Propagação de vírus informáticos baseada em modelos biológicos

A evolução digital proporcionou às sociedades uma facilidade extraordinária de comunicação. Com o número crescente de computadores e o aumento de acessos à internet, surgiu uma nova forma de criminologia, que cresceu em paralelo com o número de utilizadores. Desta forma, tornou-se comum a criação e difusão de vírus informáticos pelos chamados hackers. Neste trabalho estudam-se modelos de transmissão de vírus informáticos, usando modelos epidemiológicos. Começa-se por fazer uma revisão dos modelos existentes na literatura, de seguida sugerem-se alterações a esses modelos de forma a conseguir uma melhor aproximação à dinâmica real de transmissão de vírus informáticos. As simulações numéricas dos modelos permitem-nos inferir de que uma forma de controlar a transmissão de vírus informáticos é a diminuição da taxa de infeção, isto é, da taxa de transmissão do vírus. No último capítulo enumeram-se as conclusões do trabalho efetuado e indicam-se direções de trabalho futuro.The digital evolution in the last decades has provided extraordinary communications facilities. With the increasing number of computers and internet access, a new form of criminology has emerged, which grew in parallel with the number of users. In this way, it became common the creation and dissemination of computer viruses by the so-called hackers. This work studies models for computer viruses transmission, based on epidemiological models. We start by doing a review of the existing models in the literature, then suggest changes to these models, in order to get a better approximation to the real dynamics of transmission of computer viruses. The numerical simulations of the models allow us to infer that a way to control the transmission of computer viruses is to decrease the infection rate, i.e. the rate of transmission of the virus. In the last chapter, we list the findings of the work carried out and suggest directions of future work

Iron Metabolism: From Health to Disease

Background Iron is vital for almost all living organisms by participating in a wide range of metabolic processes. However, iron concentration in body tissues must be tightly regulated since excessive iron may lead to microbial infections or cause tissue damage. Disorders of iron metabolism are among the most common human diseases and cover several conditions with varied clinical manifestations. Methods An extensive literature review on the basic aspects of iron metabolism was performed, and the most recent findings on this field were highlighted as well. Results New insights on iron metabolism have shed light into its real complexity, and its role in both healthy and pathological states has been recognized. Important discoveries about the iron regulatory machine and imbalances in its regulation have been made, which may lead in a near future to the development of new therapeutic strategies against iron disorders. Besides, the toxicity of free iron and its association with several pathologies has been addressed, although it requires further investigations. Conclusion This review will provide students in the fields of biochemistry and health sciences a brief and clear overview of iron physiology and toxicity, as well as imbalances in the iron homeostasis and associated pathological conditions

Webpaper: más perguntas e boas respostas : a arte de interrogar

Neste documento apresentamos o conceito de WebPaper, a resposta a um conjunto de questões de vários graus de dificuldade usando como recurso base a Internet. Em primeiro lugar é discutido o conceito de WebPaper e o tipo de questões que são colocadas. Em seguida são descritas as experiências já realizadas e em que contextos. Finalmente, apresentamos uma framework para a ajuda na realização de WebPapers.In this document we present the concept of WebPaper, a question-answering contest for humans using the Internet as a resource. First, we discuss the concept of WebPaper and the kind of questions used. Second, we describe the experiments permorfed and their contexts. Finally, we present a framework for the creation of WebPapers

Development of an information retrieval tool for biomedical patents

Supplementary material associated with this article can be found, in the online version, at doi: 10.1016/j.cmpb.2018.03.012 .Background and objective. The volume of biomedical literature has been increasing in the last years. Patent documents have also followed this trend, being important sources of biomedical knowledge, technical details and curated data, which are put together along the granting process. The field of Biomedical text mining (BioTM) has been creating solutions for the problems posed by the unstructured nature of natural language, which makes the search of information a challenging task. Several BioTM techniques can be applied to patents. From those, Information Retrieval (IR) includes processes where relevant data are obtained from collections of documents. In this work, the main goal was to build a patent pipeline addressing IR tasks over patent repositories to make these documents amenable to BioTM tasks. Methods. The pipeline was developed within @Note2, an open-source computational framework for BioTM, adding a number of modules to the core libraries, including patent metadata and full text retrieval, PDF to text conversion and optical character recognition. Also, user interfaces were developed for the main operations materialized in a new @Note2 plug-in. Results. The integration of these tools in @Note2 opens opportunities to run BioTM tools over patent texts, including tasks from Information Extraction, such as Named Entity Recognition or Relation Extraction. We demonstrated the pipelines main functions with a case study, using an available benchmark dataset from BioCreative challenges. Also, we show the use of the plug-in with a user query related to the production of vanillin. Conclusions. This work makes available all the relevant content from patents to the scientific community, decreasing drastically the time required for this task, and provides graphical interfaces to ease the use of these tools.This work is co-funded by the Programa Operacional Re- gional do Norte, under the “Portugal2020”, through the Euro- pean Regional Development Fund ( ERDF ), within project SISBI- Ref a NORTE-01-0247-FEDER-003381 . This study was also supported by the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) under the scope of the strategic funding of UID/BIO/04469/2013 unit and COMPETE 2020 (POCI-01- 0145-FEDER-00 6 684) and BioTecNorte operation (NORTE-01-0145- FEDER-0 0 0 0 04) funded by European Regional Development Fund under the scope of Norte2020 - Programa Operacional Regional do Norte.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Estudo da macrofauna bentónica em zonas de dragagem e deposição de dragados associadas ao desenvolvimento portuário

Mestrado em Ecologia AplicadaNas regiões costeiras, os transportes marítimos exigem frequentemente trabalhos de dragagens e deposição de dragados realizados como resposta ao assoreamento natural ou derivado das atividades antropogénicas. Estudos apontam que o impacto das dragagens nas comunidades bentónicas pode resultar numa redução de 40% a 95% da abundância e de 30% a 70% da biomassa das espécies. Este trabalho teve como objetivo geral avaliar o efeito de dragagens e deposição de dragados associados ao funcionamento do Porto e da Barra de Aveiro sobre as comunidades bentónicas. Os trabalhos de acompanhamento da evolução sedimentar e batimétrica e das alterações da comunidade bentónica ocorreram durante cinco anos. Os dados referentes à comunidade bentónica foram obtidos em transetos com cinco locais por transeto e cinco réplicas por local em 2010, junho e novembro de 2013 e 2015. Os índices biológicos foram calculados por réplicas e em seguida obtida as médias para cada local. Foram realizadas análises de ordenação nMDS para identificar e caracterizar os locais com maior afinidade e ainda observar padrões de distribuição das espécies. Os testes de hipótese comparando a granulometria de junho de 2013 e fevereiro de 2015 e junho e novembro de 2013 foram realizadas recorrendo ao teste de hipótese PERMANOVA +. O mesmo teste foi utilizado com os dados biológicos para ver se houve diferenças entre as campanhas de junho e novembro de 2013 e entre as áreas de estudo de cada campanha. As espécies com maior ocorrência neste estudo foram Mediomastus fragilis, Lanice conchilega e Donax vittatus nas campanhas de dezembro de 2010 e junho de 2013, Pisione remota e Donax vittatus na campanha de novembro de 2013 e Diogenes pugilator e Nephtys cirrosa na campanha de 2015. As comparações múltiplas indicaram que a área dragada foi significativamente diferente entre essas campanhas de 2013, tanto para os dados granulométricos como para os dados biológicos, com a área dragada significativamente diferente das áreas de deposição de dragados e controlo em ambas as campanhas comparadas. A comunidade bentónica na área de estudo é característica de ambientes com forte hidrodinamismo e, de modo geral, corresponde às comunidades descritas em outros trabalhos realizados na região de Aveiro e na costa portuguesa. O desenho experimental utilizado nas campanhas de amostragem não permitiu afirmar com clareza que as alterações ocorridas na comunidade da área dragada foram causadas pela dragagem, sendo necessário padronizar as amostragens.In coastal regions, maritime transport often requires dredging and dredged disposal operations in response to natural sedimentation or derived from anthropogenic activities. Studies indicate that the impact of dredging in benthic communities can result in a 40-95% reduction in abundance and 30-70% reduction in biomass. The general purpose of this work was to evaluate the effect of dredging and dredged disposal associated to the operation of the bar and the Port of Aveiro on the benthic communities. The work to monitor the sedimentary and bathymetric evolution and changes in the benthic community occurred during five years. Data on the benthic community were obtained in transects with five sites per transept and five replicates per site in 2010, June and November 2013 and 2015. Biological indices were calculated by replicates and then averaged for each location. nMDS analysis were performed to identify and characterize the sites with the highest affinity and to observe patterns of distribution of the species. The hypothesis tests comparing the granulometry of June 2013 and February 2015 and June and November 2013 were performed using the PERMANOVA + hypothesis test. The same test was performed with the biological data to see if there were differences between June and November of 2013 campaign and between the study areas of each campaign. The species with the highest occurrence in this study were Mediomastus fragilis, Lanice conchilega and Donax vittatus in the December 2010 and June 2013 campaigns, Pisione remota and Donax vittatus in the November 2013 campaign and Diogenes pugilator and Nephtys cirrosa in the 2015 campaign. Multiple comparisons indicated that the dredged area was significantly different between these 2013 campaigns for both the grain size data and the biological data, with the dredged area significantly different from the dredged disposal and control areas in both compared campaigns. The benthic community in the study area is characteristic of environments with strong hydrodynamism and, in general, corresponds to the communities described in other studies carried out in the region of Aveiro and the Portuguese coast. The experimental design used in the sampling campaigns did not allow to state clearly that the alterations occurred in the community of the dredged area were caused by dredging, and it is necessary to standardize the samplings

BioTMPy: a Deep Learning-based tool to classify biomedicalliterature

Over the last few decades, the publication rate has been massively increasing, resulting in a huge number of available scientific documents, which consequently makes the search of relevant information for a certain topic a heavy and time-consuming task. Biomedical Text Mining has been addressing this problem for a while, but there is still space for improvements. For instance, PubMed, which contains now more than 32 million citations, has only recently implemented a machine learning model to improve document ranking, and is still trying to improve their system by implementing a Deep Learning model, needing for now further studies. Following this line of thought, a deep learning-based tool named BioTMPy was developed to facilitate the search of relevant documents. BioTMPy is divided into separate modules that ease distinct processes of a document relevance pipeline. More precisely, modules to load datasets in different formats, convert them into distinct data structures, perform data analysis, and implement several deep learning models with their associated methods to perform hyperparameter optimization, cross validation, etc. Additionally, the package provides some examples on how to integrate all the modules together to perform a complete pipeline for document relevance. To validate the developed pipelines, BioTMPy was later applied on a BioCreatives challenge from 2019. This challenge addressed the search of relevant documents for the topic of mining protein interactions and mutations for precision medicine. With a comparison between different pretrained embeddings, BioWordVec seemed to show on this data a slightly better performance over GloVe, pubmed_pmc and pubmed_ncbi. Additionally, a model with a pre-trained BERT model (BioBERT) and a Bi-LSTM managed to surpass the best challenges submission with a difference of 7.25% for average precision and 3.15% for the f1-score. In addition, a web service was implemented to provide an effortless use of the developed model, allowing a user to order documents by relevance regarding the topic mentioned above. This means that, after gathering a corpus, one can use BioTMPy to develop a pipeline to retrieve the most relevant documents for a certain topic and consequently make it available to the public.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Relatório de estágio pedagógico desenvolvido na escola secundária de Avelar Brotero junto da turma do 10º 2C no ano letivo de 2011/2012 : prevalência da obesidade e a intervenção na educação física : o modelo curricular fitness model e o desenvolvimento da aptidão física utilizando os jogos reduzidos

Relatório de estágio do mestrado em Ensino da Educação Física nos Ensinos Básico e Secundário, apresentado à Faculdade de Ciências do Desporto e Educação Física da Universidade de CoimbraNa salvaguarda conceptual do presente documento é emergente apresentar e elucidar a estrutura do documento e sua relação hierárquica categorizada. Na primeira segmentação poder-se-á verificar a estrutura de ensino, avaliação e intervenção adoptadas no presente ano letivo. Ressalve-se a explicitação das temáticas efetivamente basilares na discriminação da atividade de Professor Estagiário apresentando a concepção de expertise, o tipo de intervenção pedagógica assumida, as características da turma que influenciaram os estilos de ensino utilizados, as estratégias de ação definidas e os conteúdos valorizados como fundamentais para a evolução da turma. Apresenta-se destacada outra situação relacionada com o ensino dos conteúdos da disciplina a uma aluna com deficiência auditiva (i.e. surdez profunda). A segunda segmentação destina-se a apresentar um estudo prático e uma temática aplicada na turma no intuito de desenvolver um aspeto patente na caracterização da turma, a falta de conceito de prática de atividade física. Aludindo ao modelo de ensino do Fitness Education (McConnell, 2005) em congruência com o ensino dos desportos coletivos através do recurso a jogos reduzidos e com a monitorização do esforço nas aulas de Educação Física. Efetivamente, o ensino das modalidades desportivas coletivas considera-se importante, numa fase de aprendizagem, agrupar diferenciadas aplicações da prática fomentando o ensino dos conteúdos técnicos e táticos através do jogo, a introdução de constrangimentos que levem o aluno a concretizar as ações que se pretendem desenvolver verificando a aplicação de tomadas de decisão baseadas em processos inerentes ao jogo formal

A influência do estudo de saxofone com acompanhamento de play along nas competências musicais

O presente trabalho pretende avaliar e mostrar os resultados de melhoramento das competências musicais através do estudo de saxofone acompanhado por play along. Numa primeira parte é apresentado o relatório de estágio e na segunda é apresentado o projeto educativo. Nesta investigação foram objeto de estudo quatro alunos de duas escolas diferentes com métodos de ensino completamente distintos. O objetivo principal era perceber se a utilização do play along é benéfica para o melhoramento das competências musicais dos estudantes de saxofoneThe present work intends to evaluate and to show the results of improvement of the musical competences through the study of saxophone accompanied by play along. In the first part, the internship report is presented and the second part presents the educational project. In this investigation were studied four students from two different schools with completely different teaching methods. The main objective was to see if the use of play along is beneficial for the improvement of the musical skills of the students of saxophoneMestrado em Ensino de Músic

Processo Criativo e Artístico de uma Animação 2D

O processo criativo e artístico de uma animação engloba várias fases, sendo que a pré-produção é uma das que mais condiciona o sucesso da obra, uma vez que é nela que todos os elementos que a compõem são concebidos e pensados previamente em detalhe. Este projeto descreve e explica o processo criativo e artístico de uma animação 2D intitulada Rúcus e Senhor Alfredo, nomeadamente a sua pré-produção. Pretende-se que este projeto seja o início daquilo que será uma web série, pelo que o trabalho desenvolvido refere-se ao primeiro episódio. Começa-se por apresentar a ideia inicial que originou a animação e por explicar como foi feito o desenvolvimento da mesma. De seguida, são apresentados o guião literário que resultou do desenvolvimento da ideia, bem como o visual design, onde estão inseridos o character design e o background design. Estes passos culminam depois no storyboard, ao qual foi dado grande importância neste processo de pré-produção, uma vez que é um dos elementos mais exaustivamente trabalhados. Apresenta-se ainda um rough animatic, que embora sendo apresentado como um work in progress, consegue dar ao animador uma ideia do ritmo em que a história se deve desenrolar. Assim, neste projeto conseguiu-se realizar a primeira e mais crítica fase dum processo criativo e artístico, a pré-produção. Pretende-se que o resultado deste trabalho seja completo o suficiente para que qualquer animador (mesmo que não esteja, à partida, ciente da história) possa proceder com segurança e clareza à animação da potencial web série Rúcus e Senhor Alfredo.The creative and artistic process of an animation encompasses several phases, being the pre-production one of them that most conditions the work’s success, since it is in it that all the elements that compose the animation are conceived and thought through previously in detail. This project describes and explains the creative and artistic process of a 2D animation entitled Rúcus e Senhor Alfredo, namely its pre-production. It is intended that this project will be the start of a web series, thus the work developed refers to the first episode. The project begins with the presentation of the initial idea that originated the animation and with the explanation of how it was further developed. Next, the literary script that resulted from the idea development is presented, as well as the visual design, where the character design and background design are included. These steps then culminate in the storyboard, to which a big importance was given in this pre-production process, since it is one of the most extensively worked elements. A rough animatic is still presented, which despite being a work in progress, manages to give the animator an idea of the pace to which the story should unfold. Therefore, in this project it was possible to accomplish the first and most critical phase of a creative process, the pre-production. It is intended that the result from this work is complete enough so that any animator (even if it is not aware of the story at the beginning) can proceed, being sure and having clarity, to the animation of the potential web series Rúcus e Senhor Alfredo