Spatial selection of sparse pivots for similarity search in metric spaces

Similarity search is a fundamental operation for applications that deal with unstructured data sources. In this paper we propose a new pivot-based method for similarity search, called Sparse Spatial Selection (SSS). The main characteristic of this method is that it guarantees a good pivot selection more efficiently than other methods previously proposed. In addition, SSS adapts itself to the dimensionality of the metric space we are working with, without being necessary to specify in advance the number of pivots to use. Furthermore, SSS is dynamic, that is, it is capable to support object insertions in the database efficiently, it can work with both continuous and discrete distance functions, and it is suitable for secondary memory storage. In this work we provide experimental results that confirm the advantages of the method with several vector and metric spaces. We also show that the efficiency of our proposal is similar to that of other existing ones over vector spaces, although it is better over general metric spaces.Facultad de Informátic

Indexando texto en memoria secundaria

La próxima generación de administradores de bases de datos deberá ser capaz de indexar datos no estructurados (datos multimedia) y responder consultas sobre estos datos con tanta eficiencia como actualmente responden consultas de búsqueda exacta sobre bases de datos relacionales. Si bien existen numerosas técnicas de indexación diseñadas para esta problemática, mejorar la eficiencia de las mismas es de vital importancia. Nuestro ámbito de investigación es el estudio de índices eficientes para datos no estructurados.Eje: Bases de Datos y Minería de DatosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Indexando datos no estructurados

La próxima generación de administradores de bases de datos debería ser capaz de indexar datos no estructurados (datos multimedia) y responder consultas sobre estos datos con tanta eficiencia como actualmente responden consultas de búsqueda exacta sobre bases de datos relacionales. Si bien existen numerosas técnicas de indexación diseñadas para esta problemática, mejorar la eficiencia de las mismas es de vital importancia. Nuestro ámbito de investigación es el estudio de índices eficientes para datos no estructurados.Eje: Base de datos y minería de datosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Indexando datos no estructurados

La próxima generación de administradores de bases de datos debería ser capaz de indexar datos no estructurados (datos multimedia) y responder consultas sobre estos datos con tanta eficiencia como actualmente responden consultas de búsqueda exacta sobre bases de datos relacionales. Si bien existen numerosas técnicas de indexación diseñadas para esta problemática, mejorar la eficiencia de las mismas es de vital importancia. Nuestro ámbito de investigación es el estudio de índices eficientes para datos no estructurados.Eje: Base de datos y minería de datosRed de Universidades con Carreras en Informática (RedUNCI

Effect of β-Glucans in Diets on Growth, Survival, Digestive Enzyme Activity, and Immune System and Intestinal Barrier Gene Expression for Tropical Gar (Atractosteus tropicus) Juveniles

The application of β-1,3/1,6-glucan derived from yeast at five concentrations (0%, 0.5%, 1.0%, 1.5%, and 2.0%) in formulated diets was evaluated in juveniles for its effects on the growth, survival, digestive enzymatic activity, and expression of genes associated with the immune system (interlukin-10 (IL-10), transforming growth factor (TGF), occludin (OCC), mucin2 (MUC2), lysozyme (LYS), and nucleotide-binding and oligomerization domain 2 (NOD2)) in tropical gar (Atractosteus tropicus). For the experiment, three replicates of 30 fish per experimental unit (70 L) were cultivated for 62 days. The growth results showed no statistically significant differences in relation to weight and total length between treatments. The activity of digestive enzymes (alkaline proteases, trypsin, leucine aminopeptidase, and amylase) did not show significant differences between treatments, except for chymotrypsin activity, where fish fed 1.0% and 1.5% of β-glucans showed higher activities compared with the rest of the treatments. On the other hand, the analysis of gene expression did not show significant differences between treatments, although a tendency of increase in the expression of IL-10, TGF, MUC2, and OCC was observed with an addition of 1.5% of the prebiotic, but there was a decrease in the fish fed with 2% of the prebiotic. It is possible to include concentrations of between 0.5% and 1.5% of β-glucans in the diets for A. tropicus, with no detectable adverse effects on growth, survival, digestive enzyme activity, or specific gene expression. β-glucan 1,3/1,6 added at 1.0% and 1.5% in the diet significantly increases chymotrypsin activity.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Cronología de las ocupaciones arqueológicas del área Los Antiguos-Monte Zeballos y Paso Roballos (NO de Santa Cruz)

Algunas secuencias arqueológicas del Holoceno medio y tardío del N.O. de Santa Cruz muestran discontinuidades temporales de cierta magnitud, de varias centurias o milenios, en la ocupación de algunos lugares destacados. Esto vale también para el Holoceno temprano aunque aquí nos concentraremos en los periodos más recientes. Estas discontinuidades pueden tener validez local o regional y ser el resultado de períodos de abandono de distinta duración. Estos aparentes vacíos ocupacionales podrían obedecer a problemas de muestreo: sitios con ocupaciones aún no detectadas o a ocupaciones aún no datadas. No obstante, esto sirve para destacar que aún desconocemos en qué medida estas zonas fueron sucesivamente exploradas y ocupadas de manera continua, o cual fue su papel como vías de circulación. Dado que para estos momentos se acepta un aumento de población (Borrero 2004), problematizar el tema de la continuidad en la ocupación de los espacios conforma un complemento para ampliar discusiones planteadas en trabajos de síntesis recientes para Patagonia (Borrero 2004; Miotti y Salemme 2005). De esta manera, también se aporta conocimiento para la comprensión de procesos culturales de corta y larga duración y su correlato arqueológico en diferentes escalas espaciales.Publicación original en CD-ROM.Facultad de Ciencias Naturales y Muse

Cronología de las ocupaciones arqueológicas del área Los Antiguos-Monte Zeballos y Paso Roballos (NO de Santa Cruz)

Algunas secuencias arqueológicas del Holoceno medio y tardío del N.O. de Santa Cruz muestran discontinuidades temporales de cierta magnitud, de varias centurias o milenios, en la ocupación de algunos lugares destacados. Esto vale también para el Holoceno temprano aunque aquí nos concentraremos en los periodos más recientes. Estas discontinuidades pueden tener validez local o regional y ser el resultado de períodos de abandono de distinta duración. Estos aparentes vacíos ocupacionales podrían obedecer a problemas de muestreo: sitios con ocupaciones aún no detectadas o a ocupaciones aún no datadas. No obstante, esto sirve para destacar que aún desconocemos en qué medida estas zonas fueron sucesivamente exploradas y ocupadas de manera continua, o cual fue su papel como vías de circulación. Dado que para estos momentos se acepta un aumento de población (Borrero 2004), problematizar el tema de la continuidad en la ocupación de los espacios conforma un complemento para ampliar discusiones planteadas en trabajos de síntesis recientes para Patagonia (Borrero 2004; Miotti y Salemme 2005). De esta manera, también se aporta conocimiento para la comprensión de procesos culturales de corta y larga duración y su correlato arqueológico en diferentes escalas espaciales.Publicación original en CD-ROM.Facultad de Ciencias Naturales y Muse

The multispecies microbial cluster of Fusobacterium, Parvimonas, Bacteroides and Faecalibacterium as a precision biomarker for colorectal cancer diagnosis

[Abstract] The incidence of colorectal cancer (CRC) has increased worldwide, and early diagnosis is crucial to reduce mortality rates. Therefore, new noninvasive biomarkers for CRC are required. Recent studies have revealed an imbalance in the oral and gut microbiomes of patients with CRC, as well as impaired gut vascular barrier function. In the present study, the microbiomes of saliva, crevicular fluid, feces, and non-neoplastic and tumor intestinal tissue samples of 93 CRC patients and 30 healthy individuals without digestive disorders (non-CRC) were analyzed by 16S rRNA metabarcoding procedures. The data revealed that Parvimonas, Fusobacterium, and Bacteroides fragilis were significantly over-represented in stool samples of CRC patients, whereas Faecalibacterium and Blautia were significantly over-abundant in the non-CRC group. Moreover, the tumor samples were enriched in well-known periodontal anaerobes, including Fusobacterium, Parvimonas, Peptostreptococcus, Porphyromonas, and Prevotella. Co-occurrence patterns of these oral microorganisms were observed in the subgingival pocket and in the tumor tissues of CRC patients, where they also correlated with other gut microbes, such as Hungatella. This study provides new evidence that oral pathobionts, normally located in subgingival pockets, can migrate to the colon and probably aggregate with aerobic bacteria, forming synergistic consortia. Furthermore, we suggest that the group composed of Fusobacterium, Parvimonas, Bacteroides, and Faecalibacterium could be used to design an excellent noninvasive fecal test for the early diagnosis of CRC. The combination of these four genera would significantly improve the reliability of a discriminatory test with respect to others that use a single species as a unique CRC biomarker.The authors want to appreciate the good disposition of all the CRC patients for collaborating with us. We would like to thank Gema Carro Díaz and Montserrat Ingelmo Sánchez for their assistance during patients' recruitment time and also during tissue sample collection. This work would not be possible without the support of professionals from the Microbiology, Surgery, Pathology and Oncology Services and Biobank of CHUAC (Spain). The present study received funding from the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), Spain, through the project PI20/00413, cofunded by the European Union (EU) to MP. The whole work has been also supported by the project RTI2018-102032-B-I00 from the Spanish Ministry of Science and Innovation to AM and by CIBER INFEC ISCIII (CB21/13/00055) to GB and MP Biobank of A Coruña was supported by ISCIII-Fondos FEDER (EU) by grant PT20/00128. KC-P was financially supported by the Spanish Association against Cancer (AECC). EB was supported by a grant from the Spanish Ministry of Science and Innovation PRE2019-088126. SL and EM-DA were supported by grants from GAIN (Xunta de Galicia, Spain) with references ED431C 2021/53 and ED431G 2019/01.Xunta de Galicia; ED431C 2021/53Xunta de Galicia; ED431G 2019/0

Parvimonas micra can translocate from the subgingival sulcus of the human oral cavity to colorectal adenocarcinoma

[Abstract] Oral and intestinal samples from a cohort of 93 colorectal cancer (CRC) patients and 30 healthy controls (non-CRC) were collected for microbiome analysis. Saliva (28 non-CRC and 94 CRC), feces (30 non-CRC and 97 CRC), subgingival fluid (20 CRC), and tumor tissue samples (20 CRC) were used for 16S metabarcoding and/or RNA sequencing (RNAseq) approaches. A differential analysis of the abundance, performed with the ANCOM-BC package, adjusting the P-values by the Holm-Bonferroni method, revealed that Parvimonas was significantly over-represented in feces from CRC patients (P-value < 0.001) compared to healthy controls. A total of 11 Parvimonas micra isolates were obtained from the oral cavity and adenocarcinoma of CRC patients. Genome analysis identified a pair of isolates from the same patient that shared 99.2% identity, demonstrating that P. micra can translocate from the subgingival cavity to the gut. The data suggest that P. micra could migrate in a synergistic consortium with other periodontal bacteria. Metatranscriptomics confirmed that oral bacteria were more active in tumor than in non-neoplastic tissues. We suggest that P. micra could be considered as a CRC biomarker detected in non-invasive samples such as feces.The present authors want to thank all the cancer patients of the University Hospital of A Coruña for participating in this study, collaborating with us despite their health problems. We warmly want to thank Gema Carro Díaz and Montserrat Ingelmo Sánchez (surgical service nurses of HUAC) for their support during patient's recruitment time and also with sample collection. Moreover, we want to appreciate the valuable assistance received in anaerobic culturing by David Velasco Fernández (microbiologist) and Ana María Fernández Liñares (technician), and in FFPE samples processing by the pathology service technicians: Diego Barco Díaz, Cristina Vázquez Costa and Ana María Mejuto Rial. This work would not be possible without all the professionals of the Microbiology, Surgery, Pathology and Oncology services and Biobank from CHUAC who support this microbiome and cancer research project. This study has been funded by Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) through the project PI20/00413 and co-funded by the European Union to MP. The work has been also supported by the project RTI2018-102032-B-I00 from the Spanish Ministry of Science and Innovation to AM and by the CIBER INF ISCIII (CB21/13/00055) to GB and MP. Biobank of University Hospital Complex of A Coruña was supported by Instituto de Salud Carlos III – Fondos FEDER (EU) by grant PT20/00128. K. Conde-Pérez was financially supported with a predoctoral fellowship by the Asociación Española Contra el Cáncer (AECC). E. Buetas is supported by a grant from the Spanish Ministry of Science and Innovation with the reference PRE2019-088126. S. Ladra, E. Martin-De Arribas and Iago Iglesias-Corrás are supported by grants from GAIN (Xunta de Galicia, Spain) with references ED431C 2021/53 and ED431GXunta de Galicia; ED431C 2021/53Xunta de Galicia; ED431

1ª Jornada PhDay Complutense Bellas Artes

Esta publicación está constituida por los artículos surgidos de la 1ª Jornada de Presentaciones PhDay Complutense que tuvieron lugar en la Sala Multiusos de la Facultad de Bellas Artes el 11 de diciembre de 2017. La iniciativa surgió de la Escuela de Doctorado de la Universidad Complutense (EDUCM), dependiente del Vicerrectorado de Política Científica, Investigación y Doctorado, en colaboración con el Vicerrectorado de Estudiantes, teniendo una gran acogida en numerosas facultades de la UCM. Las comunicaciones que se realizaron durante la jornada de Bellas Artes, divididas en formatos de presentación oral y póster, dan cuenta de la diversidad de campos de estudio que alberga la investigación artística en la actualidad. Los artículos de este volumen plantean un completo panorama de las disciplinas integradas en la facultad: diseño, bellas artes, conservación y restau-ración, audiovisuales, teoría e historia del arte, sociología o nuevos medios tecnológicos. Todo ello estuvo coordinado por un comité organizador compuesto por estudiantes de doctorado del propio programa de la Facultad de Bellas Artes y cada presentación recibió la opinión de un jurado constituido por reconocidos profesores del centro y un profesor externo experto en investigación. El buen ambiente y la considerable asistencia de público al acto reflejan el interés que suscita la investigación artística y lo pertinente y necesario de su estudio en la sociedad actual