A genom-integritás megőrzésének molekuláris mechanizmusai = Molecular mechanisms of genome maintenance

A projekt során végzett munka az NNF78783 sz. projekt egyéves kiterjesztését képviseli. A projekt célja azoknak a mechanizmusoknak a felderítése volt, amelyek révén a RecQ-családbeli helikáz enzimek hozzájárulnak a genom épségének fenntartásához. A munka során az E. coli RecQ és a humán Bloom-szindróma (BLM) és RecQ5β helikázok működéseit vizsgáltuk. Meghatároztuk a Rad51 rekombináz nukleoprotein szálak felépülésének és lebomlásának mechanizmusát, illetve a BLM és RecQ5β helikázok hatását e folyamatokra. Felderítettük azt is, hogy az egyszálú DNS-kötő (SSB) fehérjével létesített kölcsönhatás hogyan befolyásolja a RecQ helikáz enzimatikus és DNS-átalakító aktivitásait. E mechanizmusok központi jelentőségűek a homológ rekombináció elindításában és minőség-ellenőrzésében, és ezáltal a genom épségének fenntartásában. | The work performed in this project was a 1-year continuation of project NNF78783. The overall goal of the project was to elucidate the molecular mechanisms by which RecQ-family DNA helicases contribute to the maintenance of genome integrity. We investigated the action of E. coli RecQ and human Bloom’s syndrome (BLM) and RecQ5β helicases. We determined the mechanism of Rad51 recombinase nucleoprotein filament formation and disassembly, and the influence of BLM and RecQ5β helicases on these processes. We also determined how the interaction with single-stranded DNA binding (SSB) protein influences the enzymatic and DNA-restructuring activities of RecQ helicase. These mechanisms are crucial for the initiation and quality control of homologous recombination, a key process maintaining the integrity of the genome

Kiválasztott özönfajok gazdasági szempontú értékelése – a fehér akác és a mirigyes bálványfa

Az özönfajok terjedése napjainkban komoly gazdasági és ökológiai problémákat okoz. Az ellenük való védekezés alapja a károk mértékének becslése, felmérése. Két, igen elterjedt és kiemelkedően veszélyes fás szárú növényfajunk a fehér akác (Robinia pseudoacacia L.) és a mirigyes bálványfa (Ailanthus altissima Mill.). Kutatásunk során a fent említett fajok gazdasági potenciálját, visszaszorításának költségeit, és ezek elemeit vizsgáltuk. Az adatgyűjtés során tematikusan összeállított kérdőívet küldtünk ki az érintett állami intézményeknek (10 nemzeti park igazgatóságnak és 22 állami erdőgazdaságnak). Ezen kívül további, publikus háttér információkat gyűjtöttünk, illetve telefonos interjúkat végeztünk az adatok kiegészítéseként. A kérdőívek a 2009-2013-as időszak bevételeinek és kiadásainak elemeit (összesen 15 tételt) érintettek a vizsgált fajok vonatkozásában. A beérkező adatok jelentős része a nemzeti park igazgatóságoktól származott, az állami erdőgazdaságok döntő többsége többszöri megkeresésre sem adott ki információkat. Az adatok kiértékelése során azt tapasztaltuk, hogy a nemzeti park igazgatóságoknak jelentős, esetenként több százmillió Ft-os költségeket jelentett a fehér akác visszaszorítása, melyeket nem tudtak kompenzálni az értékesítésből származó bevételeik. Az állami erdőgazdaságok esetében viszont minden évben a kiadások többszöröse jelentkezett bevételként. A mirigyes bálványfa minden területen negatív megítélés alá esett. Értékesíteni nem tudták, így bevételek nem származtak jelenlétéből, viszont visszaszorítása hatalmas összegeket emésztett fel

Eosinophil Counts in the Small Intestine and Colon of Children Without Apparent Gastrointestinal Disease: a Meta-analysis

OBJECTIVES: The aim of the current study was to review the available data regarding eosinophil density in healthy tissue specimen originating from lower gastrointestinal segments to support suggested diagnostic cut-offs widely used in clinical practice. METHODS: A systematic search was performed in three different databases. Calculations were made with Comprehensive MetaAnalysis software using random effects model. Cell number measurements were pooled using the random effects model and displayed on forest plots. Summary point estimations, 95% Confidence Intervals (CIs), and 95% Prediction Intervals (PIs) were calculated. RESULTS: The cumulative mean cell numbers were 8.26 (95% CI: 3.49, 13.03) with PI of 0-25.32 for the duodenum, 11.51 (95% CI: 7.21, 15.82) with PI of 0-60.59 for the terminal ileum, and 11.10/HPF (95% CI: 9.11, 13.09) with PI of 0.96-21.23 in the large intestine and the rectum (HPF area = 0.2 mm). Previous studies included control patients with irritable bowel syndrome (IBS) and functional GI disorders. As mucosal eosinophils have a role in their pathomechanism, those patients should have been excluded. A critical point of interpreting reported data is that HPF is relative to the technical parameters of the microscopes, therefore it is important to report findings in cell/mm. CONCLUSIONS: The present meta-analysis does not support the higher (>20) or lower (<10) cut-off values for healthy tissue eosinophil number. In contrast to the esophagus, there is no normal cut-off eosinophil density in the small intestine and the colon. A prospective, multi-center study to establish normal mucosal eosinophil density is clearly needed

Kutatási füzetek 15.

Szerkesztők: Vitári Zsolt; Bene Krisztián; Sarlós István | További szerzők: Bene Adrián; Bíró Teofil; Bótor Tímea; Csabai Zoltán; Gonda Gábor; Hosszú Csaba; Kern Tamás; Kovács Tamás; Madácsy József; Németh Nikoletta; Rab Virág; Sarlós István; Schuller Balázs; Somogyi Andrea; Szigetvári Krisztián; Vitári-Wéber Adrienn | Cím: Kutatási Füzetek 15. | Megjelenési adatok: PTE BTK Interdiszcplináris Doktori Iskola, Pécs, 2009. | ISSN: 1416-0986 | ISBN: 978-963-88505-0-8 | Megjegyzés: A Kutatási Füzetek a Pécsi Tudományegyetem Interdiszciplináris Doktori Iskolájának kiadványsorozata.(1) Bene Adrián: Jean-Paul Sartre történelemfogalma 15-30 | (2) Bíró Teofil: A hatalom legitimációjának problematikája a két világháború közötti Köztes-Európában 31-53 | (3) Bótor Tímea: A „Moszkva-Harmadik Róma” elmélet megalapozottsága a legújabb szakirodalom tükrében 55-70 | (4) Csabai Zoltán: Egy különös hitelszerződés I. Dareiosz korából 71-80 | (5) Gonda Gábor: Ki volt „hűséges a hazához”? A „nemzethűség” megállapításának problematikája Tolna vármegye Völgységi járásában 81-102 | (6) Hosszú Csaba: A köskönyök világa 103-120 | (7) Kern Tamás: Vázlat 10 pontban a rendszerváltás utáni védelem- és katonapolitikáról 121-138 | (8) Kovács Tamás: Vitéz Kisbarnaki Farkas Ferenc élete 139-155 | (9) Madácsy József: Gregory Bateson és az Anonim Alkoholisták 157-171 | (10) Németh Nikoletta: A Jobboldali Ellenzék közigazgatási programja 173-187 | (11) Rab Virág: Két elképzelés Európa kilátásairól az első világháborút követően 189-209 | (12) Sarlós István: Az alsó-Duna-völgyi Duna menti kisvárosok mezőgazdasága a két világháború között - Dunaföldvár mezőgazdasága az 1930-as években 211-232 | (13) Schuller Balázs: Munkásönigazgatás a Bakonyban - 1956 eseményei a Halimbai Bauxitbányánál 233-252 | (14) Somogyi Andrea: Az őshaza és a pogány múlt ábrázolása Prágai Cosmas krónikájában 253-261 | (15) Szigetvári Krisztián: Vázlat Primo de Rivera diktatúrájáról (1923. szeptember – 1930. január) 263-279 | (16) Vitári–Wéber Adrienn: Vázlatok egy pécsi amatőr régész pályafutásának kezdeteihez a 19. század második felében - Dr. Horváth Antal (1848–1912) régészeti jellegű tevékenységének adatolható kezdetei kiadatlan levelezések alapján (1866–1867) 281-30

Aging and Comorbidities in Acute Pancreatitis I: A Meta-Analysis and Systematic Review Based on 194,702 Patients

Background: Acute pancreatitis (AP) is one of the most common cause of hospitalization among gastrointestinal diseases worldwide. Although most of the cases are mild, approximately 10–20% of patients develop a severe course of disease with higher mortality rate. Scoring systems consider age as a risk factor of mortality and severity (BISAP; &gt;60 years, JPN&gt;70 years, RANSON; &gt;55 years, APACHE II &gt;45 years). If there is a correlation between aging and the clinical features of AP, how does age influence mortality and severity?Aim: This study aimed to systematically review the effects of aging on AP.Methods: A comprehensive systematic literature search was conducted in the Embase, Cochrane, and Pubmed databases. A meta-analysis was performed using the preferred reporting items for systematic review and meta-analysis statement (PRISMA). A total of 1,100 articles were found. After removing duplicates and articles containing insufficient or irrelevant data, 33 publications involving 194,702 AP patients were analyzed. Seven age categories were determined and several mathematical models, including conventional mathematical methods (linear regression), meta-analyses (random effect model and heterogeneity tests), meta-regression, funnel plot and Egger's test for publication bias were performed. Quality assessment was conducted using the modified Newcastle–Ottawa scale. The meta-analysis was registered in the PROSPERO database (CRD42017079253).Results: Aging greatly influences the outcome of AP. There was a low severe AP incidence in patients under 30 (1.6%); however, the incidence of severe AP showed a continuous, linear increase between 20 and 70 (0.193%/year) of up to 9.6%. The mortality rate was 0.9% in patients under 20 and demonstrated a continuous linear elevation until 59, however from this age the mortality rate started elevating with 9 times higher rate until the age of 70. The mortality rate between 20 and 59 grew 0.086%/year and 0.765%/year between 59 and 70. Overall, patients above 70 had a 19 times higher mortality rate than patients under 20. The mortality rate rising with age was confirmed by meta-regression (coefficient: 0.037 CI: 0.006–0.068, p = 0.022; adjusted r2: 13.8%), and severity also (coefficient: 0.035 CI: 0.019–0.052, p &lt; 0.001; adjusted r2: 31.6%).Conclusion: Our analysis shows a likelihood of severe pancreatitis, as well as, pancreatitis-associated mortality is more common with advanced age. Importantly, the rapid elevation of mortality above the age of 59 suggests the involvement of additional deteriorating factors such as co-morbidity in elderly

Real-life efficacy of vedolizumab on endoscopic healing in inflammatory bowel disease: a nationwide Hungarian cohort study

L

Aging and Comorbidities in Acute Pancreatitis I: A Meta-Analysis and Systematic Review Based on 194,702 Patients

Background: Acute pancreatitis (AP) is one of the most common cause of hospitalization among gastrointestinal diseases worldwide. Although most of the cases are mild, approximately 10-20% of patients develop a severe course of disease with higher mortality rate. Scoring systems consider age as a risk factor of mortality and severity (BISAP; >60 years, JPN >70 years, RANSON; >55 years, APACHE II >45 years). If there is a correlation between aging and the clinical features of AP, how does age influence mortality and severity? Aim: This study aimed to systematically review the effects of aging on AP. Methods: A comprehensive systematic literature search was conducted in the Embase, Cochrane, and Pubmed databases. A meta-analysis was performed using the preferred reporting items for systematic review and meta-analysis statement (PRISMA). A total of 1,100 articles were found. After removing duplicates and articles containing insufficient or irrelevant data, 33 publications involving 194,702 AP patients were analyzed. Seven age categories were determined and several mathematical models, including conventional mathematical methods (linear regression), meta-analyses (random effect model and heterogeneity tests), meta-regression, funnel plot and Egger's test for publication bias were performed. Quality assessment was conducted using the modified Newcastle-Ottawa scale. The meta-analysis was registered in the PROSPERO database (CRD42017079253). Results: Aging greatly influences the outcome of AR There was a low severe AP incidence in patients under 30 (1.6%); however, the incidence of severe AP showed a continuous, linear increase between 20 and 70 (0.193%/year) of up to 9.6%. The mortality rate was 0.9% in patients under 20 and demonstrated a continuous linear elevation until 59, however from this age the mortality rate started elevating with 9 times higher rate until the age of 70. The mortality rate between 20 and 59 grew 0.086%/year and 0.765%/year between 59 and 70. Overall, patients above 70 had a 19 times higher mortality rate than patients under 20. The mortality rate rising with age was confirmed by meta-regression (coefficient: 0.037 CI: 0.006-0.068, p = 0.022; adjusted r(2): 13.8%), and severity also (coefficient: 0.035 CI: 0.019-0.052, p < 0.001; adjusted r(2) : 31.6%). Conclusion: Our analysis shows a likelihood of severe pancreatitis, as well as, pancreatitis-associated mortality is more common with advanced age. Importantly, the rapid elevation of mortality above the age of 59 suggests the involvement of additional deteriorating factors such as co-morbidity in elderly

Complex activities of the human Bloom's syndrome helicase are encoded in a core region comprising the RecA and Zn-binding domains

Bloom's syndrome DNA helicase (BLM), a member of the RecQ family, is a key player in homologous recombination (HR)-based error-free DNA repair processes. During HR, BLM exerts various biochemical activities including single-stranded (ss) DNA translocation, separation and annealing of complementary DNA strands, disruption of complex DNA structures (e.g. displacement loops) and contributes to quality control of HR via clearance of Rad51 nucleoprotein filaments. We performed a quantitative mechanistic analysis of truncated BLM constructs that are shorter than the previously identified minimal functional module. Surprisingly, we found that a BLM construct comprising only the two conserved RecA domains and the Zn2+-binding domain (residues 642–1077) can efficiently perform all mentioned HR-related activities. The results demonstrate that the Zn2+-binding domain is necessary for functional interaction with DNA. We show that the extensions of this core, including the winged-helix domain and the strand separation hairpin identified therein in other RecQ-family helicases, are not required for mechanochemical activity per se and may instead play modulatory roles and mediate protein–protein interactions