Long non-coding RNA signatures in the Ileum and Colon of Crohn’s disease patients and effect of Anti-TNF-α treatment on their modulation

Biological therapies only benefit one-third of patients with Crohn’s disease (CD). For this reason, a deeper understanding of the mechanisms by which biologics elicit their effect on intestinal mucosa is needed. Increasing evidence points toward the involvement of long noncoding RNAs (lncRNAs) in the pathogenesis of CD, although their role remains poorly studied. We aimed to characterize lncRNA profiles in the ileum and colon from CD patients and evaluate the effect of anti-TNF-α treatment on their transcription. Terminal ileum and left colon samples from 30 patients (active CD = 10, quiescent CD = 10, and healthy controls (HCs) = 10) were collected for RNA-seq. The patients were classified according to endoscopic activity. Furthermore, biopsies were cultured with infliximab, and their transcriptome was determined by Illumina gene expression array. A total of 678 differentially expressed lncRNAs between the terminal ileum and left colon were identified in HCs, 438 in patients with quiescent CD, and 468 in patients with active CD. Additionally, we identified three new lncRNAs in the ileum associated with CD activity. No differences were observed when comparing the effect of infliximab according to intestinal location, presence of disease (CD vs. HC), and activity (active vs. quiescent). The expression profiles of lncRNAs are associated with the location of intestinal tissue, being very different in the ileum and colon. The presence of CD and disease activity are associated with the differential expression of lncRNAs. No modulatory effect of infliximab has been observed in the lncRNA transcriptom

Modeling healthcare authorization and claim submissions using the openEHR dual-model approach

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The TISS standard is a set of mandatory forms and electronic messages for healthcare authorization and claim submissions among healthcare plans and providers in Brazil. It is not based on formal models as the new generation of health informatics standards suggests. The objective of this paper is to model the TISS in terms of the openEHR archetype-based approach and integrate it into a patient-centered EHR architecture.</p> <p>Methods</p> <p>Three approaches were adopted to model TISS. In the first approach, a set of archetypes was designed using ENTRY subclasses. In the second one, a set of archetypes was designed using exclusively ADMIN_ENTRY and CLUSTERs as their root classes. In the third approach, the openEHR ADMIN_ENTRY is extended with classes designed for authorization and claim submissions, and an ISM_TRANSITION attribute is added to the COMPOSITION class. Another set of archetypes was designed based on this model. For all three approaches, templates were designed to represent the TISS forms.</p> <p>Results</p> <p>The archetypes based on the openEHR RM (Reference Model) can represent all TISS data structures. The extended model adds subclasses and an attribute to the COMPOSITION class to represent information on authorization and claim submissions. The archetypes based on all three approaches have similar structures, although rooted in different classes. The extended openEHR RM model is more semantically aligned with the concepts involved in a claim submission, but may disrupt interoperability with other systems and the current tools must be adapted to deal with it.</p> <p>Conclusions</p> <p>Modeling the TISS standard by means of the openEHR approach makes it aligned with ISO recommendations and provides a solid foundation on which the TISS can evolve. Although there are few administrative archetypes available, the openEHR RM is expressive enough to represent the TISS standard. This paper focuses on the TISS but its results may be extended to other billing processes. A complete communication architecture to simulate the exchange of TISS data between systems according to the openEHR approach still needs to be designed and implemented.</p

Symphysis-fundal height curve in the diagnosis of fetal growth deviations

OBJECTIVE: To validate a new symphysis-fundal curve for screening fetal growth deviations and to compare its performance with the standard curve adopted by the Brazilian Ministry of Health. METHODS: Observational study including a total of 753 low-risk pregnant women with gestational age above 27 weeks between March to October 2006 in the city of João Pessoa, Northeastern Brazil. Symphisys-fundal was measured using a standard technique recommended by the Brazilian Ministry of Health. Estimated fetal weight assessed through ultrasound using the Brazilian fetal weight chart for gestational age was the gold standard. A subsample of 122 women with neonatal weight measurements was taken up to seven days after estimated fetal weight measurements and symphisys-fundal classification was compared with Lubchenco growth reference curve as gold standard. Sensitivity, specificity, positive and negative predictive values were calculated. The McNemar χ2 test was used for comparing sensitivity of both symphisys-fundal curves studied. RESULTS: The sensitivity of the new curve for detecting small for gestational age fetuses was 51.6% while that of the Brazilian Ministry of Health reference curve was significantly lower (12.5%). In the subsample using neonatal weight as gold standard, the sensitivity of the new reference curve was 85.7% while that of the Brazilian Ministry of Health was 42.9% for detecting small for gestational age. CONCLUSIONS: The diagnostic performance of the new curve for detecting small for gestational age fetuses was significantly higher than that of the Brazilian Ministry of Health reference curve

Measurement of the cosmic ray spectrum above 4×10184{\times}10^{18} eV using inclined events detected with the Pierre Auger Observatory

A measurement of the cosmic-ray spectrum for energies exceeding $4{\times}10^{18}$ eV is presented, which is based on the analysis of showers with zenith angles greater than $60^{\circ}$ detected with the Pierre Auger Observatory between 1 January 2004 and 31 December 2013. The measured spectrum confirms a flux suppression at the highest energies. Above $5.3{\times}10^{18}$ eV, the "ankle", the flux can be described by a power law $E^{-\gamma}$ with index $\gamma=2.70 \pm 0.02 \,\text{(stat)} \pm 0.1\,\text{(sys)}$ followed by a smooth suppression region. For the energy ($E_\text{s}$) at which the spectral flux has fallen to one-half of its extrapolated value in the absence of suppression, we find $E_\text{s}=(5.12\pm0.25\,\text{(stat)}^{+1.0}_{-1.2}\,\text{(sys)}){\times}10^{19}$ eV.Comment: Replaced with published version. Added journal reference and DO

Prostatic Artery Embolization as a Primary Treatment for Benign Prostatic Hyperplasia: Preliminary Results in Two Patients

Symptomatic benign prostatic hyperplasia (BPH) typically occurs in the sixth and seventh decades, and the most frequent obstructive urinary symptoms are hesitancy, decreased urinary stream, sensation of incomplete emptying, nocturia, frequency, and urgency. Various medications, specifically 5-α-reductase inhibitors and selective α-blockers, can decrease the severity of the symptoms secondary to BPH, but prostatectomy is still considered to be the traditional method of management. We report the preliminary results for two patients with acute urinary retention due to BPH, successfully treated by prostate artery embolization (PAE). The patients were investigated using the International Prostate Symptom Score, by digital rectal examination, urodynamic testing, prostate biopsy, transrectal ultrasound (US), and magnetic resonance imaging (MRI). Uroflowmetry and postvoid residual urine volume complemented the investigation at 30, 90, and 180 days after PAE. The procedure was performed under local anesthesia; embolization of the prostate arteries was performed with a microcatheter and 300- to 500-μm microspheres using complete stasis as the end point. One patient was subjected to bilateral PAE and the other to unilateral PAE; they urinated spontaneously after removal of the urethral catheter, 15 and 10 days after the procedure, respectively. At 6-month follow-up, US and MRI revealed a prostate reduction of 39.7% and 47.8%, respectively, for the bilateral PAE and 25.5 and 27.8%, respectively, for the patient submitted to unilateral PAE. The early results, at 6-month follow-up, for the two patients with BPH show a promising potential alternative for treatment with PAE

Energy Estimation of Cosmic Rays with the Engineering Radio Array of the Pierre Auger Observatory

The Auger Engineering Radio Array (AERA) is part of the Pierre Auger Observatory and is used to detect the radio emission of cosmic-ray air showers. These observations are compared to the data of the surface detector stations of the Observatory, which provide well-calibrated information on the cosmic-ray energies and arrival directions. The response of the radio stations in the 30 to 80 MHz regime has been thoroughly calibrated to enable the reconstruction of the incoming electric field. For the latter, the energy deposit per area is determined from the radio pulses at each observer position and is interpolated using a two-dimensional function that takes into account signal asymmetries due to interference between the geomagnetic and charge-excess emission components. The spatial integral over the signal distribution gives a direct measurement of the energy transferred from the primary cosmic ray into radio emission in the AERA frequency range. We measure 15.8 MeV of radiation energy for a 1 EeV air shower arriving perpendicularly to the geomagnetic field. This radiation energy -- corrected for geometrical effects -- is used as a cosmic-ray energy estimator. Performing an absolute energy calibration against the surface-detector information, we observe that this radio-energy estimator scales quadratically with the cosmic-ray energy as expected for coherent emission. We find an energy resolution of the radio reconstruction of 22% for the data set and 17% for a high-quality subset containing only events with at least five radio stations with signal.Comment: Replaced with published version. Added journal reference and DO

Measurement of the Radiation Energy in the Radio Signal of Extensive Air Showers as a Universal Estimator of Cosmic-Ray Energy

We measure the energy emitted by extensive air showers in the form of radio emission in the frequency range from 30 to 80 MHz. Exploiting the accurate energy scale of the Pierre Auger Observatory, we obtain a radiation energy of 15.8 \pm 0.7 (stat) \pm 6.7 (sys) MeV for cosmic rays with an energy of 1 EeV arriving perpendicularly to a geomagnetic field of 0.24 G, scaling quadratically with the cosmic-ray energy. A comparison with predictions from state-of-the-art first-principle calculations shows agreement with our measurement. The radiation energy provides direct access to the calorimetric energy in the electromagnetic cascade of extensive air showers. Comparison with our result thus allows the direct calibration of any cosmic-ray radio detector against the well-established energy scale of the Pierre Auger Observatory.Comment: Replaced with published version. Added journal reference and DOI. Supplemental material in the ancillary file

Measurement of the cosmic ray spectrum above 4×10^18 eV using inclined events detected with the Pierre Auger Observatory

A measurement of the cosmic-ray spectrum for energies exceeding 4×1018 eVis presented, which is based on the analysis of showers with zenith angles greater than60◦ detected with the Pierre Auger Observatory between 1 January 2004 and 31 December 2013. The measured spectrum confirms a flux suppression at the highest energies.Above 5.3×1018 eV, the ?ankle?, the flux can be described by a power law E −γ with index γ = 2.70 ± 0.02 (stat) ± 0.1 (sys) followed by a smooth suppression region. For the energy(Es ) at which the spectral flux has fallen to one-half of its extrapolated value in the absence of suppression, we find Es = (5.12 ± 0.25 (stat)−1.2 (sys))×10 eV.Fil: Aab, A.. Universität Siegen; AlemaniaFil: Abreu, P.. Universidade de Lisboa; PortugalFil: Aglietta, M.. Osservatorio Astrofisico di Torino; ItaliaFil: Ahn, E. J.. Fermilab; Estados UnidosFil: Al Samarai, I. Université Paris 11; FranciaFil: Allekotte, Ingomar. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Almela, Daniel Alejandro. Universidad Tecnológica Nacional; ArgentinaFil: Asorey, Hernán Gonzalo. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Ave, M.. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Avila, G.. Observatorio Pierre Auger; ArgentinaFil: Bertou, Xavier Pierre Louis. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Contreras, F.. Observatorio Pierre Auger; Argentina. Comisión Nacional de Energía Atómica; ArgentinaFil: Dasso, Sergio Ricardo. Consejo Nacional de Investigaciónes Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Astronomía y Física del Espacio. - Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Astronomía y Física del Espacio; ArgentinaFil: Dova, Maria Teresa. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Física La Plata. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Física La Plata; ArgentinaFil: Etchegoyen, Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Figueira, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Freire, Martín Miguel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Física de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Instituto de Física de Rosario; ArgentinaFil: Garcia, Beatriz Elena. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Golup, Geraldina Tamara. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Gomez Berisso, Mariano. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Gómez Vitale, P. F.. Observatorio Pierre Auger; ArgentinaFil: González, N.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Hampel, Matias Rolf. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Hansen, Patricia Maria. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Física La Plata. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Física La Plata; ArgentinaFil: Harari, Diego Dario. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Jarne, Cecilia Gisele. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Física La Plata. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Física La Plata; ArgentinaFil: Josebachuili Ogando, Mariela Gisele. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Kleinfeller, J.. Observatorio Pierre Auger; ArgentinaFil: Lucero, A.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Mariazzi, Analisa Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Física La Plata. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Física La Plata; ArgentinaFil: Masías Meza, Jimmy Joel. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Melo, Diego Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Micheletti, Maria Isabel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Rosario. Instituto de Física de Rosario. Universidad Nacional de Rosario. Instituto de Física de Rosario; ArgentinaFil: Mollerach, Maria Silvia. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Pallotta, Juan Vicente. Ministerio de Defensa. Instituto de Investigaciones Científicas y Técnicas para la Defensa; ArgentinaFil: Piegaia, Ricardo Nestor. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Pieroni, Pablo Emanuel. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales; ArgentinaFil: Platino, Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Purrello, Víctor Hugo. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Quel, E. J.. Ministerio de Defensa. Instituto de Investigaciones Científicas y Técnicas para la Defensa; ArgentinaFil: Ravignani, D.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Ristori, Pablo Roberto. Ministerio de Defensa. Instituto de Investigaciones Científicas y Técnicas para la Defensa; ArgentinaFil: Rodriguez Rojo, J.. Observatorio Pierre Auger; ArgentinaFil: Roulet, Esteban. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Rovero, Adrian Carlos. Consejo Nacional de Investigaciónes Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Astronomía y Física del Espacio. - Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Astronomía y Física del Espacio; ArgentinaFil: Sánchez, F.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Sato, R.. Observatorio Pierre Auger; ArgentinaFil: Scarso, C.. Observatorio Pierre Auger; ArgentinaFil: Sciutto, Sergio Juan. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Física La Plata. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Física La Plata; ArgentinaFil: Sidelnik, Iván Pedro. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Squartini, R.. Observatorio Pierre Auger; ArgentinaFil: Suarez, F.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Supanitsky, Alberto Daniel. Consejo Nacional de Investigaciónes Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Ciudad Universitaria. Instituto de Astronomía y Física del Espacio. - Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Instituto de Astronomía y Física del Espacio; ArgentinaFil: Taborda Pulgarin, Oscar Alejandro. Comisión Nacional de Energía Atómica. Gerencia del Área de Energía Nuclear. Instituto Balseiro; ArgentinaFil: Tapia, A.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Videla, M.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; ArgentinaFil: Wahlberg, H.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata. Instituto de Física La Plata. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Exactas. Instituto de Física La Plata; ArgentinaFil: Wainberg, O.. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Pque. Centenario. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Comisión Nacional de Energía Atómica. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas. Universidad Nacional de San Martín. Instituto de Tecnología en Detección y Astroparticulas; Argentin