Evaluation and statistical optimization of a method for methylated cell-free fetal DNA extraction from maternal plasma

Purpose: Methylated cell-free fetal DNA (cffDNA) in maternal plasma can potentially be used as a biomarker for accurate noninvasive prenatal testing (NIPT) of fetal disorders. Recovery and purification of cffDNA are key steps for downstream applications. In this study, we aimed to developed and evaluated different aspects of an optimized method and compared its efficiency with common methods used for extraction of methylated cffDNA. Methods: Single factor experiments, Plackett-Burman (PB) design, and response surface methodology (RSM) were conducted for conventional Triton/Heat/Phenol (cTHP) method optimization. The total cell-free DNA (cfDNA) was extracted from pooled maternal plasma using the optimized method called the Triton/Heat/Phenol/Glycogen (THPG), cTHP method, a column-based kit, and a magnetic bead-based kit. In the next step, methylated cfDNA from the extracted total cfDNA was enriched using a methylated DNA immunoprecipitation (MeDIP) kit. Real-time quantitative polymerase chain reaction was performed on the RASSF1 gene and hyper region to determine the genomic equivalents per milliliter (GEq/ml) values of the methylated cfDNA and cffDNA, respectively. Results: The optimum values of the significant factors affecting cfDNA extraction from 200 μl of plasma were 3% SDS, 1% Triton X-100, 0.9 μg/μl glycogen, and 0.3 M sodium acetate. The GEq/ml values of methylated cffDNA extracted using the THPG method were significantly higher than for the tested extraction methods (p < 0.001). Conclusions: Our results indicate that the THPG method is more efficient than the other tested methods for extraction of low copy number methylated cffDNA from a small volume of maternal plasm

Evaluation of the neuroprotective effects of electromagnetic fields and coenzyme Q 10 on hippocampal injury in mouse

Electromagnetic fields (EMFs) are reported to interfere with chemical reactions involving free radical production. Coenzyme Q 10 (CoQ10) is a strong antioxidant with some neuroprotective activities. The purpose of this study was to examine and compare the neuroprotective effects of EMF and CoQ10 in a mouse model of hippocampal injury. Hippocampal injury was induced in mature female mice (25–30 g), using an intraperitoneal injection of trimethyltin hydroxide (TMT; 2.5 mg/kg). The experimental groups were exposed to EMF at a frequency of 50 Hz and intensity of 5.9 mT for 7 hr daily over 1 week or treated with CoQ10 (10 mg/kg) for 2 weeks following TMT injection. A Morris water maze apparatus was used to assess learning and spatial memory. Nissl staining and terminal deoxynucleotidyl transferase dUTP nick end labeling (TUNEL) tests were also performed for the histopathological analysis of the hippocampus. Antiapoptotic genes were studied, using the Western blot technique. The water maze test showed memory improvement following treatment with CoQ10 and coadministration of CoQ10 + EMF. The Nissl staining and TUNEL tests indicated a decline in necrotic and apoptotic cell count following treatment with CoQ10 and coadministration of CoQ10 + EMF. The Western blot study indicated the upregulation of antiapoptotic genes in treatment with CoQ10, as well as coadministration. Also, treatment with EMF had no significant effects on reducing damage induced by TMT in the hippocampus. According to the results, EMF had no significant neuroprotective effects in comparison with CoQ10 on hippocampal injury in mice. Nevertheless, coadministration of EMF and CoQ10 could improve the neuroprotective effects of CoQ1

The Discourse of Digital Dispossession: Paid Modifications and Community Crisis on Steam

This article is a chronicle and analysis of a community crisis in digital space that took place on Valve Corporation’s digital distribution platform, Steam. When Valve and Bethesda (publisher and developer of Skyrim) decided to allow mods to be sold by mod makers themselves, there ensued a community revolt against the commodification of leisure and play. I put this crisis of play and work in dialogue with Harvey’s concept of “accumulation by dispossession,” firmly placing it within a longer history of disruptive capital accumulation strategies. I then conduct a discourse analysis of community members on reddit, as they make sense of and come to terms with this process of dispossession. Arising in the discourse was not class consciousness per se, but instead a pervasive feeling of helplessness and frustration as games, play, and leisure began to feel like work

Characterization of the behavior of carotenoids from pitanga (Eugenia uniflora) and buriti (Mauritia flexuosa) during microemulsion production and in a dynamic gastrointestinal system

Uncommon tropical fruits are emerging as raw-material for new food products with health benefits. This work aimed at formulating and processing microemulsions from pitanga (Eugenia uniflora) and buriti (Mauritia flexuosa) fruits, since they are very rich in carotenoids (particularly lycopene and -carotene), in order to encapsulate and increase carotenoids bioaccessibility. Pitanga and buriti microemulsions were produced by applying a direct processing (high-speed homogenization at 15,000 rpm and ultrasound with 20 kHz probe at 40% amplitude) of the whole pulp together with surfactant (Tween 80 or Whey Protein Isolate at 2%) and corn oil (5%). All treatments (HSHUS for 04, 40, 44, 48 minmin) applied were able to increase the amount of carotenoid released. However, the processing also decreased the total amount of carotenoids in the whole pulp of studied fruits. The impact of processing during microemulsion production was not severe. The overall data suggest that the presence of surfactant and oil during processing may protect the carotenoids in fruits and microemulsions. Final recovery of total carotenoids, after passing the samples through a dynamic gastrointestinal system that simulates the human digestion, was higher for microemulsions than for whole pulps. High losses of total carotenoids in buriti and -carotene and lycopene in pitanga occurred during jejunum and ileum phases. The present work confirms that it is possible to increase -carotene and lycopene bioaccessibility from fruits by directly processing microemulsions (p<0.01).This work was supported by the São Paulo Research Foundation—FAPESP through research funding [Grant #2015/15507-9] and Ph.D. scholarship for Paulo Berni [Grant #2014/15119-6] and a Research Internships Abroad (BEPE) support [Grant #2016/13355-0]. The author Ana C. Pinheiro is recipient of a fellowship from the Portuguese Foundation for Science and Technology (FCT) [Grant SFRH/BPD/101181/2014]info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Digital orphans: Data closure and openness in patient- powered networks

This is the author accepted manuscript. The final version is available from Palgrave Macmillan via the DOI in this record.In this paper, we discuss an issue linked to data-sharing regimes in patient-powered, social-media-based networks, namely that most of the data that patient users share are not used to research scientific issues or the patient voice. This is not a trivial issue, as participation in these networks is linked to openness in data sharing, which would benefits fellow patients and contributes to the public good more generally. Patient-powered research networks are often framed as disrupting research agendas and the industry. However, when data that patients share are not accessible for research, their epistemic potential is denied. The problem is linked to the business models of the organisations managing these networks: models centred on controlling patient data tend to close networks with regard to data use. The constraint on research is at odds with the ideals of a sharing, open and supportive epistemic community that networks’ own narratives evoke. This kind of failure can create peculiar scenarios, such as the emergence of the ‘digital orphans’ of Internet research. By pointing out the issue of data use, this paper informs the discussion about the capacity of patient-powered networks to support research participation and the patient voice.We are indebted to the anonymous reviewers and the editor, who with their supportive and constructive comments helped us to better clarify and highlight the argument of the article. We would like to also thank friends and colleagues who have offered valuable comments and suggestions on early drafts of this paper. We would like to especially thank Barbara Prainsack, Sabina Leonelli, Alena Buyx, and David Teira. This research is funded by the European Research Council (ERC) under the European Union’s Seventh Framework Programme (FP7/2007–2013)/ERC grant agreement number 335925, and the German Federal Ministry of Education and Research (grant number 01GP1311

Gestión de la vida : políticas públicas y conflicto en el uso del territorio y los recursos naturales

Las (des)igualdades, sus orígenes y sus efectos han sido desde siempre una preocupación para la construcción de una política democrática, e incluso una prioridad, al menos así declarada, en las agendas de los Estados. El presente proyecto hace foco en aquellas leyes y políticas públicas que buscan intervenir en el particular campo de las desigualdades emergentes de los usos sociales y económicos del territorio y de los recursos naturales. Actualmente, las provincias de Catamarca, Córdoba y La Rioja, son tres escenarios escasamente estudiados en los que se han puesto en cuestión y desatado conflictos alrededor de la actividad minera y las normativas que la regulan. Precisamente es el objetivo de este proyecto analizar la definición de políticas públicas como momentos de visibilización de posiciones y discursividades en conflicto y entender la formulación de políticas públicas como instancias en que los gobiernos institucionalizan una definición sobre la (des)igualdad. Para ello desplegamos tres ejes de indagación: el análisis del dispositivo de regulación materializado en las decisiones gubernamentales; el esclarecimiento de las disputas entre distintos ámbitos institucionales; y el análisis de las prácticas de resistencia frente a las regulaciones instituidas. Para ello diseñamos una estrategia analítica diferenciada, donde para los primeros dos objetivos se utilizará la recolección documental (normativa) y las entrevistas en profundidad y el análisis de contenido como herramienta de análisis; y el tercer objetivo se ejecuta mediante la recolección de documentos producidos por las organizaciones y las entrevistas en profundidad y el análisis de discurso como técnica de interpretación.Fil: Ciuffolini, María Alejandra. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; ArgentinaFil: Avalle, Gerardo. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; ArgentinaFil: Ibaña, Griselda Beatriz. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; Argentin

Gestión de la vida : políticas públicas y conflicto en el uso del territorio y los recursos naturales

Las (des)igualdades, sus orígenes y sus efectos han sido desde siempre una preocupación para la construcción de una política democrática, e incluso una prioridad, al menos así declarada, en las agendas de los Estados. El presente proyecto hace foco en aquellas leyes y políticas públicas que buscan intervenir en el particular campo de las desigualdades emergentes de los usos sociales y económicos del territorio y de los recursos naturales. Actualmente, las provincias de Catamarca, Córdoba y La Rioja, son tres escenarios escasamente estudiados en los que se han puesto en cuestión y desatado conflictos alrededor de la actividad minera y las normativas que la regulan. Precisamente es el objetivo de este proyecto analizar la definición de políticas públicas como momentos de visibilización de posiciones y discursividades en conflicto y entender la formulación de políticas públicas como instancias en que los gobiernos institucionalizan una definición sobre la (des)igualdad. Para ello desplegamos tres ejes de indagación: el análisis del dispositivo de regulación materializado en las decisiones gubernamentales; el esclarecimiento de las disputas entre distintos ámbitos institucionales; y el análisis de las prácticas de resistencia frente a las regulaciones instituidas. Para ello diseñamos una estrategia analítica diferenciada, donde para los primeros dos objetivos se utilizará la recolección documental (normativa) y las entrevistas en profundidad y el análisis de contenido como herramienta de análisis; y el tercer objetivo se ejecuta mediante la recolección de documentos producidos por las organizaciones y las entrevistas en profundidad y el análisis de discurso como técnica de interpretación.Fil: Ciuffolini, María Alejandra. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; ArgentinaFil: Avalle, Gerardo. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; ArgentinaFil: Ibaña, Griselda Beatriz. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; Argentin

La construcción política de la desigualdad : Pobreza y Sexualidad en las políticas públicas de la Provincia de Córdoba

El proyecto pretende analizar la definición de políticas públicas sobre pobreza y ambiente como instancias de visibilización de posiciones y discursividades en conflicto sobre la (des)igualdad. Asimismo pretende entender la formulación de políticas públicas como instancias en que los Estados institucionalizan una definición sobre la (des)igualdad que muchas veces, paradójicamente, resulta en la instauración de exclusiones y el fortalecimiento de regímenes de dominación. Entre las diversas hipótesis que guían el proyecto la más abarcativa sostiene que las decisiones, los modos y campos de intervención definidos en la política pública constituyen en sí mismos un espacio discursivo en el que se establecen definiciones y plasman matrices ideológicas respecto de la (des)igualdad. Pues a partir de ellos se visibilizan operaciones específicas de inclusión/exclusión, igualdad/desigualdad, prohibición/habilitación, etc.; se identifican y caracterizan sujetos; así como también un determinado orden normativo de relaciones y prácticas. No obstante encontrarse legalmente instituida la igualdad como principio subyacente a todo el ordenamiento de derechos, en la práctica las desigualdades se hacen patentes. Éstas son especialmente relevantes en tres áreas de políticas públicas: el trabajo, el hábitat y sexualidad. Consecuentemente, se propone: 1. analizar el dispositivo de regulación tal como se materializa en las decisiones, leyes y políticas públicas del Estado Provincial; 2. Esclarecer las disputas y/o articulaciones de orientaciones y prácticas de distintos ámbitos institucionales –expresamente referimos al conjunto de actores que se activan y pujan frente al contenido y carácter de las decisiones públicas; 3. estudiar las prácticas de resistencia frente a las regulaciones instituidas.Fil: Ciuffolini, María Alejandra. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; ArgentinaFil: Avalle, Gerardo. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; ArgentinaFil: Ibaña, Griselda Beatriz. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; Argentin

La construcción política de la desigualdad : pobreza y sexualidad en las políticas públicas de la provincia de Córdoba

El proyecto pretende analizar la definición de políticas públicas sobre pobreza y ambiente como instancias de visibilización de posiciones y discursividades en conflicto sobre la (des)igualdad. Asimismo pretende entender la formulación de políticas públicas como instancias en que los Estados institucionalizan una definición sobre la (des)igualdad que muchas veces, paradójicamente, resulta en la instauración de exclusiones y el fortalecimiento de regímenes de dominación. Entre las diversas hipótesis que guían el proyecto la más abarcativa sostiene que las decisiones, los modos y campos de intervención definidos en la política pública constituyen en sí mismos un espacio discursivo en el que se establecen definiciones y plasman matrices ideológicas respecto de la (des)igualdad. Pues a partir de ellos se visibilizan operaciones específicas de inclusión/exclusión, igualdad/desigualdad, prohibición/habilitación, etc.; se identifican y caracterizan sujetos; así como también un determinado orden normativo de relaciones y prácticas. No obstante encontrarse legalmente instituida la igualdad como principio subyacente a todo el ordenamiento de derechos, en la práctica las desigualdades se hacen patentes. Éstas son especialmente relevantes en tres áreas de políticas públicas: el trabajo, el hábitat y sexualidad. Consecuentemente, se propone 1. analizar el dispositivo de regulación tal como se materializa en las decisiones, leyes y políticas públicas del Estado Provincial; 2. Esclarecer las disputas y/o articulaciones de orientaciones y prácticas de distintos ámbitos institucionales –expresamente referimos al conjunto de actores que se activan y pujan frente al contenido y carácter de las decisiones públicas; 3. estudiar las prácticas de resistencia frente a las regulaciones instituidas.Fil: Ciuffolini, María Alejandra. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; ArgentinaFil: Avalle, Gerardo. Universidad Católica de Córdoba. Facultad de Ciencia Política y Relaciones Internacionales; Argentin

Territorios en disputa. Un estudio sobre los conflictos territoriales urbanos y rurales en la provincia de Córdoba.

El territorio es el resultado de un conjunto de dispositivos -políticos, económicos, culturales- y de disposiciones sociales que, en su concurrencia y/o contradicción, configuran tanto identidades y campos de comportamiento posibles, como un particular modo de producir y relacionarse con la naturaleza. Entendido así, el territorio y sus posibilidades son el resultado de relaciones de fuerza desplegadas en torno al control y posesión de recursos sociales, económicos, naturales, etc. Estas fuerzas condensan en una específica -es decir histórica- partición del territorio y en formas también específicas de distribución y jerarquización de los elementos y sujetos dispuestos en él. Esto implica pensar el territorio no solamente como dominio del Estado que lo administra, ordena y controla, sino también como resultante de los imperativos del capital, y como espacio de conflictos y resistencias. Se trata de una mirada que, sin descuidar esas dos dimensiones -accionar estatal y accionar del capital- privilegia enfocar el análisis del territorio a partir de conflictos que en él se desatan, entre los modos y prácticas de intervención del Estado, las intervenciones del capital y las resistencias y luchas que la población residente entabla frente o a partir de ellos. En este marco, el interés de este proyecto es analizar los distintos conflictos en torno a la tierra, sus usos y disposición en la provincia de Córdoba, a fin de conocer: la configuración de los conflictos; la confluencia de políticas; los proyectos, intereses, y obstáculos de desarrollo territorial. Su concreción nos permitirá acceder a una última instancia de observación y elaboración propuestas de gestión e intervención sobre los territorios que tengan en cuenta la participación y los intereses de las comunidades involucradas. La hipótesis de trabajo que orienta nuestra propuesta de estudio sostiene que los modos de intervención del Estado y el capital tienen fuerte contenido performativo de los espacios sociales, en tanto la conflictividad desatada en los territorios no es otra cosa que la conformación de subjetividades colectivas que denuncian un modo específico de configuración del espacio en tensión con las racionalidades socio-locales