Microbiological indicators of tropical soils quality in ecosystems of the north-east area of Peru

Tropical soils withstand heavy pressure due to deforestation as a result of the change in land use, decreasing their quality. Traditionally, the quality of soil has been based on physical and chemical indicators; however, the biological ones can predict variations in the quality, in an early and effective way. In this research, the microbiological quality of soils from two ecosystems was evaluated, one from the Cumbaza Sub-Basin (CSB) and the other from Degraded Pastures at Cuñumbuque (DPC), both in San Martín, Peru. The physicochemical characteristics were studied and the microbial populations of Total Bacteria (TB), Sporulated Bacteria (SB), Total Fungi (TF), Actinobacteria (ACT), and parameters of microbial activity such as Basal Respiration (BR), Microbial Biomass (MB), Metabolic Quotient (qCO2) and Microbial Quotient (qMIC). According to the Principal Component Analysis (PCA), the soils of the CSB had on average a lower biological quality compared to the DPC soils. The PCA discriminated that the microbial populations of TB, SB, ACT and MB represented effective microbiological indicators to evaluate the quality of the soils, in this respect the soils of Shapumba, Chontal, Aucaloma and Vista Alegre are degraded and require the application of new technologies and public policies for their recovery

Caracterización preliminar del Sistema de la Línea Lateral del pez Killi africano Nothobranchius furzeri

La sordera y los déficits auditivos son frecuentemente causados por la pérdida de Células Internas Ciliadas (CCI). A diferencia de los mamíferos, los peces pueden regenerar las CCI de sus órganos sensoriales denominados neuromastos. La comprensión de este fenómeno regenerativo es necesario para el desarrollo de posibles terapias génicas contra la sordera. En la actualidad la mayoría de estos estudios se han llevado a cabo en la Línea Lateral Posterior (LLP) del pez cebra (Danio rerio). A pesar de los avances usando este modelo animal no se ha podido identificar en su totalidad los componentes del núcleo básico de la Red Regulatoria Génica (RRG) para llevar a cabo la regeneración de las CCI. Una alternativa es el uso de un enfoque comparativo usando otro modelo animal con la misma capacidad regenerativa para este órgano. En así que el pez Killi Notobranchius furzeri se presenta como un gran candidato ya que ha mostrado una gran capacidad regenerativa para otros contextos. En esta tesis se intenta caracterizar de forma preliminar la LLP del pez Killi. Para esto, se realizo la caracterización a tres niveles: molecular, celular y de tejido. En el primer nivel usando hibridación fluorescente in situ (HFIS) se mostro que los neuromastos del pez killi presentan subgrupos celulares, los cuales son comparables a los previamente reportados en el pez cebra. A nivel de tejido, usando el sistema Tol2 se genero una línea transgénica que exprese la proteína potenciada fluorescente verde de forma especifica en todo el sistema lateral facilitando así la visualización de los neuromastos individuales por microscopia. Por último, a nivel celular, a través de la microscopia con animales vivos y el conteo total de células individuales de los neuromastos se determino que el estadio de desarrollo aproximado donde los neuromastos alcanza su máximo tamaño es a los 30 días post eclosión (dpe) determinando así el estadio ideal para experimentos regenerativos. En resumen, el presente estudio contribuye a establecer las bases para trabajos posteriores en la caracterización de la LLP y la regeneración de CCI en el pez killi y su comparación con el pez cebra.Stowers Institute for Medical Researc

Análisis del comportamiento estructural y rentabilidad de una edificación ecológica de bambú respecto a una de albañilería confinada, Trujillo 2022

Para la presente investigación tiene como objetivo Analizar los comportamientos sismorresistentes y la rentabilidad de una vivienda de Bambú frente a una de albañilería confinada en una edificación de 2 niveles en el distrito de la Esperanza -Trujillo y de esta manera poder incentivar a la población al uso para la construcción ya que nos ofrece aspectos estéticos, económicos y se adapta al uso y necesidad de la población. El diseño de esta investigación es de tipo no experimental descriptiva - aplicada, en la que se tiene como población todas las Edificaciones residenciales compuestas a base de bambú y albañilería confinada, que cumplen los parámetros de diseño del Reglamento Nacional de Edificaciones, de la que se extrajo una muestra correspondiente a una edificación de 2 niveles con un sistema de bambú y otra con sistema tradicional de albañilería confinada, para el procesamiento de datos se ha utilizado herramientas como, ETABS V.18,Safe,Mathcad y Excel. Para ello se realizó el análisis sísmico, diseño estructural, costos y presupuestos de ambos sistemas con el mismo diseño arquitectónico para validar nuestra hipótesis lo cual se obtuvo que el bambú es un material sismorresistente y es más rentable en un 31.8% respecto a la albañilería

Mycotrophic capacity and diversity of native arbuscular mycorrhizal fungi isolated from degraded soils

Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are organisms that form mutualistic associations with most plants, favoring their development, especially those located in degraded areas. In order to identify the different predominant native AMF morphotypes, and determine the percentage of colonization, and spore density in soils of the Cumbaza sub-basin in San Martin, Peru, soil samples were taken from degraded areas of Chirikyacu, Vista Alegre, El Chontal, San Antonio de Cumbaza, Aucaloma and Shapumba, and they were associated with 4 legumes cover crops among them, Cajanus cajan, Canavalia ensiformis, Crotalaria juncea and Vigna unguiculata. A completely random design was used, considering 6 zones and 4 legumes with 3 replications. The results showed that the treatments with legumes had greater influence in the mycorrhizal colonization in comparison with the zones of study, being Vigna unguiculata the one that had greater colonization (75%). However, the number of spores was influenced mainly by the zones, where the Aucaloma treatment had the highest number (252 spores / 10 g of soil). Eleven native AMF morphotypes were identified, being those of the genus Acaulospora the most predominant

Improved central nervous system symptoms in people with HIV without objective neuropsychiatric complaints switching from Efavirenz to Rilpivirine containing cART

Objective: Occult central nervous system (CNS) symptoms not recognized by people living with HIV (PLWH) receiving efavirenz or their clinicians could occur and impact people’s quality of life. The aim of this study was to determine whether CNS parameters improve in PLWH when switching from efavirenz to rilpivirine. Methods: PLWH receiving tenofovir disoproxil fumarate, emtricitabine, efavirenz (Atripla™) with undetectable HIV RNA, and no CNS symptoms were switched cART to tenofovir disoproxil fumarate, emtricitabine, rilpivirine (Eviplera™). CNS parameters including sleep, anxiety, and depressive symptoms were evaluated using patient-reported outcome measures at baseline, 4, 12, and 24 weeks after switching therapy. A median CNS score was derived from the sum of CNS toxicities of all the grades collected in the study questionnaires. Cognitive function was assessed using a computerized test battery. Results: Of 41 participants, median age was 47 years, Interquartile range (IQR) 31, 92% were male and 80% were of white ethnicity. A significant reduction in total CNS score (10 to 7) was observed at 4 weeks (p = 0.028), but not thereafter. Significant improvements in sleep and anxiety were observed 4, 12 and 24 weeks after switching therapy (p < 0.05). No significant change in global cognitive scores was observed. Conclusions: Switching from efavirenz to rilpivirine based regimens in virologically suppressed PLWH without perceived CNS symptoms was well tolerated and slightly improved overall CNS symptoms

Coancestría de apellidos y linajes del cromosoma Y en el noroeste de Colombia: una herramienta útil para establecer migración entre poblaciones

Using Y chromosome genetic markers we studied the lineage composition and distribution in the most common surnames in 471 males from the municipality of Marinilla and its zone of influence, the municipality of Aranzazu (department of Caldas) and a group of samples from the general population of Medellin (Antioquia). Despite a variable rate of coancestry between surnames and Y-chromosome markers, we found a high similarity in the pattern of distribution of haplogroups/haplotypes/surnames between Marinilla and its zone of influence and Aranzazu, reinforcing the historical migration between these two regions. This similarity would indicate that in both populations may be circulating common genetic variants linked to human diseases.Por medio del análisis de marcadores genéticos del cromosoma Y, se estudió la composición de los linajes y su distribución en los apellidos más comunes en una muestra de 471 hombres provenientes del municipio de Marinilla (Antioquia) y su zona de influencia y del municipio de Aranzazu (Caldas), y en un grupo de muestras de la población general de Medellín. Además de encontrar una tasa variable de coancestría entre apellidos y linajes del cromosoma Y, también se detectó una gran similitud en el patrón de distribución de haplogrupos/haplotipos/apellidos entre Marinilla y su zona de influencia y Aranzazu, hallazgo que refuerza la idea de la migración histórica entre estas dos regiones. Esta similitud indicaría además que en las dos poblaciones pueden circular variantes genéticas comunes vinculadas a enfermedades humanas

Origen de la mutación G736A del gen Parkin en la población de Peque (noroccidente de Antioquia)

In a large family from Peque population (Antioquia), there have been found some individuals affected with juvenile Parkinson’s disease, due to the G736A mutation located in exon 6 of the PARK2 gene. As a result of the tri-ethnic composition of our mixed populations and that this mutation was reported in Spain, our goal was to find the origin of this mutation. We typified molecular markers on the Y chromosome in 132 unrelated individuals from the general population and 31 of the family; in addition the records of surnames in two periods were also analyzed. The mutation was exclusively found in families where only one haplotype was European (haplogroup P) named Valle, and one native haplotype (Q1a3a) named SalasG736A, the mutation carriers. The mutation G736A, joined by European founders (P) named Valle, increased its frequency due to a founder effect, internal growth and inbreeding in the family but not in the total population and it expanded in a Native American context (Q1a3a) named Salas.En una gran familia de la población de Peque (Antioquia) se hallaron individuos afectados por la enfermedad de Parkinson juvenil, debido a la mutación G736A localizada en el exón 6 del gen PARK2. Dada la composición triétnica de nuestraspoblaciones mestizas, y dado que esta mutación fue reportada en España, nuestro objetivo fue buscar su origen. Para ello, tipificamos con marcadores moleculares del cromosoma Y a 132 individuos no relacionados de la población general y a 31 de la familia, además con registros de apellidos en dos periodos diferentes. La mutación solo se encontró en la familia en la que se dio un solo haplotipo europeo (haplogrupo P) de apellido Valle, y un solo haplotipo nativo (Q1a3a) de apellido Salas, portadores de la mutación G736A. La mutación G736A ingresó con fundadores europeos (P) de apellido Valle, aumentó su frecuencia debido a un efecto fundador, al crecimiento interno y a cruces endogámicos en la familia y no en la población total, y se expandió en un contexto amerindio (Q1a3a) de apellido Salas

Pain in people living with HIV and its association with healthcare resource use, well-being and functional status

Objective: We describe the prevalence of pain and its associations with healthcare resource utilisation and quality-of-life. Design: The POPPY Study recruited three cohorts: older PLWH (≥50 years, n = 699), younger demographically/lifestyle similar PLWH (<50 years, n = 374) and older demographically/lifestyle similar HIV-negative (≥50 years, n = 304) people from April 2013-February 2016. Methods: Current pain and pain-related healthcare use was collected via a self-reported questionnaire. Logistic regression assessed between-group differences in the prevalence of pain in the past month and current pain after controlling for potential confounders. Associations between current pain and healthcare resource use, reported joint problems, depressive symptoms, quality-of-life and functional status were assessed in PLWH using Mann-Whitney U and Chi-squared tests. Results: Pain in the past month was reported by 473/676 (70.0%) older PLWH, 224/357 (62.7%) younger PLWH and 188/295 (63.7%) older HIV-negative controls (p = 0.03), with current pain reported in 330 (48.8%), 134 (37.5%) and 116 (39.3%), respectively (p = 0.0007). Older PLWH were more likely to experience current pain, even after adjustment for confounders. Of those with pain in the past month, 56/412 (13.6%) had missed days of work or study due to pain, and 520 (59%) had seen a doctor about their pain. PLWH experiencing current painhad more depressive symptoms, poorer quality-of-life on all domains, and greater functional impairment, regardless of age group. Conclusions: Even in the effective ART era, pain remains common in PLWH and has a major impact on quality-of-life and associated healthcare and societal costs. Interventions are required to assist clinicians and PLWH to proactively manage pain

Variantes en los genes TNFA, IL6 e IFNG asociadas con la gravedad del dengue en una muestra de población colombiana

Introduction: The genetic makeup of the host contributes to the clinical profile of dengue. This could be due to the effect of variants in the genes encoding pro-inflammatory cytokines.Objective: To evaluate the association between the variants of three polymorphisms in TNFA, IL6 and IFNG candidate genes with dengue severity in a sample of Colombian population.Materials and methods: We evaluated the rs1800750, rs2069843, and rs2069705 polymorphisms in TNFA, IL6 and IFNG candidate genes, respectively, in 226 patients with dengue infection. The genotypes were typed using both polymerase chain reaction (PCR) and restriction fragment length polymorphism (RFLP). To determine the risk of different dengue phenotypes, we compared allele frequencies with chi-square and genotypes and haplotypes using logistic regression. Finally, these analyzes were adjusted with data from self-identification or the ancestral genetic component.Results: The A allele in the rs2069843 polymorphism, adjusted by self-identification, was associated with dengue hemorrhagic fever cases in Afro-Colombians. In the entire sample, this polymorphism, adjusted by the ancestral genetic component, was reproducible. In addition, there were significant associations between GGT and GAC allelic combinations of rs1800750, rs2069843, and rs2069705 in dengue hemorrhagic fever patients, with and without adjustment by ancestral genetic component. Additionally, the AGC allelic combination produced 58.03 pg/ml of interleukin-6 more than the GGC combination, regardless of European, Amerindian and African genetic components.Conclusions: The variants of GGT and GAC polymorphisms of rs1800750, rs2069843, and rs2069705 in the TNFA, IL6 and IFNG genes, respectively, were correlated with the susceptibility to dengue severity in a sample of Colombian population.Introducción. La composición genética del huésped determina, entre otros aspectos, el perfil clínico del dengue, lo cual se debería al efecto de variantes en los genes que codifican citocinas proinflamatorias.Objetivo. Evaluar la asociación entre las variantes de tres polimorfismos en los genes candidatos TNFA, IL6 e IFNG con la gravedad del dengue en una población colombiana.Materiales y métodos. Se evaluaron los polimorfismos rs1800750, rs2069843 y rs2069705 de los genes TNFA, IL6 e IFNG, respectivamente, en 226 pacientes con dengue. Los genotipos se tipificaron usando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y los polimorfismos de la longitud de los fragmentos de restricción (Restriction Fragment Length Polymorphism, RFLP). Para determinar el riesgo de diferentes fenotipos del dengue, se compararon las frecuencias alélicas con la prueba de ji al cuadrado, y los genotipos y los haplotipos, con regresión logística. Por último, los análisis se ajustaron utilizando datos de autoidentificación o del componente genético ancestral.Resultados. El alelo A del rs2069843, ajustado por autoidentificación, se asoció con casos de dengue hemorrágico en afrocolombianos. En la muestra completa, dicho polimorfismo, ajustado por componente genético ancestral, fue reproducible. Además, hubo asociaciones significativas entre las combinaciones alélicas GGT y GAC de los rs1800750, rs2069843 y rs2069705 en pacientes con dengue hemorrágico, con ajuste por componente genético ancestral y sin él. Además, la combinación alélica AGC produjo 58,03 pg/ml más de interleucina 6 que la GGC, independientemente de los componentes genéticos europeo, amerindio y africano.Conclusión. Las variantes de los polimorfismos GGT y GAC de los rs1800750, rs2069843 y rs2069705 en los genes TNFA, IL6 e IFNG, respectivamente, se correlacionaron con la gravedad del dengue en esta muestra de población colombiana

Resumen del taller sobre el uso de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para distinguir entre Trypanosoma cruzi y tripanosoma rangeli

This workshop on the use of the polymerase chain reaction (PCR) to detect and differentiate T. cruziand T. rangeli had as its main purpose the transfer of this technology to laboratories in Colombia. To demonstrate this technique, we used clinical samples or isolates obtained from endemic areas of Colombia. In order to evaluate the possible effect of different culture media components on the sensitivity of PCR, analyses were performed on trypanosomes that were grown in different culture media. The DNA was extracted from these cells by boiling, Geneclean, and hypotonic Iysis. The DNA was amplified using a conserved 22 synthetic oligonucleotide sequence within the tandemly repeated mini-exon gene from T. cruzi and T. rangel;. The two organisms were distinguished by the electrophoretic mobilities of their respective amplification products. The confirmation of the identity of the PCR products was obtained using species-specific probes from intergenic regions. Hybridisation was visualised by the NBT colour reaction. From a total of 28 samples analysed, 17 identifications were in agreement with their prior identification. From 5 unknown samples, three were identified as T. rangeli and two as mixed infections. We obtained only two ambiguous identificationscaused by contamination in samples or PCR reaction. Only two samples could not be identified by PCR because of DNA extraction problems. The results from this workshop support the potential of the PCR technique as a usefuI additional tool for the detection and diagnosis of Chagas' disease in Colombia.Este taller se realizó con el propósito de transferir la tecnología de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para la detección de T. cruzi y T. rangeli a laboratorios en Colombia involucrados en el diagnóstico y estudios epidemiológicos de la enfermedad de Chagas. Para demostración de la técnica se utilizaron muestras clínicas y epidemiológicas de áreas endémicas colombianas. En los ensayos se emplearon muestras de tripanosomas provenientes de diferentes medios de cultivo para evaluar el posible efecto de los componentes de estos medios sobre la sensibilidad del PCR. Se hizo extracción de ADN utilizando los métodos de ebullición, lisis hipotónica y geneclean. El ADN se amplificó utilizando oligonucleótidos sintéticos, correspondientes a una secuencia conservada de 22 nucleótidos dentro de un gen mini-exón. Los dos organismos fueron distinguidos por las movilidades electroforéticas de sus respectivos productos de amplificación, confirmando su identidad con sondas intergénicas específicas de especie, marcadas con digoxigenina dUTP. La hibridación se visualizó con la reacción de color del NBT. De un total de 28 muestras analizadas, se lograron 17 identificaciones que coincidieron con la clasificación original. De cinco muestras desconocidas, tres fueron identificadas como T. rangeli y dos como infecciones mixtas. Se presentaron resultados ambiguos en dos muestras, ocasionados por contaminación en el PCR. Solamente dos muestras no se pudieron identificar mediante PCR por problemas en la extracción del ADN de la muestra. Teniendo en cuenta estos resultados preliminares se abre la posibilidad de utilizar esta técnica como una herramienta útil o método adicional a las técnicas de rutina para detectar y diagnosticar la enfermedad de Chagas en Colombia