ResCap: plant resistance gene prediction and probe generation pipeline for resistance gene sequence capture

The discovery of novel resistance genes (R-genes) is an important component in disease resistance breeding. Nevertheless, R-gene identification from wild species and close relatives of plants is not only a difficult but also a cumbersome process. In this study, ResCap, a support vector machine-based high-throughput R-gene prediction and probe generation pipeline has been developed to generate probes from genomic datasets. ResCap contains two integral modules. The first module identifies the R-genes and R-gene like sequences under four categories containing different domains such as TIR-NBS-LRR (TNL), CC-NBS-LRR (CNL), Receptor-like kinase (RLK) and Receptor-like proteins (RLPs). The second module generates probes from extracted nucleotide sequences of resistance genes to conduct sequence capture (SeqCap) experiments. For the validation of ResCap pipeline, ResCap generated probes were synthesized and a sequence capture experiment was performed to capture expressed resistance genes among six spring barley genotypes. The developed ResCap pipeline in combination with the performed sequence capture experiment has shown to increase precision of R-gene identification while simultaneously allowing rapid gene validation including non-sequenced plants

Genetic diversity, population structure and linkage disequilibrium in Nordic spring barley (Hordeum vulgare L. subsp. vulgare)

201

Jordbruksåtgärder för att minska kadmium i grödor

Kadmium (Cd) är ett skadligt ämne och att minska upptaget av det i våra grödor är prioriterat för att minska negativa effekter på folkhälsan och klara de gränsvärden för livsmedel som har satts upp inom EU. Växters förmåga att ta upp Cd från marken och ackumulera det i de ätliga delarna skiljer sig mellan arter, men även mellan relativt närbesläktade arter och sorter inom samma gröda. Salix tar t.ex. upp förhållandevis stora mängder Cd från marken. Mängden Cd som en gröda tar upp och ackumulerar i de ätliga delarna styrs delvis av det genetiska arvet. Det finns således goda förutsättningar att kunna ta fram låg-Cd-sorter med hjälp av växtförädling. Kortsiktigt utgör indirekta urvalsmetoder såsom markörassisterad eller genomisk selektion lovande alternativ för att kunna effektivisera och påskynda förädlingsprocessen. Samtidigt skulle inkludering av Cd-halt som en egenskap för bedömning i svensk odlingsvärdeprovning (VCU) kunna leda till att fler lågCd-sorter kommer in på den nationella sortlistan och kan saluföras. En grödas Cd-upptag påverkas även av miljön där faktorer såsom årsmånsvariation, odlingsåtgärder och odlingsplats har en stor inverkan. Kadmiumupptaget i grödan kan t.ex. minska genom aktiv förändring av markegenskaper eller tillförsel av olika ämnen. Ett ökat pH-värde eller mullhalt samt tillförsel av biokol är åtgärder som har potential att binda Cd i marken och därmed minska upptaget. Likaså har tillförsel av kisel och selen visat sig kunna minska upptaget p.g.a. interaktioner med Cd, men effekten varierar beroende på tillförd mängd och gröda och fler försök i större skala behövs för att utreda effekterna i fält. Tillförsel av kväve och klorid kan istället leda till ett ökat Cd-upptag. Inga riktlinjer för kvävegödsling bör dock ändras eftersom detta skulle få negativa konsekvenser på produktionen samt att effekten troligen är störst vid överoptimala givor. Mekanismer och effekten av klorid bör utredas vidare för att kunna ge underlag till eventuell avrådan från tillförsel av kloridhaltiga gödselmedel. Salix har potential att användas för att rena mark från Cd genom s.k. fytoremediering. Osäkerhet kring metodens effektivitet under fältförhållanden samt minskat intresse för salixodling innebär att det är tveksamt om metoden kommer att användas i någon större utsträckning. Det finns behov av mer detaljerad kartläggning av Cd-halter i åkermark och gröda för att på ett bättre sätt kunna identifiera riskområden. Ny teknik, som marksensorer och digital markkartering gör det lättare att genomföra. De första fungerande modellerna för att prediktera Cd-halt i mark har utvecklats och detaljerade kartor över Cd-halt i matjord i större delen av åkermarken i Sverige har tagits fram med hjälp av modellerna. Någon mer avancerad modell för att direkt kunna prediktera Cd-halt i grödor är ännu inte framtagen. En sådan är ganska svår att åstadkomma eftersom många faktorer i ett dynamiskt samspel bestämmer upptaget av Cd i växten. Jämförelser med analysdata över Cd-halt i grödan och predikterad halt i mark har dock använts för att lokalisera områden i Sverige där sannolikheten är stor att halterna i grödor generellt är hög. En åtgärd som bör prioriteras för att öka kunskapen om hur olika faktorer påverkar Cd-upptag och ackumulering i våra grödor är etablering av fleråriga försök där samma sorter odlas på olika platser och med olika odlingsåtgärder. Med sådana försök skulle man kunna identifiera lämpliga odlingsåtgärder samt låg-Cd-sorter som har stabilt låga Cd-halter under olika miljöförhållanden och på så vis kunna rekommendera sorter för odling på åkermark med låga till medelhöga Cd-halter. När det gäller odling av vete och potatis på åkermark med mycket höga halter av Cd, kommer sannolikt även framtida låg-Cd-sorter uppnå högre Cd-halter än vad som är lämpligt för livsmedel. Vete och potatis som odlats på sådan åkermark kan t.ex. användas som råvara för etanolproduktion och foder

Population structure and phylogeography of Elymus mutabilis and its genetic relationships with E. transbaicalensis (Poaceae)

Elymus mutabilis is a morphologically diverse species in the Poaceae family growing in Eurasia from northern Europe to far east Russia and southwards to central Asia. Elymus transbaicalensis occurs in similar habitats and is considered closely related to E. mutabilis and sometimes even referred to as a subspecies or synonym. Based on high similarity in morphology and habitat, molecular studies are needed to establish whether E. mutabilis and E. transbaicalensis can be considered as two distinct species. Thus, the objective of this study was to study diversity, relationships among populations and the phylogeographical structure of E. mutabilis and E. transbaicalensis using genotyping-by-sequencing (GBS). In total 68 individuals of E. mutabilis were sampled from 18 populations collected from northern Europe, central Asia and far east Russia, representing the central and two peripheral parts of the natural distribution of the species. The results reveal a clear distinction between E. mutabilis and E. transbaicalensis and no introgression. The phylogeographic structure of E. mutabilis follows the geographical distribution of the species. Populations from northern Europe, southern Siberia and far east Russia together form a clade separated from the peripheral populations in central Asia, indicating a common ancestry of the latter. Phylogenetic analyses revealed a radiation pattern among populations in northern Europe indicating a founding followed by rapid dispersal

Health consultation to achieve lifestyle change

Bakgrund: Patientföljsamhet har en betydelsefull roll för att få en effektiv behandling. Motiverande samtal kan användas för att få patienten att hitta sin egen motivation för att uppnå livsstilsförändring samt följsamhet till behandling. Genom en hälsosammare kost tillsammans med rökstopp och ökad fysisk aktivitet skulle 80 % av alla fall av hjärtsjukdom, 90 % av diabetessjukdom och 30 % av all cancersjukdom, kunna förebyggas. Syfte: Att belysa hur sjuksköterskan, genom hälsosamtal med fokus på motiverande samtal, kan motivera och stödja patienten till en livsstilsförändring. Metod: En litteraturöversikt gjordes där 13 artiklar valdes ut för analys. Resultat: Hälsosamtal med inriktning på motiverande samtal visade sig ha positiva effekter på motivationen till att genomgå en livsstilsförändring och följsamheten för att följa behandlingsrekommendationerna. Motiverande samtal upplevdes positivt och förmedlade en god kommunikation mellan sjuksköterska och patient. Såväl svårigheter som möjligheter identifierades med metoden. Diskussion: Att visa empati, använda öppna frågor och reflektivt lyssnande identifierades som viktiga egenskaper i samtalet mellan patient och sjuksköterska. Att stödja patienten att tro på sig själv och sin egen förmåga till förändring var den främsta faktorn som gjorde patienten redo för att genomgå en livsstilsförändring. Motiverande samtal var en metod som ställer krav på sjuksköterskan och träning i metoden behövs. Det finns flera organisatoriska svårigheter som kan försvåra ett bra samtal. Slutsats: Ett bra hälsosamtal inriktat på motiverande samtal kan innebära ökad motivation hos patienten för att genomföra en livsstilsförändring och det kan öka följsamheten för behandlingsrekommendationerna med en bättre livskvalitet som resultat

Stress, arbetsbelastning och work-life balance En kvantitativ jämförelsestudie av arbetstidens påverkan på välbefinnande och stress

Syftet med studien är att utifrån arbetstagarens subjektiva upplevelser undersöka hur arbetstid påverkar välbefinnande och stress. Studien genomfördes med en kvantitativ ansats. En enkät besvarades av 47 respondenter på fyra arbetsplatser, varav två arbetar med sextimmars arbetsdag och två arbetar med åttatimmars arbetsdag. Resultatet presenteras huvudsakligen med hjälp av frekvensfördelningar, men även medelvärde används. För att analysera resultatet användes tidigare forskning om work-life conflict, stress och arbetsbelastning. Även role strain theory användes för att belysa den rollkonflikt som uppstår då arbetslivet ska kombineras med privatlivet. Resultatet visar att personalen som arbetar sextimmarsdagar i större utsträckning aldrig har problem att kombinera arbete med fritid. Personalen som arbetar åttatimmarsdagar upplever de flesta stressymptom mer frekvent än personalen som arbetar sextimmarsdagar, förutom gällande sömn samt värk i rygg och nacke. Resultatet visar inga tecken på att personalens arbetsbelastning höjs med en arbetstidsförkortning. Studiens slutsats blir således att personalen som arbetar sextimmarsdagar tenderar att ha bättre balans mellan arbete och fritid, samt skatta sin hälsa högre än personalen som arbetar åttatimmarsdagar

Functional analysis of the alpha10beta1 integrin

The aim of this thesis was to study the function of the integrin a10b1. Integrins mediate signals between cells and their environment and regulate several cellular processes such as cell migration, proliferation and differentiation. The a10b1 integrin is expressed mainly by chondrocytes, the only cell type present in cartilage, and facilitates binding of the chondrocytes to the extracellular matrix molecule collagen. However, the function of the a10b1 integrin in cartilage is not known. In this thesis we describe the structure of the mouse a10b1 integrin gene and report the finding of two alternatively spliced extracellular forms of the a10b1 integrin. We also demonstrate the chromosomal localization of the human and mouse a10 integrin genes. To analyze the role of this collagen-binding integrin during development and in adult mice we generated a mouse deficient in the a10b1 integrin, by gene targeting deletion. We found that a10b1–null mice suffered from a mild chondrodysplasia, and that they had shorter limbs than normal mice. The mutant mice showed structural defects in the growth plate and decreased chondrocyte proliferation. Further studies have revealed that the a10b1 integrin appears to be the only collagen-binding integrin expressed in the growth plate of 8-week old mice. Together, these data show that the a10b1 integrin plays an important role in the regulation of chondrocyte function and bone development

Att motivera till läsning : En undersökning om hur lärare i årskurs:1 motiverar sina elever till läsning.

In this essay I want to illuminate how teachers describe their work to increase motivation for reading in first grade. The teachers views on the concept of motivation and its complexes. Relevant research shows that there is a clear link between pupils learning and their motivation. The purpose of this essay is to contribute with knowledge about how teachers describe their work to increase pupils’ motivation for reading in first grade. The survey was conducted during the latter part of autumn -09 and the method that was used was qualitative interviews. Three teachers with long experience of first grade were each interviewed. The results showed that all the teachers found it difficult to concretely explain their views on the concept of motivation. According to the three informants this is rarely discussed in school. They shared a perception that motivation was found inside each pupil and that it could be satisfied in different ways. The teachers also described how they worked to increase pupils' motivation for reading. A few points they described and felt were important to pupils' motivation for reading was; the reading aloud importance, good reading - role models, the reading–book instruments and a books content. Keywords: motivation, reading, reading – book

Svarta marknaden : En studie av dagspressens rapportering av den illegalahandeln med ransonerade varor i Sverige 1941–1945

Syftet med den här studien är att undersöka vilken omfattning hade, och vilken syn förmedlade, den svenska dagspressen på ransoneringsbrottsligheten under kristidsåren 1941–1945. Studien behandlade åren 1941–1945 då den illegala handeln pågick som mest. Källmaterialet i studien var Dagens Nyheter, Svenska Dagbladet och Aftonbladet från den 1 januari 1941 till och med 31 december 1945. Rapporteringen av ransoneringsbrottsligheten i de tre tidningarna var inte omfattande i jämförelse med tidigare forskning om ransoneringsbrottsligheten. Enligt de tre tidningarna dömdes fler män än kvinnor för ransoneringsbrott och det rapporterades främst om personer delaktiga i någon svartabörsliga. Det vanligaste brott som begicks under den undersökta perioden var grova ransoneringsbrott. Varubrott och kupongbrott förekom men enligt tidningarna i betydligt mindre skala. Påföljderna som rapporterades var, böter, straffarbete och fängelse. Böter var mest förekommande, men vanligt var personer som dömdes till en kombination av två straff. I tidningarnas rapportering av svartabörsligorna, skriver Dagens Nyheter och Svenska Dagbladet om vilket brott mot ransoneringsbestämmelserna som begåtts, vilken typ av varor det rörde sig om och vilka följderna blev. Aftonbladet däremot rapporterar om hur livet kan se ut eller te sig för en person som försörjer sig på illegala affärer

"Det är ljudmolkyler som flyger" : Elevers föreställningar om fenomenet ljud

Studien är en kvalitativ studie som syftar till att kartlägga elevers föreställningar om ljudets spridning, utifrån vetenskapliga föreställningar och vardagsföreställning. Studien kartlägger även elevernas föreställningar om vad som påverkar ljudets hastighet. Den insamlade empirin bygger på elevintervjuer. Intervjuerna genomfördes med totalt 16 elever från årskurs 4 och 6, detta för att kunna jämföra elevernas föreställningar mellan årskurserna.   Studien visar att elever anser att ljud är ett abstrakt ämne som de har svårt att förklara. Resultatet visar att elever i årskurs 4 och 6 har flertalet vardagsföreställningar om ljud. Vardagsföreställningarna i studien kan tolkas utifrån att eleverna använder sina erfarenheter och försöker skapa individuella förklaringar på abstrakta fenomen. En av de vanligaste vardagsföreställningarna som går att identifiera i denna studie är att ljud ses som en egen enhet. I intervjuerna visade det sig även att eleverna har föreställningar om ljudets hastighet som inte kan ses grundas på vetenskapliga föreställningar. Inga stora skillnader kunde identifieras mellan föreställningarna hos eleverna i årskurs 4 och 6, förutom användningen av fysikaliska begrepp