Development and evaluation of double locus sequence typing for molecular epidemiological investigations of Clostridium difficile.

Despite the development of novel typing methods based on whole genome sequencing, most laboratories still rely on classical molecular methods for outbreak investigation or surveillance. Reference methods for Clostridium difficile include ribotyping and pulsed-field gel electrophoresis, which are band-comparing methods often difficult to establish and which require reference strain collections. Here, we present the double locus sequence typing (DLST) scheme as a tool to analyse C. difficile isolates. Using a collection of clinical C. difficile isolates recovered during a 1-year period, we evaluated the performance of DLST and compared the results to multilocus sequence typing (MLST), a sequence-based method that has been used to study the structure of bacterial populations and highlight major clones. DLST had a higher discriminatory power compared to MLST (Simpson's index of diversity of 0.979 versus 0.965) and successfully identified all isolates of the study (100 % typeability). Previous studies showed that the discriminatory power of ribotyping was comparable to that of MLST; thus, DLST might be more discriminatory than ribotyping. DLST is easy to establish and provides several advantages, including absence of DNA extraction [polymerase chain reaction (PCR) is performed on colonies], no specific instrumentation, low cost and unambiguous definition of types. Moreover, the implementation of a DLST typing scheme on an Internet database, such as that previously done for Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa ( http://www.dlst.org ), will allow users to easily obtain the DLST type by submitting directly sequencing files and will avoid problems associated with multiple databases

О частотно-контрастной характеристике системы технического зрения, построенной на КМОП- и ПЗС- сенсорах изображения

У процесі проектування системи технічного зору (СТЗ), важливим кроком є вибір сенсора зображення і об'єктива, які б задовольняли поставленим вимогам до роздільної здатності. Роздільна здатність датчика зображення визначається по частотно-контрастній характеристиці (ЧКХ). У даній роботі запропоновано новий метод теоретичної оцінки ЧКХ, який базується на топологічних параметрах сенсора зображення і параметрах об'єктива. Мета цього методу полягає у створенні зручного інструменту для попереднього визначення роздільної здатності системи формування зображень на ранніх етапах проектування системи технічного зору. Основна ідея методу полягає в розгляді сенсора зображення з позиції вихідного сигналу сенсора і параметрів, що впливають на нього, таких як, параметри освітленості, оптичної системи, сенсора зображення. У даній роботі була представлена залежність ЧКХ для різних параметрів сенсора зображення і об'єктива. Цей метод дозволяє розрахувати роздільну здатність системи формування зображення в площині досліджуваного об'єкта, що значно підвищує інформативність даної характеристики в сенсі проектування СТЗ.In the process of designing a machine vision system, a critical step is selecting an image sensor and optics that satisfy required parameters of resolution. The resolution of the image sensor is determined by modulation transfer function (MTF). In this paper a method for the theoretical estimation of MTF based on topologic parameters of the image sensor and parameters of lenses is proposed. The purpose of this work is development a method that will be handy instrument for the resolution calculation of the imaging system on the initial stage of the designing process of the machine vision. In this paper dependency of MTF for different parameters of image sensor and lenses were presented. This method can be used for calculation resolution of imaging system in object’s plain domain.В процессе проектирования системы технического зрения (СТЗ), важным шагом является выбор сенсора изображения и объектива, которые бы удовлетворяли требованиям, поставленным к разрешающей способности. Разрешение датчика изображения определяется по частотно-контрастной характеристике (ЧКХ). В данной работе предложен новый метод теоретической оценки ЧКХ, который основан на топологических параметрах сенсора изображения и параметрах объектива. Цель этого метода состоит в создании удобного инструмента для предварительного анализа разрешающей способности системы формирования изображения на ранних этапах проектирования системы технического зрения. Основная идея метода заключается в рассмотрении сенсора изображения с позиции выходного сигнала сенсора и параметров влияющих на него, таких как, параметры освещенности, оптической системы, сенсора изображения. В данной работе была представлена зависимость ЧКХ для различных параметров сенсора изображения и объектива. Этот метод позволяет рассчитать разрешающую способность системы формирования изображения в плоскости объекта, что значительно повышает информативность данной характеристики в смысле проектирования СТЗ

Genetic variability in local and imported germplasm chicken populations as revealed by analyzing runs of homozygosity

Simple Summary To maintain the uniqueness of conserved chicken populations of local and imported breeds is of great importance. In this study, we genotyped small populations belonging to 14 breeds and 7 crossbreds using an Illumina Chicken 60K SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) BeadChip and looked for appropriate methods to characterize their purity/variability. It was not straightforward to identify crossbred individuals, and the best approach was based on calculating the length and number of homozygous regions, or runs of homozygosity (ROH), in the populations studied. The latter enabled most accurate identification of crossbreds and can be served as an effective tool in testing genome-wide purity of chicken breeds. Abstract Preserving breed uniqueness and purity is vitally important in developing conservation/breeding programs for a germplasm collection of rare and endangered chicken breeds. The present study was aimed at analyzing SNP genetic variability of 21 small local and imported purebred and F1 crossbred populations and identifying crossbreeding events via whole-genome evaluation of runs of homozygosity (ROH). The admixture models more efficiently reflected population structure, pinpointing crossbreeding events in the presence of ancestral populations but not in their absence. Multidimensional scaling and FST-based analyses did not discriminate properly between purebred populations and F1 crossbreds, especially when comparing related breeds. When applying the ROH-based approach, more and longer ROHs were revealed in purebred individuals/populations, suggesting this as an effective implement in genome-wide analysis of germplasm breed purity

Exact Self-consistent Particle-like Solutions to the Equations of Nonlinear Scalar Electrodynamics in General Relativity

Exact self-consistent particle-like solutions with spherical and/or cylindrical symmetry to the equations governing the interacting system of scalar, electromagnetic and gravitational fields have been obtained. As a particular case it is shown that the equations of motion admit a special kind of solutions with sharp boundary known as droplets. For these solutions, the physical fields vanish and the space-time is flat outside of the critical sphere or cylinder. Therefore, the mass and the electric charge of these configurations are zero.Comment: 17 pages, Submitted to the International Journal of Theoretical Physic

Genetic variability of indels in the prolactin and dopamine receptor D2 genes and their association with the yield of allanto-amniotic fluid in Russian White laying hens

Currently, there is virtually no information on genetic factors affecting the yield of allanto amniotic fluid, which is the raw material for the production of human and animal vaccines. Association studies including this trait are beneficial for increasing productivity of a biotechnological line of chickens used for the production of ‘Clean Eggs’. We examined here a population of the Russian White breed for the effects of indels in the prolactin (PRL) and dopamine receptor D2 (DRD2) genes on the yield of extraembryonic fluid (YEF) and embryo weight at 12.5 days of development. A 24-bp insertion in the 5' flanking region of the PRL gene significantly (P<0.01) increases YEF in the embryos. The heterozygous embryos contained the highest YEF (9.6 mL) than that of the homozygous insertion (9.4 mL) and deletion embryos (8.4 mL). We also found a significant association (P<0.001) between the PRL genotypes and egg weight (EW). The results of the present study suggest a significant association between the PRL gene variation and quantitative traits in the Russian White chickens, contributing to a long-term programme on the effective use of the genetic potential of Russian gene pool breeds and populations of chickens

МАТЕМАТИЧЕСКОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ ПРОЦЕССОВ ПЕРЕМЕШИВАНИЯ АРГОНОМ И НАСЫЩЕНИЯ УГЛЕРОДОМ СТАЛЕЙ В КОВШЕ

The mathematical model for dissolution process of a powder material in steel melt is proposed in the paper. The model permits to take into account mixing hydrodynamics on the basis of the Navier-Stokes equations. One of the industrial out-of-furnace treatment schemes taken as an example demonstrates the opportunities to model a carbon dissolution in a ladle.Предложена математическая модель процесса растворения порошкообразного материала в расплаве стали, позволяющая учитывать гидродинамику перемешивания на основе уравнений Навье - Стокса. На примере одной из схем промышленной внепечной обработки показаны возможности моделирования процесса растворения углерода в разливочном ковше

Comparative analysis of molecular RFLP and SNP markers in assessing and understanding the genetic diversity of various chicken breeds

Monitoring the genetic diversity of small populations is important with respect to conserving rare and valuable chicken breeds, as well as discovery and innovation in germplasm research and application. Restriction fragment length polymorphisms (RFLPs), the molecular markers that underlie multilocus DNA fingerprinting (MLDF), have historically been employed for this purpose, but over the past two decades, there has been an irreversible shift toward high-throughput single-nucleotide polymorphisms (SNPs). In this study, we conducted a comparative analysis of archived MLDF results and new data from whole-genome SNP genotyping (SNPg) among 18 divergently selected breeds representing a large sample of the world gene pool. As a result, we obtained data that fit the general concept of the phylogenetic distribution of the studied breeds and compared them with RFLP and SNP markers. RFLPs were found to be useful markers for retrospective assessment of changes in the genetic architecture and variability underlying the phenotypic variation in chicken populations, especially when samples from previous generations used for MLDF are unavailable for SNPg. These results can facilitate further research necessary to assess the possibility of extrapolating previous MLDF results to study the long-term dynamics of genetic diversity in various small chicken germplasm populations over time. In general, the whole-genome characterization of populations and breeds by multiple SNP loci will further form the basis for the development and implementation of genomic selection with the aim of effective use of the genetic potential of the domestic gene pool in the poultry industry

Production of {\pi}+ and K+ mesons in argon-nucleus interactions at 3.2 AGeV

First physics results of the BM@N experiment at the Nuclotron/NICA complex are presented on {\pi}+ and K+ meson production in interactions of an argon beam with fixed targets of C, Al, Cu, Sn and Pb at 3.2 AGeV. Transverse momentum distributions, rapidity spectra and multiplicities of {\pi}+ and K+ mesons are measured. The results are compared with predictions of theoretical models and with other measurements at lower energies.Comment: 29 pages, 20 figure

Ефективність та безпечність застосування спрея стоматофіту а міні порівняно із загальноприйнятими засобами при стоматитах у дітей

The article presents the results of post-registration study conducted through questionnaire on the effectiveness of local application of Stomatofit A mini for treatment of stomatitis in children as compared with the conventional treatment of stomatitis by traditionally used agents (Methylene blue). The study involved 1198 children with manifestations of stomatitis from 2 months to 14 years of age, who were provided with pediatric care in outpatient clinics in Ukraine. Among the symptoms assessed were: pain, discomfort, eating disorders, presence of aphthous elements on the oral mucosa, increase in body temperature and reduced general condition of the child. The results of Stomatofit A mini spray application demonstrated its expressive efficacy in combating local and general symptoms of stomatitis in children, as well as its good tolerability and safety.В статье представлены результаты послерегистрационного исследования путем анкетирования эффективности местного применения средства Стоматофит А мини при стоматитах у детей по сравнению с общепринятым лечением стоматита традиционно применяемыми средствами (метиленовый синий). В исследовании приняли участие 1198 детей з проявлениями стоматита в возрасте от 2 месяцев до 14 лет, которым оказывалась педиатрическая помощь в амбулаториях Украины. Среди симптомов оценивались: боль, дискомфорт ребенка, нарушение аппетита, наличие афтозных элементов на слизистой ротовой полости, повышение температуры тела и нарушение общего состояния ребенка. Результаты применения спрея Стоматофит А мини доказали его выраженную эффективность в борьбе с локальными и общими симптомами стоматита у детей, а также его хорошую переносимость и безопасность.У статті представлено результати післяреєстраційного дослідження шляхом анкетування щодо ефективності місцевого застосування засобу Стоматофіт А міні при стоматитах у дітей у порівнянні із загальноприйнятим лікуванням стоматиту традиційно застосовуваними засобами (метиленовий синій). У дослідженні взяли участь 1198 дітей з проявами стоматиту віком від 2 місяців до 14 років, яким надавалася педіатрична допомога в амбулаторіях України. Серед симптомів оцінювались: біль, дискомфорт дитини, порушення апетиту, наявність афтозних елементів на слизовій ротової порожнини, підвищення температури тіла та порушення загального стану дитини. Результати застосування спрея Стоматофіт А міні довели його виразну ефективність у боротьбі з локальними та загальними симптомами стоматиту у дітей, а також його гарну переносимість та безпеку

Проблема викладання релігієзнавчих наук в українських навчальних закладах. Актуальність впровадження ідеологічних засад в школах післявоєнної України та світова практика

В статті досліджено проблему викладання релігієзнавчих наук в українських навчальних закладах, визначено практичну та ідеологічну доцільність для впровадження предметів морально-духовного спрямування в державних школах. Наголошено, що після проголошення незалежності України важливе місце посіли закони про свободу віросповідання, як суб’єктивне юридичне право, та релігійні організації, як інструмент та система задоволення релігійних потреб.Також проаналізовано основні закони, підзаконні акти та укази що забезпечують право на свободу віросповідання в Україні та нормативно-правові документи, які як юридичний механізм забезпечують потреби громадян на отримання освіти. Звернуто увагу, що ст. 53 Конституції України не тільки гарантує право на освіту, але й визначає обов’язковість повної загальної середньої освіти, а також на те, що згідно законів України, діє політика чіткої секуляризації школи і церкви. Зауважено, що визнання державою дипломів та дозвіл на заснування релігійними організаціями навчальних закладів, де поряд з світською будуть викладатись і релігійні дисципліни, повністю відповідає вимогам міжнародного права. Здійснено аналіз статистичних даних про наявні релігійні організації, та на його основі визначено домінантну авраамічну релігію яка якісно превалює на сьогодні в Україні. Звернуто увагу на принципи роботи приватних шкіл різного релігійного спрямування що акредитовані МОН України та видають документи про освіту державного зразка. Приведено приклади присутності чи секуляризації автохтонних релігій, церков чи філософсько-ідеологічних течій в школах деяких країн, та проаналізовано їх вплив на суспільство. Проведено аналіз розвитку взаємодії держави і церкви в освітніх процесах у державних школах в Україні. Наголошено, що угоду про співпрацю між Міністерством освіти і Всеукраїнською Радою Церков і релігійних організацій можна вважати путівником у взаємодії держави та церкви, та нажаль на сьогодні не розроблено нормативно-правового механізму, який би врегульовував і врегламентовував закладені в угоді наміри. Зроблено висновки про те, що Міністерство освіти разом з представниками церков повинні розробити курс духовно-морального спрямування і запровадити предмет з історії та філософії української духовності. Такий курс має стати фундаментом для формування основ громадянської свідомості і базуватись на принципах толерантності, плюралізму, демократичності, самоповаги та самовдосконалення з обов’язковим означенням власної національно-історичної та культурної самобутності заради духовного відродження та зросту Української Держави