rnl2tr. We characterized the variant ligases for the formation of unwanted ligation side products and for activity in the strand-joining reaction.</p> <p>Conclusions</p> <p>Our data demonstrate that lysine 227 is a key residue facilitating adenylyl transfer from adenylated ligation donor substrates to the ligase. This reversal of the second step of the ligation reaction correlates with the formation of unwanted ligation products. Thus, T4 Rn2tr mutants containing the K227Q mutation are useful for reducing undesired ligation products. We furthermore report optimal conditions for the use of these improved T4 Rnl2tr variants.</p

Aβ42 oligomers trigger synaptic loss through CAMKK2-AMPK-dependent effectors coordinating mitochondrial fission and mitophagy

International audienceDuring the early stages of Alzheimer’s disease (AD) in both mouse models and human patients, soluble forms of Amyloid-β 1–42 oligomers (Aβ42o) trigger loss of excitatory synapses (synaptotoxicity) in cortical and hippocampal pyramidal neurons (PNs) prior to the formation of insoluble amyloid plaques. In a transgenic AD mouse model, we observed a spatially restricted structural remodeling of mitochondria in the apical tufts of CA1 PNs dendrites corresponding to the dendritic domain where the earliest synaptic loss is detected in vivo. We also observed AMPK over-activation as well as increased fragmentation and loss of mitochondrial biomass in Ngn2-induced neurons derived from a new APP Swe/Swe knockin human ES cell line. We demonstrate that Aβ42o-dependent over-activation of the CAMKK2-AMPK kinase dyad mediates synaptic loss through coordinated phosphorylation of MFF-dependent mitochondrial fission and ULK2-dependent mitophagy. Our results uncover a unifying stress-response pathway causally linking Aβ42o-dependent structural remodeling of dendritic mitochondria to synaptic loss

Itinéraires Bis: « Mon parcours de jeune chercheur »

Volume collectif de témoignages et de réflexion sur des parcours de 13 chercheurs entrés au CNRS depuis 5 ans. Préface d'Axel Kahn. Introduction par Sébastien Descotes-Genon, Isabelle Draelants, Ute C. Rogner.International audienceLes chercheurs font rarement la une des journaux : l'annonce des prix Nobel, de rares manifestations, les polémiques de quelques grandes figures médiatiques, la réponse ciblée à une inquiétude suite à un phénomène de société, à cela se résume le plus souvent leur présence sur la scène médiatique. Que signifie être chercheur dans un contexte sociétal mouvant ? Quels sont les plaisirs et les difficultés de ce métier en pleine évolution ? En quoi consiste-t-il ? Comment et pourquoi devient-on chercheur ? Ce livre soulève ces quelques questions par le biais de témoignages de chercheurs d'horizons très divers, récemment recrutés au Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). L'initiative de ce livre est née à la suite de journées d'études axées sur les potentialités des itinéraires professionnels des chercheurs. Celles-ci ont mis en évidence de nombreux points communs malgré la diversité des parcours de « jeunes chercheurs » : des ressentis, des questions, des constats similaires, appuyés pourtant sur des expériences différentes. Les treize auteurs évoquent, au travers de leurs témoignages, toujours passionnés, parfois drôles, souvent émouvants, leurs « itinéraires » de chercheurs

Itinéraires Bis: « Mon parcours de jeune chercheur »

Volume collectif de témoignages et de réflexion sur des parcours de 13 chercheurs entrés au CNRS depuis 5 ans. Préface d'Axel Kahn. Introduction par Sébastien Descotes-Genon, Isabelle Draelants, Ute C. Rogner.International audienceLes chercheurs font rarement la une des journaux : l'annonce des prix Nobel, de rares manifestations, les polémiques de quelques grandes figures médiatiques, la réponse ciblée à une inquiétude suite à un phénomène de société, à cela se résume le plus souvent leur présence sur la scène médiatique. Que signifie être chercheur dans un contexte sociétal mouvant ? Quels sont les plaisirs et les difficultés de ce métier en pleine évolution ? En quoi consiste-t-il ? Comment et pourquoi devient-on chercheur ? Ce livre soulève ces quelques questions par le biais de témoignages de chercheurs d'horizons très divers, récemment recrutés au Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). L'initiative de ce livre est née à la suite de journées d'études axées sur les potentialités des itinéraires professionnels des chercheurs. Celles-ci ont mis en évidence de nombreux points communs malgré la diversité des parcours de « jeunes chercheurs » : des ressentis, des questions, des constats similaires, appuyés pourtant sur des expériences différentes. Les treize auteurs évoquent, au travers de leurs témoignages, toujours passionnés, parfois drôles, souvent émouvants, leurs « itinéraires » de chercheurs

Development of genomic resources for <em>Medicago truncatula</em> and related legume crops

National audienc