An Analysis of the Potential Fiscal and Health Benefits of the Legalisation of the Sale of Marijuana in South Africa

This paper explores the potential fiscal and health benefits South Africa could achieve if it were to legalise the sale of marijuana exploring outcomes from other countries' experiences. The fiscal benefits explored were the potential creation of a new stream of tax revenue and the decrease in government spending currently focused on anti-marijuana law enforcement. The fiscal concerns explored were issues around a decrease in tax revenue from a decline in demand as the price increases, the existence of the black market even after legalisation, and a decline in tax revenue from the decrease in alcohol consumption. The health benefits discussed are the decline in consumption of alcohol, the use of marijuana to aid in rehabilitation for alcoholics and drug addicts and the potential for a new field of research. The health concerns explored are abuse from adolescents, possibility of addiction in adults, and concerns regarding an increase in the consumption of junk foods. The marijuana market already exists in South Africa, in both rural and non-rural areas and as such, both poorer and more developed communities could gain from the legalisation of marijuana in South Africa. Data was collected through surveys to understand consumer preferences for marijuana, there is strong evidence that respondents are consuming marijuana already and as such there is evidence of the existence of a marijuana market within the sample population that is not being taxed, therefore, government could gain from legalising the sale of marijuana as they could earn a tax revenue from it

Using antipatterns to improve the quality of FLOSS development

Antipatterns have been mostly reported in closed source software environments. With the advent of Free/Libre Open Source Software (FLOSS), researchers have started analysing popular FLOSS projects, seeking vitality indicators and success patterns.  However, an impressively high percentage of FLOSS projects are unsuccessful.  Moreover, even in the successful cases of FLOSS there can be found tracks of failed attempts, dead-ends, forks, abandonments etc.  FLOSS antipatterns can help developers to improve their code and improve the communication and collaboration within the FLOSS community.  In this paper, we present some example of FLOSS antipatterns and discuss the benefits that they bring to various FLOSS user roles.  Furthermore, we present ontology-based technology and software tools that can be used to assist FLOSS developers and community users to identify, document, share antipatterns and use these mechanisms to assist FLOSS projects conform to specified requirements.  Finally, we propose a framework for the quantitative identification of the antipatterns to use as quality indicators in the certification of FLOSS products

Guidelines for initiation of anti-tumour necrosis factor therapy in rheumatoid arthritis: similarities and differences across Europe.

Contains fulltext : 80544.pdf (publisher's version ) (Closed access

Imprinting disorders: a group of congenital disorders with overlapping patterns of molecular changes affecting imprinted loci.

Congenital imprinting disorders (IDs) are characterised by molecular changes affecting imprinted chromosomal regions and genes, i.e. genes that are expressed in a parent-of-origin specific manner. Recent years have seen a great expansion in the range of alterations in regulation, dosage or DNA sequence shown to disturb imprinted gene expression, and the correspondingly broad range of resultant clinical syndromes. At the same time, however, it has become clear that this diversity of IDs has common underlying principles, not only in shared molecular mechanisms, but also in interrelated clinical impacts upon growth, development and metabolism. Thus, detailed and systematic analysis of IDs can not only identify unifying principles of molecular epigenetics in health and disease, but also support personalisation of diagnosis and management for individual patients and families.All authors are members of the EUCID.net network, funded by COST (BM1208). TE is funded by the German Ministry of research and education (01GM1513B). GPdN is funded by I3SNS Program of the Spanish Ministry of Health (CP03/0064; SIVI 1395/09), Instituto de Salud Carlos III (PI13/00467) and Basque Department of Health (GV2014/111017).This is the final version of the article. It first appeared from BioMed Central via http://dx.doi.org/10.1186/s13148-015-0143-

The comparative responsiveness of Hospital Universitario Princesa Index and other composite indices for assessing rheumatoid arthritis activity

Objective To evaluate the responsiveness in terms of correlation of the Hospital Universitario La Princesa Index (HUPI) comparatively to the traditional composite indices used to assess disease activity in rheumatoid arthritis (RA), and to compare the performance of HUPI-based response criteria with that of the EULAR response criteria. Methods Secondary data analysis from the following studies: ACT-RAY (clinical trial), PROAR (early RA cohort) and EMECAR (pre-biologic era long term RA cohort). Responsiveness was evaluated by: 1) comparing change from baseline (Delta) of HUPI with Delta in other scores by calculating correlation coefficients; 2) calculating standardised effect sizes. The accuracy of response by HUPI and by EULAR criteria was analyzed using linear regressions in which the dependent variable was change in global assessment by physician (Delta GDA-Phy). Results Delta HUPI correlation with change in all other indices ranged from 0.387 to 0.791); HUPI's standardized effect size was larger than those from the other indices in each database used. In ACT-RAY, depending on visit, between 65 and 80% of patients were equally classified by HUPI and EULAR response criteria. However, HUPI criteria were slightly more stringent, with higher percentage of patients classified as non-responder, especially at early visits. HUPI response criteria showed a slightly higher accuracy than EULAR response criteria when using Delta GDA-Phy as gold standard. Conclusion HUPI shows good responsiveness in terms of correlation in each studied scenario (clinical trial, early RA cohort, and established RA cohort). Response criteria by HUPI seem more stringent than EULAR''s

Search for molecular defects in women with premature ovarian insufficiency

Background: The etiology of premature ovarian insufficiency (POI) is multifactorial and may include genetic and/or environmental factors. Nevertheless, the etiology remains unknown in 90% of the cases, which are classified as idiopathic. Although in ~30% of women with POI the disease has a familiar pattern, in only ~7% a molecular defect has been identified.Αim of the study: The aim of the study was to search for genetic defects in genes related to the development and/or function of the ovary and are linked to POI: FOXL2, BMP15, GDF9, FOXE1 and NOBOX. We hypothesized that causative molecular defects could be identified more frequently in cases with early onset of POI and that analysis of multiple genes in the same population sample could disclose existence of more than one molecular aberration in the same patient.Subjects and Methods: 38 subjects with onset of POI at an early age (mean age 17.4 ± 6.6 years) were included in the study. Bidirectional sequencing of the coding region of FOXL2, FOXE1, BMP15, NOBOX and GDF9 genes was performed. In addition, MLPA was applied in cases in which deletion and/or duplication needed to be excluded. Fifty female subjects from the general Greek population served as controls for the genes FOXL2, BMP15 and NOBOX, and seventy five for the gene FOXE1.Validation of results: The validation of the results was performed by in silico analysis, ab initio 3D protein modeling and by comparing the frequency of the identified genetic variants between patients with POI and controls from the Greek population, as well as, between patients and subjects of the European population of the 1000 Genome Project (1000 GP). Results: In the FOXL2 gene, a novel, de novo, heterozygous deletion (p.K150Rfs*121) was detected in one subject (2.6%). In the FOXE1 gene, a novel aberrant alanine tract was detected with genotype 8/16 in two patients and genotype 8/14 in one patient (normal genotypes: 14/14 or 16/16). Three more patients with aberrant alanine tract were detected with genotypes 12/16, 15/16 and 14/17, respectively. In the control group one individual had a FOXE1 alanine tract with a genotype of 8/14. In the BMP15 gene, the mutation p.Q115H/WT was detected in one subject, in none of our controls or the 1000 GP population. In silico analysis predicted that the mutation p.Q115H was damaging in 5/8 programmes. The mutation p.A180T/WT of the BMP15 gene was detected in 2.6% of the patients, 0% of our control group and 0.5% of the 1000 GP population. In silico analysis predicted that the variant p.A180T was damaging in 2/8 programmes. However, ab initio protein modeling predicted that the p.A180T disrupted the 3D structure of the corresponding BMP15 protein. The genotype c.-9C>G + p.N103S of the BMP15 gene was detected in homozygosity in 5.2% of the patients, 0% of our controls and 0.5% of the 1000 GP population (p: 0.075). All the identified variants in the NOBOX gene were classified as polymorphisms. No missense variants were detected in the GDF9 gene. In five patients, molecular aberrations in two genes in the same subject were identified.Conclusions: Genetic variants in five genes were searched for in patients with relatively early onset of ovarian insufficiency (mean age 17.4 ± 6.6 years). The percentage of genetic variants identified, as possibly related, to the phenotype in our patients with POI was much higher than previously reported (44.7% vs. 7%). The increased incidence of molecular defects in our POI group could be attributed to the younger age of POI onset in our group and the analysis of multiple genes in the same population sample. The existence of genetic aberrations in two genes in five subjects with POI, possibly indicates digenic inheritance, a phenomenon already described in other nosologic entities. The early recognition of genetic defects in women with POI has not only theoretical but also practical interest. The precise etiology of POI can determine more accurately the prognosis, guide the genetic counseling and facilitate planning fertility strategies (cryopreservation).Γνωσιολογικό Υπόβαθρο: Η αιτιολογία της Πρώιμης Ωοθηκικής Ανεπάρκειας (ΠΩΑ) είναι πολυπαραγοντική και περιλαμβάνει γενετικούς και περιβαλλοντικούς παράγοντες. Παρά ταύτα, 90% των περιπτώσεων ταξινομούνται ως ιδιοπαθείς. Μολονότι σε ~30% των ασθενών η ΠΩΑ έχει οικογενή κατανομή, μόνο σε ~7% των περιπτώσεων έχουν διαπιστωθεί μοριακές διαταραχές.Σκοπός της μελέτης: Η αναζήτηση μοριακών διαταραχών σε γονίδια που ενέχονται στην οντογένεση και τη λειτουργία της ωοθήκης και έχουν συσχετιστεί με συναφή παθολογία: FOXL2, BMP15, GDF9, FOXE1 και NOBOX. Υποθέσαμε ότι α) η εμφάνιση μοριακής διαταραχής θα ήταν συχνότερη σε άτομα με εκδηλώσεις ΠΩΑ σε νεαρή ηλικία και β) η αναζήτηση μοριακών διαφοροποιήσεων σε περισσότερα του ενός γονιδίου στο ίδιο πληθυσμιακό δείγμα, θα μπορούσε να αναδείξει συνύπαρξη διαφορετικών μοριακών διαταραχών στο ίδιο άτομο.Άτομα που μελετήθηκαν και Μέθοδοι: Σε 38 γυναίκες με κλινική εμφάνιση της ΠΩΑ σε μέση ηλικία 17.4 ± 6.6 έτη, έγινε πλήρης αλληλούχιση των κωδικοποιουσών περιοχών των γονιδίων FOXL2, FOXE1, BMP15, NOBOX και GDF9. Επιπρόσθετα, όπου υπήρχε ένδειξη πιθανής έλλειψης ή διπλασιασμού γονιδίων, χρησιμοποιήθηκε η τεχνική MLPA. Πενήντα θήλεα άτομα από τον γενικό Ελληνικό πληθυσμό χρησιμοποιήθηκαν ως μάρτυρες για τα γονίδια FOXL2, BMP15 και NOBOX, ενώ για το γονίδιο FOXE1 χρησιμοποιήθηκαν 75 άτομα.Αξιολόγηση αποτελεσμάτων: Για την αξιολόγηση των αποτελεσμάτων χρησιμοποιήθηκε η in silico ανάλυση, η ab initio τρισδιάστατη προτύπωση των πρωτεϊνών καθώς και η σύγκριση της συχνότητας των γενετικών διαφοροποιήσεων (variants) τόσο μεταξύ ασθενών και μαρτύρων της παρούσης μελέτης όσο και μεταξύ ασθενών και ατόμων του Ευρωπαϊκού πληθυσμιακού δείγματος 1000 Genome Project (1000 GP).Αποτελέσματα: Στο γονίδιο FOXL2, διαπιστώθηκε μία νέα (novel), de novo, ετερόζυγη απάλειψη (p.K150Rfs*121) σε μία ασθενή (2.6%). Στο γονίδιο FOXE1, διαπιστώθηκε αλυσίδα αλανινών με γονότυπο 8/16 σε δύο ασθενείς και 8/14 σε μία ασθενή, (φυσιολογικοί γονότυποι 14/14 ή 16/16). Η γενετική αυτή διαφοροποίηση αναφέρεται για πρώτη φορά (novel) στη βιβλιογραφία. Σε τρεις επιπλέον ασθενείς ανιχνεύθηκε αλυσίδα αλανινών με γονότυπους 12/16, 15/16 και 14/17, αντίστοιχα. Ο γονότυπος 15/16 επίσης δεν έχει αναφερθεί στη διεθνή βιβλιογραφία. Στην ομάδα των μαρτύρων διαπιστώθηκε διαφοροποιημένη αλυσίδα αλανινών με γονότυπο 8/14 σε ένα μόνο άτομο. Στο γονίδιο BMP15, διαπιστώθηκε η μετάλλαξη p.Q115H σε ετεροζυγωτία σε μία ασθενή (2.6%) και σε καμία από τις μάρτυρες της παρούσας μελέτης ή του πληθυσμιακού δείγματος του 1000 GP. Επιπρόσθετα, η in silico ανάλυση της p.Q115H έδειξε ότι είναι επιβλαβής σε 5/8 προγράμματα που χρησιμοποιήθηκαν. Στο γονίδιο BMP15 διαπιστώθηκε επίσης η γενετική διαφοροποίηση p.A180T σε ετερόζυγη μορφή σε 2.6% των ασθενών, 0% στις μάρτυρες και 0.5% στο πληθυσμιακό δείγμα του 1000 GP. Η in silico ανάλυση της p.A180T έδειξε ότι είναι επιβλαβής μόνο σε 2/8 προγράμματα. Εντούτοις, η μετάλλαξη p.A180T προκαλεί σημαντική τροποποίηση του πρωτεϊνικού προτύπου της αντίστοιχης BMP15 πρωτεΐνης. Ο γονότυπος c.-9C>G + p.N103S του γονιδίου BMP15 διαπιστώθηκε σε ομοζυγωτία σε 5.2% των γυναικών με ΠΩΑ έναντι 0% στις μάρτυρες και 0.5% στο πληθυσμιακό δείγμα του 1000 GP (p:0.075). Στο γονίδιο NOBOX διαπιστώθηκαν γενετικές διαφοροποιήσεις που χαρακτηρίστηκαν ως πολυμορφισμοί. Δεν διαπιστώθηκε παρερμηνεύσιμη γενετική διαφοροποίηση στο γονίδιο GDF9. Σε πέντε ασθενείς διαπιστώθηκε ύπαρξη γενετικών διαφοροποιήσεων σχετικών με τον κλινικό φαινότυπο της ΠΩΑ σε περισσότερα του ενός γονιδίου στο ίδιο άτομο.Συμπέρασμα: Γενετικές διαφοροποιήσεις (variants) που πιθανότατα σχετίζονται με τον κλινικό φαινότυπο της ΠΩΑ διαπιστώθηκαν σε 44.7% των ασθενών που μελετήθηκαν. Η αυξημένη συχνότητα γενετικών διαφοροποιήσεων στο πληθυσμιακό μας δείγμα σε σχέση με τα βιβλιογραφικά δεδομένα (~7%) πρέπει να αποδοθεί α) στην μελέτη πολλαπλών γονιδίων και β) στην αναζήτησή τους σε άτομα με εκδήλωση της ΠΩΑ σε νεαρή ηλικία. Η ύπαρξη γενετικών διαφοροποιήσεων σε δύο γονίδια σε πέντε ασθενείς, πιθανώς υποδηλώνει ότι η διγονική κληρονομικότητα ενέχεται στην εκδήλωση της ΠΩΑ, φαινόμενο που έχει παρατηρηθεί και σε άλλες νοσολογικές οντότητες. Η έγκαιρη αναγνώριση γονιδιακής διαταραχής σε άτομα με ΠΩΑ δεν έχει μόνο θεωρητικό αλλά και πρακτικό ενδιαφέρον. Η ακριβής αιτιολόγηση της ΠΩΑ μπορεί να καθορίσει με μεγαλύτερη ακρίβεια την πρόγνωση, να δώσει δυνατότητα γενετικής συμβουλευτικής και να συμβάλλει στην αντιμετώπιση της αναμενόμενης υπογονιμότητας με κατάψυξη και συντήρηση ωαρίων (cryopreservation)

Διαχείριση γνώσης αντιπροτύπων διοίκησης έργων λογισμικού

The aim of the present thesis was the study of software project management antipatterns. The thesis describes a computer-based model of project management antipatterns that can be used as a common dictionary of terms between project managers and software tools. A three-level research paradigm is used in order to apply formalisms to accurately describe antipatterns, use methods in order to further study antipatterns with software tools and finally implement an intelligent system to test the applicability of the proposed theory and methods. The formalism of ontology was chosen as it can incorporate Bayesian Network models of antipatterns and also allow the formulation of an extensible knowledge base for an intelligent system. The proposed intelligent system can detect the project management antipatterns that exist in a software project and can be used in order to host the antipattern community. Dependency Structure Matrix methodology can be used to propose an effective order in which the detected antipatterns can be resolved during a software projectΣκοπός της διατριβής ήταν η μελέτη των αντιπροτύπων διοίκησης έργων λογισμικού. Η διατριβή εφαρμόζει ένα ερευνητικό παράδειγμα αποτελούμενο απο την εφαρμογή φορμαλισμών για την μοντελοποίηση των αντιπροτύπων, την περαιτέρω μελέτη αυτού του θεωρητικού υπόβαθρου με μεθόδους οι οποίες επιλύουν επιπλέον ζητήματα με τα αντιπρότυπα και τέλος απο την υλοποίηση ενός ευφυούς συστήματος το οποίο εφαρμόζει και δοκιμάζει το ερευνητικό παράδειγμα. Σε επίπεδο φορμαλισμών η διατριβή προτείνει δύο μηχανισμούς αναπαράστασης γνώσης αντιπροτύπων. Συγκεκριμένα εφαρμόστηκαν τα δίκτυα Bayes για την δημιουργία ενός μαθηματικού μοντέλου που μελετάει, απαριθμεί και απεικονίζει την αβεβαιότητα πρίν και μετά την εφαρμογή της αναδιαμορφωμένης λύσης ενός αντιπροτύπου. Επίσης προτάθηκε ο φορμαλισμός της οντολογίας για την δημιουργία ενός επίσημου λεξικού όρων που μπορεί να χρησιμοποιηθεί ανάμεσα σε διοικητές έργων και εργαλείων λογισμικού. Σε επίπεδο μεθόδων η παραπάνω θεωρία δοκιμάστηκε αλλα και αναλύθηκε περαιτέρω με την εφαρμογή σημασιολογικών κοινωνικών δικτύων για τον εντοπισμό ομοιοτήτων μεταξύ οντολογιών και την χρήση τεχνικών κοινωνικών δικτύων στην κοινότητα χρηστών αντιπροτύπων και τέλος την εφαρμογή δικτύων Bayes για την μελέτη της αβεβαιότητας στο προτεινόμενο κοινωνικό δίκτυο. Επίσης προτάθηκε η μεθοδολογία του Πίνακα Σχεδίασης Δομής (Dependency Structure Matrix-DSM) σαν κατάλληλη μέθοδος για την μελέτη των συσχετίσεων μεταξύ αντιπροτύπων λογισμικού. Σε επίδεδο εργαλείων λογισμικού τα οποία εφαρμόζουν την θεωρία αλλα και τις παραπάνω μεθόδους, αναπτύχθηκε το ευφυές σύστημα SPARSE (Symptom Based Antipattern Retrieval knowledge-based System). Το σύστημα χρησιμοποιεί το σύστημα CLIPSOWL συνδυάζοντας το αντικειμενοστραφές σύστημα κανόνων CLIPS με το σύστημα συλλογιστικής DL Pellet για την δημιουργία μίας εφαρμογής εύρεσης αντιπροτύπων λογισμικού, με βάση τα συμπτώματα που εντοπίζονται στην διαδικασία ανάπτυξης ενός λογισμικο