Computer program for Bessel and Hankel functions

A set of FORTRAN subroutines for calculating Bessel and Hankel functions is presented. The routines calculate Bessel and Hankel functions of the first and second kinds, as well as their derivatives, for wide ranges of integer order and real or complex argument in single or double precision. Depending on the order and argument, one of three evaluation methods is used: the power series definition, an Airy function expansion, or an asymptotic expansion. Routines to calculate Airy functions and their derivatives are also included

The FANCM:p.Arg658* truncating variant is associated with risk of triple-negative breast cancer

Abstract: Breast cancer is a common disease partially caused by genetic risk factors. Germline pathogenic variants in DNA repair genes BRCA1, BRCA2, PALB2, ATM, and CHEK2 are associated with breast cancer risk. FANCM, which encodes for a DNA translocase, has been proposed as a breast cancer predisposition gene, with greater effects for the ER-negative and triple-negative breast cancer (TNBC) subtypes. We tested the three recurrent protein-truncating variants FANCM:p.Arg658*, p.Gln1701*, and p.Arg1931* for association with breast cancer risk in 67,112 cases, 53,766 controls, and 26,662 carriers of pathogenic variants of BRCA1 or BRCA2. These three variants were also studied functionally by measuring survival and chromosome fragility in FANCM−/− patient-derived immortalized fibroblasts treated with diepoxybutane or olaparib. We observed that FANCM:p.Arg658* was associated with increased risk of ER-negative disease and TNBC (OR = 2.44, P = 0.034 and OR = 3.79; P = 0.009, respectively). In a country-restricted analysis, we confirmed the associations detected for FANCM:p.Arg658* and found that also FANCM:p.Arg1931* was associated with ER-negative breast cancer risk (OR = 1.96; P = 0.006). The functional results indicated that all three variants were deleterious affecting cell survival and chromosome stability with FANCM:p.Arg658* causing more severe phenotypes. In conclusion, we confirmed that the two rare FANCM deleterious variants p.Arg658* and p.Arg1931* are risk factors for ER-negative and TNBC subtypes. Overall our data suggest that the effect of truncating variants on breast cancer risk may depend on their position in the gene. Cell sensitivity to olaparib exposure, identifies a possible therapeutic option to treat FANCM-associated tumors

Determining crystal structures through crowdsourcing and coursework

We show here that computer game players can build high-quality crystal structures. Introduction of a new feature into the computer game Foldit allows players to build and real-space refine structures into electron density maps. To assess the usefulness of this feature, we held a crystallographic model-building competition between trained crystallographers, undergraduate students, Foldit players and automatic model-building algorithms. After removal of disordered residues, a team of Foldit players achieved the most accurate structure. Analysing the target protein of the competition, YPL067C, uncovered a new family of histidine triad proteins apparently involved in the prevention of amyloid toxicity. From this study, we conclude that crystallographers can utilize crowdsourcing to interpret electron density information and to produce structure solutions of the highest quality

A case-only study to identify genetic modifiers of breast cancer risk for BRCA1/BRCA2 mutation carriers

Abstract: Breast cancer (BC) risk for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers varies by genetic and familial factors. About 50 common variants have been shown to modify BC risk for mutation carriers. All but three, were identified in general population studies. Other mutation carrier-specific susceptibility variants may exist but studies of mutation carriers have so far been underpowered. We conduct a novel case-only genome-wide association study comparing genotype frequencies between 60,212 general population BC cases and 13,007 cases with BRCA1 or BRCA2 mutations. We identify robust novel associations for 2 variants with BC for BRCA1 and 3 for BRCA2 mutation carriers, P < 10−8, at 5 loci, which are not associated with risk in the general population. They include rs60882887 at 11p11.2 where MADD, SP11 and EIF1, genes previously implicated in BC biology, are predicted as potential targets. These findings will contribute towards customising BC polygenic risk scores for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers

A case-only study to identify genetic modifiers of breast cancer risk for BRCA1/BRCA2 mutation carriers

Breast cancer (BC) risk for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers varies by genetic and familial factors. About 50 common variants have been shown to modify BC risk for mutation carriers. All but three, were identified in general population studies. Other mutation carrier-specific susceptibility variants may exist but studies of mutation carriers have so far been underpowered. We conduct a novel case-only genome-wide association study comparing genotype frequencies between 60,212 general population BC cases and 13,007 cases with BRCA1 or BRCA2 mutations. We identify robust novel associations for 2 variants with BC for BRCA1 and 3 for BRCA2 mutation carriers, P < 10−8, at 5 loci, which are not associated with risk in the general population. They include rs60882887 at 11p11.2 where MADD, SP11 and EIF1, genes previously implicated in BC biology, are predicted as potential targets. These findings will contribute towards customising BC polygenic risk scores for BRCA1 and BRCA2 mutation carriers

Le curé au prétoire : justice écclésiastique et développement de l'idéal sacerdotal tridentin dans le diocèse de Beauvais au XVIIe siècle

Cette thèse étudie un volet méconnu de la réforme catholique. Grâce à l’étude d’un peu moins de 200 procédures judiciaires instruites par la justice ecclésiastique au XVIIe siècle à l’encontre de curés déviants du diocèse de Beauvais, notre recherche entend appréhender le rôle du tribunal ecclésiastique (l’officialité) dans le processus de disciplinement du clergé paroissial. Organisée en trois parties (« Les siècles des désordres » ; « Le curé délinquant dans son milieu paroissial » ; « Le curé délinquant face à ses juges »), la thèse démontre que, loin d’être marginalisée, l’officialité diocésaine de Beauvais parvient à maintenir ses prérogatives sur les prêtres, sans voir son champ de compétences contesté par les juridictions laïques. La justice de l’évêque fonctionne le plus souvent selon les mêmes principes que la justice royale, en cherchant plus à concilier et à réformer qu’à punir. La sentence de l’official, toujours lourde, n’est finalement prononcée que lorsque le curé a prouvé qu’il était incapable de s’amender malgré de multiples rappels à l’ordre. Les curés délinquants ayant maille à partir avec la justice épiscopale ont un profil particulier. Issus des milieux les moins défavorisés, formés « sur le tas », ils sont très souvent originaires d’un diocèse étranger et appartiennent tous – ou presque – aux générations antérieures à la mise en place du séminaire diocésain. Grâce à des soutiens nombreux et variés dans leur paroisse, les curés aux mœurs dissolues parviennent à se maintenir dans leur cure pendant de longues années avant que les scandales ne provoquent leur disgrâce. La vie religieuse de la paroisse n’est pas fortement perturbée par l’inconduite du curé comme le montrent les registres paroissiaux, les fonds des fabriques et les dossiers de paroisses. Contrairement aux discours alarmants tenus par certains plaignants, les ouailles ne se détournent pas de l’église à la suite des scandales et ne remettent pas en cause la validité des sacrements administrés par le curé.This dissertation examines a little known part of the Catholic reformation. Thanks to the study of not less than 200 cases against deviant priests investigated by ecclesiastical courts in the diocese of Beauvais in the XVIIth century, our research tries to understand the part played by ecclesiastical courts (i.e. « officialités ») in the process of controlling parish priests. This dissertation is divided into three parts – « The Centuries of Disorders », « The Delinquent Priest in his Parish » and « The Delinquent Priest in Court » - and shows that, far from being marginalised, the Beauvais ecclesiastical court succeeds in keeping its prerogatives over priests without seeing its sphere of competence challenged by secular courts. Most of the time, the bishop’s judicial decisions work according to the same principles as the King’s, trying to reconcile and reform rather than to punish. The sentence of the judicial vicar (the « officialis ») is always severe and eventually only handed down when the priest showed he was unable to mend his ways in spite of numerous warnings. The deliquent priests who are at odds with the bishop’s justice have a distinctive profile. They come from the least underprivileged backgrounds, they were trained « on the job », they often come from a foreign diocese and all, or almost all, belong to generations living before the setting up of diocesan seminaries. Thanks to multitudinous and varied support from their parish, the morally depraved priests manage to remain in the place for many years before scandals cause them fall into disfavour. The religious life in the area is not greatly disturbed by the misbehaviour of the priest as the parish records and files as well as the mill resources show. Unlike the alarming speech of some plaintiffs, the flock doesn’t turn away from the Church after the scandals nor questions the validity of the sacraments administered by the priest

La bâtardise ecclésiastique au Grand Siècle

La bâtardise ecclésiastique, comme meilleure illustration de la licence des prêtres, est un lieu commun des écrits littéraires du siècle des Lumières. Pourtant, au-delà des clichés véhiculés par les penseurs libertins du XVIIIe siècle, qu’en est-il vraiment ? L’étude des procès instruits au XVIIe siècle contre des curés par l’officialité de Beauvais doit permettre d’appréhender ce thème. La bâtardise ecclésiastique est-elle un véritable phénomène ou repose-t-elle au contraire sur quelques cas marginaux ? Quel traitement les prêtres réservent-ils à leur enfant ? Grâce à l’étude d’une quarantaine de cas survenus à Beauvais au XVIIe siècle, il est possible de constater que, sans être insignifiante, la bâtardise ecclésiastique ne constitue qu’une petite facette de l’éventail des désordres commis par le clergé. Pour autant, cette question fait figure de faute particulièrement grave aux yeux de l’institution judiciaire ecclésiastique. Le taux de condamnation des prêtres est très élevé et les lourdes peines qui sont prononcées au terme des procès démontrent que l’official place cette faute au sommet de la hiérarchie des scandales. De leur côté, les prêtres ont tous mis au point des stratagèmes afin de dissimuler leur enfant naturel. Ce dernier ne semble jamais désiré et il n’y a pas la moindre preuve d’amour à son endroit.Illegitimate childbirth sired by members of the clergy as best exemplifying priests’ licentiousness is a cliché in the literary works of the Age of Enlightenment. However, beyond the clichés conveyed by the 18 th century enlightened thinkers, what is the reality behind the situation? An examination of the trials conducted against clerics by the consistory of Beauvais should lead to a better understanding of this theme from the previous century. Are the illegitimate offspring of the clergy a real issue or, on the contrary, is it merely a question of a few marginal cases? What treatment did the priests have towards their children? Thanks to the study of some forty cases that occurred in Beauvais in the 17 th century, we’ll show that, without being insignificant, illegitimate children among members of the clergy are but a minor part of the range of offenses committed by the clergy. Despite this, the problem was seen as particularly serious in the eyes of the Church’s legal system. The rate of conviction among priests was very high and the harsh sentences handed down at the end of the trials show that judges considered this offense among the most serious of all transgressions. As far as they are concerned, priests all developed strategies in order to hide their illegitimate offspring. These children never seemed wanted and there is no evidence of love towards them

La place des statuts synodaux dans le processus de normalisation des mœurs des curés beauvaisins du Grand Siècle

Avarice, colère, gourmandise et luxure sont des péchés que les Contes de Jean de La Fontaine attribuent parfois aux prêtres détenteurs de la cura animarum. Si ce thème littéraire est loin d’être aussi répandu que durant le siècle des Lumières où il devient presque un genre à part entière, il témoigne toutefois d’une certaine réalité. Au XVIIe siècle, alors que les effets de la réforme tridentine se font progressivement sentir, les paroisses ne sont pas toutes dirigées par ce bon pasteur qui connaît ses brebis et que ses brebis reconnaissent (Jean, 10, 14). Toutefois, les autorités diocésaines ne restent pas inactives face aux désordres. Une vaste offensive judiciaire est menée contre les curés scandaleux. Dans le seul diocèse de Beauvais, près de deux cents curés sont poursuivis par l’officialité durant le Grand Siècle et l’évêque s’implique personnellement dans la répression des déviances. Parallèlement à cela, de nouvelles normes sont affirmées en matière de discipline ecclésiastique. Quelle est la place des statuts synodaux dans ce processus de normalisation des mœurs des curés beauvaisins ? Nous voudrions démontrer qu’à Beauvais les statuts promulgués par les prélats ne font pas vraiment partie de l’arsenal déployé par les autorités religieuses pour normaliser le comportement des curés du diocèse. La répression y est privilégiée par rapport à la prévention

Quel territoire pour l’official ?

Selon une décrétale de Boniface VIII, un évêque peut exercer ses juridictions gracieuse et contentieuse dans tous les lieux de son diocèse. Dans l’esprit de ce pape, l’espace sur lequel s’appliquent les compétences judiciaires d’un prélat recouvre donc l’intégralité de l’étendue de sa circonscription ecclésiastique. Mais la situation en France à l’époque moderne est bien plus complexe. Dans un contexte d’affirmation du pouvoir royal, l’usage estime en effet qu’un juge « ne peut rendre la just..

La fabrique de la norme

Au débouché d’évolutions qui affectent les sciences sociales depuis une vingtaine d’années, l’étude des normes offre aux historiens un vaste champ d’enquête. L’intégration du droit, l’élargissement du concept de norme au-delà du droit, le dépassement de la confrontation entre normes et pratiques sociales en termes d’application ou d’opposition et la focalisation sur les pratiques productrices de normes ont ouvert des pistes nouvelles. C’est en suivant ces pistes que la norme est ici appréhendée en diverses « fabriques » – institutions, discours, images – au Moyen Âge et à l’époque moderne. Caractérisés par la pluralité des instances et des lieux de production des normes, ces siècles constituent un terrain propice à l’élaboration d’une réflexion comparative sur la normativité. Conjuguant les compétences de spécialistes d’histoire du droit, de la justice, d’histoire intellectuelle, religieuse et sociale, les treize études réunies dans ce volume visitent quatre grandes « fabriques de la norme » : les lieux d’élaboration des normes savantes, les « fabriques » de la loi, puis du procès, celles, enfin, des images et des apparences. À la variété des lieux correspond celle des types documentaires, des lois royales aux livrets de pèlerinage en passant par les lettres de grâce, les statuts synodaux, les délibérations municipales, les sentences de tribunaux, les Quodlibets, les textes casuistiques, l’hagiographie. Outrepassant les frontières chronologiques et disciplinaires communes, ce volume associe à une réflexion historiographique sur la normativité des études précises de cas. Il manifeste, sans prétendre l’épuiser, la réelle productivité historique de l’étude des normes