Genomic Characterization of Cyanophage vB_AphaS-CL131 Infecting Filamentous Diazotrophic Cyanobacterium Aphanizomenon flos-aquae Reveals Novel Insights into Virus-Bacterium Interactions

While filamentous cyanobacteria play a crucial role in food web dynamics and biogeochemical cycling of many aquatic ecosystems around the globe, the knowledge regarding the phages infecting them is limited. Here, we describe the complete genome of the virulent cyanophage vB_AphaS-CL131 (here, CL 131), a Siphoviridae phage that infects the filamentous diazotrophic bloom-forming cyanobacterium Aphanizomenon flos-aquae in the brackish Baltic Sea. CL 131 features a 112,793-bp double-stranded DNA (dsDNA) genome encompassing 149 putative open reading frames (ORFs), of which the majority (86%) lack sequence homology to genes with known functions in other bacteriophages or bacteria. Phylogenetic analysis revealed that CL 131 possibly represents a new evolutionary lineage within the group of cyanophages infecting filamentous cyanobacteria, which form a separate cluster from phages infecting unicellular cyanobacteria. CL 131 encodes a putative type V-U2 CRISPR-Cas system with one spacer (out of 10) targeting a DNA primase pseudogene in a cyanobacterium and a putative type II toxin-antitoxin system, consisting of a GNAT family N-acetyltransferase and a protein of unknown function containing the PRK09726 domain (characteristic of HipB antitoxins). Comparison of CL 131 proteins to reads from Baltic Sea and other available fresh- and brackish-water metagenomes and analysis of CRISPR-Cas arrays in publicly available A. flos-aquae genomes demonstrated that phages similar to CL 131 are present and dynamic in the Baltic Sea and share a common history with their hosts dating back at least several decades. In addition, different CRISPR-Cas systems within individual A. flos-aquae genomes targeted several sequences in the CL 131 genome, including genes related to virion structure and morphogenesis. Altogether, these findings revealed new genomic information for exploring viral diversity and provide a model system for investigation of virus-host interactions in filamentous cyanobacteria. IMPORTANCE The genomic characterization of novel cyanophage vB_AphaS-CL131 and the analysis of its genomic features in the context of other viruses, metagenomic data, and host CRISPR-Cas systems contribute toward a better understanding of aquatic viral diversity and distribution in general and of brackish-water cyanophages infecting filamentous diazotrophic cyanobacteria in the Baltic Sea in particular. The results of this study revealed previously undescribed features of cyanophage genomes (e.g., self-excising intein-containing putative dCTP deaminase and putative cyanophage-encoded CRISPR-Cas and toxin-antitoxin systems) and can therefore be used to predict potential interactions between bloom-forming cyanobacteria and their cyanophages.Peer reviewe

Puusta pidemmälle:Määrästä arvoon

Kotimaan vihreästä kullasta valmistetuista tuotteista saadaan monia tuotteita kiertotalouden avulla. Olemme kehittäneet uutta, puumateriaaleihin pohjautuvaa liiketoimintaa yhdessä yritysten, tutkimuslaitosten ja koulutusorganisaatioiden kanssa. Olemme hypänneet puusta pidemmälle – määrästä arvoon.Hankkeessa olemme luoneet metsäalalle uusia työkaluja ja toimintamalleja, joiden avulla puutuotteiden laatu korvaa määrän.Kiertotaloudessa puusta valmistetaan mahdollisimman pitkäikäisiä tuotteita, joita voidaan hyödyntää moneen kertaan ja siten luoda samalle puumateriaalille taloudellista arvoa yhä uudelleen ja uudelleen. Nykyään jätteeksi päätyvä puuaines hyödynnetäänkin jatkossa kestävästi uusien tuotteiden valmistamiseen. Puutuotteisiin voidaan lisätä myös aineetonta arvoa digitaalisten teknologioiden ja palveluiden avulla.Hankkeessa testattiin nopean kokeilun ja innovoinnin työpajamallia, jonka avulla metsäalan yritykset, muotoilijat ja markkinoijat kehittivät yhdessä uusia liikeideoita puutuotteille. Hankkeen aikana tutkittiin myös puutuotteiden kiertotalouden edistämismahdollisuuksia, toteutettiin puutuotteiden elinkaarilaskuri, tutkittiin digitalisaation mahdollisuuksia, sekä suunniteltiin ja testattiin kiertotalouden markkinointikonseptia kaikkien yritysten käyttöön.Lisäksi hankkeessa mukana olevat yritykset kehittivät yhdessä teknologiaa uudella tavalla hyödyntäviä puupohjaisia tuotteitaan. Tavoitteena on ollut luoda uutta, kiertotalouden mukaista liiketoimintaa Suomeen ja edistää samalla Suomen kansainvälistä kilpailukykyä.Hankkeen ajankohta: 4.5.2018-15.10.201

Rite : identiteetti ja visuaalinen ilme

Opinnäytetyön aiheena oli suomalaisen start-up-yrityksen Rite-palvelun identiteetti ja visuaalisen ilmeen suunnittelu. Palvelua ei ole vielä keväällä 2020 lanseerattu opinnäytetyöprosessin aikana, joten työ keskittyy palvelun identiteetin rakentamiseen, ei palvelun toimintaan. Tutkimusosassa keskityttiin identiteetin rakentamisen teoriaan. Työpajoissa panostettiin kysymysten ja tehtävien suunnitteluun ja toteutukseen sekä työpajan fasilitointiin. Suunnitteluvaihe jakaantui kahteen osaan, identiteetin luomiseen ja visuaalisen ilmeen suunnitteluun. Työpajoista saatujen tietojen avulla luotiin identiteetti, jota hiottiin yhdessä Riten perustajien kanssa. Visuaalinen ilme pohjautuu luotuun identiteettiin. Tavoitteena oli luoda palvelulle yhtenäinen ja aito identiteetti, joka heijastuu visuaalisessa ilmeessä sekä selkeyttää palvelun toiminnan kerronnallisuutta muun muassa visualisoinneilla. Lopputulokseksi luotiin identiteettikirja, joka toimii palvelun perustajille pohjana tulevaisuuden brändikäsikirjalle. Identiteettikirjaan koottiin muun muassa selvitys siitä, mikä palvelu on; mitkä ovat sen arvot ja ohjeistus visuaalisen ilmeen käytölle. Identiteettikirjan tarkoituksena on toimia tulevien työntekijöiden perehdytyksessä sekä graafisena ohjeistuksena yhteistyökumppaneille. Identiteettikirjan lisäksi visuaalisen ilmeen sovelluksia ovat käyntikortti, internetsivujen ilme ja PowerPoint-pohjat

Final report on ECOtronics research project carried out in Finland 2019-2022

ECOtronics ecosystem project’s vision was to support renewal of Finnish electronics and optics industry, to increase associated export, and to support development of sustainable electronics and optics throughout their lifecycles, motivated by the need to reduce harmful electronic waste

Final report on ECOtronics research project carried out in Finland 2019-2022

ECOtronics ecosystem project’s vision was to support renewal of Finnish electronics and optics industry, to increase associated export, and to support development of sustainable electronics and optics throughout their lifecycles, motivated by the need to reduce harmful electronic waste