Изучение байесовского подхода к анализу медико-биологических данных в курсе медицинской и биологической физики

Background: The clinical behaviour of colon cancer is heterogeneous. Five-year overall survival is 50-65% with all stages included. Recurring somatic chromosomal alterations have been identified and some have shown potential as markers for dissemination of the tumour, which is responsible for most colon cancer deaths. We investigated 115 selected stage II-IV primary colon cancers for associations between chromosomal alterations and tumour dissemination. Methods: Follow-up was at least 5 years for stage II-III patients without distant recurrence. Affymetrix SNP 6.0 microarrays and allele-specific copy number analysis were used to identify chromosomal alterations. Fisher's exact test was used to associate alterations with tumour dissemination, detected at diagnosis (stage IV) or later as recurrent disease (stage II-III). Results: Loss of 1p36.11-21 was associated with tumour dissemination in microsatellite stable tumours of stage II-IV (odds ratio = 5.5). It was enriched to a similar extent in tumours with distant recurrence within stage II and stage III subgroups, and may therefore be used as a prognostic marker at diagnosis. Loss of 1p36.11-21 relative to average copy number of the genome showed similar prognostic value compared to absolute loss of copies. Therefore, the use of relative loss as a prognostic marker would benefit more patients by applying also to hyperploid cancer genomes. The association with tumour dissemination was supported by independent data from the The Cancer Genome Atlas. Conclusion: Deletions on 1p36 may be used to guide adjuvant treatment decisions in microsatellite stable colon cancer of stages II and III

Children´s means of transport to school : A case study of two schools on Lidingö

Syftet med uppsatsen är att undersöka hur elever tar sig till skolan, och varför föräldrar skjutsar sina barn till skolan. Inom ramen för syftet undersöks, vilka faktorer som inverkar på barns transportsätt till skolan, hur sambandet mellan familjers vardagssituation och barns transportsätt ser ut, samt om bilskjutsandet kan utgöra ett positivt inslag i familjelivet. Uppsatsens primära datainsamling har skett genom en kvantitativt telefonundersökning riktad till föräldrar på Lidingö. Studien visar bland annat, att barnets ålder och avståndet mellan hemmet och skolan påverkar vilket transportsätt elever tar sig till skolan på. Många föräldrar som skjutsar sina barn till skolan motiverar skjutsandet med, att de ändå ska ta bilen till jobbet. Av föräldrarna, som skjutsar är en del nöjda och en del missnöjda med sättet deras barn tar sig till skolan på. Vilket indikerar att vissa föräldrar kan se bilskjutsandet som ett positivt inslag i vardagslivet, samtidigt som de missnöjda föräldrarna skjutsar, för att de inte får vardagen att gå ihop utan bilen. Även om uppsatsen inte är normativt upplagd, kan studien bistå beslutsfattare i deras planering för säkrare skolvägar

ObjectMath – An Object-Oriented Language and Environment for Symbolic and Numerical Processing in Scientific Computing

ObjectMath is a language for scientific computing that integrates object-oriented constructs with features for symbolic and numerical computation. Using ObjectMath, complex mathematical models may be implemented in a natural way. The ObjectMath programming environment provides tools for generating efficient numerical code from such models. Symbolic computation is used to rewrite and simplify equations before code is generated. One novelty of the ObjectMath approach is that it provides a comman language and an integrated environment for this kind of mixed symbolic/numerical computation. The motivation for this work is the current low-level state of the art in programming for scientific computing. Much numerical software is still being developed the traditional way in Fortran. This is especially true in application areas such as machine elements analysis, where complex nonlinear problems are the norm. We believe that tools like ObjectMath can increase productivity and quality, thus enabling users to solve problems that are too complex to handle with traditional tools

The Implementation of ObjectMath - a High-Level Programming Environment for Scientific Computing

. We present the design and implementation of ObjectMath, a language and environment for high-level equation-based modeling and analysis in scientific computing. The ObjectMath language integrates object-oriented modeling with mathematical language features that make it possible to express mathematics in a natural and consistent way. The implemented programming environment includes a graphical browser for visualizing and editing inheritance hierarchies, an application oriented editor for editing ObjectMath equations and formulae, a computer algebra system for doing symbolic computations, support for generation of numerical code from equations, and routines for graphical presentation. This programming environment has been successfully used in modeling and analyzing two different problems from the application domain of machine element analysis in an industrial environment. 1 Introduction The programming development process in scientific computing has not changed very much during the pas..

Novel Laboratory-Scale In Situ Methods for Studying Mg Alloy Degradation

Magnesium metal and its alloys are lightweight and environment-friendly with tunable complex of structural and functional properties. However, significant gaps in understanding and assessing the degradation of these materials still remain, largely due to the limitations of existing experimental methods. Our novel laboratory-scale instrument combining isothermal calorimetry with pressure measurements allows quantitative in situ analysis of Mg degradation thermodynamics. Our latest achievements in studying model Mg alloys for biomedical applications are summarized below and discussed in respective lecture during the TMS2022 meeting

Uppföljning av etappmålet för ökad resurshushållning i livsmedelskedjan : Data för år 2016

I det här projektet har det gjorts en uppföljning av etappmålet för en ökad resurshushållning i livsmedelskedjan som lyder: "Insatser ska vidtas så att senast år 2018 sorteras minst 50 procent av matavfallet från hushåll, storkök, butiker och restauranger ut och behandlas biologiskt så att växtnäring tas tillvara, och minst 40 procent av matavfallet behandlas så att även energi tas tillvara". I praktiken innebär målformuleringen att av det uppkomna matavfallet från ovan nämnda av-fallskällor ska minst 50 procent rötas och/eller komposteras inklusive tillvaratagande av växt-näringsämnen där minst 40 procent av de uppkomna matavfallsmängderna måste rötas (tillvaratagande av energi) så att växtnäringen i matavfallet tas tillvara. Under 2012-2013 tog SMED, på uppdrag av Naturvårdsverket, fram en metod och gav förslag på datakällor som kan användas för att följa upp etappmålet på ett kvalitetssäkert och kostnadseffektivt sätt. Resultatet från uppdraget finns i rapporten Beräkningsmetod för uppföljning av etappmålet om resurshushållning i livsmedelskedjan, biologisk återvinning (Jensen, m.fl. 2014). Med den rapporten som grund har en uppföljning av etappmålet gjorts baserat på 2016 års siffror. Uppföljningen visar att omkring 40 procent av det uppkomna matavfallet från konsumtionsle-det rötas och komposteras år 2016 så att växtnäringsämnen tas tillvara att jämföra med målet på 50 procent. Motsvarande andel som rötas och där återföring av näringsämnen och utvinning av energi sker uppgår till 32 procent år 2016, att jämföra med målet på 40 procent. Även om de insamlade matavfallsmängderna till biologisk behandling har ökat betydligt under de senare åren visar uppföljningen att Sverige idag är en bra bit ifrån att klara återvinningsmålet även om målet inte behöver vara uppfyllt förrän 2018. De faktorer som har störst potential att öka återvinningsgraden utifrån genomförd studie är: Öka mängden insamlat matavfall till biologisk behandling. Idag är den andelen om-kring 51 procent av de uppkomna matavfallsmängderna. I de hushåll som idag har möjlighet att sortera ut sitt matavfall finns det en stor potential att öka utsorteringen eftersom andelen matavfall i restavfallet i dessa hushåll är cirka 24 procent. Detta jämfört med omkring 37 procent i hushåll som inte har någon matavfallsinsamling. Minska rejektmängderna som uppstår vid förbehandlingen vid samrötningsanlägg-ningar. Denna andel är idag cirka 22 procent av insamlade mängder matavfall. Idag är det viktigaste att få en biogödsel med en så bra kvalitet och med så lite oönskade material som möjligt för att kunna återföra näringsämnen. Eftersom det idag inte finns någon teknik för att enbart ta bort oönskade material är det oundvikligt att matavfall hamnar i rejektet. Öka återföringen av rötslammet till åkermark, skogsmark, anläggningsjord m.m. från kommunala avloppsreningsverk. Idag är det omkring 70 procent av uppkomna mäng-der rötslam som avsätts på ett sådant sätt att det kan klassas som återföring av näringsämnen.The aim of the study has been to follow up the milestone target regarding improved resource efficiency in the food chain. The objective is: "by 2018 at least 50 percent of food waste from households, institutional kitchens, shops and restaurants must be sorted and treated biologically so that plant nutrients are utilized, with at least 40 percent being treated so that the energy is also utilized." In practice, this means that 50 percent of the generated food waste must be treated biologically (composting and/or anaerobic digestion) of which at least 40 percent of the generated food waste amounts must be digested (recovery of energy) under the condition that the nutrients are utilized. During 2012 and 2013 on behalf of Swedish Environmental Protection Agency, SMED pro-posed a methodology to follow up the milestone target, both quality assured and cost efficiently. The methodology is available in the report Beräkningsmetod för uppföljning av etappmålet om resurshushållning i livsmedelskedjan, biologisk återvinning (Jensen, m.fl. 2014). The report has provided the basis in this work to follow up the interim objective for 2016. Today approximately 40 percent of the generated food waste amounts from households, large scale kitchens, shops and restaurants is sorted out and treated biologically (anaerobic digestion and composting) including utilization of nutrients compared to the set target of 50 percent. As for the second criteria of the target, 32 percent of the food waste from consumers was sorted out and treated by anaerobic digestion including recovery of energy and utilization of nutrients compared to the target of 40 percent. Although the collected food waste amounts for bio-logical treatment has increased significantly in recent years, the follow up shows that Sweden today is far away from reaching the objective, even though the objective does not have to be reached until 2018. The factors with the greatest impact to increase the degree of recycling are: Increase the quantity of food waste to biological treatment. During 2016, approximately 51 percent of the generated food waste was sorted out for biological treatment. Even in households which have the possibility to sort out their food waste, the share of food waste in the residual waste is about 24 percent on average. This compared to 37 percent in households without any separate collection of food waste. Decrease of the quantities of reject generated from the pretreatment of co- digestions plants which today amounts to 22 percent of the received amounts. Today it is most important to get a digestate with a very good quality and with as little unwanted material as possible in order to recover nutrients. Since there is currently no technology to only remove unwanted materials it is unavoidable that food waste ends up in the reject. Increase the share of utilization (farmland, woodland, plant soil etc.) of the nutrients in the sewage sludge from municipal wastewater treatment plants. Today about 70 percent of the sewage sludge is utilized

Variant Handling, Inheritance and Composition in the ObjectMath Computer Algebra Environment

ObjectMath is a high-level programming environment and modeling language for scientific computing which supports variants and graphical browsing in the environment and integrates object-oriented constructs such as classes and single and multiple inheritance within a computer algebra language. In addition, composition of objects using the part-of relation and support for solution of systems of equations is provided. This environment is currently being used for industrial applications in scientific computing. The ObjectMath environment is designed to handle realistic problems. This is achieved by allowing the user to specify transformations and simplifications of formulae in the model, in order to arrive at a representation which is efficiently solvable. When necessary, equations can be transformed to C++ code for efficient numerical solution. The re-use of equations through inheritance in general reduces models by a factor of two to three, compared to a direct representatio..