Adenovirus infections in african humans and wild non-human primates: great diversity and cross-species transmission

Non-human primates (NHPs) are known hosts for adenoviruses (AdVs), so there is the possibility of the zoonotic or cross-species transmission of AdVs. As with humans, AdV infections in animals can cause diseases that range from asymptomatic to fatal. The aim of this study was to investigate the occurrence and diversity of AdVs in: (i) fecal samples of apes and monkeys from different African countries (Republic of Congo, Senegal, Djibouti and Algeria), (ii) stool of humans living near gorillas in the Republic of Congo, in order to explore the potential zoonotic risks. Samples were screened by real-time and standard PCRs, followed by the sequencing of the partial DNA polymerase gene in order to identify the AdV species. The prevalence was 3.3 folds higher in NHPs than in humans. More than 1/3 (35.8%) of the NHPs and 1/10 (10.5%) of the humans excreted AdVs in their feces. The positive rate was high in great apes (46%), with a maximum of 54.2% in chimpanzees (Pan troglodytes) and 35.9% in gorillas (Gorilla gorilla), followed by monkeys (25.6%), with 27.5% in Barbary macaques (Macaca sylvanus) and 23.1% in baboons (seven Papio papio and six Papio hamadryas). No green monkeys (Chlorocebus sabaeus) were found to be positive for AdVs. The AdVs detected in NHPs were members of Human mastadenovirus E (HAdV-E), HAdV-C or HAdV-B, and those in the humans belonged to HAdV-C or HAdV-D. HAdV-C members were detected in both gorillas and humans, with evidence of zoonotic transmission since phylogenetic analysis revealed that gorilla AdVs belonging to HAdV-C were genetically identical to strains detected in humans who had been living around gorillas, and, inversely, a HAdV-C member HAdV type was detected in gorillas. This confirms the gorilla-to-human transmission of adenovirus. which has been reported previously. In addition, HAdV-E members, the most often detected here, are widely distributed among NHP species regardless of their origin, i.e., HAdV-E members seem to lack host specificity. Virus isolation was successful from a human sample and the strain of the Mbo024 genome, of 35 kb, that was identified as belonging to HAdV-D, exhibited close identity to HAdV-D members for all genes. This study provides information on the AdVs that infect African NHPs and the human populations living nearby, with an evident zoonotic transmission. It is likely that AdVs crossed the species barrier between different NHP species (especially HAdV-E members), between NHPs and humans (especially HAdV-C), but also between humans, NHPs and other animal species

Bioinformatics and biostatistical studies of the mosaic structures of microbial genomes

L’avènement des nouvelles technologies de séquençage a ouvert de nouvelles perspectives de recherche en biologie évolutive. Le séquençage de nouveaux clades microbiens et la profondeur de séquençage offerts par les nouveaux séquenceurs permettent d’étudier en profondeur les mécanismes d’évolution de ces génomes. En particulier, la mosaïcité des génomes a pu être mise en évidence et l’origine du contenu génomique a pu être décryptée via la génération de « buissons évolutifs » ou rhizomes. Par ailleurs, des structures mosaïque ont aussi pu être mises en évidence. Au-delà du transfert de gènes, le transfert de séquences remet donc en question les critères actuels de la taxonomie. Cette thèse se focalise sur la recherche et l’étude des structures mosaïques des génomes microbiens . L’impact des transferts sur la classification phylogénétique a été évalué et replacé au sein de l’arbre de la vie. La corrélation statistique entre les échanges de séquences et les communautés microbiennes a été établie. Ces travaux de thèse ont permis de maitriser plusieurs outils bio-informatiques dédiés à la détection de transfert de séquences ainsi que de développer avec les langages de programmation R et Perl notamment pour les statistiques. Ces travaux ont permis de mettre en évidence des structures mosaïques au sein de séquences microbiennes. L’impact du mosaicisme des séquences sur l’évaluation taxonomique a été étudié. Par ailleurs, beaucoup de génomes de nouvelles espèces de bactéries isolées au sein de notre laboratoire ont été séquencés, analysés et publiés. Ces derniers ont permis de mettre en évidence la complexité de l’assignement taxonomique à l’ère de la génomique moderne.The advent of new sequencing technologies has opened up new research perspectives in evolutionary biology. The sequencing of new microbial clades and the depth of sequencing offered by new sequencers make it possible to study in depth the mechanisms of evolution of these genomes. In particular, the mosaic nature of the genomes has been highlighted and the origin of the genomic content has been deciphered via the generation of "evolutionary bushes" or rhizomes. Moreover, mosaic structures have also been revealed. In addition to gene transfer, sequence transfer therefore calls into question current taxonomic criteria. This thesis focuses on the research and study of the mosaic structures of microbial genomes. The impact of transfers on phylogenetic classification was evaluated and placed within the tree of life. The statistical correlation between sequence exchanges and microbial communities has been established. These thesis works have allowed the mastering of several bioinformatic tools dedicated to the detection of sequence transfer as well as the development of R and Perl programming languages, especially for statistics. This work has allowed to highlight mosaic structures within microbial sequences. The impact of sequence mosaicism on taxonomic evaluation was studied. In addition, many genomes of new species of bacteria isolated in our laboratory have been sequenced, analysed and published. These have highlighted the complexity of taxonomic assignment in the era of modern genomics

Validation du procédé de préparation des collyres fortifiés

La Pharmacie à Usage Intérieur (PUI) réalisait 4 collyres fortifiés en préparation magistrale (vancomycine 50 mg/ml, ceftazidime 20 mg/ml, gentamicine 15 mg/ml et amphotéricine B 5 mg/ml). Ces collyres ont été préparés à partir des spécialités pharmaceutiques stériles sous hotte à flux laminaire. Pour répondre aux urgences ophtalmiques (endophtalmies et kératites microbiennes) et à l'augmentation croissante des besoins, la PUI a souhaité fabriquer ces collyres en préparation hospitalière. L'objectif de ce travail est de valider le procédé de préparation des collyres fortifiés du point de vue microbiologique, physicochimique et endotoxinique au regard des recommandations des Bonnes Pratiques de Préparation 2007

Préparation de gélules pédiatriques de mélatonine dans le cadre d'un essai clinique

En 2012, l'autisme, deuxième pathologie infantile développementale, a été déclaré grande cause nationale en France. Des troubles du sommeil sont associés à cette pathologie dans 43 % à 83 % des cas. Or, les taux sanguins de mélatonine chez certains enfants autistes se sont avérés anormalement abaissés, suggérant l'implication de cette hormone dans l'étiologie de ces troubles du sommeil. Le but de ce projet a été de développer une préparation pédiatrique hospitalière expérimentale de mélatonine, afin d'évaluer l'amélioration des troubles du sommeil dans un essai clinique randomisé en double aveugle contre placebo. Les objectifs spécifiques du travail comportaient la mise en forme galénique de gélules de mélatonine et la mise au point d'une méthode analytique de dosage du principe actif (PA)

Formulation et stabilité d'une solution de Liothyroxine 1, 36µg/ml pour supplément de milieu de culture cellulaire

INTRODUCTION La liothyronine (T3) est une hormone thyroïdienne activatrice de la prolifération cellulaire. La banque de tissus de l'hôpital réalisait en interne une solution de liothyronine sodique à 1,36 μg/ml dans du PBS (Phosphate Buffered Saline). La pharmacie a repris cette préparation avec une nouvelle formulation et étude de stabilité puisque la solution n'était pas stable dans le PBS. L'objectif était de remplacer le PBS par une solution méthanolique de NaOH (50/50), de comparer la stabilité des deux solutions à -25°C et à +4°C et de fournir un produit de qualité pharmaceutique . MATERIELS ET METHODES La solution de T3 sodique à 1,36 μg/ml dans le PBS et dans la solution méthanolique de NaOH a été préparée dans le respect des BPP sous isolateur par filtration stérilisante puis conditionnée dans des flacons ambrés remplis à 2 ml. Les flacons sont conservés à -25°C et à +4°C et la liothyronine est dosée par chromatographie liquide couplée à un détecteur UV DAD à J0, J7, M1, M2, M3, M4, M6, M9 et M12 puis à M24 pour les solutions conservées à +4°C. La T3 dans la solution méthanolique de NaOH a été par ailleurs testée par la banque de tissus dans les milieux de culture pour étudier le potentiel prolifératif des cellules épithéliales en utilisant la technique de référence, la capacité des cellules épithéliale à former des colonies. La cytotoxicité du méthanol pour les kératinocytes et fibroblastes a aussi été étudié en comparant des concentrations de T3 à C, 2C, 3C à (i) un témoin positif: Le SDS de cytotoxicité (0,002% pour les fibroblastes et 0,01% pour les kératinocytes) et (ii) un témoin négatif ne comprenant que du milieu de culture pour fibroblastes ou du milieu de culture pour kératinocytes sans T3 qui sert à déterminer les 100% de viabilité. RESULTATS/DISCUSSION La T3 était stable avec la solution méthanolique de NaOH conservée à -25oC et à +4oC jusqu'à M12. La T3 dans le PBS était moins stable pour les deux conditions de conservation A M24 la concentration de la T3 à +4oC avec la PBS est presque nulle alors que celle de la solution méthanolique de NaOH est très stable. Ces résultats confirment la première étude de stabilité faite uniquement avec le PBS et qui montrait une baisse de la concentration au cours du temps pour les deux conditions de conservation. La T3 avec la solution méthanolique de NaOH est plus stable à +4oC et permet ainsi un transport plus facile pour le maintien de la chaine du froid qu'à une température de -25oC. Les tests pour la viabilité et la prolifération des fibroblastes et des kératinocytes cultivés dans un milieu contenant la solution méthanolique de T3 était satisfaisantes (nombre de colonies: 42+/-6). Aucune toxicité n'a été notée au niveau des cellules mises en culture avec la T3 dans la solution méthanolique de NaOH. CONCLUSION Cette étude a permis d'une part de confirmer l'instabilité de la solution de T3 sodique 1,36 μg/ml dans le PBS et d'autre part la stabilité de celle-ci dans une solution méthanolique de NaOH (50/50), Les résultats de cette étude ont permis de lancer la préparation en routine de la liothyronine sodique avec la solution méthanolique de NaOH pour la banque de tissus en conformité avec les BPP et les exigences ANSM pour la culture des cellules

Mélanges pour nutrition parentérale en néonatalogie : avantages et spécificités des préparations hospitalières

CONTEXTE La prise en charge des prématurés de faible poids (<1500g) nécessite une NP spécifique adaptée et sujette à de fréquentes adaptations de posologies. Depuis une dizaine d'années, quatre mélanges " standards " industriels sont disponibles dans les unités de soins. Ils se caractérisent par une composition variable en électrolytes et des apports protéino-énergétiques différents. OBJECTIFS Une analyse comparative complète des quatre mélanges standards industriels (IA , IB , IC , ID ) a été réalisée à partir des paramètres physico-chimiques usuels, des modes de présentation et de conservation. A titre de comparaison, deux préparations hospitalières (H1 , H2 ) couramment réalisées par deux Pharmacies à Usage Intérieur de deux CHU distincts sont présentées. MATERIEL ET METHODES Les données nécessaires à cette analyse ont été extraites du Résumé des Caractéristiques du Produit pour les mélanges industriels et des procédures de fabrication pour les préparations hospitalières. La comparaison des différents solutés a notamment porté sur la composition en électrolytes (sodium, potassium, calcium, phosphore, chlorures), macronutriments (acides aminés, glucose) et sur la détermination du rapport protéino-énergétique RESULTATS L'absence de sodium et de potassium et la faible teneur en chlorures (5 mmol/L) du mélange H2 serait plus adaptée au prématuré durant les 48 premières heures de vie. La présence d'ornithine dans ID , H1 et H2 freinerait la perte azotée en cas d'hypercatabolisme et limiterait l'ammonié- mie. L'apport élevé en chlorures de ID (39 mmol/L) limiterait son utilisation en cas d'acidose hyperchlorémique. Les mélanges ID , H1 et H2 présentent un rapport protéino- énergétique (6 g/100 kcal) supérieur à celui des mélanges IA , IB et IC (3 g/100 kcal). Un rapport protéino-énergétique plus élevé assurerait (i) une meilleure tolérance glucidique, (ii) une augmentation de la rétention azotée et (iii) une amélioration de la croissance pondérale. CONCLUSION A l'issue de cette étude comparative, il ressort que les mélanges industriels de NP présentent un rapport protéino- énergétique plus faible que les préparations hospitalières standards. De nouvelles recommandations devraient préciser l'importance de ce paramètre en NP chez le prématuré. REFERENCES [1] B. Koletzko, O.Goulet, J. Hunt, K. Krohn, and R.Shamir for the Parenteral Nutrition Guidelines Working Group. Guidelines on Paediatric Parenteral Nutrition of the European Society of Paediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition (ESPGHAN) and the European Society for Clinical Nutrition and Metabolism (ESPEN), Supported by the European Society of Paediatric Research (ESPR). J Pediatr Gastr Nutr 2005; 41(S2) [2] C. Pieltain, F. Habibi, J. Rigo. Apports nutritionnels précoces, hypotrophie acquise et devenir du prématuré. Arch Pediatrie 2007; 14 (S1): S11-S15

Poster : Préparation hospitalière de collyres à la ciclosporine ? Rationalisation galénique et pharmacotechnique

Introduction La ciclosporine est un composé peptidique cyclique lipophile aux propriétés immunosuppressives. Elle est utilisée en ophtalmologie sous forme de collyre (0,05% à 2%) pour traiter divers types de kératites et kératoconjonctivites ainsi que dans les kératoplasties à haut risque de rejet. Objectifs La préparation de collyre impose une étape de stérilisation qui jusqu'à maintenant était réalisée par filtration stérilisant rendue difficile par la nature lipophile du solvant (i.e. huile de ricin vierge). Le collyre de ciclosporine à 2% plus particulièrement doit être réalisé à partir d'une suspension buvable commerciale de ciclosporine, non stérile, seule forme disponible suffisamment peu concentrée en éthanol pour ne pas induire une toxicité oculaire

Etude comparative des consommables pour le dosage des endotoxines bactériennes chez deux fournisseurs

Les endotoxines bactériennes (EB) sont des pyrogènes, leur recherche est obligatoire pour certains produits pharmaceutiques. La Pharmacie à Usage Intérieur (PUI) réalise en moyenne 3600 dosages des EB par an selon la méthode colorimétrique cinétique. Le temps de réaction enzymatique pour cette méthode cinétique est fortement impacté par la qualité de ces consommables. L'objectif est de comparer l'effet des réactifs sur le dosage des EB chez 2 fournisseurs (A et B) et l'impact financier relatif aux coûts de ces consommables pour chacun d'eux

Draft genome and description of Negativicoccus massiliensis strain Marseille-P2082, a new species isolated from the gut microbiota of an obese patient

International audienceStrain Marseille-P2082, an anaerobic, non-motile, asporogenous, Gram-negative, coccoid bacterium was isolated from the faeces of a 33 year-old obese French woman before bariatric surgery. The isolate exhibits 98.65% 16S rRNA gene nucleotide sequence similarity with Negativicoccus succinicivorans strain ADV 07/08/06-B-1388(T), its current closest phylogenetic neighbour with standing in nomenclature. However, the dDDH relatedness between the new isolate and N. succinicivorans type strain ADV 07/08/06-B-1388(T) is 52.5 +/- 2.7%. Strain Marseille-P2082 has a genome of 1,360,589 bp with a 51.1% G+C content. Its major fatty acids were identified as C-18:1n9, C-18:0 and C-16:0. Based on its phenotypic, genomic and phylogenetic characteristics, strain Marseille-P2082(T) [= CSURP2082 (Collection de Souches de l'Unite des Rickettsies) = DSM 100853] is proposed as the type strain of the novel species Negativicoccus massiliensis sp. nov. The 16S rRNA gene sequence and whole-genome shotgun sequence have been deposited in EMBL-EBI under accession numbers LN876651 and LT700188, respectively