Rapport de mission à Madagascar 02/04/05-10/04/05

Cette mission m'a permis de visiter les terrains d'expérimentations et de faire le point sur les activités conduites sur la pyriculariose du riz par les sélectionneurs, le phytopathologiste et l'épidémiologiste travaillant au sein de l'URP SCRiD (Antsirabe, Madagascar) avec l'appui de l'ensemble de l'unité. Nous avons porté une attention particulière aux travaux relatifs à la thèse de Dodelys Andriantsimialona et au post-doc de Mathilde Sester. A partir de cet état des lieux, pour la thèse, nous avons établi le programme des 6 prochains mois. Pour le post-doc, nous avons défini concrètement une grande partie des actions à conduire pour la prochaine campagne et identifié les points à approfondir avant de mettre en place certaines expérimentations. Antsirabe représente un terrain privilégié pour travailler sur la pyriculariose. La multidisciplinarité effective de l'équipe qui est impliquée sur ce projet permet d'envisager une approche intégrée de la lutte contre cette maladie à base de résistance variétale et de systèmes de culture diminuant la pression parasitaire. Ce terrain et cette équipe, avec l'appui d'équipes extérieures, permettra de mieux caractériser les facteurs qualitatifs et quantitatifs favorisant le développement des épidémies, l'objectif étant de les hiérarchiser et d'identifier les orientations à privilégier pour définir des méthodes de lutte présentant une efficacité durable. Il conviendrait de pérenniser l'activité d'épidémiologie au sein de l'URP SCRiD pour progresser dans le développement de méthodes de lutte intégrées contre la pyriculariose

Preformed expression of defense is a hallmark of partial resistance to rice blast fungal pathogen Magnaporthe oryzae

Background: Partial resistance to plant pathogens is extensively used in breeding programs since it could contribute to resistance durability. Partial resistance often builds up during plant development and confers quantitative and usually broad-spectrum resistance. However, very little is known on the mechanisms underlying partial resistance. Partial resistance is often explained by poorly effective induction of plant defense systems. By exploring rice natural diversity, we asked whether expression of defense systems before infection could explain partial resistance towards the major fungal pathogen Magnaporthe oryzae. The constitutive expression of 21 defense-related genes belonging to the defense system was monitored in 23 randomly sampled rice cultivars for which partial resistance was measured. Results: We identified a strong correlation between the expression of defense-related genes before infection and partial resistance. Only a weak correlation was found between the induction of defense genes and partial resistance. Increasing constitutive expression of defense-related genes also correlated with the establishment of partial resistance during plant development. Some rice genetic sub-groups displayed a particular pattern of constitutive expression, suggesting a strong natural polymorphism for constitutive expression of defense. Constitutive levels of hormones like salicylic acid and ethylene cannot explain constitutive expression of defense. We could identify an area of the genome that contributes to explain both preformed defense and partial resistance. Conclusion: These results indicate that constitutive expression of defense-related genes is likely responsible for a large part of partial resistance in rice. The finding of this preformed defense system should help guide future breeding programs and open the possibility to identify the molecular mechanisms behind partial resistance. ( Résumé d'auteur

Marker-Assisted Pyramiding of Blast-Resistance Genes in a japonica Elite Rice Cultivar through Forward and Background Selection

Rice blast, caused by Pyricularia oryzae, is one of the main rice diseases worldwide. The pyramiding of blast-resistance (Pi) genes, coupled to Marker-Assisted BackCrossing (MABC), provides broad-spectrum and potentially durable resistance while limiting the donor genome in the background of an elite cultivar. In this work, MABC coupled to foreground and background selections based on KASP marker assays has been applied to introgress four Pi genes (Piz, Pib, Pita, and Pik) in a renowned japonica Italian rice variety, highly susceptible to blast. Molecular analyses on the backcross (BC) lines highlighted the presence of an additional blast-resistance gene, the Pita-linked Pita2/Ptr gene, therefore increasing the number of blast-resistance introgressed genes to five. The recurrent genome was recovered up to 95.65%. Several lines carrying four (including Pita2) Pi genes with high recovery percentage levels were also obtained. Phenotypic evaluations confirmed the effectiveness of the pyramided lines against multivirulent strains, which also had broad patterns of resistance in comparison to those expected based on the pyramided Pi genes. The developed blast-resistant japonica lines represent useful donors of multiple blast-resistance genes for future rice-breeding programs related to the japonica group

Generic names in Magnaporthales

This is the final version of the article. Available from the publisher via the DOI in this record.The order Magnaporthales comprises about 200 species and includes the economically and scientifically important rice blast fungus and the take-all pathogen of cereals, as well as saprotrophs and endophytes. Recent advances in phylogenetic analyses of these fungi resulted in taxonomic revisions. In this paper we list the 28 currently accepted genera in Magnaporthales with their type species and available gene and genome resources. The polyphyletic Magnaporthe 1972 is proposed for suppression, and Pyricularia 1880 and Nakataea 1939 are recommended for protection as the generic names for the rice blast fungus and the rice stem rot fungus, respectively. The rationale for the recommended names is also provided. These recommendations are made by the Pyricularia/Magnaporthe Working Group established under the auspices of the International Commission on the Taxonomy of Fungi (ICTF).This work was partially supported by the National Science Foundation of the United States (grant number DEB 1145174 and DEB 1452971) to Ning Zhang

Observatoire régional du pneumocoque en région Pays de la Loire : résistance de Streptococcus pneumoniae aux antibiotiques en 2007

But de l’étudeEntre le 1er janvier et le 31 décembre 2007, les 20 laboratoires participant à l’observatoire régional du pneumocoque (ORP) Pays de la Loire ont collecté 331 souches invasives de Streptococcus pneumoniae afin d’étudier leur sensibilité aux antibiotiques et la répartition des sérogroupes/sérotypes. Méthode Les concentrations minimales inhibitrices (CMI) de la pénicilline G, de l’amoxicilline et du céfotaxime ont été déterminées par le centre coordinateur, par la méthode de référence de diffusion en milieu gélosé. Les résultats ont été interprétés selon les recommandations du CA-SFM. Les sensibilités à d’autres antibiotiques ont été étudiées et les typages des souches réalisées par le centre coordinateur. Résultats Trois cent trente et une souches ont été isolées en 2007. Elles provenaient de 30 liquides céphalorachidiens, 239 hémocultures, 53 pus d’otites moyennes aiguës et neuf liquides pleuraux. Le pourcentage de pneumocoques de sensibilité diminuée à la pénicilline G (PSDP) était de 39 % et restait plus élevé chez l’enfant (51 %) que chez l’adulte (35 %). Les PSDP étaient souvent multirésistants, avec en particulier un pourcentage élevé de résistance à l’érythromycine (87,6 % contre 8,4 % pour les pneumocoques sensibles à la pénicilline). Enfin, le sérogroupe majoritairement rencontré était le sérogroupe 19 (29,6 % des isolats). Conclusion Une diminution des PSDP a été observée depuis 2001 et les souches de haut niveau de résistance aux β-lactamines restent rares. Le pourcentage de PSDP observés en ORP Pays de la Loire demeure dans la moyenne nationale