Five distinct biological processes and 14 differentially expressed genes characterize TEL/AML1-positive leukemia

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The t(12;21)(p13;q22) translocation is found in 20 to 25% of cases of childhood B-lineage acute lymphoblastic leukemia (B-ALL). This rearrangement results in the fusion of <it>ETV6 </it>(<it>TEL</it>) and <it>RUNX1 </it>(<it>AML1</it>) genes and defines a relatively uniform category, although only some patients suffer very late relapse. <it>TEL/AML1</it>-positive patients are thus an interesting subgroup to study, and such studies should elucidate the biological processes underlying TEL/AML1 pathogenesis. We report an analysis of gene expression in 60 children with B-lineage ALL using Agilent whole genome oligo-chips (44K-G4112A) and/or real time RT-PCR.</p> <p>Results</p> <p>We compared the leukemia cell gene expression profiles of 16 <it>TEL/AML1</it>-positive ALL patients to those of 44 <it>TEL/AML1</it>-negative patients, whose blast cells did not contain any additional recurrent translocation. Microarray analyses of 26 samples allowed the identification of genes differentially expressed between the TEL/AML1-positive and negative ALL groups. Gene enrichment analysis defined five enriched GO categories: cell differentiation, cell proliferation, apoptosis, cell motility and response to wounding, associated with 14 genes -<it>RUNX1, TCFL5, TNFRSF7, CBFA2T3</it>, <it>CD9</it>, <it>SCARB1, TP53INP1, ACVR1C, PIK3C3, EGFL7</it>, <it>SEMA6A, CTGF, LSP1, TFPI </it>– highlighting the biology of the <it>TEL/AML1 </it>sub-group. These results were first confirmed by the analysis of an additional microarray data-set (7 patient samples) and second by real-time RT-PCR quantification and clustering using an independent set (27 patient samples). Over-expression of <it>RUNX1 (AML1) </it>was further investigated and in one third of the patients correlated with cytogenetic findings.</p> <p>Conclusion</p> <p>Gene expression analyses of leukemia cells from 60 children with <it>TEL/AML1</it>-positive and -negative B-lineage ALL led to the identification of five biological processes, associated with 14 validated genes characterizing and highlighting the biology of the <it>TEL/AML1</it>-positive ALL sub-group.</p

INTERET DE L'ACTIVITE FERROXYDASE DE LA CERULOPLASMINE AU COURS DES HEPATOPATHIES CHRONIQUES

ANGERS-BU Médecine-Pharmacie (490072105) / SudocSudocFranceF

La Troponine I cardiaque (TnIc) (intérêt comme marqueur de l'ischémie myocardique lors des épreuves d'effort (DES Biologie médicale))

RENNES1-BU Santé (352382103) / SudocPARIS-BIUM (751062103) / SudocSudocFranceF

Mise au point sur le dosage de la lactacidemie (applications dans le domaine sportif chez l'homme et le cheval)

TOURS-BU Sciences Pharmacie (372612104) / SudocSudocFranceF

Analyse génomique et transcriptomique des glioblastomes multiformes

Les glioblastomes comptent parmi les tumeurs du système nerveux central les plus dévastatrices. Les avancées de la Génomique Fonctionnelle et notamment le développement des technologies "haut-débit" - comme celui des puces à ADN - permet aujourd'hui l'appréhension globale du génome et du transcriptome de ces tumeurs. Elles rendent possibles l'identification de molécules impliquées dans l'initiation, le développement et la progression tumorale ainsi que la découverte de biomarqueurs utiles à améliorer la prise en charge des patients. Les travaux de recherche que nous rapportons ici s'incrivent dans un tel contexte, l'objectif initial ayant été de participer à la caractérisation génomique et transcriptomique des glioblastomes. Plus précisément, nous avons identifié les altérations "pilotes" de l'ADN, - celles susceptibles d'exercer des effets pro-tumoraux en modifiant l'expression ou la fonction de certains gènes et particulièrement ceux capables de participer à la dérégulation des voies de signalisation essentielles à la tumorigénèse et à la survie des cellules. La réalisation de ces travaux a nécessité un développement méthodologique préalable afin de permettre l'appréhension simultanée des données issues des profilages pangénomiques du génome et du transcriptome. L'obtention de ces profilages et l'identification de ces altérations "pilotes" a ensuite permis d'établir une signature moléculaire caractéristique des glioblastomes. Nous avons également étendu nos travaux à la recherche de biomarqueurs pour le diagnostic et pronostic des patients atteints de gliomes malins. Cette thèse a fait l'objet d'une approche pluridisciplinaire, - approche nécessaire à la réalisation des études "haut-débit". Nous avons par conséquent tenu à constituer une introduction conséquente dont la lecture donnerait à chacun, - cliniciens, biologistes, statisticiens -, les fondamentaux nécessaires à la compréhension de notre travail.Glioblastomas are among the most devastating of human nervous system tumors. Advances in Functional Genomic and particularly in the development of high-throughput technologies - such as microarrays -, allow the analysis of both DNA alterations and gene expression changes on a genome-wide scale. They make possible the identification of molecules involved in tumor initiations, development and progression as well as the discovery of useful biomarkers to improve patient care. The present research takes place in such a context. Our initial objective was to provide genomic and transcriptomic characterization of glioblastomas. We had specificially to identify the DNA alterations that directly drives the disease process - i.e. alterations that may exert their tumor-promoting effect by modifying the expression or function of distinct genes, so as to deregulate growth factor signaling and survivor pathways. Completion of this project has firstly required a methodological development to allow the simultaneous analysis of large scale data sets coming from different "-omic" areas. Glioblastoma genome and transcriptome profiling were obtained and combined to provide a robust molecular signature characterizing these tumors. We have also expanded our work to search for biomarkers for diagnosis and prognosis of patient with malignant gliomas. This thesis has been driven by a multidisciplinary approach - such an approach being necessary to the analysis of high throughput studies. We therefore wished to provide a substantial introduction, which would help everyone - clinicians, biologists, and statisticians - to get the fundamentals required to understand our work.RENNES1-BU Santé (352382103) / SudocSudocFranceF

Analytical performance of the serum free light chain assay

Peer Reviewe

Iron-related transcriptomic variations in CaCo-2 cells, an in vitro model of intestinal absorptive cells.

Ouest GenopoleInternational audienc

Détection électronique de protéines d'intérêt pour l'aide au diagnostic et au criblage de nouvelles cibles thérapeutiques

National audienc

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