Contribution of genomics and transcriptomics to the understanding of the biological role of DNases in Streptococcus agalactiae

Streptococcus agalactiae is the leading cause of neonatal pneumonia, sepsis, and meningitis. Strains III/ST17 emerged as a hypervirulent clone mostly associated with meningitis during late-onset disease. Production of extracellular DNases and biofilm formation have been proposed to explain the leading role of this clone in neonatal meningitis. The aim of this thesis was to shed some light on the genetic background of DNase production in S. agalactiae strains isolated in humans presenting diverse cell tropism (invasive vs carriage). Genomic approaches were used to decipher the molecular basis of the differential production of DNases, through the analysis of the “core-genome” and the “pan-genome” of ST17 and ST19 strains. All ST17 strains, except one, displayed DNase activity which was observed in only one ST19 strain. ST17 DNase(-) revealed an exclusive amino acid change in NucA, a TnGBS2.3 homolog and an intact phage without homology in S. agalactiae. ST19 DNase(+) revealed an exclusive amino acid change alteration in nuclease GBS0609. A transcriptomic approach allowed the analysis of the level of expression, by functional category, of genes of S. agalactiae reference strain NEM316 at the exponential growth phase; exposure to human DNA did not affect the transcriptome. The optimal conditions for S. agalactiae biofilm assembly were determined for ST17 and ST19 strains, contributing to the standardization of experimental procedures, thus allowing the comparison of results between different laboratories. In addition, the enzymatic digestion of mature biofilms for the three strongest biofilm producers, evidenced that proteins were the predominant component of the extracellular polymeric matrix. Overall, the findings presented in this Ph.D. thesis may contribute for the knowledge on the production of extracellular DNases, and provide new insights into biofilm formation, genomics and transcriptomics for ST17 and ST19 S. agalactiae lineages.Streptococcus agalactiae é a principal causa de pneumonia neonatal, sépsis e meningite. O clone hipervirulento III/ST17, tem sido associado à meningite neonatal de início tardio, tendo a atividade de DNases extracelulares e a formação de biofilmes sido apontados como fatores de virulência nessas estirpes. O objetivo da presente dissertação de doutoramento foi contribuir para a descodificação da base genómica de produção de DNases em estirpes de S. agalactiae, isoladas em humanos, com diferentes tropismos celulares (invasivo vs colonização). A produção diferencial de DNases de um conjunto de estirpes pertencentes às linhagens ST17 e ST19 foi investigada através da análise do “core-genome” e do “pan-genome”. As estirpes ST17, exceto uma, apresentaram atividade nucleásica contrariamente às estirpes ST19, em que apenas uma revelou um fenótipo DNase(+). A estirpe ST17 DNase(-) exibiu uma alteração aminoacídica exclusiva na proteína NucA e a presença de um homólogo do tranposão TnGBS2.3, para além de um fago intacto sem homologia em S. agalactiae. A estirpe ST19 DNase(+) revelou um aminoácido alterado na nuclease GBS0609. A análise transcriptómica permitiu avaliar os níveis de expressão génica, por categoria funcional, da estirpe de referência S. agalactiae NEM316, durante a fase exponencial de crescimento; a exposição ao DNA humano não induziu alterações no transcriptoma. Foram determinadas as condições ótimas para a formação de biofilmes em estirpes de S. agalactiae de ST17 e ST19, contribuindo para a padronização dos procedimentos experimentais do estudo de produção de biofilmes nesta espécie bacteriana. A digestão enzimática de biofilmes maduros, para as três estirpes mais produtoras de biofilmes, evidenciou que o componente predominante da matriz extracelular são as proteínas. Globalmente, a presente dissertação de doutoramento contribui para o conhecimento sobre a produção das DNases extracelulares e a capacidade de formação de biofilmes das linhagens ST17 e ST19 de S. agalactiae, providenciando novos dados genómicos e transcriptómicos

Multi Agent Functional Bone Simulation: A theoretical study

In 200 A.D., Galen described bones as the fundamental system of body protection. Bones are highly dynamic, in constant renovation to preserve their properties. Understanding bone metabolism has become a relevant area of research. The most common bone disease is osteoporosis and is characterized by low bone mass and microarchitecture disturbances. The major consequence of osteoporosis are fragility fractures (fractures that occur with low impact trauma). Osteoporosis causes more than 8.9 million fractures each year worldwide. Several therapies are effective in preventing fractures and treating osteoporosis. However, there is an enormous difficulty in predicting osteoporosis related fractures and understanding who needs these therapies in order to prevent bone loss. In practical clinic, it becomes essential to have a model describing the bone remodeling process and the impact of the different cellular mediators in the bone metabolism. Although some mathematical models already describe the variation of the bone cells, they do it in a continuous and deterministic way with few cellular mediators. Many studies and experimental results have shown that cellular metabolism and birth-and-death processes in population dynamics are stochastic. Furthermore, mathematical models are reliable on describing a macro level, whereas multiagent simulation models are used to link micro and macro perspectives. In this thesis we have developed a multiagent stochastic model that simulates a timeline remodeling cycle. Our simulator reproduces the homeostatic process of remodeling with the different phases of it, which is time consistent with the real biological process. Our model includes the most relevant cellular mediators in the bone metabolism. Our model demonstrated to have great sensibility to predict bone loss caused by some chronic diseases such hyper and hypoparathyroidism, and excess of glucocorticoids, and also to the most known causes of osteoporosis: estrogen or vitamin D deficiency. Overall, this model provides a deeper understanding about bone metabolism and the pathologies associated with it.Em 200 A.D, Galen descreveu os ossos como o sistema fundamental de proteção do corpo. Os ossos são estruturas altamente dinâmicas e estão em constante remodelação para preservarem as suas propriedades. Compreender o metabolismo do osso tornou-se uma marcante área de pesquisa. A doença óssea mais comum é a osteoporose que causa mais de 8.9 milhões de fraturas em todo o mundo. Existem várias terapias eficazes em prevenir e tratar esta doença. Contudo, existe uma enorme dificuldade em prevê-la, bem como em entender quem necessita de terapêuticas para a retardar ou evitar a perda óssea. Na prática clínica, revelou-se importante existir um modelo que descreva o processo de remodelação óssea assim como o impacto dos diferentes mediadores celulares no metabolismo ósseo. Apesar de já existirem alguns modelos matemáticos que descrevem a variação das células ósseas na remodelação óssea, fazem-no de uma forma contínua e determinística e com poucos mediadores celulares. Bastantes estudos e resultados experimentais revelam que o metabolismo celular, bem como os processos de nascimento e morte em populações dinâmicas, são estocásticos. Para além disso, os modelos matemáticos são fidedignos em descrever um nível macro enquanto modelos de simulação de multiagentes são utilizados para conectar ambas as perspetivas, micro e macro. O modelo estocástico de multiagentes desenvolvido neste trabalho, simula um ciclo de remodelação ao longo do tempo. O nosso simulador reproduz o processo homeostático de remodelação com as diferentes fases deste, o que é consistente com o processo biológico real. Para além disso, o nosso modelo inclui os mediadores celulares mais relevantes no metabolismo ósseo. Os resultados do modelo demonstram ter sensibilidade em prever a perda óssea devido a algumas doenças crónicas como hiper e hipoparatiroidismo e o excesso de glucocorticoides, bem como das mais conhecidas causas de osteoporose: a deficiência de estrogénio e vitamina D. No geral, este modelo permite-nos ter um maior entendimento do metabolismo ósseo, bem como das patologias associadas a este

O Centro de Arte Contemporânea e o Museu Nacional de Soares dos Reis. Análise de uma parceria institucional

O Centro de Arte Contemporânea (CAC) funcionou entre 1976 e 1980 no Museu Nacional de Soares dos Reis (MNSR), no Porto, com vista à exposição, estudo e divulgação de arte contemporânea. Este artigo tem como objetivo analisar a parceria institucional estabelecida entre o CAC e o MNSR durante esses quatro anos. Para tal, torna-se importante contextualizar a criação do CAC a partir da perspetiva da ausência de um museu de arte moderna capaz de atender às necessidades da comunidade artística nacional, bem como do panorama das intensas dinâmicas artísticas desenvolvidas no Porto a partir de meados do século XX. Por último, procedemos à análise da criação do CAC no MNSR e do funcionamento da parceria institucional estabelecida, a partir do processo de constituição de uma coleção de arte contemporânea e da partilha de instalações, refletindo ainda sobre os contributos desta parceria, patentes na intensa atividade expositiva desenvolvida pelo CAC.The Contemporary Art Centre (CAC) operated between 1976 and 1980 at the National Museum of Soares dos Reis (MNSR) in Porto, with a view to exhibiting, studying and disseminating contemporary art. This article aims to analyse the institutional partnership established between the CAC and the MNSR during those four years. To this end, it is important to contextualise the creation of the CAC from the perspective of the absence of a modern art museum capable of meeting the needs of the national artistic community, as well as the panorama of the intense artistic dynamics developed in Porto from the mid-twentieth century onwards. Furthermore, we analyse the creation of the CAC in the MNSR as well as the institutional partnership that was established, regarding the process of constitution of a collection of contemporary art and the sharing of facilities. Finally, we aim to reflect upon the contributions of this partnership, through the analysis of the intense exhibition activity developed by the CAC

Identidade, corpo e género A representação das personagens transgénero no cinema

Com base nas matérias que exploram o corpo, o género, a identidade e a sexualidade o presente estudo, desenvolvido no âmbito da Área de Especialização Cinema e Televisão do Mestrado em Ciências da Comunicação, teve como objetivo perceber como é que as personagens transgénero são representadas nos filmes mainstream. A linguagem discursiva sobre a identidade de género ao influenciar diretamente a construção e reprodução de personagens não tradicionais nas narrativas de cinema levou a que estas fossem distinguidas umas das outras, assim analisar-se-á a representatividade, o tipo de interpretações feitas e os diferentes grupos onde se inserem crossdressers, transexuais e transgéneros

Quão eficiente é o desempenho hospitalar pós-fusões?: o caso português

Mestrado em EconomiaAtualmente cada vez mais empresas se juntam para aumentar o seu mercado, obter economias de escala, melhorar as estruturas de custos fixos e, consequentemente, aumentar o lucro. Os hospitais não são exceção. No entanto, a reestruturação de um hospital deve considerar a eficiência do desempenho. A criação dos Centros de Hospitalares (HCʼs) afecta a eficiência dos mesmos, sendo esta a nossa questão fulcral. Para responder a esta questão medimos o impacto das fusões horizontais na eficiência dos hospitais portugueses, utilizando o método Data Envelopment Analysis (DEA). Os resultados empíricos do nosso estudo mostram que as fusões não resultam necessariamente num aumento da eficiência técnica. Algumas fusões hospitalares podem alcançar uma dimensão excessiva, criando deseconomias de escala. A análise sugere, assim, que existem diferenças de acordo com áreas geográficas e estruturas hospitalares. Foram notórias diferenças entre as unidades hospitalares de pequena e grande dimensão, que pensamos que pode ser explicadas pelas necessidades de mercado e problema dos "picos de afluência”. O desempenho das fusões mais antigas, parece permanecer estável nos anos seguintes.Nowadays, more and more firms come together to gain size, scale, improve their fixed cost and increase profitability. Hospitals are no exception. However, restructuring an hospital cannot leave aside aspects of efficiency in performance. How merger of Hospitals Centres (HCʼs) affects the technical efficiency is the focus of this research. We measure the impact on efficiency of Portuguese hospitals, after a horizontal merger, using Data Envelopment Analysis (DEA). The empirical results of our research show that the merger did not result in increased technical efficiency. Some hospital mergers become too large and therefore after the mergers might experience diseconomies of scale. The analysis strongly suggests that there are differences according to geographical areas and hospital sizes. We found differences between small and large units that could be explained by the needs and “peak load” problems. The performance of old mergers seems to remain stable in subsequent years

Evolução de genótipos de Streptococcus agalactiae associados a colonização na grávida

Dissertação para obtenção do grau de Mestre em Microbiologia MédicaStreptococcus agalactiae, uma das causas mais comuns de infecção neonatal, pode causar quadros de pneumonia, sépsis e meningite em recém-nascidos, sendo responsável por elevadas taxas de morbilidade e mortalidade em adultos imunodeprimidos. No presente estudo foi feita uma análise da tendência de distribuição dos serótipos de S. agalactiae numa colecção de 953 estirpes de colonização isoladas de exsudados vaginais e/ou rectais de mulheres em idade fértil (15-49 anos de idade), entre 2005-2012, em sete instituições de saúde de Portugal continental. Observou-se um aumento notável na frequência do serótipo IV, de 1,4% em 2006 para 19,6% em 2012. A avaliação da susceptibilidade aos antimicrobianos definiu um novo cenário de resistências à eritromicina e à clindamicina, envolvendo sobretudo os serótipos Ib e IV, entre 2010-2012, não tendo sido detectada resistência ou susceptibilidade reduzida à vancomicina ou à penicilina G. O principal objectivo do presente estudo consistiu na caracterização das estirpes S. agalactiae do serótipo IV, nomeadamente pela avaliação das DNases, tendo-se verificado que todas as estirpes eram produtoras. Por Multi Locus Sequence Typing (MLST) foi possível identificar dezasseis sequências tipo (ST) e cinco complexos clonais (CC) distintos: CC1, CC12, CC17, CC19 e CC23, sendo os mais frequentes o CC23 (35,2%) e o CC1 (33%), que incluíram 72,7% das estirpes resistentes à clindamicina e 69,2% das resistentes à eritromicina. Foram identificados nove clones hipervirulentos CC17, relacionados com o clone emergente IV/ST291, provavelmente originado por switching capsular. A análise molecular destas estirpes revelou a presença do gene rib, IS861 e GBSi1 na região intergénica scpB-lmb, reflexo de clonalidade e de uma hipotética origem comum. A realização de estudos epidemiológicos com vista à vigilância de clones e linhagens genéticas, monitorização da distribuição de serótipos e dos padrões de resistência aos antibióticos, são fundamentais para o desenvolvimento de estratégias mais precisas de prevenção das infecções por S. agalactiae.Fundação para a Ciência e a Tecnologia - projecto de I&D ref. PTDC/SAU-MII/105114/2008 e projecto estratégico ref. PEst-OE/BIA/ UI0457/2011-CREM (Centro de Recursos Microbiológico

Avaliação acústico-perceptiva e stress em mulheres com patologia laríngea

Mestrado em Ciências da Fala e da AudiçãoObjectivo / Tema: O objectivo deste estudo foi a recolha de dados acústicos, perceptivos e psicológicos de sujeitos do género feminino que possuíssem patologia laríngea com a finalidade de realizar uma avaliação mais abrangente e contribuir para a precisão do diagnóstico clínico em Terapia da Fala bem como demonstrar a importância da avaliação acústica como um complemento à avaliação vocal perceptiva, facilitando a compreensão da patologia a partir de dados objectivos. Metodo: Mediante o diagnóstico ORL foram seleccionados os sujeitos do género feminino com a patologia laríngea de nódulos vocais e na primeira consulta de Terapia da Fala foram preenchidas as fichas de caracterização dos sujeitos (pela TF), foram captados os sinais acústicos (gravação vocal das vogais /a/, /i/ e /u/ durante a leitura de uma frase de apoio e conversação) e por fim foi preenchida a Escala de Auto-Avaliação da ansiedade de Zung (pelo doente). Resultados: Como principais resultados verificou-se que os parâmetros acústicos mais afectados foram a F0 e o Jitter PPQ5 em conversação e o Shimmer APQ3 e HNR em leitura e conversação. Os parâmetros perceptivos mais afectados foram o grau da da disfonia (G), a rouquidão (R) e a tensão (S). Na avaliação psicológica, ocorreram maior número de indivíduos com grau de ansiedade patológica. A ansiedade revelou um efeito significativo nos valores de F0, Jitter PPQ5, Shimmer APQ3 e HNR. Observou-se uma correlação negativa significativa entre o G e a F0 em leitura e o G e o HNR em conversação e leitura. Ocorreu uma correlação positiva significativa entre o R e o Jitter PPQ5 , o R e o Shimmer APQ3 e o G e o Jitter PPQ5 para a leitura e conversação. Discussão: Os resultados obtidos neste trabalho vêm ao encontro de muitos estudos (para outras línguas) consultados na revisão bibliográfica realizada, tendo-se verificado uma relação entre a avaliação psicológica e acústica e entre a avaliação acústica e perceptiva. ABSTRACT: Objective / Theme: The aim of this study was to gather the acustic, perceptive and psychological dada of female subjects who had laryngeal pathology. This study has the final purpose of attaining a broader evaluation and of contributing to the clinical diagnoses’ precision in Speech Therapy as well as to demonstrate the importance of the acustic evaluation as a complement to the perceptive vocal evaluation, making easier to understand the pathology from objective dada. Method: By means of the ORL diagnoses, the female subjects with laryngeal pathology of the vocal nodules were selected, and at the first consultation of Speech Therapy all subject’s caracterization notes were filled (by the ST), the acustic signals (vocal recordings of the vocals /a/, /i/ and /u/ during the reading of a backup line and conversation) were captured, and finally the Zung’s Anxiety Auto-Evaluation Scale was filled (by the patient). Results: As major results it was established that the most afected acustical parameters were the F0 and the Jitter PPQ5, in conversation, and the Shimmer APQ3 and the HNR, in reading and conversation. The most afected perceptive parameters were the degree of dysphonia (G), roughness (R) and tension (S). At the psychological evaluation there were more individuals with a degree of pathological anxiety. This anxiety showed a significant effect on the values of F0, Jitter PPQ5, Shimmer APQ3 and HNR. It was observed a significant negative correlation between G and F0 regarding reading, as well as between G and HNR regarding conversation and reading. It occured a significant positive correlation between R and the Jitter PPQ5, the R and the Shimmer APQ3 and the G and the Jitter PPQ5 regarding reading and conversation. Discussion: The results of this study are similar too many studies (for other languages) found in the literature review conducted and it has been verified a close relation between the psychological and the acoustic evaluation and between the acoustic and perceptual assessment

Conservar la performance: la documentación y su papel en la conservación de obras de arte transitorias

El surgimiento de la performance en cuanto tipología artística data apenas del siglo XX. Sin embargo, su desarrollo y evolución fueron fundamentales para las prácticas artísticas del siglo pasado y, todavía, siguen siéndolo para el arte actual. Al analizar su evolución a lo largo del tiempo es posible constatar que la mayor parte de los artistas optó por la realización de registros documentales como forma de controlar la efimeridad e inmaterialidad inherentes a una experiencia en vivo. La generación de esos registros ha producido profundos cambios en la ontología de la performance, los cuales no deben ser ignorados. Así, este trabajo final de máster, adoptando un posicionamiento defensor de la viabilidad y de la urgencia de la conservación de performance artística, intenta realizar una aproximación a esta área, todavía, bastante novedosa y de naturaleza hermética en el mundo de la conservación del arte contemporáneo. De este modo, se intenta concretar el papel de la documentación en la conservación de performance artística, contextualizándola en el ámbito de la conservación de obras de arte transitorias. Al profundizar en el tema, se aclara la doble función de la documentación, la cual es generada por el artista y por el conservador. El posicionamiento de la performance en el contexto de las obras de arte de naturaleza transitoria evidencia la necesidad de cambiar el paradigma de la conservación con respeto al papel del conservador. Este nuevo papel del conservador anuncia un acercamiento del mundo de la conservación al de la creación artística, debido a la aparición de registros documentales tanto del artista como del conservador. Atendiendo a ese problema, se intenta concretar el papel del conservador, resaltando la importancia de trabajar en conjunto con el artista, para atender a las especificidades de cada obra, en conformidad con la intención artística que la determina. Por fin, se presenta un modelo de registro de datos direccionado al caso específico de la performance artística, el cual intenta atender a las especificidades de este tipo de obra.The emergence of performance as an artistic typology dates back only to the beginning of the twentieth century. However, its development and evolution have been fundamental to the artistic practices of the last century and still are to the current artistic production. By analysing its evolution over time, it is possible to confirm that most of the artists opted for the production of documentary records in order to overcome the ephemerality and immateriality inherent to a live experience. The introduction of these records has produced profound changes in the ontology of performance and thereupon those changes should not be ignored. Thus, by adopting a position that defends the viability and the urgency of the conservation of artistic performance, this final master's work attempts to make an approximation to this area, still quite new and of hermetic nature in the world of conservation of contemporary art. Therefore, this investigation strives to determine the role of documentation in the conservation of artistic performance, contextualizing it in the field of conservation of transitional works of art. On that account, an effort was made in order to clarify the dual role of documentation (produced by the artist and by the conservator) existent in the case of performance documentation. The positioning of performance in the context of transitional artworks evidences the need to change the paradigm of conservation with regard to the role of the conservator. This new role of the conservator foreshadows a communion between the world of conservation and the world of artistic creation, increased by the generation of documentary records by both the artist and the conservator. In response to this problem, this investigation tries to determine and circumscribe the role of the conservator, whilst emphasizing the importance of working conjunctionally with the artist, in order to better attend to the specificities of each work, accordingly to the artistic intention that underlies it. Lastly, a data recording model aimed at the documentation of performance is presented. The form presented attempts to meet the specific requirements inherent to this type of artwork.Silvestre Borges, MI. (2018). Conservar la performance: la documentación y su papel en la conservación de obras de arte transitorias. http://hdl.handle.net/10251/112033TFG

Exploring NAD(+) metabolism in host-pathogen interactions

Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) is a vital molecule found in all living cells. NAD+ intracellular levels are dictated by its synthesis, using the de novo and/or salvage pathway, and through its catabolic use as co-enzyme or co-substrate. The regulation of NAD+ metabolism has proven to be an adequate drug target for several diseases, including cancer, neurodegenerative or inflammatory diseases. Increasing interest has been given to NAD+ metabolism during innate and adaptive immune responses suggesting that its modulation could also be relevant during host-pathogen interactions. While the maintenance of NAD+ homeostatic levels assures an adequate environment for host cell survival and proliferation, fluctuations in NAD+ or biosynthetic precursors bioavailability have been described during host-pathogen interactions, which will interfere with pathogen persistence or clearance. Here, we review the double-edged sword of NAD+ metabolism during host-pathogen interactions emphasizing its potential for treatment of infectious diseases.JG was supported by PD/BD/106053/2015. BV was supported by IRD (Institut de Recherche pour le Développement) institutional funding. JE was supported by a European Community’s Seventh Framework Program under grant agreement No. 602773 (Project KINDRED), an ANR grant (LEISH-APO, France) and a Partenariat Hubert Curien (PHC) (program Volubilis, MA/11/262). JE also thanks the Canada Research Chair program for his support. RS thank FCT—Foundation for Science and Technology—for their Investigator FCT Grant (IF/00021/2014)info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Multivariate Data Analysis of the Thermal Performance of Portuguese Residential Building Stock

The purpose of this study is to explore the relationship between solar orientation, age (constructive characterization) and energy performance of Portuguese residential building stock and to assess the usefulness of exploring the Portuguese National System for Energy and Indoor Air Quality Certification of Buildings (SCE) database through multivariate analysis techniques. By using principal components technique, it was possible to condense the residential units’ features to only four principal components (PC): solar orientation; constructive characterization; geometry and energy performance, making information more workable. Grouping the entities into Clusters with favourable and unfavourable solar orientation and old buildings allowed to dilute the particularities of each entity, facilitating the interpretation of the data through generalization. A regression model was generated in order to explore/confirm which factors influence summer comfort the most. Using this approach, it was illustrated that the exploration of the SCE database through multivariate data analyses has an enormous potential to convert data into knowledge