Surveillance and detection of multidrug resistant bacterial strains and blaOXA genes in aquatic environments in Ås and Nordre Follo municipalities

The discovery of antibiotics has radically changed the treatment of bacterial infections, making the increasing antibiotic resistance one of the top ten greatest threats to the global health. The main focus of antibiotic resistance research has, until recently, been focused on clinical settings and human and veterinary aspects. It has become more evident that the environment plays a vital role in the evolution, dissemination and prevalence of antibiotic resistant bacteria and genes. Aquatic ecosystems are a known mixing ground for clinical and environmental bacteria and can be a source and reservoir for resistance genes. The transfer of resistance between environmental and clinically important bacteria occurs, and surveillance of the environment is therefore important to better understand this flow of resistance. The purpose of this thesis was to investigate the occurrence of antibiotic resistant bacteria and genes in aquatic environments in Ås and Nordre Follo municipalities in Norway. Water samples were collected from three different locations was filtered and plated out on Brilliance™ ESBL and CRE chromogenic agar plates selecting for Extended spectrum β-lactamase (ESBL) producing and carbapenem resistant bacteria. Bacterial colonies were isolated, and DNA was extracted, followed by 16S PCR and identification by Sanger sequencing. Multiplex and Singelplex PCR with ESBL-specific primers were utilized to screen for specific ESBL-genes, which were confirmed by sequencing. Selected bacterial strains were chosen for antimicrobial susceptibility testing using five different classes of antibiotics. Illumina MiSeq was utilized for whole genome sequencing (WGS) for three selected bacteria, followed by screening for antibiotic resistance and virulence genes, multidrug efflux pumps and metal resistance genes. Several bacteria genera were detected by selective agar plates and identified by 16S rRNA, including the genera Pseudomonas, Serratia, Herbaspirillum, Aeromonas, Shewanella, Chitinophaga and Pandoraea. The susceptibility testing revealed a high amount of resistance to Penicillins and four different Multidrug resistant (MDR) isolates. The bacteria showing the highest amount of resistance was Pandoraea sp., which demonstrated clinical resistance to five out of seven antibiotics tested. The screening for resistance in the three WGS bacteria, Pseudomonas aeruginosa, Chitinophaga silvatica and Pandoraea sp., revealed several β-lactamases. This included the class D β-lactamases blaOXA-50, blaOXA-158 and two bla genes, and the class C β-lactamases blaPDC-202 and blaPAO. Several genes conferring metal resistance and genes for multidrug efflux pumps were also discovered. Together, the results obtained in this work indicate an occurrence of antibiotic resistant bacteria and resistance genes, including several blaOXA-variants, in the aquatic environments in Ås and Nordre-Follo municipalities

Prøveforstyrrelser ved bruk av NGI 54 mm sylinderprøvetaker i lerie: - en studie av prosedyreeffekter

Opptak av uforstyrrede prøver er en utfordring og et viktig tema innenfor geoteknikk. Prosessen med å ta opp og flytte jordprøven fra sin naturlige tilstand in situ og til den er klar for å testes i laboratoriet inneholder mange elementer som kan påvirke prøvekvaliteten. Prøvekvaliteten påvirker igjen bestemmelsen av styrke- og stivhetsparametere. Ved dimensjonering i forbindelse med geoteknisk prosjektering er det viktig at de estimerte parameterne fra laboratorieundersøkelsene er så korrekte som mulig i forhold til jordens egenskaper in situ. Underestimering av parametere kan gjøre dimensjoneringen unødvendig konservativ og kostbar fordi den baserer seg på at jorden er svakere enn den virkelige jorden. Ved overestimering av parametere vil det kunne få sikkerhetsmessige konsekvenser ved at dimensjoneringen baserer seg på en jord som er sterkere enn den virkelige jorden. Dersom prøvene er påført mye forstyrrelser og er av dårlig kvalitet, kan nytteverdien av de bestemte parameterne bli minimal.Prøver tatt opp med blokkprøvetaker gir til dels svært god prøvekvalitet og synliggjør at kvaliteten på sylinderprøver er betydelig dårligere ved sammenligning. De fleste uforstyrrede prøvene blir av praktiske og økonomiske årsaker tatt opp med en sylinderprøvetaker, og i Norge benyttes vanligvis NGI 54mm sylinderprøvetaker. Siden dette er den mest brukte metoden for opptak av uforstyrrede prøver er det viktig å finne den beste måten å utføre sylinderprøvetaking på, slik at unødvendige prøveforstyrrelser unngås. Ved sylinderprøvetaking blir stempel og prøvetaker først ført ned til ønske dybde, og prøven skjæres deretter ut. Før opptak må prøven løsnes fra underliggende masser i bunn, og det er to ulike metoder dette kan gjøres på. Trekk går ut på å trekke prøvesylinderen litt rett opp, vente til jorden går til brudd, og deretter fortsette opptrekket. Den andre metoden omtales som rotasjon, og går ut på å rotere prøvesylinderen slik at den vris av i bunn før den trekkes opp. Litteraturstudiet viser at det er utført mange studier innenfor temaet prøveforstyrrelser og sylinderprøvetaking. Det er i midlertidig ikke funnet litteratur som går spesifikt inn på hvordan sylinderprøven påvirkes av valgt metode for løsning fra underliggende masser eller hvordan den videre påvirkes av opptrekket. Masteroppgaven fokuserer på om valgt metode for opptak har innvirkning på prøvekvaliteten. Dette er undersøkt ved å ta opp sylinderprøver med begge metodene, og for deretter å teste prøvene i laboratoriet.Det er i alt tatt opp og testet 13 sylindere fra 4 dybder. Det var et mål å ta opp flest mulig prøver fra samme dybde, slik at prøvene kunne sammenlignes på likt grunnlag. I laboratoriet er det utført rutineundersøkelser for alle sylinderne, 24 ødometertester (CRS) og 35 treaksialtester (CIU). I tillegg til metoden som er benyttet, er også prøvestykkets plassering i sylinderen og lagringstid før testing en faktor som er vurdert i forhold til prøveresultatene. Prøvekvaliteten er vurdert ved bruk av poretallsforholdet. En test er også utført i forbindelse med langtids lagringstid av blokkprøver.For meget sensitiv leire med sr 100 var forsøk på å rotere ved opptak ikke vellykket da store deler av prøven ble mistet under opptak. Den delen av prøven som kom opp var synlig forstyrret. For leire og kvikkleire med sr > 0,4 kPa og St < 80 er det utført vellykkede opptak med bruk av rotasjon som metode. Det har ikke vært problemer med å ta opp prøvene ved bruk av trekk. Laboratoriearbeidet var vellykket gjennomført, alle prøver ble testet innen 4 dager etter opptak, og viser generelt god kvalitet. Det er ikke funnet en klar sammenheng mellom kvalitet på prøvene og metoden som er brukt for prøvetakingen. Det er i midlertidig gjort observasjoner som indikerer at metoden kan ha betydning. Fra treaksialtestene er det funnet at prøvestykkets plassering i sylinderen er av betydning for de bestemte styrkeparameterne. Det er gjennomgående at prøvestykkene fra midten av prøvesylinderen gir betydelig bedre resultater enn prøvestykkene tatt lenger opp og lenger ned i sylinderen. Dette gjelder både prøvene som er tatt opp med rotasjon og prøvene som er tatt opp med trekk. Prøvene som er tatt opp med rotasjon gir spesielt gode resultater for prøvestykket fra midten av sylinderen, der man finner de beste resultatene for hele laboratoriearbeidet.For prøvestykkene som er tatt lenger opp og lenger ned i prøvesylinderen er resultatene noe mer varierende og knyttes ikke til metoden som er brukt ved opptak. Det var forventet at det i den nedre delen av sylinderen skulle være forskjeller på resultatene de to metodene gav, men en slik forskjell er ikke påvist. Innad i prøvesylinderen er det større variasjoner for prøvene som er tatt med rotasjon enn for prøvene tatt med trekk. Dette kan tyde på at trekk påvirker prøvesylinderen likt gjennom hele sylinderen, mens bruk av rotasjon ha ulik påvirkning gjennom lengden av prøvesylinderen.Arbeidet viser at lagringstiden fra opptak og til testing kan påvirke prøveresultatene, selv om lagringstiden kun er på noen få dager. Endring i poretallsforholdet under konsolidering er økende med antall dager sylinderen er lagret før åpning. For å få gode resultater som har nytteverdi burde sylinderprøvene derfor testes i laboratoriet svært raskt etter opptak. Blokkprøven som ble lagret viste endrede egenskaper i forhold til blokkprøven som var blitt testet rett etter opptak. Den lagrede prøven hadde en høyere omrørt skjærstyrke, lavere vanninnhold og høyere bruddtøyning enn den ferske blokkprøven

Trafikkavvikling og atferd i signalregulerte gangfelt på strekning

Tema ovog rada je Vuk kao predator u šumama Like. U radu su opisani razvoj, rasprostranjenost, način prehrane, ugroženost i zaštita, te odnos čovjeka prema vuku