The Amsterdam Declaration on Fungal Nomenclature

The Amsterdam Declaration on Fungal Nomenclature was agreed at an international symposium convened in Amsterdam on 19–20 April 2011 under the auspices of the International Commission on the Taxonomy of Fungi (ICTF). The purpose of the symposium was to address the issue of whether or how the current system of naming pleomorphic fungi should be maintained or changed now that molecular data are routinely available. The issue is urgent as mycologists currently follow different practices, and no consensus was achieved by a Special Committee appointed in 2005 by the International Botanical Congress to advise on the problem. The Declaration recognizes the need for an orderly transitition to a single-name nomenclatural system for all fungi, and to provide mechanisms to protect names that otherwise then become endangered. That is, meaning that priority should be given to the first described name, except where that is a younger name in general use when the first author to select a name of a pleomorphic monophyletic genus is to be followed, and suggests controversial cases are referred to a body, such as the ICTF, which will report to the Committee for Fungi. If appropriate, the ICTF could be mandated to promote the implementation of the Declaration. In addition, but not forming part of the Declaration, are reports of discussions held during the symposium on the governance of the nomenclature of fungi, and the naming of fungi known only from an environmental nucleic acid sequence in particular. Possible amendments to the Draft BioCode (2011) to allow for the needs of mycologists are suggested for further consideration, and a possible example of how a fungus only known from the environment might be described is presented

Sekans temelli tanılanan Yarrowia lipolytica suşlarının yıldız ağ analizi

Aim: The objectives of this study are, first, to investigate a star network analysis of phylogenetic trees of identified Y. lipolytica strains with or without one out-group, and secondly, to show the redundancy of the out-groups in phylogenetic tree.Material and Methods: In this study we used 22 Yarrowia lipolytica strains which were identified with sequencing of D1/D2 domain of 26S rDNA region, two phylogenetic trees were reconstructed by the neighbor joining method including an out-group or not. The starlike weighted network analysis of these two phylogenetic trees was investigated.Results: The adjacency matrix formalism of our weighted phylogenetic network with the outgroup looks like a directed star graph adjacency matrix. The lowest weight is the edge from the central node to Candida sake out-group (0.00008) corresponding to the narrowest edge. However, the edge going from central node to Yarrowia lipolytica TEM YL 19 has a weight of 0.0825 and the thickest structure.Conclusion: Thus network analysis show that phylogenetic relationship between close strain and subspecies can be confirmed and also the out-group in this phylogenetic tree is unnecessary due to the negligible change in the average weighted degree and its some statistical computations.Amaç: Bu çalışmanın amaçları, öncelikle dış-grup içeren ve içermeyen tanısı yapılmış Y. lipolytica suşlarının filogenetik ağaçlarının yıldız ağ analizidir. İkinci olarak filogenetik ağaçlardaki out-grupların önemsizliğinin gösterilmesidir.Materyal ve metotlar: Bu çalışmada 26S rDNA bölgesinin D1/D2 domainlerinin sekanslanmasıyla tanılanmış olan 22 Yarrowia lipolytica suşları kullanılmış ve dış-grup içeren ve içermeyen iki filogenetik ağaç neighbor joining yöntemi ile oluşturulmuştur. Bu iki filogenetik ağacın ağırlıklandırılmış yıldız ağ analizi incelenmiştir.Bulgular: Dış-grup içeren ağırlıklandırılmış filogenetik ağımızın bitişiklik matris ifadesi yönelimli bir yıldız şekilli bitişiklik matrisi ifadesine benzemektedir. En küçük ağırlık en ince hatta karşılık gelen, merkezi düğümden Candida sake dış-grubuna gelen hattır (0.00008). Bununla birlikte, merkezi düğümden Yarrowia lipolytica TEM YL 19 düğümüne giden hattın ağırlığı 0.0825 olup en kalın yapıyı teşkil eder.Sonuç: Ağ analizi, yakın suşlar ve alt türler arasındaki filogenetik ilişki doğrulanmıştır ve bu filogenetik ağaçlardaki dış-grup, ağırlıklandırılmış ortalama derecesinde göz ardı edilebilir değişiklikten ve bu nicelik üzerinden yapılan bazı istatistiksel hesaplamalardan dolayı gerekli değildir

Ege Bölgesi Koşullarında Organik Hayvan Yemi Yetiştiriciliğinde Farklı Münavebe Sistemlerinin Potansiyel Mikotoksijenik Küf Türleri Yönünden Araştırılması

Günümüzde organik ürünlere olan talep gittikçe artmaktadır. Organik hayvansal ürünler kaliteli, kalıntı içermeyen, refahına özen gösterilen hayvanlardan elde edildikleri; çevre dostu koşullarda üretildikleri, lezzetli ve yağ içerikleri daha düşük oldukları için tercih edilmektedirler (Kouba, 2003; Van Ryssen, 2003). Organik hayvan yetiştiriciliğinde hayvanlar organik yemlerle beslenmeli ve üreticilerin kendi çiftliklerinde yetiştirdikleri organik yem maddelerinin kullanımı esas olmalıdır. Ancak organik hayvan yetiştiriciliğinde organik yem gerek dünyada ve gerekse ülkemizde yeterli bir üretim miktarına sahip olmadığı gibi Türkiye’de organik yemlerin yem değeri açısından da ciddi problemleri vardır. Organik hayvan yemindeki en büyük problemlerden biri mikotoksin ve küf sorunudur

ORGANİK HAYVAN YEMLERİNDEN İZOLE EDİLEN Aspergillus flavus İZOLATLARININ POTANSİYEL AFLATOKSİJENİK ÖZELLİĞİNİN MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE DEĞERLENDİRİLMESİ

Hızla gelişen dünyada gittikçe artan nüfusa bağlı olarak uzun yıllar, tarım sistemlerinin devamlılığı, ürün kalitesi, çevre ve doğal kaynaklarda oluşabilecek zararlar gibi durumlar göz önünde bulunmaksızın hızlı ve kontrolsuz bir üretim sürecine girilmiştir. Fakat günümüzde giderek artan olumsuz koşullar nedeniyle, çevresel koşullarının sağlıklı beslenme ile bağlantılı olarak değerlendirilmesi gerekliliği ortaya çıkmıştır. Bu nedenle sağlıklı hayvansal ürünler yetiştirmek ve ekolojik sistemin korunması temel ilkesine dayanan organik hayvan yetiştiriciliğinde, gerek dünyada gerekse ülkemizde organik yem üretimi teşvik edilmeye başlanmıştır. Ancak organik ürünlere olan talep giderek artmasına rağmen Türkiye’deki organik yemlerin gerek üretim miktarı gerekse yem değeri açısından ciddi sorunları bulunmaktadır

Investigation of the presence of endofungal bacteria in Zygomycetes isolated from soil samples

The dynamic interactions between fungi and bacteria that coexist by creating complex communities are important for agriculture and human health. In our study, it was aimed to identify the endofungal bacteria in the hyphae of some Zygomycetes, which are especially common as plant pathogens in the agricultural lands of I. zmir provincial districts. For this aim, 237 Zygomycetes were isolated from soil samples taken from 237 different agricultural areas. The presence of endofungal bacteria in all fungal isolates was investigated by fluorescence microscopy and fluorescence in situ hybridization (FISH) with ribosomal RNA targeted oligonucleotide probes. Twenty Zygomycete isolates, in which we observed bacterial cells in the fungal hyphae with fluorescence microscopy and subsequently performed endofungal bacteria isolation, were identified pheno- and genotypically. Molecular identification of the endofungal bacteria was conducted by analysis of the sequences obtained after the total DNA amplification with primers specific for 16S rRNA gene regions belonging to the fungal metagenome. Alcaligenes faecalis (11), Bacillus circulans (1), Bacillus thuringiensis (3), Bacillus cereus (1), Klebsiella pneumoniae (2), Leucobacter aridicolis (1) and Serratia marcescens (1) were identified as endofungal bacterial species. The first endofungal presence of Alcaligenes faecalis, Bacillus circulans, Bacillus thuringiensis, Bacillus cereus and Leucobacter aridicolis species is reported.The authors are thankful to TUBITAK (116Z588), Ege University, Science Faculty and Ege University Scientific Research Projects Coordinator (BAP) (17-BIL-004) and Izmir Institute of Technology, Biotechnology and Bioengineering Central Research Laboratories. This study provided by BAP Project(17-BIL-004), Ege University and TUBITAK Project (116Z588). This study was supported by TUBITAK (116Z588) and BAP (17-BIL-004).TUBITAK [116Z588]; Ege University; Ege University Scientific Research Projects Coordinator (BAP) [17-BIL-004]; Izmir Institute of Technology, Biotechnology and Bioengineering Central Research Laboratories; BAP Project [17-BIL-004]; TUBITAK Project [116Z588]; BAP [17-BIL-004