Accuracy and reproducibility of automated white matter hyperintensities segmentation with lesion segmentation tool: A European multi-site 3T study

Brain vascular damage accumulate in aging and often manifest as white matter hyperintensities (WMHs) on MRI. Despite increased interest in automated methods to segment WMHs, a gold standard has not been achieved and their longitudinal reproducibility has been poorly investigated. The aim of present work is to evaluate accuracy and reproducibility of two freely available segmentation algorithms. A harmonized MRI protocol was implemented in 3T-scanners across 13 European sites, each scanning five volunteers twice (test-retest) using 2D-FLAIR. Automated segmentation was performed using Lesion segmentation tool algorithms (LST): the Lesion growth algorithm (LGA) in SPM8 and 12 and the Lesion prediction algorithm (LPA). To assess reproducibility, we applied the LST longitudinal pipeline to the LGA and LPA outputs for both the test and retest scans. We evaluated volumetric and spatial accuracy comparing LGA and LPA with manual tracing, and for reproducibility the test versus retest. Median volume difference between automated WMH and manual segmentations (mL) was −0.22[IQR = 0.50] for LGA-SPM8, −0.12[0.57] for LGA-SPM12, −0.09[0.53] for LPA, while the spatial accuracy (Dice Coefficient) was 0.29[0.31], 0.33[0.26] and 0.41[0.23], respectively. The reproducibility analysis showed a median reproducibility error of 20%[IQR = 41] for LGA-SPM8, 14% [31] for LGA-SPM12 and 10% [27] with the LPA cross-sectional pipeline. Applying the LST longitudinal pipeline, the reproducibility errors were considerably reduced (LGA: 0%[IQR = 0], p < 0.001; LPA: 0% [3], p < 0.001) compared to those derived using the cross-sectional algorithms. The DC using the longitudinal pipeline was excellent (median = 1) for LGA [IQR = 0] and LPA [0.02]. LST algorithms showed moderate accuracy and good reproducibility. Therefore, it can be used as a reliable cross-sectional and longitudinal tool in multi-site studies

«La relation de limitation et d’exception dans le français d’aujourd’hui : excepté, sauf et hormis comme pivots d’une relation algébrique »

L’analyse des emplois prépositionnels et des emplois conjonctifs d’ “excepté”, de “sauf” et d’ “hormis” permet d’envisager les trois prépositions/conjonctions comme le pivot d’un binôme, comme la plaque tournante d’une structure bipolaire. Placées au milieu du binôme, ces prépositions sont forcées par leur sémantisme originaire dûment métaphorisé de jouer le rôle de marqueurs d’inconséquence systématique entre l’élément se trouvant à leur gauche et celui qui se trouve à leur droite. L’opposition qui surgit entre les deux éléments n’est donc pas une incompatibilité naturelle, intrinsèque, mais extrinsèque, induite. Dans la plupart des cas (emplois limitatifs), cette opposition prend la forme d’un rapport entre une « classe » et le « membre (soustrait) de la classe », ou bien entre un « tout » et une « partie » ; dans d’autres (emplois exceptifs), cette opposition se manifeste au contraire comme une attaque de front portée par un « tout » à un autre « tout ». De plus, l’inconséquence induite mise en place par la préposition/conjonction paraît, en principe, tout à fait insurmontable. Dans l’assertion « les écureuils vivent partout, sauf en Australie » (que l’on peut expliciter par « Les écureuils vivent partout, sauf [qu’ils ne vivent pas] en Australie »), la préposition semble en effet capable d’impliquer le prédicat principal avec signe inverti, et de bâtir sur une telle implication une sorte de sous énoncé qui, à la rigueur, est totalement inconséquent avec celui qui le précède (si « les écureuils ne vivent pas en Australie », le fait qu’ils « vivent partout » est faux). Néanmoins, l’analyse montre qu’alors que certaines de ces oppositions peuvent enfin être dépassées, d’autres ne le peuvent pas. C’est, respectivement, le cas des relations limitatives et des relations exceptives. La relation limitative, impliquant le rapport « tout » - « partie », permet de résoudre le conflit dans les termes d’une somme algébrique entre deux sous énoncés pourvus de différent poids informatif et de signe contraire. Les valeurs numériques des termes de la somme étant déséquilibrées, le résultat est toujours autre que zéro. La relation exceptive, au contraire, qui n’implique pas le rapport « tout » - « partie », n’est pas capable de résoudre le conflit entre deux sous énoncés pourvus du même poids informatif et en même temps de signe contraire : les valeurs numériques des termes de la somme étant symétriques et égales, le résultat sera toujours équivalent à zéro

Apports d'éléments minéraux au sol par l'intermédiaire de la litière, des pluies et des pluviolessivats dans un peuplement à genévrier thurifère (Juniperus thurifera L) du Haut Atlas occidental (Maroc)

Différents paramètres du cycle biogéochimique ont été étudiés pendant 2 ans dans une formation ouverte à genévrier thurifère (Juniperus thurifera L) située à 2 450 m d'altitude dans le Haut Atlas occidental au Maroc. La quantité d'éléments nutritifs apportée au sol par les pluviolessivats et la litière sous la couronne des arbres est élevée (42 g.m-2 de couvert.an-1). Les apports par la pluie et les pluviolessivats fortement enrichis en éléments minéraux (x 3,8) constituent 20% du total. 80% sont donc apportés par la litière dont la production moyenne est importante (1 100 g.m-2 de couvert.an-1) et qui est particulièrement riche en calcium. Ces différents apports, strictement localisés sous le couvert des arbres participent grandement à l'hétérogénéité édaphique de ces milieux ouverts.Contribution of minerals to the soil via litter, rainfall and throughfall in a juniper tree population (Juniperus thurifera L) in the western High Atlas (Morocco). The amount of nutrient reaching the soil below the crown of a juniper tree (Juniperus thurifera L) located at an altitude of 2 450 m in the western High Atlas in Morocco and showing a characteristic "open structure" was estimated from 1987 to 1989. The amount of nutrient returned to the soil below the tree crown was high (42 g.year -1.m-2 for the macroelements). Input from rainfall, throughfall and stemflow constituted 20% of this amount and a clear increase was noted in the nutrient concentration in throughfall compared to rainfall (x 3.8). The high input from litter (80% of the total input) was linked to the high mean annual litterfall (1 100 g.m -2 of crown coverage) and to the particularly high concentration of calcium in the litter

SISTEMA DE PRODUCCIÓN DE LECHE EN GALICIA. EVOLUCIÓN Y ESTADO ACTUAL

Los objetivos de este trabajo son: analizar los cambios experimentados por las explotaciones de leche gallegas entre 1996 y 2006, caracterizar el sistema de producción en 2006 e identificar sus fortalezas y debilidades. Durante 2006, se realizó una encuesta sobre un total de 478 explotaciones de las provincias de A Coruña, Lugo y Pontevedra. Mediante entrevistas personales, los ganaderos respondieron a preguntas relativas a la mano de obra empleada, la base territorial, cultivos, tamaño y manejo del rebaño, formación y perspectivas de futuro. Estos resultados fueron comparados con los de una encuesta similar realizada en 1996. Entre 1996 y 2006, se observó un incremento de la producción de leche por vaca, trabajador y ha de superficie agrícola utilizada (SAU). También aumentaron el número de trabajadores, la SAU y el número de vacas por explotación. Sin embargo, en el conjunto de las explotaciones, se observó una pérdida de 52 500 trabajadores, 167 000 ha de SAU y 121 000 vacas de leche. La superficie total de prados y praderas disminuyó, y la de maíz y raigrás italiano aumentó. En 2006, la producción media de leche por vaca, trabajador y ha de SAU era de 5 400, 63 000 y 8 500 L, respectivamente. Se observa una correlación positiva entre la producción de leche por explotación y variables como rendimiento por trabajador, vaca y hectárea, especialización lechera, tasa de recría, carga ganadera, consumo de concentrado por vaca, SAU, nivel de fertilización, aplicación de fitosanitarios, utilización del ensilado, uso de aditivos para el ensilado, capacidad de silos y establos, aprovechamiento mecanizado del forraje, estabulación permanente y formación y posibilidades de sucesión del titular. Entre las fortalezas del sector, destacan la capacidad para la producción forrajera y su vocación ganadera, y entre sus debilidades, la escasa base territorial de las explotaciones, las dificultades para adquirir tierras y la escasa formación de la mano de obr

A simple model to predict compound loss processes in aquatic ecotoxicological tests : calculated and measured Triphenyltin levels in water and biota

A new simple model, based on the fugacity approach, has been developed to provide a predictive tool useful in the planning phase of aquatic ecotoxicological tests for assessing the actual daily concentrations in water. In our experiments, three nominal concentrations (100, 225, and 500 ng L -1) of triphenyltin chloride (TPT-Cl) were employed for an exposure period of 28 days in 50 L aquaria with the echinoderm Antedon mediterranea as test species. Extracts from water and biota samples collected during the experiments were analysed by GC-MS/MS, after the extraction/derivatization step. An indicative mean BCF (V/V) on a fresh weight base of 3.5 7 10 4 \ub1 0.8 7 104 (standard deviation) could be calculated for A. mediterranea. Three different compartments (air, water and biota) and main advection/reaction processes are taken into account in the model design, and the comparison between predicted and measured concentrations in both water and biota for the three concentrations tested confirmed that the assumptions given in our model application were valid and useful for further applications

A multispecies approach for monitoring persistent toxic substances in the Gulf of Gdansk (Baltic sea)

Bivalve mussels are usually used for biomonitoring persistent toxic substances (PTS) in coastal ecosystems. Nevertheless, these organisms, which live attached on hard substrates, can be found along the sandy coasts only on human manufactured products. In this work different species collected in the Gulf of Gda\u144sk were compared to evaluate their suitability for monitoring PTS pollution at a local scale. The clam Mya arenaria seems to represent an excellent indicator of sediment pollution, mainly for organotin compounds which are selectively bioaccumulated. Organochlorine compounds are bioaccumulated in the different species mainly in function of their lipid body burden. Habitat conditions (salinity, substrate, pollution), however, strongly limited the occurrence of different species in the sampling sites; the most ubiquitous species, the common shrimp Crangon crangon, resulted therefore the most suitable to be used for the comparison of PTS pollution in this aquatic environment. Although the blue mussel (Mytilus trossulus) was confirmed to be a very useful sentinel species to compare pollution level inside and outside the Gulf of Gda\u144sk, we recommend the use of other species to give a more detailed picture of the pollution situation in coastal areas