PLATINUM SENSITIVE 2 LIKE impacts growth, root morphology, seed set, and stress responses

Eukaryotic protein phosphatase 4 (PP4) is a PP2A-type protein phosphatase that is part of a conserved complex with regulatory factors PSY2 and PP4R2. Various lines of Arabidopsis thaliana with mutated PP4 subunit genes were constructed to study the so far completely unknown functions of PP4 in plants. Mutants with knocked out putative functional homolog of the PSY2 LIKE (PSY2L) gene were dwarf and bushy, while plants with knocked out PP4R2 LIKE (PP4R2L) looked very similar to WT. The psy2l seedlings had short roots with disorganized morphology and impaired meristem. Seedling growth was sensitive to the genotoxin cisplatin. Global transcript analysis (RNA-seq) of seedlings and rosette leaves revealed several groups of genes, shared between both types of tissues, strongly influenced by knocked out PSY2L. Receptor kinases, CRINKLY3 and WAG1, important for growth and development, were down-regulated 3–7 times. EUKARYOTIC ELONGATION FACTOR5A1 was down-regulated 4–6 fold. Analysis of hormone sensitive genes indicated that abscisic acid levels were high, while auxin, cytokinin and gibberellic acid levels were low in psy2l. Expression of specific transcription factors involved in regulation of anthocyanin synthesis were strongly elevated, e.g. the master regulator PAP1, and intriguingly TT8, which is otherwise mainly expressed in seeds. The psy2l mutants accumulated anthocyanins under conditions where WT did not, pointing to PSY2L as a possible upstream negative regulator of PAP1 and TT8. Expression of the sugar-phosphate transporter GPT2, important for cellular sugar and phosphate homeostasis, was enhanced 7–8 times. Several DNA damage response genes, including the cell cycle inhibitor gene WEE1, were up-regulated in psy2l. The activation of DNA repair signaling genes, in combination with phenotypic traits showing aberrant root meristem and sensitivity to the genotoxic cisplatin, substantiate the involvement of Arabidopsis PSY2L in maintenance of genome integrity.publishedVersio

PP4 in Arabidopsis

Master's thesis in Biological chemistryThis project will aim to unveil the subcellular localization of PP4-2 and two of its believed regulators; PP4R2L and PP4R3L/PSY2L. To achieve this, two fusion-proteins were prepared from each of the genes to be examined. This was done by using molecular cloning. One fusion-protein was designed to carry the EYFP tag on N-terminus and the other fusion-protein carried the EYFP tag on the C-terminus. Molecular cloning was not successful for the PSY2L gene, possibly due to its large size. The two PP4-2 fusion-proteins; PP4-2-EYFP and EYFP-PP4-2, appear to be cytosolic with clusters of protein aggregation and the two PP4R2L fusion-proteins also displayed cytosolic localization. No aggregation was observed for the PP4R2L fusion proteins. This thesis also wishes to examine the effect of artificial micro RNA (amiRNA) on PP4-2. Two different amiRNAs were used each with two different vectors; the inducible pER10 vector and the constitutive pBA002 vector. The goal was to do expression studies, and observe the phenotypes of the different mutant plants. Expression studies were not done due to a lack of time. No significant difference in phenotype was observed for the different mutant plants. They did however display slower growth rate than that of the wild type. Finally, one more study was performed to observe the effect of disrupting the PSY2L gene and the PP4R2L gene. This was done by studying plants with a T-DNA insert at specific locations in regards to the gene (see table 1), then observing the resulting phenotype and studying expression of the disrupted gene. For the PSY2L gene, mutants with T-DNA inserts at two different locations were used (one with the insert in exon 3, and one with the insert downstream of the gene) and T-DNA insert at only one location was performed for the PP4R2L gene (insert in exon 7). Expression study was to be preformed on homozygous individuals. At the time of the expression study, homozygous plants were found solely for the PSY2L Salk 125872 mutant. The expression study was performed on a homozygous PSY2L Salk 125872 mutant as well as one heterozygous PSY2L Salk 048064 mutant. The homozygous PSY2L Salk 125872 mutant displayed reduced expression when compared to the wild type. The heterozygous PSY2L Salk 048064 mutant displayed an expression level close to that of the wild type. At a later time, after the expression study had taken place, homozygous individuals for the PP4R2L Salk 093041 mutants were also found. No expression analysis was done on the PP4R2L Salk 093041 mutants, due to time restrictions. All mutant plants (T-DNA mutants and amiRNA mutants) displayed a reduced growth rate, as well as being shorter and bearing fewer stems than what is commonly observed for the wild type. The time taken for them to produce seeds was also about one month longer than what is observed for the wild type

PP4 in Arabidopsis

Master's thesis in Biological chemistryThis project will aim to unveil the subcellular localization of PP4-2 and two of its believed regulators; PP4R2L and PP4R3L/PSY2L. To achieve this, two fusion-proteins were prepared from each of the genes to be examined. This was done by using molecular cloning. One fusion-protein was designed to carry the EYFP tag on N-terminus and the other fusion-protein carried the EYFP tag on the C-terminus. Molecular cloning was not successful for the PSY2L gene, possibly due to its large size. The two PP4-2 fusion-proteins; PP4-2-EYFP and EYFP-PP4-2, appear to be cytosolic with clusters of protein aggregation and the two PP4R2L fusion-proteins also displayed cytosolic localization. No aggregation was observed for the PP4R2L fusion proteins. This thesis also wishes to examine the effect of artificial micro RNA (amiRNA) on PP4-2. Two different amiRNAs were used each with two different vectors; the inducible pER10 vector and the constitutive pBA002 vector. The goal was to do expression studies, and observe the phenotypes of the different mutant plants. Expression studies were not done due to a lack of time. No significant difference in phenotype was observed for the different mutant plants. They did however display slower growth rate than that of the wild type. Finally, one more study was performed to observe the effect of disrupting the PSY2L gene and the PP4R2L gene. This was done by studying plants with a T-DNA insert at specific locations in regards to the gene (see table 1), then observing the resulting phenotype and studying expression of the disrupted gene. For the PSY2L gene, mutants with T-DNA inserts at two different locations were used (one with the insert in exon 3, and one with the insert downstream of the gene) and T-DNA insert at only one location was performed for the PP4R2L gene (insert in exon 7). Expression study was to be preformed on homozygous individuals. At the time of the expression study, homozygous plants were found solely for the PSY2L Salk 125872 mutant. The expression study was performed on a homozygous PSY2L Salk 125872 mutant as well as one heterozygous PSY2L Salk 048064 mutant. The homozygous PSY2L Salk 125872 mutant displayed reduced expression when compared to the wild type. The heterozygous PSY2L Salk 048064 mutant displayed an expression level close to that of the wild type. At a later time, after the expression study had taken place, homozygous individuals for the PP4R2L Salk 093041 mutants were also found. No expression analysis was done on the PP4R2L Salk 093041 mutants, due to time restrictions. All mutant plants (T-DNA mutants and amiRNA mutants) displayed a reduced growth rate, as well as being shorter and bearing fewer stems than what is commonly observed for the wild type. The time taken for them to produce seeds was also about one month longer than what is observed for the wild type

Vurdering av muntlige eksamensprestasjoner i høyere utdanning: En studie av interbedømmer reliabilitet ved eksamen i etterforskning på Politihøgskolen

I dette prosjektet undersøker jeg hvordan interne sensorer i emnet Etterforskning ved Politihøgskolen vurderer muntlige eksamensprestasjoner. Emnet utgjør 18 studiepoeng og består av fem fag. Kunnskap om hvordan vi vurderer er nødvendig for å kunne fatte kvalifiserte slutninger om utdanningskvaliteten. Karakterer brukes i utstrakt grad i høyere utdanning og fungerer som seleksjonsfiltre ved ansettelser. De kan ha stor betydning for den enkeltes studie- og jobbmuligheter, og for arbeidsgiveres mulighet til å sikre seg ønskede kandidater. Våren 2018 fikk jeg samtykke fra to studenter til å filme deres muntlige eksamensprestasjoner. Opptakene ble vist til 29 interne sensorer, som – ved å besvare spørsmål i et digitalt spørreskjema – vurderte og karaktersatte prestasjonene. I forlengelsen av de individuelle vurderingene gjennomførte jeg fire fokusgruppeintervjuer, hvert bestående av tre sensorer med ulik fagtilknytning, som til sammen utgjorde en eksamenskommisjon. I intervjuene ble sensorene bedt om å enes om en felles karakter, i tråd med en reell eksamensgjennomføring. Funnene viser at sensorene vurderer ulikt – i karakterer, begrunnelser, spørsmålsstilling og i bruken av kriterier. Mens noen har en holistisk tilnærming, er andre mer analytisk orientert. Flere baserer vurderingen på sitt profesjonelle skjønn og på implisitte kriterier, heller enn på eksplisitte kriterier. Karakterene varierer med 2 - 2,5 karakterspenn på samme oppgave, og spennet er nesten like stort innad i fagene som på tvers. Vurderingene gjøres som oftest med utgangspunkt i det faget sensor representerer, og kommisjonskarakteren synes å bli satt et sted midt imellom kommisjonsmedlemmenes individuelle vurderinger. De to fagene som ikke er representert blir i liten grad hensyntatt. Dermed kan det synes som om det, i alle fall tidvis, er et gap mellom det studentene skal besvare (en helhetlig etterforskning) og det som vektlegges i vurderingen. En del av karakterbegrunnelsene er preget av å være lite utdypet, noe som tidvis gjør det vanskelig å forstå hvilke konkrete styrker og svakheter ved prestasjonen som dannet grunnlag for karakteren. Forhold ved kommunikasjonen – i argumentasjon, innhold og rekkefølge – synes å ha betydning i samspillet når karakter skal settes

Vurdering av muntlige eksamensprestasjoner i høyere utdanning: En studie av interbedømmer reliabilitet ved eksamen i Etterforskning på Politihøgskolen

I dette prosjektet undersøker jeg hvordan interne sensorer i emnet Etterforskning ved Politihøgskolen (PHS) vurderer muntlige eksamensprestasjoner. Emnet utgjør 18 studiepoeng og består av fem fag. Selv om det er et lovfestet krav at studentenes læringsutbytte skal prøves på en rettferdig og upartisk måte som sikrer utdanningskvaliteten, har vi lite kunnskap om hvordan muntlige eksamensprestasjoner vurderes på tvers av sensorer ved PHS. Det finnes også lite forskning om temaet, både nasjonalt og internasjonalt. Karakterer brukes i utstrakt grad i høyere utdanning, og fungerer som seleksjonsfiltre ved ansettelser. De kan ha stor betydning for den enkeltes studie- og jobbmuligheter, og for arbeidsgiveres mulighet til å sikre seg ønskede kandidater. Kunnskap om hvordan vi vurderer er dermed nødvendig for å kunne fatte kvalifiserte slutninger om utdanningskvaliteten. Våren 2018 fikk jeg samtykke fra to studenter til å filme deres muntlige eksamensprestasjoner. Opptakene ble vist til 29 interne sensorer, som – ved å besvare spørsmål i et digitalt spørreskjema – vurderte og karaktersatte prestasjonene. I forlengelsen av de individuelle vurderingene gjennomførte jeg fire fokusgruppeintervjuer, hvert bestående av tre sensorer med ulik fagtilknytning, som til sammen utgjorde en eksamenskommisjon. I intervjuene ble kommisjonsmedlemmene bedt om å enes om en felles karakter, slik de ville gjort ved en reell eksamensgjennomføring. Funnene viser at sensorene vurderer ulikt – i karakterer, begrunnelser, spørsmålsstilling og i bruken av kriterier. Mens noen har en holistisk tilnærming, er andre mer analytisk orientert. Mange baserer vurderingen på sitt profesjonelle skjønn og på implisitte kriterier, heller enn på eksplisitte kriterier. Karakterene varierer i spennet A til C/D for oppgave 1, og C/D til F for oppgave 2. Spennet er nesten like stort innad i samme fag som på tvers av fagene. Vurderingene gjøres som hovedregel med utgangspunkt i det faget sensor representerer, og kommisjonskarakteren synes å bli satt et sted midt imellom kommisjonsmedlemmenes individuelle vurderinger. Forhold ved kommunikasjonen – både i argumentasjon, innhold og rekkefølge – synes å ha betydning i samspillet når karakter skal settes. Begrunnelsene som karakteren bygger på kjennetegnes tidvis av å være lite utdypet. Dermed kan det være vanskelig å forstå hva som konkret var styrker og svakheter ved prestasjonen. Funnene gir grunn til å rette større oppmerksomhet mot vurderingsfeltet for å sikre rettferdig, gyldig og pålitelig bedømming av studentenes kompetanser

Nytt intranett ved NTNU: Sluttrapport fra forprosjektet

Formålet med forprosjektet var å se nærmere på hva et nytt intranett bør omfatte og hvordan det kan realiseres. Sluttrapporten oppsummerer forprosjektets tanker om hva det nye intranettet ved NTNU, Innsida 2.0 skal bestå av, hvilken betydning det vil ha for organisasjonen, og forslag til hvordan det skal realiseres og forvaltes. Dette er forslag basert på den kunnskapen som ligger til grunn idag og må ikke oppfattes som absolutte. Gjennom mer dyptgående analyser utover i hovedprosjektet kan det avdekkes nye behov som krever justering av de foreslåtte løsningene. Brukerbehovene som Innsida 2.0 skal dekke er i stor grad avdekket gjennom en behovsanalyse i form av intervjuer med et bredt utvalg av ulike brukere. Videre er det gjennomført en studie av trender og best practices innenfor intranett og portalløsninger og hvordan disse kan understøtte arbeidsprosesser i organisasjonen. Denne studien har bestått av å lese rapporter fra ledende guruer innen området, workshops og case studies. Mot slutten av forprosjektet ble det engasjert 6 studenter fra Institutt for Produktdesign som jobbet med interaksjonsdesign vha. papirprototyping og brukbarhetstesting basert på hovedfunksjonalitet som forprosjektet har beskrevet. Oppdragsgiver har vært Informasjonsavdelingen ved NTNU

Nytt intranett ved NTNU: Sluttrapport fra forprosjektet

Formålet med forprosjektet var å se nærmere på hva et nytt intranett bør omfatte og hvordan det kan realiseres. Sluttrapporten oppsummerer forprosjektets tanker om hva det nye intranettet ved NTNU, Innsida 2.0 skal bestå av, hvilken betydning det vil ha for organisasjonen, og forslag til hvordan det skal realiseres og forvaltes. Dette er forslag basert på den kunnskapen som ligger til grunn idag og må ikke oppfattes som absolutte. Gjennom mer dyptgående analyser utover i hovedprosjektet kan det avdekkes nye behov som krever justering av de foreslåtte løsningene. Brukerbehovene som Innsida 2.0 skal dekke er i stor grad avdekket gjennom en behovsanalyse i form av intervjuer med et bredt utvalg av ulike brukere. Videre er det gjennomført en studie av trender og best practices innenfor intranett og portalløsninger og hvordan disse kan understøtte arbeidsprosesser i organisasjonen. Denne studien har bestått av å lese rapporter fra ledende guruer innen området, workshops og case studies. Mot slutten av forprosjektet ble det engasjert 6 studenter fra Institutt for Produktdesign som jobbet med interaksjonsdesign vha. papirprototyping og brukbarhetstesting basert på hovedfunksjonalitet som forprosjektet har beskrevet. Oppdragsgiver har vært Informasjonsavdelingen ved NTNU

<i>PSY2L</i> knockout and knockdown mutants are hypersensitive to cisplatin.

<p>After growing three days on ½ MS medium with 1% sucrose seedlings were transferred to new media for another 12 d for treatments. <b>A</b>, no cisplatin. <b>B</b>, 2 mg L^-1 cisplatin. <b>C</b>, 4 mg L^-1 cisplatin. The different plant lines in each Petri dish were 1: EV/Col-0; 2: <i>psy2l</i>; 3: <i>psy-ami1-1</i>, 4: <i>psy-ami1-2</i>, 5: <i>psy-ami2-1</i>, 6: <i>psy-ami2-2</i>; 7: <i>pp4r2l-ami1</i>; 8: <i>pp4r2l-ami2</i>.</p

Subcellular targeting analysis for PP4 catalytic and regulatory subunits in onion epidermal cells.

<p>Fusion proteins were precipitated on gold, bombarded into onion epidermal cells, and examined after 16 h. <b>A</b>, PSY2L with free N-terminus targeted only nucleus. <b>B</b>, PSY2L with free C-terminus targeted nucleus and cytosol. <b>C-E</b>, PP4R2L targeted cytosol (C and D), nucleus (C-E) and endoplasmic reticulum (D, E). Partial overlap between OFP-ER and free C-terminus PP4R2L was detected in (E). <b>F-H</b>, PP4.1 showed a variability of targeting patterns including cytosol (F-H) and weak nucleus targeting (F, H) and unknown punctate structures (F). In addition, in some cells, also targeting of the nuclear envelope was seen (G, H). <b>I-K</b>, PP4.2 protein showed mostly targeting to cytosol, and unknown punctate structures (I-K). Endoplasmic reticulum was labeled by OFP-ER [<a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0180478#pone.0180478.ref025" target="_blank">25</a>]. Scale bars = 20 μM.</p

Schemes for target sites of T-DNA and amiRNA, and expression analysis of <i>PSY2L</i> in the SALK_049725 line and psy-ami2 line.

<p><b>A</b>, T-DNA insertion lines. The target sites and orientation of T-DNA insertions are indicated. The insertion line Salk_048064 (<i>psy2l</i>) was used in most studies. Target sites of amiRNAs are indicated with a red mark. ami1 targeted exon 3 in both <i>PP4-1</i> and <i>PP4-2</i> genes, and ami2 targeted exon 6 in both genes. Schemes are from the PLAZA database [<a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0180478#pone.0180478.ref021" target="_blank">21</a>]. <b>B</b>, Quantitative real time expression analysis of the <i>PSY2L</i> gene in WT (Col-0) and the SALK_048064 line tested with two different primer pairs spanning exons 18–19 (green columns) or exons 3 and 4 (blue columns). <b>C</b>, Quantitative real time expression analysis of the <i>PSY2L</i> gene in EV/Col-0 (plants transformed with empty vector) and the psy-ami2 line. RNA from three replicates of soil-grown plants (four weeks old) was used. SE is given, Expression in mutant lines is significant different from (EV)/Col0 at the level: * p<0.05, ** p<0.01.</p