OLEG SOKOLOV AND ANASTASIA ESHENKO: AMBIVALENT DISCURSIVE PRACTICES CHARACTERS’ NOMINATION IN MEDIA TEXTS

Объект исследования – современные тексты СМИ. Предмет исследования – вторичные номинации персонажей журналистских публикаций на криминальную тему. Методы исследования: дискурс-анализ текстов СМИ. Выводы: дискурсивные практики, используемые в СМИ, конструируют персонажей амбивалентно: человек, являющийся в уголовном деле обвиняемым, конструируется в текстах СМИ то как злодей, то как жертва; а человек, проходящий по уголовному делу в качестве пострадавшего, конструируется в текстах СМИ то как жертва, то как виновник преступления.The object of the research is modern media texts. The subject of the research is the secondary nominations of characters in journalistic publications on a criminal theme. Research methods: discourse analysis of media texts. Conclusions: discursive practices used in the media construct characters in an ambivalent manner: a person who is accused in a criminal case is constructed in media texts either as a villain or as a victim; and a person passing in a criminal case as a victim is constructed in the texts of the media either as a victim or as the culprit of the crime

Intergeneric Hybridization of Two Stickleback Species Leads to Introgression of Membrane-Associated Genes and Invasive TE Expansion

Interspecific hybridization has occurred relatively frequently during the evolution of vertebrates. This process usually abolishes reproductive isolation between the parental species. Moreover, it results in the exchange of genetic material and can lead to hybridogenic speciation. Hybridization between species has predominately been observed at the interspecific level, whereas intergeneric hybridization is rarer. Here, using whole-genome sequencing analysis, we describe clear and reliable signals of intergeneric introgression between the three-spined stickleback (Gasterosteus aculeatus) and its primarily distant freshwater relative to the nine-spined stickleback (Pungitius pungitius) that inhabit northwestern Russia. Through comparative analysis, we demonstrate that such introgression phenomena occur in the moderate-salinity White Sea basin, although it is not detected in Japanese sea stickleback populations. Bioinformatical analysis of the sites influenced by introgression showed that they are located near transposable elements, whereas those in protein-coding sequences are primarily found in membrane-associated and alternative splicing-related genes.Intergeneric Hybridization of Two Stickleback Species Leads to Introgression of Membrane-Associated Genes and Invasive TE ExpansionpublishedVersio

ПРИМЕНЕНИЕ ПОЧЕЧНО-ЗАМЕСТИТЕЛЬНОЙ ТЕРАПИИ У ДЕТЕЙ КЕМЕРОВСКОЙ ОБЛАСТИ

The paper features comparative outcomes of applying different methods of renal replacement therapy for acute renal failure and chronic renal failure in children at the pediatric dialysis unit of the Russian children’s hospital «Zonal perinatal centre» in Novokuznetsk. The use of renal replacement therapy as an optimal method for achieving adequate and effective replacement of kidney function is validated. There are treated 58 children, 37 patients with acute kidney injury and 21 with terminal chronic renal failure. Acute renal failure was prevailed in preschoolers of 1–6 years old children – 24 (64,8 %), the terminal chronic renal failure in school children and teenagers – 16 (76,2 %). The renal replacement therapy used in 5 (13,5 %) patients with septic diseases, and in 6 (16,2 %) patients with poisons diseases. Methods of renal replacement therapy is effectively cleansing of the blood in critically ill patients. This method can reduce the rate of mortality and effectively adjust homeostasis in severe infections, septic diseases, multiple organ dysfunction syndrome and in patients with poisons diseases. Application of peritoneal dialysis allows as effective replacement of renal function in the children with difficulty vascular access.Представлены результаты применения методов почечно-заместительной терапии детям с острой и хронической почечной недостаточностью в отделении анестезиологии-реанимации МБЛПУ «Зональный перинатальный центр» г. Новокузнецка в 2005–2015 гг. как оптимальных методов, позволяющих обеспечить адекватное и эффективное замещение почечной функции и детоксикацию при критических состояниях. Пролечено 58 детей, из них 37 с острым почечным повреждением и 21 с терминальной хронической почечной недостаточностью. Острая почечная недостаточность превалировала у дошкольников 1–6 лет – 24 (64,8 %) случая, терминальная хроническая почечная недостаточность у школьников и подростков – 16 (76,2 %). По внепочечным показаниям методы ПЗТ применялись у 5 (13,5 %) пациентов с гнойно-септическими заболеваниями и у 6 (16,2 %) токсикологических больных. Методы почечно-заместительной терапии дают возможность безопасно и эффективно проводить очищение крови у критически тяжелых пациентов, снизить летальность, эффективно корректировать гомеостаз при тяжелых инфекционных заболеваниях, гнойно-септических процессах, синдроме полиорганной недостаточности, а также у токсикологических больных. Применение перитонеального диализа позволяет обеспечить адекватное и эффективное замещение почечной функции при сложности постановки сосудистого доступа у ребенка

Effect of training-sample size and classification difficulty on the accuracy of genomic predictors

Introduction: As part of the MicroArray Quality Control (MAQC)-II project, this analysis examines how the choice of univariate feature-selection methods and classification algorithms may influence the performance of genomic predictors under varying degrees of prediction difficulty represented by three clinically relevant endpoints. Methods: We used gene-expression data from 230 breast cancers (grouped into training and independent validation sets), and we examined 40 predictors (five univariate feature-selection methods combined with eight different classifiers) for each of the three endpoints. Their classification performance was estimated on the training set by using two different resampling methods and compared with the accuracy observed in the independent validation set. Results: A ranking of the three classification problems was obtained, and the performance of 120 models was estimated and assessed on an independent validation set. The bootstrapping estimates were closer to the validation performance than were the cross-validation estimates. The required sample size for each endpoint was estimated, and both gene-level and pathway-level analyses were performed on the obtained models. Conclusions: We showed that genomic predictor accuracy is determined largely by an interplay between sample size and classification difficulty. Variations on univariate feature-selection methods and choice of classification algorithm have only a modest impact on predictor performance, and several statistically equally good predictors can be developed for any given classification problem

Молекулярная гетерогенность и анализ отдаленной выживаемости пациентов с гастроинтестинальными стромальными опухолями

Introduction. Gastrointestinal stromal tumors (GISTs) are the most common mesenchymal tumors of the gastrointestinal tract the character diagnostic feature of which is CD117 (KIT) expression. GISTs are clinically diverse and have different genetic alterations that may have predictive and prognostic significance.Aim – the study of clinical, morphological and genetic features of GISTs to assess the overall survival (OS) of patients with various profiles of genetic disorders for elucidation the factors contributing to prognosis.Materials and methods. A total 244 GIST patients who received combined treatment were enrolled in the study and their clinical characteristics and mutational status of KIT, PDGFRA, BRAF were analyzed. SDH-deficient GISTs were detected using IHC-analysis of SDHB expression.Results. Stromal tumors developed in stomach (50 %), small intestine (37.7 %), colon or rectum (8.6 %), esophagus (0.4 %) and extraorganically (EGIST, 5.7 %). Overall survival correlated with gastric site (p = 0.005), tumor size <10 cm (p = 0,0001) and mitotic count HPF< 10 / 50 (p = 0.007). KIT mutations were found in 168 (68.9 %) and PDGFRA – in 31 (12.1 %) of GISTs, 14 novel mutations were detected. Mutations in KIT exon 11 were found in 140 (57.4 %) tumors, 10-year OS, 51 %, median 124 months. Patients with deletions had lower OS than patients with substitutions or duplications in KIT exon 11 (p = 0,023). The lowest OS was in patients with primary mutations in KIT exons 13 or 17 (median 28 months) and duplications in KIT exon 9 (median 71 months). There was a low OS of young patients with homozygous KIT mutations, mutations that begin in intron and two simultaneous KIT mutations. GISTs with PDGFRA mutations were located in stomach and had no metastases, 10-year OS, 63 %, median 175 months. KIT / PDGFRA mutations were not observed in 45 (18.4 %) patients (wild-type GIST), 10-year OS, 59 %, median 250 months. Wild-type GISTs with BRAF, NF1 mutations and SDH deficiency were detected. The better OS was demonstrated by patients with BRAFV600E (10-year ОS, 84 %, median 97 months) and SDH deficiency (10-year and 15-year OS, 82 %).Conclusion. Genetic analysis is necessary to clarify GIST prognosis and predict the effectiveness of targeted therapy. The clinical, morphological and genetic diversity of GISTs was confirmed. Wild-type GISTs with BRAF mutations and SDHdeficiency were identified in the Russian population for the first time. The long-term 10- и 15-year OS of GIST patients were evaluated.Введение. Гастроинтестинальные стромальные опухоли (ГИСО) – наиболее частые мезенхимальные опухоли желудочно-кишечного тракта, диагностической особенностью которых, является экспрессия СD117 (KIT). Гастроинтестинальные стромальные опухоли отличаются широким спектром генетических нарушений, которые имеют предиктивное и прогностическое значение.Цель исследования – изучение клинико-морфологических и генетических характеристик ГИСО для оценки общей выживаемости (ОВ) пациентов с различным профилем генетических нарушений.Материалы и методы. Проанализированы клинико-морфологические особенности и мутационный статус KIT, PDGFRA и BRAF у 244 пациентов с ГИСО, получавших комбинированное лечение. Дефицит SDH в ГИСО определяли по экспрессии SDHB с помощью иммуногистохимического анализа.Результаты. Стромальные опухоли встречались в желудке (50 %), тонкой кишке (37,7 %), толстой кишке (8,6 %), пищеводе (0,4 %) и экстраорганно (ЭГИСО; 5,7 %). Выживаемость выше при локализации опухоли в желудке (p = 0,005), коррелирует с размером опухоли (p = 0,0001) и количеством митозов (p = 0,007). Мутации в 9, 11, 13 и 17‑м экзонах KIT выявлены в 168 (68,9 %) ГИСО, мутации в 12 и 18‑м экзонах PDGFRA – в 31 (12,1 %) ГИСО, обнаружены 14 новых мутаций. В 140 (57,4 %) ГИСО выявлены мутации в 11-м экзоне KIT, 10-летняя ОВ пациентов составила 51 %, медиана 124 мес. Общая выживаемость пациентов с делециями ниже (p = 0,023), чем с заменами и дупликациями в 11-м экзоне KIT. Самая низкая ОВ отмечена у пациентов с первичными мутациями в 13-м или 17-м экзонах KIT (медиана 28 мес) и дупликациями в 9-мм экзоне KIT (медиана 71 мес). Низкие показатели ОВ выявлены у молодых пациентов с гомозиготными мутациями KIT, мутациями, начинающимися в интроне, и двумя одновременными мутациями KIT. Опухоли с мутациями PDGFRA располагались в желудке, не метастазировали, 10-летняя ОВ составила 63 %, медиана 175 мес. Мутации KIT / PDGFRA не обнаружены у 45 пациентов (ГИСО дикого типа); 10-летняя ОВ составила 59 %, медиана 250 мес. Выявлены ГИСО дикого типа с мутациями BRAF, NF1, дефицитом SDH. Лучшие показатели ОВ отмечены у пациентов с мутацией BRAFV600E (10-летняя ОВ – 84 %; медиана 97 мес) и с дефицитом SDH (10- и 15-летняя ОВ – 82 %).Заключение. Генетический анализ необходим для уточнения прогноза ГИСО и предсказания эффективности таргетной терапии. Подтверждено клинико-морфологическое и генетическое многообразие ГИСО, впервые в российской популяции выявлены ГИСО дикого типа с мутациями BRAF и дефицитом SDHB, впервые оценена 10- и 15-летняя ОВ пациентов с комбинированным лечением

Фенотипическая пластичность метастатической меланомы

Introduction. Metastatic melanoma is characterized by clinical and morphological heterogeneity and plasticity. Rare cases of metastatic melanoma are known, that have no visual expression of melanocytic markers. Contradictory histology of such melanomas requires a differential diagnosis from morphologically similar non- melanocytic tumors, sarcoma or lymphoma. objective is to describe the extraordinary cases of metastatic melanomas with low expression of differentiation markers. material and methods. 15 melanoma cases with unusual clinical and morphological characteristics were included in the study. These tumors were examined by pathologist and cytologist, by immunohistochemical and FISH analyses, mutations in BRAF, NRAS and KIT genes were detected by PCR. results. Some primary tumors were amelanotic, therefore, they were difficult for differential tumor diagnosis. Most frequently, primary tumors were located on the back, shin or head. In 4 patients the primary focuses were not detected. Metastatic lesions were as large nodular tumors in soft tissues of the back or lower limb. Most tumors belong to mixed or spindle-cell histological types. Spindle-shaped cells were also revealed by cytological analysis. BRAF gene mutations were identified by genetic analysis in 27 % of tumors, NRAS and KIT gene mutations were not detected. In 4 cases FISH analysis was performed to detect EWSR1 gene rearrangements, but it did not confirm the diagnosis of sarcoma. conclusion. The results indicate the presence of a heterogeneous group of melanoma cases, which have a number of morphological and molecular features that bring them closer to sarcomas.Актуальность. Метастатическая меланома отличается клинико-морфологической гетерогенностью и пластичностью. Встречаются редкие случаи метастатической меланомы, которые практически не экспрессируют меланоцитарных маркеров. Гиcтологически такие меланомы требуют дифференциальной диагностики от морфологически сходных немеланоцитарных опухолей, саркомы или лимфомы. Цель исследования – исследование неординарных случаев метастатической меланомы с низкой экспрессией дифференцировочных маркеров. материал и методы. Описаны 15 случаев меланомы с необычными клинико-морфологическими характеристиками. Опухоли подверглись морфологическому, цитологическому исследованию, иммуногистохимическому и FISH-анализу, были определены мутации в генах BRAF, NRAS и KIT. Результаты. Первичные меланомы часто не содержали пигмента, что затрудняло дифференциальную диагностику опухоли. Опухоли располагались чаще всего на спине, голени или голове, у 4 пациентов первичные очаги не выявлены. Метастатические поражения представляли собой крупные узловые новообразования в мягких тканях в области спины либо нижней конечности. Большинство опухолей относились к смешанному или веретеноклеточному гистологическим типам. Веретенообразные клетки отмечены и при цитологических исследованиях. При генетическом анализе мутации в гене BRAF выявлены в 27 % меланом, мутации в генах NRAS и KIT не обнаружены. В 4 случаях с помощью FISH проведен анализ на наличие реаранжировки гена EWSR1, при этом диагноз саркомы не подтвердился. Полученные результаты указывают на гистологическую и молекулярную неоднородность и фенотипическую пластичность исследованных меланом. Ряд выявленных молекулярно-генетических особенностей сближает эти опухоли с саркомами

Иммунологические аспекты и особенности когорты умерших пациентов с коинфекцией ВИЧ / COVID-19

   SARS-CoV-2 pandemic is now a global medical and social problem. Little is known about its impact on some vulnerable subgroups, such as immunocompromised patients. Therefore, there is still a strong interest in exploring the impact of SARS-CoV-2 infection among HIV-positive individuals worldwide.   Aim of the study: to analyze immunological aspects of the deceased patients with HIV/COVID-19 coinfection.   Materials and methods. We provided retrospective analysis of 258 patient’s electronic medical records. All patients were admitted to the Infectious diseases hospital № 2 with HIV / COVID-19 coinfection and died in May 2020 – February 2022. Standard immunological parameters were analyzed like CD4+, CD8+ counts and immunoregulatory index for different patient’s subgroups. Statistical data processing was provided by SPSS 17 version (allowable error E = 5 %).   Results and discussion. The study demonstrated CD4+ and CD8+ reduction in HIV-infected with COVID-19. Late HIV-presenters didn’t display such phenomenon probably because of immune system exhaustion. COVID-19 itself in some cases could lead to immunodeficiency worsening due to depletion of T cell populations in HIV-patients on effective antiretroviral therapy.   Conclusion. Comprehension of different immunological characteristics in HIV / COVID-19 coinfected patients could improve therapeutic approaches for this challenging cohort.   Пандемия SARS-CoV-2 в настоящее время является важной медико-социальной проблемой в современном мире. Информация о течении данной инфекции среди уязвимых подгрупп населения, например, таких как пациенты с иммунодефицитами, довольно ограничена. Вследствие этого интерес многих исследователей направлен на изучение течения COVID-19 у ВИЧ-инфицированных пациентов.   Цель: изучить иммунологические особенности в группе умерших ВИЧ-инфицированных пациентов с новой коронавирусной инфекцией.   Материалы и методы. Проведен ретроспективный анализ 258 электронных медицинских карт пациентов, скончавшихся в Клинической инфекционной больнице № 2 с диагнозом ВИЧ / COVID-19-коинфекции за период с мая 2020 г. по февраль 2022 г. Для выявления особенностей иммунограмм анализировались стандартные показатели иммунного статуса, такие как абсолютное и относительное содержание CD4+ и CD8+ лимфоцитов, иммунорегуляторный индекс. Статистическая обработка данных проводилась при помощи пакета программ SPSS 17 версия (допустимая ошибка Е = 5 %).   Результаты. Установлено, что на фоне COVID-19 у ВИЧ-инфицированных пациентов происходит дальнейшее усугубление иммунодефицита за счет CD4+ и CD8+ субпопуляций лимфоцитов. Пациенты с впервые выявленной ВИЧ-инфекцией подобного феномена в нашем исследовании не демонстрировали, вероятно, в связи с истощением иммунной системы. На примере группы пациентов, получающих эффективную антиретровирусную терапию (АРТ), с контролируемой ВИЧ-инфекцией удалось продемонстрировать, что COVID-19 непосредственно способна приводить к утяжелению иммунодефицита за счет достоверного снижения уровней CD4+ и CD8+ лимфоцитов, и данные изменения отличались высокой дифференциально-диагностической значимостью.   Заключение. Понимание особенностей течения COVID-19 у ВИЧ-инфицированных пациентов может способствовать оптимизации терапевтической тактики в этой непростой когорте больных

МОРФОФУНКЦИОНАЛЬНЫЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ САРКОМЫ М-1 КРЫС ПОСЛЕ ФОТОДИНАМИЧЕСКОЙ ТЕРАПИИ С ПРОИЗВОДНЫМ БАКТЕРИОХЛОРОФИЛЛА А

The study of the functional morphology of rat sarcoma M-1 after photodynamic therapy using bacteriopurpurinimide disulfide derivative (disulfide-BPI) as a photosensitizer is described. The research methods included immunohistochemistry for PCNA and CD31, evaluation of mitotic activity and apoptosis of tumor cells, as well as computer analysis of microscopic images. Photoinduced antitumor effect was shown to be due to the destruction of sarcoma M-1 vascular bed, the rapid inhibition of proliferative activity and devitalization of tumor cells by apoptosis and necrosis. It is reasonable to suppose that in the early stages after photodynamic therapy destruction of the microvasculature and photocytostatic shock of tumor cells with subsequent development of necrosis are caused by direct influence of the light flux on sensitized cellular elements in parenchyma and stroma of tumors. The efficiency of photodynamic therapy with the novel photosensitizer is determined by the sequence of destructive and inflammatory changes in tumor parenchyma and surrounding tissues, as well as repopulation potential of tumor cells survived after treatment.В работе описаны результаты изучения функциональной морфологии саркомы М-1 крыс после фотодинамической терапии с применением в качестве фотосенсибилизатора дисульфидного производного бактериопурпуринимида (дисульфид-БПИ). Методы исследования включали иммуноокрашивание на PCNA и CD31, определение митотической активности и апоптотической гибели опухолевых клеток, а также компьютерный анализ микроскопических изображений. Показано, что фотоиндуцированное противоопухолевое действие обусловлено разрушением сосудистого русла саркомы М-1, быстрым ингибированием пролиферативной активности и девитализацией опухолевых клеток путем апоптоза и некроза. Есть основания полагать, что в ранние сроки после фотодинамической терапии деструкция микроциркуляторного русла и фотоцитостатический шок опухолевых клеток с последующим развитием некроза обусловлены прямым воздействием светового потока на сенсибилизированные клеточные элементы паренхимы и стромы опухолей. Эффективность фотодинамической терапии с новым фотосенсибилизатором определяется последовательностью деструктивных и воспалительных изменений в паренхиме опухолей и окружающих тканях, а также репопуляционным потенциалом выживших после лечения опухолевых клеток