Enhancer traps

Son otuz yıldaki moleküler biyoloji alanında meydana gelen ilerlemeler pekçok yeni tekniğin ortaya çıkmasına yol açmıştır. Bunlardan biri olan sirke sineği yani Drozofila’da geliştirilen artırıcı (enhanser) tuzağı tekniği değişik dokularda gen ekspresyon kalıplarını inceleyerek ilgili dokularda spesifik olarak ifade edilen yeni genleri önce gen ekspresyonu bazında, daha sonra da klonlama ve karakterize ederek belirlemeye olanak sağlamaktadır. Ayrıca, “revers (ters) genetik” yaklaşımıyla ilgilenilen bir dokudaki gen ekspresyon kalıplarının taranması yeni aday genleri klonlamaya ve hedefli gen ekspresyonuna olanak sağladığı kadar dokunun formal alt-bölümlerinin çıkarılması için de kullanılabilir. Bu teknik gerek kanserle ilgili gerekse spesifik dokulardaki biyokimyasal mekanizmalara hücresel ve moleküler düzeyde ışık tutmak için yeni aday genlerin deteksiyonunu sağlayabilmekte ve onların rollerinin sorgulanmasına imkan vermektedir.Advances in the molecular biology in the last three decades has led to emerge of many novel techniques. One of them is enhancer trapping developed in the Drosophila which enable us to identify new genes specifically expressed in a specific tissue; first on the basis of gene expression and secondly on the molecular level by cloning and characterization. In addition, screening of the gene expression domains in a tissue of interest can be used to deduce a formal subdivision of a tissue as well as for targeted gene expression through the approach of “reverse genetics”. And this technique can also identify new candidate genes and their roles can be questioned to enlighten many biochemical mechanisms such as cell signalling relevant to cancer or in the specific tissues on cellular and molecular level

Obesity and genetics of obesity

Obezite, kalp-damar hastalıkları ve Tip 2 diabet gibi komplikasyonlarıyla birlikte yüzyılımızda epidemik sınırlara yaklaşmaktadır. Günümüzde etkin bir tedavisi olmayan obezite, ciddi bir halk sağlığı problemidir. Obezite pozitif enerji bakiyesi sonucu ortaya çıkar ve genellikle beden kitle indeksi (BMI) ile ölçülür. İnsanlarda obezite ya monogenik sendromlar olarak veya multifaktöryel kalıtım modeline uymaktadirlar. Obezitenin monogenik versiyonları Leptin (LEP), Leptin reseptörü (LEPR), Melanocortin 4 reseptörü (MC4R) gibi belli genlerdeki mutasyonlar sonucu ortaya çıkar. Bunların sıklığı toplam olguların çok az bir kısmını oluşturur. Poligenik kalitim, multifaktöryel kalıtım modeli gösteren formları ise en yaygın versiyonudur ve genler, çevre, davranış ve hepsinin birbiriyle etkileşiminin bir sonucudur.Obesity and its complications (cardiovascular disease and T2DM) are reaching epidemic proportions in the 21st century. Currently, there is no effective treatment for obesity and it is a serious public health concern. It results from positive energy balance and usually estimated on the basis of body-mass index (BMI). In humans, obesity occurs either as monogenic syndromes or in a multifactorial mode of inheritance. Monogenic forms are due to the mutations in certain genes such as Leptin (LEP), Leptin receptor (LEPR), and Melanocortin 4 receptor (MC4R) which constitute very little amount of the total cases. The most common forms are polygenic, multifactorial forms which are the result of genes, environment, behavior and interactions of all

Enhancer traps

Son otuz yıldaki moleküler biyoloji alanında meydana gelen ilerlemeler pekçok yeni tekniğin ortaya çıkmasına yol açmıştır. Bunlardan biri olan sirke sineği yani Drozofila’da geliştirilen artırıcı (enhanser) tuzağı tekniği değişik dokularda gen ekspresyon kalıplarını inceleyerek ilgili dokularda spesifik olarak ifade edilen yeni genleri önce gen ekspresyonu bazında, daha sonra da klonlama ve karakterize ederek belirlemeye olanak sağlamaktadır. Ayrıca, “revers (ters) genetik” yaklaşımıyla ilgilenilen bir dokudaki gen ekspresyon kalıplarının taranması yeni aday genleri klonlamaya ve hedefli gen ekspresyonuna olanak sağladığı kadar dokunun formal alt-bölümlerinin çıkarılması için de kullanılabilir. Bu teknik gerek kanserle ilgili gerekse spesifik dokulardaki biyokimyasal mekanizmalara hücresel ve moleküler düzeyde ışık tutmak için yeni aday genlerin deteksiyonunu sağlayabilmekte ve onların rollerinin sorgulanmasına imkan vermektedir.Advances in the molecular biology in the last three decades has led to emerge of many novel techniques. One of them is enhancer trapping developed in the Drosophila which enable us to identify new genes specifically expressed in a specific tissue; first on the basis of gene expression and secondly on the molecular level by cloning and characterization. In addition, screening of the gene expression domains in a tissue of interest can be used to deduce a formal subdivision of a tissue as well as for targeted gene expression through the approach of “reverse genetics”. And this technique can also identify new candidate genes and their roles can be questioned to enlighten many biochemical mechanisms such as cell signalling relevant to cancer or in the specific tissues on cellular and molecular level

Mutation analysis of ACOD4 gene in cases with Non-syndromic Cleft lip/palate

Non-sendromik yarık dudak ve/veya damak (nsYD/D= nsCL/P, MİM 119530) en yaygın başlıca do¬ğum defektlerinden biridir. Birçok aday gen alel ilişkilen- dirme metodu ile non-sendromik yarık dudak/damak malformasyonunda olası rol alıp almadığını test etmek için çalışılmıştır. Kromozom yeniden düzenlemelerine sahip nadir olgular, ilgilenilen bir hastalık için aday genleri be-lirlemede eşsiz ipuçları sağlayabilir. Son zamanlarda, bu şekildeki iki çalışma yeni kromozom yeniden düzenlenmeleri belirlemiş ve bu suretle non-sendromik yarık dudak/damak hastalığı için iki yeni aday gen ortaya çıkarmıştır: CLPTMİ ve ACOD4. Buna dayalı olarak, biz ACOD4 geninin non-sendromik yarık dudak/damak hastalığındaki potansiyel rolünü belirlemek için ilgili gende mutasyon analizi gerçekleştirdik. Kuzey Venezüella’dan toplam 96 hastada ACOD4 geninin kodlayan beş ekzonunda mutasyon taraması gerçekleştirdik. İki hastada ACOD4 geninin 4. ekzonunda bir sessiz mutasyon, Ala241Ala, belirledik ve başka herhangi bir varyant bulamadık. Sonuç olarak, bu bulgular ACOD4 geninin nsYD/D malformasyonu gelişiminde yaygın bir genetik risk faktörü olduğunu, en azından bu araştırmada çalışılan güney Amerika’ lı (Venezüella) populasyonda, desteklememektedir.Non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (CL/P, MIM 119530) is perhaps the most common major birth defect. A large number of candidate genes have been studied by allelic association studies to test possible involvement in non-syndromic cleft lip and palate. Rare patients with de novo chromosomal rearrangements and a rare disease can offer unique clues for identifying candidate genes for a disorder of interest. Two recent studies identified novel chromosomal rearrangements and thereby identified two novel candidate genes for nsCL/P: CLPTM1 and ACOD4. Based on this, we carried out mutation analysis of the ACOD4 gene for its potential involvement in nsCL/P. We screened a total of 96 nsCL/P patients from Venezuela for variation in the five coding exons of ACOD4. We detected a silent variant, Ala242Ala, in exon 4 in two patients, but found no other variants. Altogether, our data do not support ACOD4 as a common genetic risk factor for nsCL/P malformation, at least in the South American (Venezuelan) population studied here

Comparison of Drainage, Delayed Pits Excision, and Closure With Excision and Secondary Healing in Pilonidal Sinus Abscess Cases

A pilonidal abscess is an emergency situation which requires immediate drainage and is usually seen in young men. We aimed to compare incision and draining (I&D) of acute pilonidal abscess (PSA) and healing by secondary intention with I&D and subsequent delayed pits excision and closure (PE/PC). A total of 62 patients admitted with PSA were randomized to undergo either I&D and healing by secondary intention (group 1, n = 33) or I&D and PE/PC (group 2, n = 29). Demographic characteristics of the patients, abscess depth and location, duration and healing times of the symptoms, time required to return to work, and ratio of chronic pilonidal sinus (PNS) development were recorded, and the two methods were compared. No statistically significant differences were found between the groups in relation to sex, age, and preoperative findings, including discharge, infection, pain, and length and depth of abscess. There was no difference in length of hospital stay between the groups, and no statistically significant difference was found between the groups in terms of complication rate (P = 0.298). A statistically significant difference (P = 0.033) was, however, found between the two groups in the recurrence rate of a pilonidal abscess (9.09% in group 1 versus 3.44% in group 2). A statistically significant difference was also observed between the groups in terms of development of chronic PNS (P = 0.020). According to the results of our study, I&D and PE/PC should be the primary procedure used, as opposed to skin incision, curettage, and secondary healing for the treatment of PSA

The Serological Screening of Wild Rodents for Hantavirus Infections in the Middle and Southern Anatolia Region of Turkey

Amaç: Hantavirüsler, enfekte kemirici ve bazı böcekçillere ait sekresyonlardaki viral partiküllerin solunması yolu ile insanlara bulaşmaktadır. Renal sendromlu kanamalı ateş (RSKA) etkeni olan Hantavirüs alt tiplerinden Dobrava (DOBV), Puumala (PUUV), Saaremaa (SAAV), Tula (TULV) ve Seoul (SEOV) virüslerin taşıyıcısı olarak bilinen kemirici türleri ülkemizde de yayılım göstermektedir. Hantavirüs enfeksiyonlarında grip benzeri bulguların görülmesi ve hastalığın hızla ilerlemesi, erken tanı konulmasını zorlaştırmaktadır. Bu nedenle saha çalışmaları ile alandaki Hantavirüs prevalansı belirlenmekte ve olası salgın bölgeleri öngörülerek, bölgedeki halk ve yetkili kişiler önceden uyarılabilmektedir. Bu araştırmada, saha araştırması ile bölge taraması yapılması amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: Bu çalışma ile Muğla, Antalya, Niğde, Aksaray, Konya, Karaman, Mersin, Hatay illerinden yakalanan Apodemus spp., Microtus spp. ve Mus spp. türlerinden 193 kemiriciye ait serum örnekleri serolojik olarak tarandı. Bulgular: Bu kemiricilerde Hantavirüse özgül antikor varlığı saptanmadı. Sonuç: Türkiye'de Hantavirüs açısından taranmamış pek çok bölge bulunmaktadır. Yapılacak yeni çalışmalar ile diğer bölgelerde Hantavirüs prevalansının ve bölgelerin risk durumunun belirlenmesi önem taşımaktadırObjective: Hantaviruses infect humans via inhalation of the viral particles in the secretions of some rodents and insectivores. The rodent species which known as reservoirs of Dobrava (DOBV), Puumala (PUUV), Saaremaa (SAAV), Tula (TULV) and Seoul (SEOV) viruses of Hantavirus subtypes which cause hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) are are also found in Turkey. Early diagnosis of Hantavirus infections is difficult, because of the flu-like symptoms and rapid progression of the disease. However, the prevalance of hantavirus seropositivity in rodents from the field works could predict and warn authorities for possible human outbreaks. In this study field research and regional screening were aimed.Material and Methods: In the present study serum samples of 193 rodents of Apodemus spp., Microtus spp. and Mus spp. collected from Muğla, Antalya, Niğde, Aksaray, Konya, Karaman, Mersin, Hatay Provinces were screened using serological methods.Results: The presence of antibody against Hantaviruses were not detected in these rodents.Conclusion: There are a large number of geographical areas in Turkey that have not screened for hantaviruses. Determination of Hantavirus prevalance and the risk status of other regions in further studies to be performed conveys importanc

BATI ANADOLU’DAKİ BAZI YAYGIN KÜÇÜK MEMELİ TÜRLERİNİN ORTOHANTAVİRÜS TAŞIYICILIĞI AÇISINDAN DEĞERLENDİRİLMESİ

Hantaviridae ailesinin üyesi olan ortohantavirüsler, kemirici kaynaklı RNA virüsleridir. Enfekte kemiricilerin çıkartı ve sekresyonlarındaki viral partiküllerin aerosolizasyonu ve nadiren de enfekte kemiricilerle direkt temas yolu ile bulaşan ortohantavirüsler, Avrasya'da renal sendromlu kanamalı ateş ve epidemik nefropati olgularına, Amerika kıtasında ise hantavirüs kardiyopulmoner sendrom olgularına neden olabilen önemli halk sağlığı sorunlarıdır. Türkiye’de de enfeksiyonlara neden oldukları bildirilmiş ve küçük memelilerdeki varlıkları gösterilmiştir. Bu çalışma ile renal sendromlu kanamalı ateş olgularının bildirildiği bazı Batı Anadolu illerinde dolaşımda olan ortohantavirüslerin ve olası konak türlerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında yedi farklı lokaliteden yakalanan 49 adet küçük memeliye ait serum ve akciğer dokusu örnekleri kullanılmıştır. Hem moleküler hem de serolojik yöntemler ile taranan örneklerde, Ortohantavirüs enfeksiyonuna yönelik bir pozitiflik saptanmamıştır. Bu durum, örneklem alanlarının zamansal, bölgesel ve iklimsel özelliklerinden kaynaklanmış olabilir. Batı Anadolu’daki küçük memelilerin Ortohantavirüs taşıyıcılıklarının değerlendirilmesi, bölgeden bildirilmiş vakalar olması nedeniyle önem taşımaktadır. Bu çalışmanın örneklemi sınırlı olduğundan, olası konak türlerini ve farklı dönemlerde yapılmış örneklemleri içeren kapsamlı bir çalışmaya ihtiyaç vardır.Orthohantaviruses, members of the Hantaviridae family, are rodent-borne RNA viruses. They transmitted by aerosolization of viral particles in the excretions and secretions of infected rodents and rarely by direct contact with infected rodents. They are an important public health concerns that cause hemorrhagic fever with renal syndrome and epidemic nephropathy cases in Eurasia and hantavirus cardiopulmonary syndrome cases in the Americas. They have also been reported to cause infections in Turkey and their presence in rodents have been indicated. We aimed to determine the circulating orthohantaviruses and possible host species in some provinces of Western Anatolia where hemorrhagic fever with renal syndrome cases have been reported. Serum and lung tissue samples of 49 rodents collected from seven localities during a one-week field study were used. No positivity for Orthohantavirus infection was detected in the samples screened by both molecular and serologic methods. This situation may be related to the temporal, regional and climatic characteristics of the sampling areas. The evaluation of rodents in Western Anatolia in terms of Orthohantavirus carriage is important due to the cases reported from the region. Since the sample size of this study was limited, a comprehensive study which includes possible host rodent species and samples collected from different periods is needed

Mutation analysis of ACOD4 gene in cases with Non-syndromic Cleft lip/palate

Non-sendromik yarık dudak ve/veya damak (nsYD/D= nsCL/P, MİM 119530) en yaygın başlıca do¬ğum defektlerinden biridir. Birçok aday gen alel ilişkilen- dirme metodu ile non-sendromik yarık dudak/damak malformasyonunda olası rol alıp almadığını test etmek için çalışılmıştır. Kromozom yeniden düzenlemelerine sahip nadir olgular, ilgilenilen bir hastalık için aday genleri be-lirlemede eşsiz ipuçları sağlayabilir. Son zamanlarda, bu şekildeki iki çalışma yeni kromozom yeniden düzenlenmeleri belirlemiş ve bu suretle non-sendromik yarık dudak/damak hastalığı için iki yeni aday gen ortaya çıkarmıştır: CLPTMİ ve ACOD4. Buna dayalı olarak, biz ACOD4 geninin non-sendromik yarık dudak/damak hastalığındaki potansiyel rolünü belirlemek için ilgili gende mutasyon analizi gerçekleştirdik. Kuzey Venezüella’dan toplam 96 hastada ACOD4 geninin kodlayan beş ekzonunda mutasyon taraması gerçekleştirdik. İki hastada ACOD4 geninin 4. ekzonunda bir sessiz mutasyon, Ala241Ala, belirledik ve başka herhangi bir varyant bulamadık. Sonuç olarak, bu bulgular ACOD4 geninin nsYD/D malformasyonu gelişiminde yaygın bir genetik risk faktörü olduğunu, en azından bu araştırmada çalışılan güney Amerika’ lı (Venezüella) populasyonda, desteklememektedir.Non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (CL/P, MIM 119530) is perhaps the most common major birth defect. A large number of candidate genes have been studied by allelic association studies to test possible involvement in non-syndromic cleft lip and palate. Rare patients with de novo chromosomal rearrangements and a rare disease can offer unique clues for identifying candidate genes for a disorder of interest. Two recent studies identified novel chromosomal rearrangements and thereby identified two novel candidate genes for nsCL/P: CLPTM1 and ACOD4. Based on this, we carried out mutation analysis of the ACOD4 gene for its potential involvement in nsCL/P. We screened a total of 96 nsCL/P patients from Venezuela for variation in the five coding exons of ACOD4. We detected a silent variant, Ala242Ala, in exon 4 in two patients, but found no other variants. Altogether, our data do not support ACOD4 as a common genetic risk factor for nsCL/P malformation, at least in the South American (Venezuelan) population studied here