Identification and characterization of de novo germline TP53 mutation carriers in families with Li-Fraumeni Syndrome

Li-Fraumeni syndrome (LFS) is an inherited cancer syndrome caused by a deleterious mutation in TP53. An estimated 48% of LFS patients present due to a de novo mutation (DNM) in TP53. The knowledge of DNM status, DNM or familial mutation (FM), of an LFS patient requires genetic testing of both parents which is often inaccessible, making de novo LFS patients difficult to study. Famdenovo.TP53 is a Mendelian Risk prediction model used to predict DNM status of TP53 mutation carriers based on the cancer-family history and several input genetic parameters, including disease-gene penetrance. The good predictive performance of Famdenovo.TP53 was demonstrated using data collected from four historical US cohorts. We hypothesize that by incorporating penetrance estimates that are specific for different types of cancers diagnosed in family members, we can develop a model with further improved calibration, accuracy and prediction. We present Famdenovo.CS, which uses cancerspecific penetrance estimates that were derived previously using a Bayesian semiparametric competing risk model, to calculate the DNM probability. We validate Famdenovo.CS on 206 LFS families with known DNM status, from five different US cohorts. We used the concordance index (AUC), observed:expected ratios (OE) and Brier score (BS) to measure our model’s discrimination, calibration and accuracy, respectively. We use our model to analyze 101 families recently collected from the Clinical Cancer Genetic program at MD Anderson Cancer Center (CCG-MDA). We vii estimate the proportion of probands that present a DNM and compare DNM to FM carriers in several areas: cancer types diagnosed, age at diagnosis and mutations in TP53. Famdenovo.CS showed similar performance to Famdenovo.TP53 in terms of discrimination with AUC of 0.95 and 0.77 in validation sets A and B respectively; while improving on the model accuracy and calibration, demonstrated by a significant decrease in the BS (-0.091, 95%. CI [-0.19, -0.024]) and improved OE (1.17, 95% CI [0.90, 1.46]). Of the 101 probands in the CCG-MDA cohort, we predict 39 to be DNMs and 62 to be FMs. The cancer types and ages of diagnosis observed in FMs and DNMs are similarly distributed. DNMs in TP53 are a prevalent cause of LFS and we did not find differences in the clinical characteristics of DNM and FM carriers. Our model allows for a systematic identification and characterization of TP53 DNM carriers

CHEMICAL CARTOGRAPHY with APOGEE: METALLICITY DISTRIBUTION FUNCTIONS and the CHEMICAL STRUCTURE of the MILKY WAY DISK

Using a sample of 69,919 red giants from the SDSS-III/APOGEE Data Release 12, we measure the distribution of stars in the [/Fe] versus [Fe/H] plane and the metallicity distribution functions (MDFs) across an unprecedented volume of the Milky Way disk, with radius 3 < R < 15 kpc and height kpc. Stars in the inner disk (R < 5 kpc) lie along a single track in [/Fe] versus [Fe/H], starting with -enhanced, metal-poor stars and ending at [/Fe] ∼ 0 and [Fe/H] ∼ +0.4. At larger radii we find two distinct sequences in [/Fe] versus [Fe/H] space, with a roughly solar- sequence that spans a decade in metallicity and a high- sequence that merges with the low- sequence at super-solar [Fe/H]. The location of the high- sequence is nearly constant across the disk

Anales de Edafología y Agrobiología Tomo 44 Número 5-6

l. Suelos-Física. Dinámica superficial de un suelo calizo, por Juan L. de Olmedo Pujol.-- l. Suelos-Química. Extracción y fraccionamiento de la materia orgánica de suelos forestales bajo abetos y cedros de montañas mediterráneas de Marruecos, Argelia, Turquía y Grecia, por M. S. Marín, L. Corral y G. Paneque.-- Morfología y propiedades químicas de suelos forestales de Grecia. Suelos bajo Abies cephalonica, por M. S. Marín, L. Corral y G. Paneque.-- Influencia de los aniones silicato y fluoruro sobre la retención de fósforo en suelos volcánicos, por V. Hemando, J. Baez, B. Eleizaldet y V. García.-- Alfisoles de los Montes de Toledo. I. Perfil typic palexeralf. Estudio mineralógico de la fracción arcilla por difracción de rayos X y espectroscopia infrarroja, por P. Recio, M. T. García-González y J. García Vicente.-- Alfisules de los Montes de Toledo. II. Perfil Typic palexeralf. Estudio mineralógico de la fracción arcilla por métodos térmicos. Determinaciones analíticas elementales, por P. Recio, M. T. García González y J. García Vicente.-- Valoración del amonio no intercambiable en suelos de la región centro-oeste de España, por Moyano, A. y Gallardo, J. F.-- Suelos-Biología Efectos de la deforestación sobre los suelos de la comarca de Antequera (Málaga) I. Caracteres generales del área y morfología de los perfiles, por Barceló, G., Pdrraga, J., Ruiz Camacho, C. y Delgado Calvo-Flores, R.-- Efectos de la deforestación sobre los suelos de la comarca de Antequera (Málaga) II. Propiedades y clasificación de los perfiles, por Párraga, J., Barceló, G. y Delgado CalvoFlores, R.-- l. Suelos.-Fertilidad La sorción del fósforo en presencia de carbonato, bicarbonato y cloruro añadidos a suelos canarios, por J. Baez, J. M. Hemández Moreno, Benigna Eleizalde y M. Fernández. II. Biología Vegetal.-Nutrición Nutrición mineral de las leguminosas: Nitrógeno y Azufre, por Ligero, F. y Lluch, C.-- Molibdeno y contenido de compuestos metabólicos (Carbohidratos y proteínas) en Phaseolus vulgaris L., por Gómez, M. G., Marín, M. S. y Abad, J. B.-- Composición polifenólica del limbo foliar de los cultivares de vid airen y cencibel durante la fructificación, por Eugenio Revilla, Octavio Carpena y Jorge J. Mataix.-- Balance iónico en savia como índice de nutrición del tomate. Nueva metodología analítica aplicable "in situ", por M. J. Sarro, C. Cadahia y O. Carpena.-- II. Biología Vegetal.- Fisiología Sistemática de muestreo foliar en plantas de pimiento dulce cultivadas en invernadero bajo riego localizado. III. Influencia de la posición de la hoja en la planta sobre el balance iónico de extractos de peciolos foliares, por M. A. Martínez.Cañadas; F. Martínez-Sánchez, J. Vera y C. F. Alcaraz.-- Sistemática de muestreo foliar en plantas de pimiento dulce cultivadas en invernadero bajo riego localizado. IV. Tamaño de muestra representativa de un invernadero, por M. A. Martínez-Cañadas; J. Vera; F. Martínez.Sánchez y C. F. Alcaraz.-- Efectos combinados Ca x B y Mg x B en el desarrollo y nutrición del guisante, por Salinas, R. M., A . Cerdá, F. G. Fernández y M. Caro.-- Biología de las fluctuaciones del acaro de las maravillas (Acería sheldoni ewing) en un clima seco y su aplicación en controles fitosanitarios de limonero, por Ortuño, A., Hernansáez, A., Gómez, J. y Abrisqueta, J. Ma.-- Determinación rápida de un índice de color en tomate durante su maduración, por F. R. Romojaro, F. Martínez Sánchez y S . Llorente.-- Desarrollo foliar en plantas de pimiento dulce cultivadas en invernadero, por M.A . Martínez-Cañadas, F. Martínez-Sánchez, F. Sevilla y C. F. Alcaraz.-- II. Biología Vegetal.-Agrobiología Estudio de las características agronómicas del agua residual depurada y su u tilización en agricultura, por V. Pérez García, M. Fernández Falcón y E. Iglesias Jiménez.-- Evaluación de impactos climáticos en almendros, por J. Vera Muñoz y J. E. Garda García.-- BibliografíaPeer reviewe

Anales de Edafología y Agrobiología Tomo 45 Número 7-8

I. Suelos-Física. El modelo de balance hídrico del I.R.A.T. Por J. Vera.-- Comportamiento microestructural de suelos rojos mediterráneos bajo vegetación natural. Por J. L. de Olmedo Pujol.-- Estudio de las propiedades hidrodinámicas de perfiles instalados en lisímetros. II. Drenaje, capacidad de campo y agua útil. Por A. Paz GonzáLez, E. Méndez Domenech y F. Díaz-Fierros Viqueira.-- Estimación del balance hídrico de los suelos gallegos con escasa reserva. Por A. M. Martínez Cortizas.-- l. Suelos-Química - Efectividad del ácido clorhídrico y de la resina ácida de intercambio en la deserción de las arcillas. Por R. Ma Cequiel Solé, R. Cruañas Tarradas y J. Cardús Aguilar.-- l. Suelos-Génesis, clasificación y cartografía.-- Estudio de suelos en la comarca de Los Pedroches (Córdoba). II. Cartografia y clasificación de suelos. Por J. N. Recio Espejo, L. Corral Mora y G. Paneque Guerrero.-- Algunos problemas de clasificación en suelos de Sierra Nevada Por J. Aguilar Ruiz, J. Fernández Garda, T. Rodríguez Rebollo y C. Sierra Ruiz de la Fuente.-- Suelos sobre catenas hidromórficas en el Macizo de Ayllón. Relaciones con otros suelos del mismo área. Por J. J. lbáñez Martí y R. Jiménez Ballesta.-- l. Suelos- Fertilidad - Estudio de la retención de fósforo en suelos del Valle de Lemos (NO. de España), y estimación de las necesidades de fertilización fosfatada. Por J. Arines, M. J. Sáinz y Fábregas.-- Estudio de suelos en la comarca de Los Pedroches (Córdoba). l. Análisis de factores medioambientales y de sus relaciones con la fertilidad química de los suelos. Por J. M. Recio Espejo, L. Corral Moral y G. Paneque Guerrero.-- Dinámica del fósforo en un suelo calizo. l. Estudio de dos ritmos de adición de P sobre la arcilla mediante electroultrafiltración. Por A. Gárate, R. M. Cuesta y M. J. García Solana.-- The effect of oxalate and lactate anions on phosphorus retention in Canary soils. Por B. Eleizalde Luzárraga, J. Baez Baez, V. García García and C. E. Alvarez González.-- II. Biología Vegetal-Nutrición.-- Efecto de distintas concentraciones de nitrato sobre el crecimiento y la composición química de plantas de tomate cultivadas en hidroponía. Por C. Cadahia, M. J. Sarro, J. M. Peñalosa, R. O. Carpena Ruiz y P. Zornoza.-- Absorción de iones alcalinos y alcalinotérreos por cebada en función de la fertilización. Por N. Peinemann y A. J. Henry.-- Utilidad de la razón (Fe-soluble/Fe-total) en el diagnóstico de la deficiencia de hierro y manganeso en cerezos y ciruelos. Experiencias de campo. Por F. Sánchez-Alonso y M. Lachica.-- Influencia de la nutrición nitrogenada en los rendimientos y calidad de los frutos del tomate. Por F. J. López-Andreu, R. M. Esteban Alvarez y O. Carpena Artés.-- II. Biología Vegetal-Agrobiología.-- Acción del Amitrol sobre Rhizobium Meliloti T.A. (Fam: Rhizobiaceae, Gen: Rhizobium). Por B. Torralba Redondo, M. Flores Rodríguez, A. L. Villar Moreno y M. Ruiz Bellón.-- III. Trabajos recapitulativos. Determinación gravimétrica de la intensidad de transpiración en hojas de limonero. Por A. León, M. J. Sánchez Blanco, A. Torrecillas y F. del Amor.-- IV. BibliografíaPeer reviewe

Evaluation of Nutritional Practices in the Critical Care patient (The ENPIC study) : Does nutrition really affect ICU mortality?

The importance of artificial nutritional therapy is underrecognized, typically being considered an adjunctive rather than a primary therapy. We aimed to evaluate the influence of nutritional therapy on mortality in critically ill patients. Methods: This multicenter prospective observational study included adult patients needing artificial nutritional therapy for >48 h if they stayed in one of 38 participating intensive care units for ≥72 h between April and July 2018. Demographic data, comorbidities, diagnoses, nutritional status and therapy (type and details for ≤14 days), and outcomes were registered in a database. Confounders such as disease severity, patient type (e.g., medical, surgical or trauma), and type and duration of nutritional therapy were also included in a multivariate analysis, and hazard ratios (HRs) and 95% confidence intervals (95%CIs) were reported. We included 639 patients among whom 448 (70.1%) and 191 (29.9%) received enteral and parenteral nutrition, respectively. Mortality was 25.6%, with non-survivors having the following characteristics: older age; more comorbidities; higher Sequential Organ Failure Assessment (SOFA) scores (6.6 ± 3.3 vs 8.4 ± 3.7; P < 0.001); greater nutritional risk (Nutrition Risk in the Critically Ill [NUTRIC] score: 3.8 ± 2.1 vs 5.2 ± 1.7; P < 0.001); more vasopressor requirements (70.4% vs 83.5%; P=0.001); and more renal replacement therapy (12.2% vs 23.2%; P=0.001). Multivariate analysis showed that older age (HR: 1.023; 95% CI: 1.008-1.038; P=0.003), higher SOFA score (HR: 1.096; 95% CI: 1.036-1.160; P=0.001), higher NUTRIC score (HR: 1.136; 95% CI: 1.025-1.259; P=0.015), requiring parenteral nutrition after starting enteral nutrition (HR: 2.368; 95% CI: 1.168-4.798; P=0.017), and a higher mean Kcal/Kg/day intake (HR: 1.057; 95% CI: 1.015-1.101; P=0.008) were associated with mortality. By contrast, a higher mean protein intake protected against mortality (HR: 0.507; 95% CI: 0.263-0.977; P=0.042). Old age, higher organ failure scores, and greater nutritional risk appear to be associated with higher mortality. Patients who need parenteral nutrition after starting enteral nutrition may represent a high-risk subgroup for mortality due to illness severity and problems receiving appropriate nutritional therapy. Mean calorie and protein delivery also appeared to influence outcomes. ClinicaTrials.gov NCT: 03634943