Classification évidentielle avec contraintes d'étiquettes

International audienceCe papier propose une version améliorée de l'algorithme de classification automatique évidentielle semi-supervisée SECM. Celui-ci bénéficie de l'introduction de données étiquetées pour améliorer la pertinence de ses résul-tats et utilise la théorie des fonctions de croyance afin de produire une partition crédale qui généralise notamment les concepts de partitions dures et floues. Le pendant de ce gain d'expressivité est une complexité qui est exponentielle avec le nombre de classes, ce qui impose en retour l'utilisation de schémas ef-ficaces pour optimiser la fonction objectif. Nous proposons dans cet article une heuristique qui relâche la contrainte classique de positivité liée aux masses de croyances des méthodes évidentielles. Nous montrons sur un ensemble de jeux de données de test que notre méthode d'optimisation permet d'accélérer sensi-blement l'algorithme SECM avec un schéma d'optimisation classique, tout en améliorant également la qualité de la fonction objectif

How to Combine Text-Mining Methods to Validate Induced Verb-Object Relations?

International audienceThis paper describes methods using Natural Language Processing approaches to extract and validate induced syntactic relations (here restricted to the Verb-Object relation). These methods use a syntactic parser and a semantic closeness measure to extract such relations. Then, their validation is based on two different techniques: A Web Validation system on one part, then a Semantic-Vectorbased approach, and finally different combinations of both techniques in order to rank induced Verb-Object relations. The Semantic Vector approach is a Roget-based method which computes a syntactic relation as a vector. Web Validation uses a search engine to determine the relevance of a syntactic relation according to its popularity. An experimental protocol is set up to judge automatically the relevance of the sorted induced relations. We finally apply our approach on a French corpus of news by using ROC Curves to evaluate the results

Laonastes aenigmamus, an enigmatic rodent recently discovered in Laos

The Laotian rock rat or kha-nyou (Laonastes aenigmamus), a small rodent the size of a rat discovered by chance on a Laotian market, is new to science. This small mammal lives in a very specific rocky habitat, in a seemingly limited territory. Its adaptations to a very specific biotope and lifestyle probably explain its survival and its late discovery.Le kanyou (Laonastes aenigmamus), petit rongeur de la taille d'un rat découvert par hasard sur un marché laotien, est une nouveauté scientifique. Ce petit mammifère vit dans un habitat rocheux très particulier, et il semble que son aire de distribution soit peu étendue. Ses adaptations à un biotope et à un mode de vie très particuliers expliquent probablement sa survie ainsi que sa découverte tardive

Geographical distribution and morphometry of Heimyscus fumosus (Brosset et al., 1965)

More than 35 years after its original description, our knowledge of the De Balsac's mouse (Heimyscus fumosus) remains poor, and few specimens are deposited in museums. We collected 239 specimens of this species in ten central African localities. We therefore had the opportunity to confirm its geographical distribution, which covers lowland forests between the Sanaga and the Oubangui-Congo rivers. Moreover, based upon specimens collected from a single locality, we analysed intra-populational morphological variations of the De Balsac's mouse. We showed that most external and cranial measurements increased with age; while sexual dimorphism was lowPlus de 35 ans après sa description, le Muridé africain Heimyscus fumosus reste mal connu et peu de spécimens sont déposés dans les musées. Depuis 1992 nous avons collecté 239 spécimens dans dix localités d'Afrique centrale, nous permettant de confirmer sa distribution géographique. Cette espèce est présente dans les forêts de plaine situées entre les rivières Sanaga et Oubangui-Congo. De plus, l'étude d'une population du sud-ouest du Gabon nous a permis d'analyser les variations morphologiques intra-populationnelles chez cette espèce. Nos résultats mettent en évidence une augmentation avec l'âge de la plupart des mesures externes et crâniennes; en revanche, le dimorphisme sexuel est faible

Note préliminaire: Talpa aquitania nov. sp. (Talpidae, Soricomorpha) une nouvelle espèce de taupe du sud-ouest de la France et du nord de l’Espagne

Une étude, basée sur le mtDNA, de la génétique des populations de taupes récemment capturées en France nous a permis de découvrir une espèce nouvelle, Talpa aquitania nov. sp. Nous donnons ici une description préliminaire de la nouvelle espèce et de sa distribution. Cette dernière couvre une région se situant au sud et à l’ouest du cours de la Loire et, au-delà des Pyrénées, dans le nord de la péninsule ibérique.A mtDNA based study of the population genetics of moles recently captured in France allowed us to discover a new species, Talpa aquitania nov. sp. We are giving here a preliminary description of the new species. Its distribution covers an area lying south and west of the course of the Loire river in France and beyond the Pyrenees, a part of Northern Spain

Population structure and reproduction of Heimyscus fumosus (Brosset et al., 1965) in south-western Gabon

Population structure and annual reproduction cycle of the De B alsac's mouse (Heimyscus fumosus) were studied in a wild population of south-western Gabon. The reproductive status of the mice was investigated at autopsy, and age of each animal was estimated by tooth wear patterns and body weight. Sex-ratio was equilibrated whatever the season and the ageclass. Females tended to reach sexual maturity more slowly than males. However, the average age at puberty differed between individuals of the same sex. A wide range of tooth-wearclasses and weight-classes were present in most months of the year, and sexually active individuals of both sexes were captured in most months. However pregnant or lactating females were only captured from August to March, while very young individuals were only captured from October to March. Thus, the reproduction of H. fumosus would be partly seasonal with an interruption from April to July (end of the short wet season, and beginning of the long dry season). We discussed the potential role of food availability on this seasonalityLa reproduction et la structure de population du Muridé africain Heimyscus fumosus ont été étudiées dans une population sauvage du sud-ouest du Gabon. Pour chaque animal, nous avons noté, lors de l'autopsie, s'il était sexuellement actif et, pour les femelles, si elles étaient prégnantes ou allaitantes. De plus, l'âge des animaux a été estimé en fonction de leur usure dentaire et de leur poids. Le sexe-ratio obtenu était équilibré quels que soient l'âge ou la saison. Bien que l'âge de la puberté diffère entre individus de même sexe, les femelles atteindraient leur maturité sexuelle plus tardivement que les mâles. La plupart des mois, de larges gammes de classes de poids et de classes d'âge dentaires étaient présentes. Bien que des individus sexuellement actifs aient été capturés tout au long de l'année, les femelles allaitantes et prégnantes ne l'ont été que d'août à mars, tandis que les très jeunes individus l'ont été d'octobre à mars. Ainsi, la reproduction de H. fumosus serait partiellement saisonnière, avec une interruption d'avril à juillet (fin de la petite saison des pluies et début de la grande saison sèche). Nous discutons du rôle potentiel de la disponibilité des ressources sur cette saisonnalité de la reproduction

Molecular phylogeny of South-East Asian arboreal murine rodents

peer reviewedRecent phylogenetic studies and taxonomic reviews have led to nearly complete resolution of the phylogenetic divisions within the old world rats and mice (Muridae, Murinae). The Micromys division and Pithecheir division are two notable exceptions where groupings of species into these divisions based on morphology and arboreal lifestyle have not been supported by phylogenetic evidence. Several enigmatic species from these divisions have been missing from molecular studies, preventing a rigorous revision of phylogenetic relationships. In this study, we sequenced for the first time one mitochondrial and three nuclear genes from South-East Asian keystone species of these two arboreal divisions: Hapalomys delacouri (Micromys division), Lenothrix canus and Pithecheir parvus (Pithecheir division). We also complemented the molecular data already available for the two divisions with new data from Sundaic Chiropodomys, Indian Vandeleuria oleracea and the recently described Sulawesian Margaretamys christinae. Using this new phylogenetic framework and molecular dating methodologies, our study allows some more detailed classification of the former Micromys and Pithecheir divisions, while confirming their polyphyletic status. Specifically, the former Micromys division should now be split into four monotypic divisions: Chiropodomys, Hapalomys, Micromys and Vandeleuria divisions. The former Pithecheir division is likely to be refined and restricted to Pithecheir and probably Pithecheirops, whereas Lenothrix and Margaretamys should now be recognized as representatives of the Dacnomys division. Our findings have profound implications with regard to the systematics of Murinae, as well as to the early evolution of murine morphology and dental characters

Terrestrial small mammal diversity and abundance in Taï National Park, Côte d'Ivoire

A terrestrial small mammal species survey was carried out in the Taï National Park from March to June 2010, using Sherman's live traps and pitfall traps. The aim of the study was to determine the diversity and distribution of rodents and shrews in three different habitats: primary, secondary and swamp forests. During the study period, 263 terrestrial small mammals belonging to 17 species (six Soricidae species and eleven Muridae species) were captured out of 8,610 trap-nights. For Rodents, the most frequent species were Malacomys edwardsi (n = 76) followed by Hylomyscus simus (n = 53), Praomys rostratus (n = 51) and Hybomys planifrons (n = 27). For shrews, the most frequent species was Crocidura buettikoferi (n = 12) followed by Crocidura eburnea (n = 7). The species richness (S) and diversity index (H') were higher in the secondary forest (S = 15; H' = 2.12) than the ones of the primary forest (S = 10; H' = 1.79) and swamp forest (S = 8, H' = 1.74) respectively. In the primary forest, the population of terrestrial small mammals was dominated by four species: Malacomys edwardsi (n = 32), Praomys rostratus (n = 21), Hylomyscus simus (n = 15) and Hybomys planifrons (n = 13). In the secondary forest, Hylomyscus simus (n = 29), Malacomys edwardsi (n = 23) and Praomys rostratus (n = 18) were the most abundant. In swamp forest, the most abundant species were: Malacomys edwardsi (n = 21), Praomys rostratus (n = 12) and Hybomys planifrons (n = 11). Of the listed species, two species are worthy for conservation, C. buettikoferi (NT) and G. buntingi (DD), and ten were endemic to the Upper Guinea forests. These results confirm once again the important animal diversity of the Taï National Park, which harbours numerous species endemic to the Upper Guinea forests

PEPOP: Computational design of immunogenic peptides

© 2008 Moreau et al; licensee BioMed Central Ltd. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Licens

Edaphic preferences and pullulation in Meriones shawii (Mammalia, Rodentia) in Tiaret region (Algeria).- In order to better control pullulations of M. shawii in cultivated fields in the Tiaret region

In order to better control pullulations of M. shawii in cultivated fields in the Tiaret region (Algeria), we studied the edaphic preferences of this rodent in two zones of low and high relative density of active burrows at the beginning of cereal tillering (March). By using index method to estimate relative abundance (census of active burrows) and pedological analysis of soil granulometry, rates of total and active CaCO3, organic matter and humidity, we searched for correlations between soil characteristics and abundance level. The level of the rodent population is higher when the amounts of sand and total CaCO3 in the soil are high and humidity less than 15 %. On the other hand, the abundance is low and even null when the amounts of clay, active CaC03 and humidity are high. Thus this study confirms for the first time in Algeria, in cultivated fields, M. shawii’s preference for low-humidity sandy soils with high total CaCO3 ; these soils would be more suitable to the species for digging out burrows, thence its higher abundance there. We found no clear relation between the organic matter rate in the soil and the pullulation level. Further studies are required for a better understanding of the role of irrigation and of the demographic cycle of M. shawii in order to better predict and control the relative population abundance of this rodent in the cereal fields. These results confirm recent works that highlighted the importance of edaphic factors to explain burrowing rodents’ pullulationsAfin de mieux contrôler les pullulations de Meriones shawii dans les champs cultivés de la région de Tiaret (Algérie), nous avons étudié les préférences édaphiques de ce rongeur dans deux zones, l'une de faible, l'autre de forte densité relative des terriers occupés à la période du début du tallage (mars). À l'aide de méthodes indiciaires (comptage du nombre de terriers actifs) et de méthodes pédologiques d'analyse de la granulométrie du sol, du pourcentage de CaCO3 total et actif, du taux de matière organique et d'humidité, nous avons recherché les corrélations entre nature du sol et niveau de pullulation. Les sols possédant des taux de sable et de CaCO3 total élevés mais des taux d'humidité inférieurs à 15 % sont corrélés significativement avec les nombres élevés de trous En revanche les taux d'argile, de CaC03 actif élevés et d'humidité supérieure à 15 % sont également très corrélés mais avec des nombres de trous faibles. Ainsi, les sols sableux, à faible humidité et avec un taux de calcaire total plus élevé seraient favorables à la construction de terriers par M. shawii, d'où un taux de pullulation plus élevé. Cette étude confirme pour la première fois en Algérie et en milieu cultivé, la nette préférence de M. shawii pour les sols à texture limonosablonneuse bien pourvus en calcaire total et à faible humidité. Il n'y a pas de relation nette entre le taux de matière organique du sol et le degré de pullulation. Par contre, il reste à tester le rôle de l'irrigation des sols et suivre le cycle démographique pour comprendre les pullulations de cette espèce. Ces résultats confirment cependant plusieurs travaux récents concernant l'importance du sol comme facteur explicatif de certaines pullulations de rongeurs creuseurs de terriers