Gene network understanding and analysis

Gene regulatory network (GRN) is a collection of regulators that interact with each other in the cell to govern the gene expression levels of mRNA and proteins. These regulators can either be DNA, RNA, protein and their complex. Transcriptional gene regulation is an important mechanisms in which an in-depth study can lead to various practical applications, and a greater understanding of how organisms control their cellular behavior. One of the most widely studied organisms in gene regulatory networks are the Mycobacterium tuberculosis and Corynebacterium glutamicum ATCC 13032. Gene co-expression networks are of biological interests due to co-expressed genes which are controlled by the same transcriptional regulatory programs, as well as, studying the functionality of genes in a system-level. Correlation networks are increasingly being used in research applications, especially in the field of bioinformatics. It facilitates networks based on gene screening methods which can be used to identify biomarkers or therapeutic targets. Computational methods use for the development of network models, as well as, the analysis of their functionality proved to be of valuable resources

Integration of Holonomic Thinking in Educational Leader-ship Development Courses

Educational leaders are prime observers of their school performance and progress. As leaders and active participants in the steps towards school improvement, they must take into consideration diverse stakeholders’ opinions, ideas and beliefs, and technical aspects such as data analysis while engaging in the decision-making process. This practice can be enhanced by considering the circumstances and all stakeholders involved from a holonomic viewpoint rather than an egocentric viewpoint. This article explores the holonomic conceptual platform and its strategies as a conduit to broaden emergent school leaders’ perspectives

Osteomalacia tumoral

La osteomalacia tumoral (OT) es un síndrome paraneoplásico en el cual el paciente presenta dolor óseo, fracturas y debilidad muscular. Es producido principalmente por una elevación de los niveles en sangre del factor de crecimiento fibroblástico 23 (FGF-23). En la OT, el FGF-23 es secretado por tumores mesenquimales, los cuales se caracterizan por ser de tamaño pequeño y de lento crecimiento. El FGF-23 actúa a nivel de los túbulos renales afectando la reabsorción de fósforo, lo cual conduce a hipofosfatemia y a bajos niveles de 1,25-dihidroxivitamina D [1,25(OH)2 D]. El tratamiento de la OT es la resección del tumor. Debido a las características de estos tumores muchas veces no pueden ser localizados o son quirúrgicamente irresecables y requieren tratamiento médico a largo plazo, consistente en sales de fósforo y calcitriol. La adherencia al tratamiento muchas veces resulta difícil debido a las reacciones secundarias, así como también a las complicaciones asociadas.Tumor-induced osteomalacia (TIO) is a paraneoplastic syndrome in which patients present with bone pain, fractures and muscle weakness. The cause is excess production of fibroblast growth factor 23 (FGF-23). In TIO, FGF- 23 is secreted by mesenchymal tumors, which are small and grow slowly. FGF-23 acts at the renal tubule and impairs phosphate reabsorption, leading to hypophosphatemia and low levels of 1,25-dihidroxivitamin D [1,25(OH)2 D]. The treatment of TIO is surgical resection of the causative tumor. For tumors that cannot be located or surgically resected, medical treatment with oral phosphate supplements and calcitriol is usually successful. However, adherence in some cases is difficult due to secondary reactions or treatment complications.Fil: Mastaglia, Silvina Rosana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Somoza, Julia Isabel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: González, Diana C.. Centro de Osteopatías Médicas; ArgentinaFil: Oliveri, Maria Beatriz. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; Argentin

Elimination of variability sources in NIR spectra for the determination of fat content in olive fruits

Models for prediction of oil content as percentage of dried weight in olive fruits were comput- ed through PLS regression on NIR spectra. Spectral preprocessing was carried out by apply- ing multiplicative signal correction (MSC), Sa vitzky–Golay algorithm, standard normal variate correction (SNV), and detrending (D) to NIR spectra. MSC was the preprocessing technique showing the best performance. Further reduction of variability was performed by applying the Wold method of orthogonal signal correction (OSC). The calibration model achieved a R 2 of 0.93, a SEPc of 1.42, and a RPD of 3.8. The R 2 obtained with the validation set remained 0.93, and the SEPc was 1.41

Multi feature-rich synthetic colour to improve human visual perception of point clouds

Although point features have shown their usefulness in classification with Machine Learning, point cloud visualization enhancement methods focus mainly on lighting. The visualization of point features helps to improve the perception of the 3D environment. This paper proposes Multi Feature-Rich Synthetic Colour (MFRSC) as an alternative non-photorealistic colour approach of natural-coloured point clouds. The method is based on the selection of nine features (reflectance, return number, inclination, depth, height, point density, linearity, planarity, and scattering) associated with five human perception descriptors (edges, texture, shape, size, depth, orientation). The features are reduced to fit the RGB display channels. All feature permutations are analysed according to colour distance with the natural-coloured point cloud and Image Quality Assessment. As a result, the selected feature permutations allow a clear visualization of the scene's rendering objects, highlighting edges, planes, and volumetric objects. MFRSC effectively replaces natural colour, even with less distorted visualization according to BRISQUE, NIQUE and PIQE. In addition, the assignment of features in RGB channels enables the use of MFRSC in software that does not support colorization based on point attributes (most commercially available software). MFRSC can be combined with other non-photorealistic techniques such as Eye-Dome Lighting or Ambient Occlusion.Xunta de Galicia | Ref. ED481B-2019-061Xunta de Galicia | Ref. ED431F 2022/08Agencia Estatal de Investigación | Ref. PID2019-105221RB-C43Universidade de Vigo/CISU

Pitfalls on evaluating pair exchange interactions for modelling molecule-based magnetism

Molecule-based magnetism is a solid-state property that results from the microscopic interaction between magnetic centres or radicals. The observed magnetic response is due to unpaired electrons whose coupling leads to a particular magnetic topology. Therefore, to understand the magnetic response of a given molecule-based magnet and reproduce the available experimental magnetic properties by means of statistical mechanics, one has to be able to determine the value of the J(AB) magnetic exchange coupling between radicals. The calculation of J(AB) is thus a key point for modelling molecule-based magnetism. In this Perspectives article, we will build upon our experience in modelling molecular magnetism to point out some pitfalls on evaluating J(AB) couplings. Special attention must be paid to the cluster models used to evaluate J(AB), which should account for cooperative effects among J(AB) interactions and also consider the environment (counterions, hydrogen bonding) of the two radicals whose interaction has to be evaluated. It will be also necessary to assess whether a DFT-based or a wavefunction-based method is best to study a given radical. Finally, in addition to model and method, the J(AB) couplings have to be able to adapt to changes in the magnetic topology due to thermal fluctuations. Therefore, it is most important to appraise in which systems molecular dynamics simulations would be required. Given the large number of issues one must tackle when choosing the correct model and method to evaluate J(AB) interactions for modelling magnetic properties in molecule-based materials, the "human factor" is a must to cross-examine and challenge computations before trusting any result.MD, JRA, and JJN acknowledge financial support from MINECO (CTQ2017-87773-P/AEI/FEDER, UE), Spanish Structures Excellence Maria de Maeztu program (MDM-2017-0767), and Catalan DURSI (2017SGR348)

Exchange rates of land use and agriculturization in the Tandil Country, Argentina

El proceso de agriculturización, como caso particular y frecuente de cambio en el uso de la tierra, es uno de los propulsores del Cambio Global y causante de transformaciones ambientales. Los objetivos planteados en este trabajo fueron analizar las tasas de cambio anual en el uso del suelo en el partido de Tandil, entre 1988 y 2015, a fin de caracterizar el proceso de agriculturización en los paisajes que lo componen; determinar los cultivos con mayor incidencia en dicho proceso e identificar los principales servicios ecosistémicos afectados. Metodológicamente se obtuvieron imágenes satelitales, se realizaron clasificaciones supervisadas, se emplearon estadísticas oficiales, estudios antecedentes y relevamientos de campo. Los resultados obtenidos muestran un incremento de la superficie destinada a la agricultura en desmedro de la ganadería con una tasa de cambio anual de 3.28 (especialmente en la Llanura distal) y una alteración en la composición de los principales cultivos. Dicho contexto propicia la provisión de servicios ecosistémicos de abastecimiento y el deterioro de la provisión de servicios de regulación. El análisis de los cambios en el uso del suelo constituye una herramienta útil para tomar dimensión del proceso de agriculturización y los impactos ambientales asociados.O processo de intensificação agrícola, um caso particular e frequente de variação no uso da terra, é um dos motores da alteração global e causador de transformações ambientais. Os objetivos estabelecidos neste trabalho foram analisar as taxas de variação anual do uso da terra no Tandil, entre 1988 e 2015, a fim de caracterizar o processo de intensificação agrícola nas paisagens que o compõem; determinar os cultivos com maior incidência neste processo e identificar os principais serviços ecossistêmicos afetados. Metodologicamente, foram obtidas imagens de satélite e classificações supervisionadas e foram utilizados estatísticos oficiais, estudos de base e levantamentos de campo. Os resultados obtidos mostram um aumento da superfície destinada à agricultura em detrimento da pecuária com uma taxa de variação anual de 3,28 (especialmente na planície distal) e uma alteração na composição dos principais cultivos. O contexto favorece a prestação de serviços ecossistêmicos de abastecimento e a degradação da prestação de serviços de regulação. A análise das variações no uso da terra é uma ferramenta útil para dimensionar o processo de intensificação agrícola e os impactos ambientais associados.The agriculturization as particular process of change in the use of land is one of the drivers of the Global Change and consequently it causes environmental transformations. The aims of this work were to analyze the exchange rates annual in the use of land in Tandil department, between 1988 and 2015, in order to characterize the process of agriculturization in the landscapes that compose it; to determine the crops with the highest incidence in this process and to identify the main ecosystem services affected. Methodologically were obtained satellite images and supervised classifications. Also were used official statistics, background studies and field surveys. The results shows an increase in the area intended to agriculture at the expense of livestock with an annual change rate of 3.28 (especially in the distal plain) and an alteration in the composition of the main crops. It is observed how this context favors the supplying services and the deterioration of most of the regulating and cultural services. The analysis of changes in land use is a useful tool to take dimension of the process of agriculturization and its associated impacts.Fil: Vazquez, Patricia Susana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Humanas. Centro de Estudios Sociales de América Latina; ArgentinaFil: Zulaica, Maria Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata; Argentina. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño. Instituto de Hábitat y Medio Ambiente; ArgentinaFil: Somoza, Ailin. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Humanas. Centro de Estudios Sociales de América Latina; Argentin

Agricultural transformations, environmental impacts and ecological zoning: Department of Tres Arroyos (Buenos Aires, Argentina). Period 2002 and 2017

El partido de Tres Arroyos manifiesta una tendencia al proceso de agriculturización. En este contexto, surge como objetivo analizar las transformaciones agroproductivas y estimar el impacto sobre la biodiversidad mediante el indicador Riesgo de Intervención del Hábitat (RIH) (período 2002-2017), a partir del uso de sensores remotos. Una zonificación preliminar del Partido permitió definir paisajes que establecen diferenciaciones en el proceso de agriculturización y sus impactos. Se realizaron dos clasificaciones supervisadas de imágenes satelitales. Posteriormente, se obtuvieron los estadísticos de cada cobertura del suelo y se aplicó la ecuación correspondiente al RIH. Se evidencia un incremento de la superficie agrícola en un 53,31% en desmedro de las áreas ganaderas (38,70%) y un aumento del RIH del 12% que se manifiesta en una simplificación estructural y funcional de los paisajes agrícolas. Se concluye que esta investigación contribuirá a la gestión ambiental del Partido para un futuro ordenamiento territorial.O departamento de Tres Arroyos mostra uma tendência à expansão e intensificação agrícola. O objetivo é analisar as transformações agroprodutivas na area de estudo no período 2002 a 2017 a partir do uso do sensoriamento remoto e estimar seu impacto sobre a biodiversidade por meio de um indicador de sustentabilidade: Risco de Intervenção do Habitat (RIH). A partir do zoneamento preliminar do território foram definidas paisagens que estabelecem diferenciações no processo analisado e seus impactos. Duas classificações supervisionadas de imagens de satélite foram feitas usando o software ENVI 5.1. Foram obtidas as estatísticas de cada cobertura do solo e a equação correspondente ao RIH. Há evidências de um aumento das áreas agrícolas (53,31%) em detrimento das áreas de pecuária (38,70%) e um aumento do RIH de 12% que expressa uma simplificação estrutural e funcional das paisagens agrícolas. Conclui-se que o presente estudo representa uma contribuição para a gestão ambiental do território para um futuro planejamento territorial.Tres Arroyos department shows a clear tendency to the process of agriculturization. The aim of this work is to analyze the agroproductive transformations in Tres Arroyos during the period 2002-2017 from the use of remote sensing and estimate its impact on biodiversity through a sustainability indicator Risk of Intervention of the Habitat (RIH). It is intended to define landscapes that allow establishing distinctions in the process of agriculturization and its impacts within the territory studied through a preliminary zoning. Two supervised classifications (ENVI software 5.1) of satellite images were carried out. Then the data provided by the images for the Department in conjunction with the corresponding equation of RIH were applied. There is evidence of an increase in the agricultural area by 53.31% between both years to the detriment of the livestock areas (38.70%) and an increase in the RIH of 12%. During the period a structural and functional simplification of the ecological units and of the agricultural landscapes is manifested. It is concluded that this investigation will contribute to the environmental management of the study area for a future territorial planning.Fil: Vazquez, Patricia Susana. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Humanas. Centro de Estudios Sociales de América Latina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Zulaica, Maria Laura. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño. Instituto de Hábitat y Medio Ambiente; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata; ArgentinaFil: Somoza, Ailin. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Humanas. Centro de Estudios Sociales de América Latina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Implementación de buenas prácticas agrícolas para la gestión ambiental rural

Los sistemas rurales han sido sometidos a un proceso de conversión creciente que ha provocado grandes cambios estructurales y funcionales en los agroecosistemas de la región. El reemplazo de pastizales naturales por cultivos anuales con la consecuente incorporación de tecnología permitió elevar significativamente la productividad biológica y económica de esas tierras. No obstante, simultáneamente se vieron modificados los flujos de energía, los ciclos minerales, el proceso hidrológico, la estabilidad y fertilidad de los suelos, el hábitat y la biodiversidad de las regiones intervenidas. La región Pampeana Austral es un ejemplo de cómo los cambios en el uso de la tierra agudizan los problemas ambientales y conducen a una simplificación estructural y funcional de los sistemas productivos. Por este motivo, surge como objetivo evaluar la situación ambiental de un establecimiento rural representativo del partido de Tandil para la aplicación preliminar de Buenas Prácticas Agrícolas, campaña 2013/2014. La metodología consta de dos etapas. Una primera fase de análisis de puntos de control planteados por las Buenas Prácticas Agrícolas. Se recurrió a un análisis descriptivo y cuali-cuantitativo en el que se utilizaron fuentes primarias (observación directa en trabajo de campo, adaptación de la lista de verificación de variables del manual Buenas Prácticas Agrícolas (2013), entrevistas semiestructuradas dirigidas al productor y empleados del establecimiento) y fuentes secundarias (registros documentales de las actividades realizadas en el establecimiento, manual de Buenas Prácticas Agrícolas Global Gap (2013). La segunda etapa es la comprensión de la situación ambiental del establecimiento rural evaluado de manera cuali-cuantitativa y sintética a partir de una matriz DAFO. Del total de los aspectos evaluados, el 60% de los puntos de control analizados presentan una situación ambiental óptima o adecuada para la incorporación de Buenas Prácticas Agrícolas y el 40% de ellos una situación comprometida. Es posible concluir que la mayor parte de los procesos y acciones llevadas a cabo en el establecimiento rural son favorables para la puesta en marcha de dichas prácticas. Sin embargo, cabe destacar que existen impactos, como los producidos sobre la biodiversidad, que deben superarse aun para mejorar la situación ambiental de los puntos de control desfavorables. Luego, las conclusiones muestran que diferentes medidas destinadas a disminuir los efectos negativos fueron identificadas. No obstante, mientras se incorporan técnicas que aumentan la sustentabilidad en términos de conservación de suelos, aumenta la demanda de insumos energéticos, de agroquímicos y de la cantidad de litros utilizados por año. Se espera aportar al establecimiento un panorama preliminar para la implementación de Buenas Prácticas Agrícolas, no solo analizando y potenciando fortalezas y oportunidades que presenta, sino también tomando medidas correctoras respecto a amenazas y debilidades. A su vez, se pretende contribuir al análisis de la gestión ambiental de agroecosistemas a partir de la aplicación a un caso de estudio concreto y con una metodología posible de aplicar en otros establecimientos rurales de semejantes características. Sería fundamental, a partir de este trabajo, la concientización de productores, la incorporación de prácticas tendientes a la sustentabilidad ambiental y el desarrollo de políticas para un futuro ordenamiento territorial ambiental.Fil: Somoza, Ailin. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Humanas. Centro de Estudios Sociales de América Latina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil; ArgentinaFil: Vazquez, Patricia Susana. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Humanas. Centro de Estudios Sociales de América Latina; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil; ArgentinaFil: Zulaica, Maria Laura. Universidad Nacional de Mar del Plata. Facultad de Arquitectura, Urbanismo y Diseño. Instituto de Hábitat y Medio Ambiente; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Mar del Plata; Argentin

GPR application on geothermal studies: the case study of the thermal baths of San Xusto (Pontevedra, Spain)

Geophysical studies are frequently used on the geothermal field to define and characterize deep structures. However, shallow investigations are also needed for understanding the origin and local potential structures of a promising geothermal site. In this research, it is intended to present a review of the possibilities of the application of ground-penetrating radar (GPR) on the study of geothermal resources and how this geophysical technique can contribute to improving the energy use of these thermal resources. For this, the specific case of application to the investigation of the thermal baths of San Xusto (Pontevedra, Spain) is included in this work, whose interest for the region makes it necessary to perform an in-depth analysis of the original thermal structure. A GPR survey with frequency antennas of 200 and 500 MHz was conducted. Additionally, chemical analyses were performed to characterize the thermal water in the San Xusto site. As a result, a hot spring was detected by identifying reverberation phenomena in GPR imaging due to the presence of metal compounds and silica. Locating the origin of the thermal springs could allow for a more efficient use of the thermal resources as well as the hydrothermal possibilities of the area.Xunta de Galicia | Ref. ED431F 2021/08Ministerio de Ciencia e Innovación | Ref. RYC2019-026604-