Avaliacao de quatro metodos diferentes de extracao de DNA em isolados clinicos de estafilococos coagulase negativos (SCoN)

Currently there are several methods to extract bacterial DNA based on different principles. However, the amount and the quality of the DNA obtained by each one of those methods is highly variable and microorganism dependent, as illustrated by coagulase-negative staphylococci (CoNS) which have a thick cell wall that is difficult to lyse. This study was designed to compare the quality and the amount of CoNS DNA, extracted by four different techniques: two in-house protocols and two commercial kits. DNA amount and quality determination was performed through spectrophotometry. The extracted DNA was also analyzed using agarose gel electrophoresis and by PCR. 267 isolates of CoNS were used in this study. The column method and thermal lyses showed better results with regard to DNA quality (mean ratio of A260/280 = 1.95) and average concentration of DNA (), respectively. All four methods tested provided appropriate DNA for PCR amplification, but with different yields. DNA quality is important since it allows the application of a large number of molecular biology techniques, and also it's storage for a longer period of time. In this sense the extraction method based on an extraction column presented the best results for CoNS.Atualmente, para extrair o DNA bacteriano, existem diversos métodos baseados em diferentes princípios. Entretanto, a quantidade e qualidade do DNA obtido por cada um destes métodos é variável e depende do tipo de micro-organismo em questão; os estafilococos coagulase-negativos (CoNS), por exemplo, possuem parede celular espessa difícil de lisar. O objetivo deste estudo foi comparar a quantidade e a qualidade do DNA extraído de isolados clínicos de CoNS utilizando quatro metodologias diferentes: dois protocolos caseiros e dois kits comerciais. A determinação da quantidade e da qualidade do DNA foi realizada por espectrofotometria. O DNA extraído também foi analisado em eletroforese em gel de agarose e por PCR. A concentração média de DNA foi mais alta no método de lise térmica (). Entretanto, com relação à qualidade do DNA, o kit comercial que utiliza um método de extração baseado em uma coluna de separação apresentou melhor resultado (média da relação A260/280 = 1,95). As quatro técnicas testadas forneceram DNA passível de amplificação por PCR, porém com diferentes rendimentos. A qualidade do DNA extraído de bactérias é importante, pois possibilita a realização de maior número de técnicas de biologia molecular e também armazenamento do material por maior período de tempo. Neste sentido, a técnica de extração por coluna de separação apresentou melhor desempenho frente aos CoNS

Avaliacao de quatro metodos diferentes de extracao de DNA em isolados clinicos de estafilococos coagulase negativos (SCoN)

Currently there are several methods to extract bacterial DNA based on different principles. However, the amount and the quality of the DNA obtained by each one of those methods is highly variable and microorganism dependent, as illustrated by coagulase-negative staphylococci (CoNS) which have a thick cell wall that is difficult to lyse. This study was designed to compare the quality and the amount of CoNS DNA, extracted by four different techniques: two in-house protocols and two commercial kits. DNA amount and quality determination was performed through spectrophotometry. The extracted DNA was also analyzed using agarose gel electrophoresis and by PCR. 267 isolates of CoNS were used in this study. The column method and thermal lyses showed better results with regard to DNA quality (mean ratio of A260/280 = 1.95) and average concentration of DNA (), respectively. All four methods tested provided appropriate DNA for PCR amplification, but with different yields. DNA quality is important since it allows the application of a large number of molecular biology techniques, and also it's storage for a longer period of time. In this sense the extraction method based on an extraction column presented the best results for CoNS.Atualmente, para extrair o DNA bacteriano, existem diversos métodos baseados em diferentes princípios. Entretanto, a quantidade e qualidade do DNA obtido por cada um destes métodos é variável e depende do tipo de micro-organismo em questão; os estafilococos coagulase-negativos (CoNS), por exemplo, possuem parede celular espessa difícil de lisar. O objetivo deste estudo foi comparar a quantidade e a qualidade do DNA extraído de isolados clínicos de CoNS utilizando quatro metodologias diferentes: dois protocolos caseiros e dois kits comerciais. A determinação da quantidade e da qualidade do DNA foi realizada por espectrofotometria. O DNA extraído também foi analisado em eletroforese em gel de agarose e por PCR. A concentração média de DNA foi mais alta no método de lise térmica (). Entretanto, com relação à qualidade do DNA, o kit comercial que utiliza um método de extração baseado em uma coluna de separação apresentou melhor resultado (média da relação A260/280 = 1,95). As quatro técnicas testadas forneceram DNA passível de amplificação por PCR, porém com diferentes rendimentos. A qualidade do DNA extraído de bactérias é importante, pois possibilita a realização de maior número de técnicas de biologia molecular e também armazenamento do material por maior período de tempo. Neste sentido, a técnica de extração por coluna de separação apresentou melhor desempenho frente aos CoNS

Enhancement of antistaphylococcal activities of six antimicrobials against sasG-negative methicillin-susceptible Staphylococcus aureus: an in vitro biofilm model

AbstractThis study was designed to evaluate antimicrobial activities against methicillin-susceptible Staphylococcus aureus in both sessile and planktonic forms and to detect genes associated with this biofilm phenotype. Minimal biofilm inhibition and eradication concentrations (MBIC and MBEC, respectively) were determined by an in vitro biofilm model, and icaA, atlA, and sasG genes were detected by polymerase chain reaction. Vancomycin and tigecycline presented better biofilm inhibitory activity (MBIC range: 4–8 μg/mL) (P ≤ 0.05) and lower MBEC/MIC ratios (P ≤ 0.001) than other antimicrobials. All isolates harbored icaA and atlA, whereas sasG was present only in strong biofilm formers (P ≤ 0.05). Interestingly, antimicrobial activities against sasG− weak biofilm formers were significantly higher than those against sasG+ strong biofilm formers (P ≤ 0.05), demonstrating that number of cells in a biofilm matrix affected the antimicrobial activity, which was also variable, and might be associated with specific genetic determinants. To our knowledge, this was the first study reporting the presence of sasG in clinical isolates of S. aureus in South America

Molecular characteristics of vancomycin-susceptible Staphylococcus aureus could help to predict treatment failure due to reduced vancomycin susceptibility

Background and Objectives: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is one of the most frequent causes of healthcare-associated and community-acquired infections and with its advancement, vancomycin became the main therapeutic option. However, its indiscriminate 2 use favored the emergence of MRSA with reduced susceptibility to vancomycin, commonly associated with vancomycin treatment failure, persistent bacteremia, prolonged hospitalization and adverse clinical outcome. This study evaluated the occurrence of MRSA with reduced vancomycin susceptibility and determined some molecular characteristics in comparison with vancomycin-susceptible MRSA (VS-MRSA). Methods: Determination of antimicrobial susceptibility profile, the minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) for vancomycin, vancomycin-tolerance, SCCmec and agr typing were performed in a total of 177 MRSA. Thereafter, they were screened for hVISA by BHIA-3V and BHIA-6V and confirmed with population analysis profile - area under the curve method (PAPAUC). Results: VT-MRSA and hVISA phenotypes were found in 13.6% and 5.1% of clinical isolates of MRSA, respectively, and the presence of hVISA was statistically significant among VT-MRSA isolates (

Características moleculares de Staphylococcus aureus suscetível à vancomicina poderia ajudar a prever falhas no tratamento devido à reduzida suscetibilidade à vancomicina

Background and Objectives: Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is one of the most frequent causes of healthcare-associated and community-acquired infections and with its advancement, vancomycin became the main therapeutic option. However, its indiscriminate 2 use favored the emergence of MRSA with reduced susceptibility to vancomycin, commonly associated with vancomycin treatment failure, persistent bacteremia, prolonged hospitalization and adverse clinical outcome. This study evaluated the occurrence of MRSA with reduced vancomycin susceptibility and determined some molecular characteristics in comparison with vancomycin-susceptible MRSA (VS-MRSA). Methods: Determination of antimicrobial susceptibility profile, the minimum inhibitory concentration (MIC) and minimum bactericidal concentration (MBC) for vancomycin, vancomycin-tolerance, SCCmec and agr typing were performed in a total of 177 MRSA. Thereafter, they were screened for hVISA by BHIA-3V and BHIA-6V and confirmed with population analysis profile - area under the curve method (PAPAUC). Results: VT-MRSA and hVISA phenotypes were found in 13.6% and 5.1% of clinical isolates of MRSA, respectively, and the presence of hVISA was statistically significant among VT-MRSA isolates (pJustificación y objetivos: Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (MRSA) es una de las causas más frecuentes de infecciones relacionadas con la asistencia sanitaria y comunitarias, y con su avance, a la vancomicina se ha convertido en la principal opción terapéutica. Sin embargo, su uso indiscriminado favoreció el surgimiento de MRSA con reducida susceptibilidad a la vancomicina, comúnmente asociados con fallas en el tratamiento, bacteriemia persistente, hospitalización prolongada y resultados clínicos adversos. Este estudio evaluó la ocurrencia de MRSA con reducida susceptibilidad a la vancomicina y determinó algunas características moleculares en comparación con MRSA susceptible a la vancomicina (VS-MRSA). Métodos: Determinación del perfil de susceptibilidad a los antimicrobianos, la concentración inhibitoria mínima (CIM) y la concentración bactericida mínima (CBM) para vancomicina, tolerancia a la vancomicina, tipificación del SCCmec y agr se realizaron en un total de 177 MRSA. Resultados: Los fenotipos VT-MRSA y hVISA se encontraron en el 13,6% y el 5,1% de los aislados clínicos de MRSA, respectivamente, y la presencia de hVISA fue estadísticamente significativa entre los aislados de VT-MRSA (pJustificativa e Objetivos: Staphylococcus aureus resistente à meticilina (MRSA) é uma das causas mais frequentes de infecções relacionadas à assistência à saúde e comunitárias, e com seu avanço, a vancomicina tornou-se a principal opção terapêutica. Entretanto, o seu uso indiscriminado favoreceu o surgimento de MRSA com reduzida suscetibilidade à vancomicina, comumente associados com falhas no tratamento, bacteremia persistente, hospitalização prolongada e desfechos clínicos adversos. Este estudo avaliou a ocorrência de MRSA com reduzida suscetibilidade à vancomicina e determinou algumas características moleculares em comparação com MRSA suscetível à vancomicina (VS-MRSA). Métodos: Determinação do perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos, a concentração inibitória mínima (CIM) e concentração bactericida mínima (CBM) para vancomicina, tolerância à vancomicina, tipagem do SCCmec e agr foram realizadas em um total de 177 MRSA. Posteriormente, foram triados para hVISA por BHIA-3V e BHIA-6V e confirmados com a Análise do Perfil Populacional - Área Abaixo da Curva (PAP-AUC). Resultados: Os fenótipos VT-MRSA e hVISA foram encontrados em 13,6% e 5,1% dos isolados clínicos de MRSA, respectivamente, e a presença de hVISA foi estatisticamente significativa entre os isolados de VT-MRSA (

Apoptose de neutrófilos na Sepse e na Síndrome da Angústia Respiratória Aguda secundária à Sepse

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