Nucleosome dynamics during the expression of the meiotic transcriptional programme in Schizosaccharomyces pombe

Trabajo presentado al 7th International Fission Yeast Meeting celebrado en Londres del 24 al 29 de Junio de 2013.Nucleosomes facilitate the packaging of the eukaryotic genome and modulate the access of regulators proteins to DNA. To determine the extent of chromatin remodelling along a developmental process, we have generated high-resolution nucleosome maps by next generation sequencing that allow us to determine the localization and dynamics of individual nucleosomes during mitosis and meiosis in Schizosaccharomyces pombe. We show that remodelling is limited to approximately 1000 nucleosomes that represent 1.5% of the genome and map to the promoters of a subset of meiosis-specific genes. This fraction contrasts sharply with the remaining 98.5% of the genome, which is organized in a pattern of highly positioned nucleosomes that remains virtually invariable during mitosis and meiosis. This pattern is maintained despite the different processes undergone by the chromosomes, and even across genes that display widely different levels of expression. We also show that nucleosome-depleted regions at the 5’ end of genes overlap precisely with clusters of binding sites for transcription factors that are specific for different functional classes of genes. These results suggest the possibility that the sequence-dependent positioning of transcription complexes at promoters could contribute to maintaining a constant nucleosome pattern across the genome.Peer reviewe

Analysis of DNA strand-specific differential expression with high density tiling microarrays

20 pages, 5 figures, 1 table, 2 additional files.[Background] DNA microarray technology allows the analysis of genome structure and dynamics at genome-wide scale. Expression microarrays (EMA) contain probes for annotated open reading frames (ORF) and are widely used for the analysis of differential gene expression. By contrast, tiling microarrays (TMA) have a much higher probe density and provide unbiased genome-wide coverage. The purpose of this study was to develop a protocol to exploit the high resolution of TMAs for quantitative measurement of DNA strand-specific differential expression of annotated and non-annotated transcripts.[Results] We extensively filtered probes present in Affymetrix Genechip Yeast Genome 2.0 expression and GeneChip S. pombe 1.0FR tiling microarrays to generate custom Chip Description Files (CDF) in order to compare their efficiency. We experimentally tested the potential of our approach by measuring the differential expression of 4904 genes in the yeast Schizosaccharomyces pombe growing under conditions of oxidative stress. The results showed a Pearson correlation coefficient of 0.943 between both platforms, indicating that TMAs are as reliable as EMAs for quantitative expression analysis. A significant advantage of TMAs over EMAs is the possibility of detecting non-annotated transcripts generated only under specific physiological conditions. To take full advantage of this property, we have used a target-labelling protocol that preserves the original polarity of the transcripts and, therefore, allows the strand-specific differential expression of non-annotated transcripts to be determined. By using a segmentation algorithm prior to generating the corresponding custom CDFs, we identified and quantitatively measured the expression of 510 transcripts longer than 180 nucleotides and not overlapping previously annotated ORFs that were differentially expressed at least 2-fold under oxidative stress.[Conclusions] We show that the information derived from TMA hybridization can be processed simultaneously for high-resolution qualitative and quantitative analysis of the differential expression of well-characterized genes and of previously non-annotated and antisense transcripts. The consistency of the performance of TMA, their genome-wide coverage and adaptability to updated genome annotations, and the possibility of measuring strand-specific differential expression makes them a tool of choice for the analysis of gene expression in any organism for which TMA platforms are available.This work was funded by grants BFU2008-01919BMC and Consolider-Ingenio CSD2007-00015 from the Spanish Ministerio de Ciencia e Innovaci on.Peer reviewe

BicOverlapper: a tool for bicluster visualization

BicOverlapper is a tool to visualize biclusters from gene-expression matrices in a way that helps to compare biclustering methods, to unravel trends and to highlight relevant genes and conditions. A visual approach can complement biological and statistical analysis and reduce the time spent by specialists interpreting the results of biclustering algorithms. The technique is based on a force-directed graph where biclusters are represented as flexible overlapped groups of genes and conditions. AVAILABILITY: The BicOverlapper software and supplementary material are available at http://vis.usal.es/bicoverlappe

Obtaining and validating software estimation models using data mining techniques

La medición del software está adquiriendo una gran importancia debido a que cada vez se hace más patente la necesidad de obtener datos objetivos que permitan evaluar, predecir y mejorar la calidad del software así como el tiempo y coste de desarrollo del mismo. El valor de las mediciones aumenta cuando se realiza sobre modelos construidos en las primeras fases del proyecto ya que los resultados obtenidos permiten tenerlo bajo control en todo momento y corregir a tiempo posibles desviaciones. La proliferación actual de métricas y el gran volumen de datos que se maneja ha puesto de manifiesto que las técnicas clásicas de análisis de datos son insuficientes para lograr los objetivos perseguidos. En este trabajo se presenta la forma en que pueden aplicarse las nuevas técnicas de minería de datos en la construcción y validación de modelos de ingeniería del software, cambiando el análisis tradicional de datos dirigido a la verificación por un enfoque de análisis de datos dirigido al descubrimiento del conocimiento.Software measurement is becoming very important due to the fact that it is increasingly makes more evident the need to obtain objective data that allow evaluating, predicting and improve the quality of the software as well as the time and cost of its development. The value of measurements increases when performed on models built in the early stages of the project since the results obtained allow it to be under control at all times and correct possible deviations in time. The current proliferation of metrics and the sheer volume of data that is handled has shown that the classical techniques of data analysis are insufficient to achieve the objectives pursued. This paper presents how that new data mining techniques can be applied in the construction and validation of software engineering models, shifting traditional verification-driven data analysis to a discovery-driven data analysis approach. knowledge

Obtención y validación de modelos de estimación de software mediante técnicas de minería de datos

La medición del software está adquiriendo una gran importancia debido a que cada vez sehace más patente la necesidad de obtener datos objetivos que permitan evaluar, predecir ymejorar la calidad del software así como el tiempo y coste de desarrollo del mismo. El valorde las mediciones aumenta cuando se realiza sobre modelos construidos en las primeras fasesdel proyecto ya que los resultados obtenidos permiten tenerlo bajo control en todo momento ycorregir a tiempo posibles desviaciones. La proliferación actual de métricas y el gran volumende datos que se maneja ha puesto de manifiesto que las técnicas clásicas de análisis de datosson insuficientes para lograr los objetivos perseguidos. En este trabajo se presenta la forma enque pueden aplicarse las nuevas técnicas de minería de datos en la construcción y validaciónde modelos de ingeniería del software, cambiando el análisis tradicional de datos dirigido ala verificación por un enfoque de análisis de datos dirigido al descubrimiento delconocimiento.Palabras clave: Minería de datos, Métricas, estimación de software

Gcn5 facilitates Pol II progression, rather than recruitment to nucleosome-depleted stress promoters, in Schizosaccharomyces pombe

In the fission yeast, the MAP kinase Sty1 and the transcription factor Atf1 regulate up to 400 genes in response to environmental signals, and both proteins have been shown to bind to their promoters in a stress-dependent manner. In a genetic search, we have isolated the histone H3 acetyltransferase Gcn5, a component of the SAGA complex, as being essential for oxidative stress survival and activation of those genes. Upon stress, Gcn5 is recruited to promoters and coding sequences of stress genes in a Sty1- and Atf1-dependent manner, causing both an enhanced acetylation of histone H3 and nucleosome eviction. Unexpectedly, recruitment of RNA polymerase II (Pol II) is not impaired in Δgcn5 cells. We show here that stress genes display a 400-bp long nucleosome depleted region upstream of the transcription start site even prior to activation. Stress treatment does not alter promoter nucleosome architecture, but induces eviction of the downstream nucleosomes at stress genes, which is not observed in Δgcn5 cells. We conclude that, while Pol II is recruited to nucleosome-free stress promoters in a transcription factor dependent manner, Gcn5 mediates eviction of nucleosomes positioned downstream of promoters, allowing efficient Pol II progression along the genes

A visual analytics approach for understanding biclustering results from microarray data

Abstract Background Microarray analysis is an important area of bioinformatics. In the last few years, biclustering has become one of the most popular methods for classifying data from microarrays. Although biclustering can be used in any kind of classification problem, nowadays it is mostly used for microarray data classification. A large number of biclustering algorithms have been developed over the years, however little effort has been devoted to the representation of the results. Results We present an interactive framework that helps to infer differences or similarities between biclustering results, to unravel trends and to highlight robust groupings of genes and conditions. These linked representations of biclusters can complement biological analysis and reduce the time spent by specialists on interpreting the results. Within the framework, besides other standard representations, a visualization technique is presented which is based on a force-directed graph where biclusters are represented as flexible overlapped groups of genes and conditions. This microarray analysis framework (BicOverlapper), is available at http://vis.usal.es/bicoverlapper Conclusion The main visualization technique, tested with different biclustering results on a real dataset, allows researchers to extract interesting features of the biclustering results, especially the highlighting of overlapping zones that usually represent robust groups of genes and/or conditions. The visual analytics methodology will permit biology experts to study biclustering results without inspecting an overwhelming number of biclusters individually.</p

Avances en Informática y Automática. Decimotercer workshop

Actas de los trabajos de TFM del Máster Universitario en Sistemas Inteligentes 2018-2019[ES]El Máster Oficial en Sistemas Inteligentes de la Universidad de Salamanca tiene como principal objetivo promover la iniciación de los estudiantes en el ámbito de la investigación. El congreso organizado por el Departamento de Informática y Automática que se celebra dentro del Máster en Sistemas Inteligentes de la Universidad de Salamanca proporciona la oportunidad ideal para que sus estudiantes presenten los principales resultados de sus Trabajos de Fin de Máster y obtengan una realimentación del interés de los mismos. La decimotercera edición del workshop «Avances en Informática y Automática», correspondiente al curso 2018-2019, ha sido un encuentro interdisciplinar donde se han presentado trabajos perte-necientes a un amplio abanico de líneas de investigación. Todos los trabajos han sido supervisados por investigadores de reconocido prestigio pertenecientes a la Universidad de Salamanca, propor-cionando el marco idóneo para sentar las bases de una futura tesis doctoral. Entre los principales objetivos del congreso se encuentran: -Ofrecer a los estudiantes un marco donde exponer sus primeros trabajos de investigación. -Proporcionar a los participantes un foro donde discutir ideas y encontrar nuevas sugerencias de compañeros, investigadores y otros asistentes a la reunión. -Permitir a cada estudiante una realimentación de los participantes sobre su trabajo y una orientación sobre las futuras direcciones de investigación. -Contribuir al desarrollo del espíritu de colaboración en la investigación

Avances en Informática y Automática. Decimocuarto workshop

[ES]El Máster Oficial en Sistemas Inteligentes de la Universidad de Salamanca tiene como principal objetivo promover la iniciación de los estudiantes en el ámbito de la investigación. El congreso organizado por el Departamento de Informática y Automática que se celebra dentro del Máster en Sistemas Inteligentes de la Universidad de Salamanca proporciona la oportunidad ideal para que sus estudiantes presenten los principales resultados de sus Trabajos de Fin de Máster y obtengan una realimentación del interés de los mismos. La decimocuarta edición del workshop “Avances en Informática y Automática”, correspondiente al curso 2019 - 2020, ha sido un encuentro interdisciplinar donde se han presentado trabajos pertenecientes a un amplio abanico de líneas de investigación, desde los sistemas multiagente y la visualización de la información hasta la minería de datos pasando por otros campos relacionados. Todos los trabajos han sido supervisados por investigadores de reconocido prestigio pertenecientes a la Universidad de Salamanca, proporcionando el marco idóneo para sentar las bases de una futura tesis doctoral. Entre los principales objetivos del congreso se encuentran: - Ofrecer a los estudiantes un marco donde exponer sus primeros trabajos de investigación. - Proporcionar a los participantes un foro donde discutir ideas y encontrar nuevas sugerencias de compañeros, investigadores y otros asistentes a la reunión. - Permitir a cada estudiante una realimentación de los participantes sobre su trabajo y una orientación sobre las futuras direcciones de investigación. - Contribuir al desarrollo del espíritu de colaboración en la investigación

Avances en Informática y Automática. Octavo Workshop

[ES]El Máster Oficial en Sistemas Inteligentes de la Universidad de Salamanca tiene como principal objetivo promover la iniciación de los estudiantes en el ámbito de la investigación. El congreso organizado por el Departamento de Informática y Automática que se celebra dentro del Máster en Sistemas Inteligentes de la Universidad de Salamanca proporciona la oportunidad ideal para que sus estudiantes presenten los principales resultados de sus Trabajos de Fin de Máster y obtengan una realimentación del interés de los mismos. La octava edición del workshop “Avances en Informática y Automática”, correspondiente al curso 2013 - 2014, ha sido un encuentro interdisciplinar donde se han presentado trabajos pertenecientes a un amplio abanico de líneas de investigación, desde los sistemas multiagente, la visualización de la información o la minería de datos hasta la lógica, el reconocimiento de patrones o las redes neuronales. Todos los trabajos han sido supervisados por investigadores de reconocido prestigio pertenecientes a la Universidad de Salamanca, proporcionando el marco idóneo para sentar las bases de una futura tesis doctoral. Entre los principales objetivos del congreso se encuentran: ofrecer a los estudiantes un marco donde exponer sus primeros trabajos de investigación. Proporcionar a los participantes un foro donde discutir ideas y encontrar nuevas sugerencias de compañeros, investigadores y otros asistentes a la reunión. Permitir a cada estudiante una realimentación de los participantes sobre su trabajo y una orientación sobre las futuras direcciones de investigación. Contribuir al desarrollo del espíritu de colaboración en la investigación