BrainCAT: a tool for automated and combined functional magnetic resonance imaging and diffusion tensor imaging brain connectivity analysis

Multimodal neuroimaging studies have recently become a trend in the neuroimaging field and are certainly a standard for the future. Brain connectivity studies combining functional activation patterns using resting-state or task-related functional magnetic resonance imaging (fMRI) and diffusion tensor imaging (DTI) tractography have growing popularity. However, there is a scarcity of solutions to perform optimized, intuitive, and consistent multimodal fMRI/DTI studies. Here we propose a new tool, brain connectivity analysis tool (Brain CAT), for an automated and standard multimodal analysis of combined fMRI/DTI data, using freely available tools. With a friendly graphical user interface, BrainCAT aims to make data processing easier and faster, implementing a fully automated data processing pipeline and minimizing the need for user intervention, which hopefully will expand the use of combined fMRI/DTI studies. Its validity was tested in an aging study of the default mode network (DMN) white matter connectivity. The results evidenced the cingulum bundle as the structural connector of the precuneus/posterior cingulate cortex and the medial frontal cortex, regions of the DMN. Moreover, mean fractional anisotropy (FA) values along the cingulum extracted with BrainCAT showed a strong correlation with FA values from the manual selection of the same bundle. Taken together, these results provide evidence that BrainCAT is suitable for these analyses.The authors thank the developers of all the software tools used by BrainCAT, namely, MRIcron, FSL, Diffusion Toolkit, and TrackVis. This work was supported by SwitchBox-FP7-HEALTH-2010-grant 259772-2

Contradictions in research and graduate studies in Brazil

O progresso científico brasileiro tem sido submetido a um processo de busca e avaliação por metas internacionais e tem alcançado resultados notáveis. O mesmo não acontece com o desenvolvimento tecnológico, nem tampouco com a educação. E, com notáveis exceções, o progresso científico não tem sido capaz de se traduzir em ganhos de competência e melhoria na qualidade de vida. Investigam-se os resultados alcançados e em C&T (ciência e tecnologia) e em formação de pesquisadore, diante da hipótese de que severas contradições entre o que se tem oferecido em termos de formação de pesquisadores e de resultados científicos e tecnológicos estão em conflito com as necessidades de uma sociedade que se esforça para alcançar patamares toleráveis e comparáveis a outras nações em termos de desenvolvimento compartilhado por todos. Conclui-se que, de fato, torna-se necessário um esforço maior da comunidade científica para tornar mais efetivos e pragmáticos, no novo ambiente socioeconômico, os resultados das pesquisas e da formação de pesquisadores, como meio de tornar a sociedade a maior beneficiária do conhecimento.Scientific progress in Brazil has been subjected to a process of search and evaluation set by international targets and has achieved outstanding results. However, the same is not true for technological development or for school education. With notable exceptions, scientific progress has not translated into competence gains and improvements in the quality of life. The results achieved in science and technology and in the education of researchers are examined here to evaluate the hypothesis that severe contradictions exist between the education of researchers and scientific and technological results, which are in contrast with the needs of a society that strives to achieve tolerable standards, comparable to those of other nations. The discussion points to a strong trend to academicism, both in education and in research, that seeks to repeat results achieved by already developed societies. As a conclusion, greater effort from the scientific community is necessary in the new organizational environment to attain more effective and pragmatic results in research and in the development of researchers and teachers, as a means of making the society the largest beneficiary of knowledge

Análise do processo de licenciamento ambiental da construção da barragem Bujari, Nova Cruz/RN

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade UnB Planaltina, Programa de Pós-Graduação em Meio Ambiente e Desenvolvimento Rural, 2017.Esta pesquisa tem por objeto de estudo a análise do processo de licenciamento ambiental da Barragem Bujari, projetada para ser construída no município de Nova Cruz/RN. A pesquisa engloba a abordagem do processo de licenciamento ambiental como instrumento de gestão ambiental, incluindo seu histórico, o arcabouço jurídico-institucional e o aparato administrativo brasileiro, em especial aqueles utilizados para a obtenção da Licença de Prévia (LP), no caso específico da construção da Barragem e do enchimento do Reservatório Bujari, processo que acabou sendo suspenso por inviabilidade técnica do projeto. A pesquisa incluiu uma revisão bibliográfica acerca da viabilidade da construção de barragens em regiões semiáridas para a formação de reservatórios com objetivo de aumentar a disponibilidade dos recursos hídricos para usos múltiplos, particularmente para a irrigação em pequenas propriedades, bem como para potencializar atividades econômicas que sejam dependentes das águas para seu desenvolvimento e para o abastecimento humano. Foi efetuada uma pesquisa de campo em três comunidades que seriam afetadas pelo empreendimento. A partir das entrevistas realizadas em meio a esse público, buscou-se abordar alguns aspectos relativos aos conflitos socioambientais reais e/ou potenciais que poderiam ter surgido na região, em função de interesses divergentes sobre o controle e/ou uso dos recursos naturais, resultantes da implantação do empreendimento. Como procedimento de pesquisa, tomou-se como base a metodologia sugerida por Rebouças (1997) e Montenegro (2012). Sobre os conflitos potenciais e reais, a metodologia baseou-se nas propostas de Little (2001) e, como complemento, na mediação dos conflitos socioambientais sugerida por Theodoro et al. (2005). Os resultados dessa pesquisa poderão auxiliar o poder público no planejamento e elaboração de futuras políticas públicas e/ou implantação de empreendimentos de infraestrutura hídrica no semiárido brasileiro.The present research aims to study the analysis of the environmental licensing process in the construction of the Bujari Reservoir, designed to be built in the city of Nova Cruz/RN. The research encompasses the approach of the environmental licensing process as an instrument of environmental management, including its history, legal institutional framework and Brazilian administrative apparatus, in particular those used for obtaining the prior license, in the specific case of Bujari Reservoir, which suspended the process by technical infeasibility of the project. The survey includes a bibliographic review about the feasibility of the construction of Reservoir in semi-arid regions, deployed in order to increase the availability of water resources for multiple uses, particularly for irrigation in small properties, as well as to enhance economic activities that are dependent of the waters for their development and for the human supply. It was carried out a field survey with case study at three communities that would be affected by the enterprise. From interviews conducted in the middle of this public, we sought to address some aspects of real and/or potential social and environmental conflicts that could have arisen in the region, according to divergent interests on the control and/or use of natural resources, resulting from the implementation of the project. As research procedure, it was taken as the basis, the methodology suggested by Rebouças (1997) and Montenegro (2012). About the potential and real conflicts, the methodology was based on the proposals of Little (2001) and, as a complement, in the mediation of social and environmental conflicts suggested by Theodoro et al. (2005). The results of this research may assist the public authority in planning and preparing the future public policies and/or ventures aimed at the implementation of hydro infrastructure projects for the Brazilian semi-arid region

Correlações Estratigráficas Conflitantes no Limite Permo-Triássico no Sul da Bacia do Paraná: O Contato Entre Duas Seqüências e Implicações na Configuração Espacial do Aqüífero Guarani

The stratigraphic register of the Guarani aquifer system in the Parana basin involves deposits of the Triassic to the Cretaceous. The register in the south region differs from the other areas of the basin, causing confusion in the stratigraphic conception of the Pirambóia Formation. This formation is correlated with paleozoics deposits whose register is only found in the south region of the basin. The correlation that intends for these units has implications in the space configuration and distribution of the aquifer. The space relationships of this record are reinterpreted. The Rio do Rasto Formation, of late Permian age record alluvial plain system, in a progressive semiarid environment, including dune fields; in the southern part of the basin these dune field are extensive and is represented by thick record, covered again by extensive fluvial deposits of the Sanga do Cabral Fm at the PT boundary. The unconformity above records a generalized uplift, associated to the Gondwanides orogeny and to climatic changes, accompanied by progressive supply and sin-sedimentary deformation. Above the unconformity, aeolian and fluvial deposits of the Mesozoic sequence present division organized in 3 blocks: West, Central and East. Three depositional cycles were identified. The first, unconformable over Permian rocks, occurs only in the Central Block, with fluvial and lacustrine deposits filling small rifts (Santa Maria and Caturrita fms). The second cycle extends over the whole basin with fluvial deposits and humid aeolian (formations Guará and Pirambóia); the fluvial and aeolian Guará Fm lies unconformable over Sanga do Cabral Fm in the West Block. In the East Block the aeolian and fluvial unit identified as Pirambóia Fm correlative; it occurs unconformable over the Rio do Rasto Fm, omitting the Sanga do Cabral Fm and the rocks of the first cycle. The third cycle system tract records super arid dune fields of the Botucatu Formation. The Late Permian aeolian facies of the Sanga do Cabral Fm, previously called by some authors as the Pirambóia Fm, doesn't present interfingers and doesn't constitute a hydrostratigraphic unit connected to the Guarani System.The stratigraphic register of the Guarani aquifer system in the Parana basin involves deposits of the Triassic to the Cretaceous. The register in the south region differs from the other areas of the basin, causing confusion in the stratigraphic conception of the Pirambóia Formation. This formation is correlated with paleozoics deposits whose register is only found in the south region of the basin. The correlation that intends for these units has implications in the space configuration and distribution of the aquifer. The space relationships of this record are reinterpreted. The Rio do Rasto Formation, of late Permian age record alluvial plain system, in a progressive semiarid environment, including dune fields; in the southern part of the basin these dune field are extensive and is represented by thick record, covered again by extensive fluvial deposits of the Sanga do Cabral Fm at the PT boundary. The unconformity above records a generalized uplift, associated to the Gondwanides orogeny and to climatic changes, accompanied by progressive supply and sin-sedimentary deformation. Above the unconformity, aeolian and fluvial deposits of the Mesozoic sequence present division organized in 3 blocks: West, Central and East. Three depositional cycles were identified. The first, unconformable over Permian rocks, occurs only in the Central Block, with fluvial and lacustrine deposits filling small rifts (Santa Maria and Caturrita fms). The second cycle extends over the whole basin with fluvial deposits and humid aeolian (formations Guará and Pirambóia); the fluvial and aeolian Guará Fm lies unconformable over Sanga do Cabral Fm in the West Block. In the East Block the aeolian and fluvial unit identified as Pirambóia Fm correlative; it occurs unconformable over the Rio do Rasto Fm, omitting the Sanga do Cabral Fm and the rocks of the first cycle. The third cycle system tract records super arid dune fields of the Botucatu Formation. The Late Permian aeolian facies of the Sanga do Cabral Fm, previously called by some authors as the Pirambóia Fm, doesn't present interfingers and doesn't constitute a hydrostratigraphic unit connected to the Guarani System

Estudo de viabilidade econômica da produção de lipase por fermentação submersa a partir de ácido oléico

A crescente preocupação com o meio ambiente e a busca por fontes alternativas e renováveis de matéria prima são temas em foco nos dias de hoje. O reaproveitamento e a reutilização de óleos, fontes ricas de carbono, na indústria de bioprocessos para produção de enzimas é o foco do presente trabalho. A lipase, enzima utilizada para diversos fins na indústria, é produzida por uma gama de microorganismos a partir de processos de fermentação. A escolha da fermentação submersa (FS) é adequada ao tipo de matéria prima oleosa, sendo um processo altamente difundido. Além disso, a utilização de um meio de cultura renovável pode viabilizar economicamente o projeto, gerando produtos a partir de processos mais baratos. A lipase produzida possui papel estratégico fundamental na produção de biodiesel, visto que uma de suas aplicações é como catalisador da reação de transesterificação para produção de biodiesel. Desta forma, o presente trabalho teve objetivo de estudar a viabilidade econômica da produção de lipase por Candida rugosa, microorganismo conhecido na literatura como ótimo produtor de lipases, em fermentação submersa utilizando ácido oléico como fonte de carbono. Dados obtidos da literatura, de experimentos realizados em escala laboratorial, foram utilizados para se determinar os parâmetros essenciais ao processo, e o software SuperPro Designer foi aplicado com a finalidade de executar a simulação de uma planta industrial de produção de lipase, permitindo também o levantando de dados para um estudo de viabilidade econômica do processo. A planta simulada foi capaz de produzir um preparado enzimático a um custo de aproximadamente R$4.500 por kg com capacidade de produção de 10 ton/ano, sendo que o preço de venda foi estimado em aproximadamente R$ 5.600 por kg. Este resultado mostra que o processo apresenta grande potencial econômico e sugere que estudos posteriores devem ser realizados visando seu desenvolvimento em um processo em escala industrial

Uma aplicação do teorema central do limite / An application of the central limit theorem

O Teorema Central do Limite é um importante teorema da inferência estatística que diz que quanto maior o tamanho de uma determinada amostra, mais próxima estará de uma distribuição normal, a distribuição amostral de sua média. Neste artigo, propõe-se utilizar este teorema para mostrar que a distribuição amostral do tamanho médio de folhas da árvore Dypsis lutescens, popularmente conhecida como palmeira areca, areca-bambu ou palmeira de jardim, converge para uma distribuição normal. Para isto, recolheu-se aleatoriamente uma certa quantidade de folhas desta árvore e, após uma análise descritiva do tamanho dessas folhas, mensurado com o auxílio de um paquímetro, aplicou-se o teste de Kolmogorov-Smirnov que, a um nível de significância de 5%, confirmou a hipótese de normalidade dos dados. As análises foram realizadas com o auxílio do software estatístico R. Espera-se que este trabalho possa ilustrar as aplicabilidades do Teorema Central do Limite trazendo ganhos para o processo de ensino-aprendizagem da estatística, especialmente em cursos da área de Ciências Agrárias. 

Effect of a bonding resin layer associated with a self-etching adhesive system on the bond strength of indirect restorations

The aim of this study was to evaluate the influence of a low-viscosity bonding resin applied over a self-etching adhesive system on the microtensile bond strength (µTBS) of indirect restorations. Comparisons were made using One Up Bond F (OB) self-etching adhesive system, Single Bond (SB) one-bottle adhesive system and Scotchbond Multi Purpose Plus (SMP) bonding component. Thirty bovine incisors were extracted and decoronated at the cementoenamel junction. The labial surfaces were ground so that superficial dentin and deep dentin were exposed. The specimens were randomized to three groups (n=10): G1- OB; G2- OB + SMP; G3- SB. In G2, a layer of the SMP bonding was applied over the OB adhesive system. Indirect composite restorations were bonded using dual-cure cement under 500 g load for 5 min. The specimens were serially sectioned with a bonding area of ± 1.0 mm² in 3 regions: enamel (E), superficial dentin (SD) and deep dentin (DD). The sticks were fixed with cyanoacrylate adhesive and submitted to µTBS test at a crosshead speed of 0.5 mm/min in a mechanical testing machine (EMIC DL 2000). The fractured specimens were examined under scanning electron microscopy to determine the failure mode. Data were analyzed by one-way ANOVA followed by Tukey's test (

The impact of normalization and segmentation on resting state brain networks

Graph theory has recently received a lot of attention from the neuroscience community as a method to represent and characterize brain networks. Still, there is a lack of a gold standard for the methods that should be employed for the preprocessing of the data and the construction of the networks, as well as a lack of knowledge on how different methodologies can affect the metrics reported. We used graph theory analysis applied to resting-state functional Magnetic Resonance Imaging (rs-fMRI) to investigate the influence of different node-defining strategies and the effect of normalizing the functional acquisition on several commonly reported metrics used to characterize brain networks. The nodes of the network were defined using either the individual FreeSurfer segmentation of each subject or the FreeSurfer segmented MNI (Montreal National Institute) 152 template, using the Destrieux and sub-cortical atlas. The functional acquisition was either kept on the functional native space or normalized into MNI standard space. The comparisons were done at three levels: on the connections, on the edge properties and on the network properties levels. Our results reveal that different registration and brain parcellation strategies have a strong impact on all the levels of analysis, possibly favoring the use of individual segmentation strategies and conservative registration approaches. In conclusion, several technical aspects must be considered so that graph theoretical analysis of connectivity MRI data can provide a framework to understand brain pathologies.(undefined

Diversity of porcine rotavirus genotypes in São Paulo State, Brazil

Rotavírus é uma das causas mais comuns de diarréia tanto em humanos quanto em diferentes espécies animais. Foi conduzido um estudo transversal a partir de 144 amostras fecais diarréicas colhidas de leitões, provenientes de 16 criações comerciais distribuídas por 10 municípios do Estado de São Paulo, Brasil, com o objetivo de se detectar a ocorrência de rotavírus e realizar sua caracterização molecular quanto seus genotipos G e P. Um total de 43 amostras (29,86%) foram positivas para rotavírus por Eletroforese em Gel de Poliacrilamida (PAGE) e ELISA, num esquema de triagem em paralelo. A caracterização mediante reações do tipo nested-multiplex RT-PCR demonstrou que, isoladamente, o genotipo P[6] foi o mais frequente, detectado em 25,58% das amostras, seguido pelo P[1] (11,63%) e P[7] (9,3%). Infecções concomitantes de genotipos P[6]+P[7] (9,3%), P[1]+P[6] (4,65%), P[1]+P[6]+P[7] (2,33%) foram também observadas. Analogamente, o genotipo G[5] foi detectado em 30,23% das amostras, seguido pelo G[10] (20,93%) e G[6] (4,65%) e G[5]+G[10] (18,6%). O genotipo G[5]P[6] foi o mais frequente (11,63%), porém outras combinações e amostras não tipificáveis também foram observadas. Considerando-se a diversidade de rotavírus suínos encontrada na população estudada, medidas profiláticas específicas devem levar em conta, para sua efetividade, o grau de proteção cruzada entre os genotipos presentes nas formulações vacinais e aqueles que realmente são circulantes numa região.Rotavirus is one the most common causes of diarrhea both in humans and different animal species. It was carried out a transversal study with 144 diarrheic fecal samples of piglets, from 16 commercial swine-producing units distributed among 10 municipalities of São Paulo State, Brazil, aiming at the detection of rotavirus occurrence and its molecular characterization according to G and P genotypes. A total of 43 samples (29.86%) were positive for rotavirus by Polyacrylamide Gel Electrophoresis (PAGE) and ELISA, in a parallel screening scheme. The nested-multiplex RT-PCR characterization revealed that, separately, the P[6] genotype was the most frequent, detected in 25.58% of the samples, followed by P[1] (11.63%) and P[7] (9.3%). Concomitant infection of the genotypes P[6]+P[7] (9.3%), P[1]+P[6] (4.65%), P[1]+P[6]+P[7] (2.33%) were also found. Similarly, the G[5] genotype was detected on 30.23% of the samples, followed by G[10] (20.93%), G[6] (4.65%) and G[5]+G[10] (18.6%). The genotype G[5]P[6] was the most frequent (11.63%), but other combinations and untypeable samples were also observed. Considering the diversity porcine rotavirus found in the surveyed population, specific prophylactic measures should take in charge, for its effectiveness, the cross-protection degree between the genotypes present on vaccine formulations and those that really circulates on a region.Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP