Non-canonical Structures in Promoter Modulate Gene Expression in Escherichia coli

Herein we show how sequences that can form different non-canonical structures affect gene expression levels when inserted in the core of σ70-dependent promoter, between the −35 and −10 elements recognized by RNA polymerase, in E. coli. We note that influence on level of GFP expression varies considerably depending on introduction of non-canonical structural elements in the antisense and sense strands as well as with their propensities to form G-triplex, G-hairpin, hairpin or G-quadruplex structures. Moreover, the extent of repression of expression does not relate to the in vitro thermal stability in a simple manner. Repression is most likely caused by steric interference rather than improper distance between the −35 and −10 elements. Although properties like thermal stability and topology can be somewhat different under in vivo and in vitro conditions, our results suggest that the extent of expression suppression cannot be dependent solely on thermal stabilities of G-rich structures alone. This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License

PRESENTATION OF THE COMMA IN SLOVENE ORTHOGRAPHIC CODES BETWEEN 1899 AND 2001

Diplomsko delo z naslovom Obravnava vejice v slovenskih pravopisih med letoma 1899 in 2001 prikazuje razvoj normativnih določil stave vejice in raziskuje rabo ponazoritvenih zgledov ob pravopisnih določilih stave vejice v šestih pomembnejših izdajah slovenskega pravopisa, in sicer v SP 1899, SP 1920, SP 1935, SP 1950, SP 1962 in SP 2001. Osnovni namen diplomskega dela je predstaviti in analizirati rabo vejice v slovenskih pravopisih v obdobju od najstarejše do najmlajše izdaje, nadalje pa preveriti dopolnitve ali popravke stave vejice, predstaviti ponazoritvene zglede, jih umestiti v literarni kanon ter se opredeliti do njihove aktualnosti in številčnosti za vsak pravopisni priročnik posebej. Kot zanimivost je analizirana še stava vejice v izbranih pravopisnih priročnikih, predstavljene in primerjane pa so tudi kritike in polemike rabe vejice v omenjenih pravopisih. Hkrati so obravnavana še aktualna pereča vprašanja o zapisu vejice, kjer stava še ni dovolj natančno utemeljena.The thesis Presentation of the comma in Slovene orthographic codes between 1899 and 2001 shows the development of norm-regulating codes of the comma. It also researches the use of illustrative examples that substantiate orthographic codes of the comma in six major orthographic reference books: SP 1899, SP 1920, SP 1935, SP 1950, SP 1962 and SP 2001. The thesis presents and analyzes the use of the comma in Slovene orthographic codes from the oldest to the youngest orthographic publication. Further, it outlines additions or corrections of orthographic codes of the comma and presents illustrative examples, which are mainly classified into the literary canon. It also defines topicality and numerosity of orthographic codes of the comma for each orthographic reference book. In addition, this work also analyzes the use of the comma in other selected orthographic reference books. It presents and compares reviews and polemics about the use of the comma. It also discusses current topical issues in transcriptions of the comma, where orthographic codes are not clearly explained

Design of a single-chain polypeptide tetrahedron assembled from coiled-coil segments.

Protein structures evolved through a complex interplay of cooperative interactions, and it is still very challenging to design new protein folds de novo. Here we present a strategy to design self-assembling polypeptide nanostructured polyhedra based on modularization using orthogonal dimerizing segments. We designed and experimentally demonstrated the formation of the tetrahedron that self-assembles from a single polypeptide chain comprising 12 concatenated coiled coil-forming segments separated by flexible peptide hinges. The path of the polypeptide chain is guided by a defined order of segments that traverse each of the six edges of the tetrahedron exactly twice, forming coiled-coil dimers with their corresponding partners. The coincidence of the polypeptide termini in the same vertex is demonstrated by reconstituting a split fluorescent protein in the polypeptide with the correct tetrahedral topology. Polypeptides with a deleted or scrambled segment order fail to self-assemble correctly. This design platform provides a foundation for constructing new topological polypeptide folds based on the set of orthogonal interacting polypeptide segments

Slike, risbe: razstava likovnih del študentov 3. letnika LP, mentorja prof. Z. Huzjan, doc. A. Brumen-Čop

Vzajemnost ideje in prakse Razstava 3.letnika LP PeF v Ljubljani-2011/12 Peti semester bolonjsko zgoščenih študijskih znanj pri predmetu Slikanje, se napaja z neposredno izkušnjo idej in praktičnih vaj, ki jih je ustoličila modernistično naravnana (n.pr. tudi Lyntonova) linearna zgodba polpretekle zgodovine likovne umetnosti. Njena osnovna naravnanost je raziskati področje slike oziroma analitično posredovanje v slikovnem polju, kjer je dovolj prostora tako za razumevanje že ustaljenih ustvarjalnih postopkov kot tudi za osebno izpovedno moč. Študent si s pomočjo razlage duha polpreteklega časa, z vzporedno likovnoanalitično ontologijo ter z razumevanjem statusa otroške risbe in njene pojavnosti, razpira lastne ustvarjalne možnosti, ki so nujne pri prestopanju v osebno sliko, oziroma za samostojno delo pri zaključnem izpitu. Tedenske triurne vaje so naravnane skozi likovne senzacije od klasične slike ter do konceptualnih praks. Kot stopnjevanje svetlobe in razumevanje snovnosti barve, razumevanje barvnega madeža in barvne ploskve (tudi barvnega polja), vzajemnost kolažiranih postopkov in geometrije robov ter prestopanj le teh, kot ekspresijo gestualnosti ali kot širitev v kiparsko dimenzijo. Ta likovni intelektualizem seveda potrebuje dovoljšnjo mero senzibilnost in občutljivosti (n.pr. odnos do barve in njene pojavnosti), kar se gradi postopoma, z individualnim delom pri vsakem študentu posebej, z primerjavami, prikazom in pogovorom, predvsem pa z izčrpnim razumevanjem vsake naloge posebej. Ob tem si študent pomaga z zapisi v osebno skicirko. prof:. Huzjan. Razstavljajo: Kristina BOŽIČ, Alja KOŠAR, Polona ČAMPA, Anja LAUTAR, Tjaša PFAJFAR, Sergeja GARTNER, Mojca JERAM, Aleksandra ZALOKAR, Karin BAJC, Daniela ZUPAN, Iris PLEŠNAR, Sabina HAŠIČ, Uršolina HORVAT, Jerneja STANONIK, Anja ŠKULJ, Karin MUGERLI, Anđelija SAMARDŽIJ

Slike, risbe: razstava likovnih del študentov 3. letnika LP, mentorja prof. Z. Huzjan, doc. A. Brumen-Čop

Vzajemnost ideje in prakse Razstava 3.letnika LP PeF v Ljubljani-2011/12 Peti semester bolonjsko zgoščenih študijskih znanj pri predmetu Slikanje, se napaja z neposredno izkušnjo idej in praktičnih vaj, ki jih je ustoličila modernistično naravnana (n.pr. tudi Lyntonova) linearna zgodba polpretekle zgodovine likovne umetnosti. Njena osnovna naravnanost je raziskati področje slike oziroma analitično posredovanje v slikovnem polju, kjer je dovolj prostora tako za razumevanje že ustaljenih ustvarjalnih postopkov kot tudi za osebno izpovedno moč. Študent si s pomočjo razlage duha polpreteklega časa, z vzporedno likovnoanalitično ontologijo ter z razumevanjem statusa otroške risbe in njene pojavnosti, razpira lastne ustvarjalne možnosti, ki so nujne pri prestopanju v osebno sliko, oziroma za samostojno delo pri zaključnem izpitu. Tedenske triurne vaje so naravnane skozi likovne senzacije od klasične slike ter do konceptualnih praks. Kot stopnjevanje svetlobe in razumevanje snovnosti barve, razumevanje barvnega madeža in barvne ploskve (tudi barvnega polja), vzajemnost kolažiranih postopkov in geometrije robov ter prestopanj le teh, kot ekspresijo gestualnosti ali kot širitev v kiparsko dimenzijo. Ta likovni intelektualizem seveda potrebuje dovoljšnjo mero senzibilnost in občutljivosti (n.pr. odnos do barve in njene pojavnosti), kar se gradi postopoma, z individualnim delom pri vsakem študentu posebej, z primerjavami, prikazom in pogovorom, predvsem pa z izčrpnim razumevanjem vsake naloge posebej. Ob tem si študent pomaga z zapisi v osebno skicirko. prof:. Huzjan. Razstavljajo: Kristina BOŽIČ, Alja KOŠAR, Polona ČAMPA, Anja LAUTAR, Tjaša PFAJFAR, Sergeja GARTNER, Mojca JERAM, Aleksandra ZALOKAR, Karin BAJC, Daniela ZUPAN, Iris PLEŠNAR, Sabina HAŠIČ, Uršolina HORVAT, Jerneja STANONIK, Anja ŠKULJ, Karin MUGERLI, Anđelija SAMARDŽIJ

Zaključna razstava študentov četrtega letnika Likovne pedagogike, študijsko leto 2012/2013

Letos lahko govorimo o izraziti psihični fiksaciji del, o arhaični razgaljenosti barvne gmote, linije in prostora. Barva in črta kot psihični opni vzpostavljata že omenjeno elementarnost in tako prevzemata vlogo stalnosti v podobi časa ki ga živimo. To skorajda zasanjano razraščanje tudi ne izbira nosilcev, ki so vse bolj variabilni, nestalni in fragmentarni. Struktura slike in risbe se je porazdelila in se kaže- enkrat kot knjiga, v velikost naših dlani, drugič je del večjega, galerijskega prostora sten in potem že obleži na podstavku kot najdeni predmet z eno izmed konceptualnih intervencij