Comprehensive Model of Lung Cancer Prediction and Prognosis

Two unresolved issues in the treatment of non-small cell lung cancer are the assessment of risk of recurrence beyond the use of tumor stage alone, and the selection of an effective chemotherapeutic agent for patients with similar tumor morphology. A prognostic model able to identify high or low-risk patients with a high degree of accuracy can be used to inform clinicians on potential improvements to the current clinical practice. Clinical presentation, pathology, demographics, and genomics have been independently verified as influencing survival. A comprehensive model capable of incorporating multiple predictors into a unified measure has the potential to simplify risk assessment and more accurately model the determinants of patient outcome.;In order to accomplish this, patient characteristics including tumor stage, grade, patient race, age, COPD status ,and sex were assessed using Cox proportional hazards modeling across combinations of surgical, radiological, and chemotherapeutic treatments. A comprehensive model combining these factors was created and showed superior prognostic ability when compared to stage alone. In order to identify miRNA markers for chemoresponse, this patient data was then compared with information on miRNA expression from both a clinical cohort and the NCl-60 anti-cancer screen. A set of predictive and prognostic miRNA were selected by measuring the association between miRNA expression and disease-specific patient survival. The sets of significant miRNA were seen to have strong associations with mechanisms of apoptosis and cell-cycle control in an analysis of networked molecules.;The results show that a comprehensive model lends itself to a more accurate assessment of patient risk, and that these improvements persist across a variety of patient profiles and treatment modalities. Additionally, miRNA expression appears to play a role in patient response to chemotherapy when assessed across categories of disease progression. Multiple miRNA showed significant associations with disease-specific survival in the population analysis. These associations were able to be corroborated in the clinical and cellular data, demonstrating that this approach may be useful for identifying broad patterns of genomic expression which influence sensitivity and resistance to chemotherapy, and hold promise in further developing clinical tools for prediction. It was shown that the large, well-annotated, and diverse patient sample derived from registry and administrative data can be leveraged to approach two of the major unresolved issues in the treatment of non-small cell lung cancer

”Pätevät naiset eivät etene” vai ”naisia suositaan”? Sukupuoleen perustuvan syrjinnän ristiriitaiset kokemukset tekniikan korkeakoulutettujen työpaikoilla

Tarkastelemme artikkelissamme naisten ja miesten kokemuksia sukupuoleen perustuvasta syrjinnästä tekniikan korkeakoulutettujen työpaikoilla. Aiemmat tutkimukset tekniikan alalla ovat selvittäneet naisten kokemaa syrjintää, mutta miesten kokemukset ovat jääneet pitkälti näkymättömiksi. Aineistomme koostuu syrjintää koskevista kysymyksistä tekniikan alan ammattiliiton toteuttamissa kahdessa selvityksessä: vuonna 2015 toteutetussa laajassa jäsentutkimuksessa sekä vuonna 2020 toteutetussa otostutkimuksessa. Tuloksemme todentavat aikaisempien tutkimusten mukaisesti naisten tekniikan alalla kohtaaman syrjinnän mutta tuottavat uutta tietoa sen yleisyydestä ja ilmenemismuodoista. Aineistomme osoittaa, että naisten kokema syrjintä liittyy vahvasti työpaikoilla vallitsevaan maskuliiniseen kulttuuriin. Rinnalle nousevat miesten kokemukset naisten suosimisesta, jotka myös liitämme tekniikan alalla vallitsevaan maskuliinisuusnormiin. Johtopäätöksenä esitämme, että maskuliinisuuden ensisijaisuus tekniikan alalla aiheuttaa naisten syrjintää ja toisaalta maskuliinisen etuoikeuden purkaminen synnyttää miehissä syrjinnän kokemuksia. Tarvittavan kulttuurimuutoksen onnistumisen edellytys on tasa-arvoon ja syrjintään liittyvien sukupuolten välisten näkemyserojen tunnistaminen ja tunnustaminen

Association of Arsenic Exposure with Lung Cancer Incidence Rates in the United States

Although strong exposure to arsenic has been shown to be carcinogenic, its contribution to lung cancer incidence in the United States is not well characterized. We sought to determine if the low-level exposures to arsenic seen in the U.S. are associated with lung cancer incidence after controlling for possible confounders, and to assess the interaction with smoking behavior.Measurements of arsenic stream sediment and soil concentration obtained from the USGS National Geochemical Survey were combined, respectively, with 2008 BRFSS estimates on smoking prevalence and 2000 U.S. Census county level income to determine the effects of these factors on lung cancer incidence, as estimated from respective state-wide cancer registries and the SEER database. Poisson regression was used to determine the association between each variable and age-adjusted county-level lung cancer incidence. ANOVA was used to assess interaction effects between covariates.Sediment levels of arsenic were significantly associated with an increase in incident cases of lung cancer (P<0.0001). These effects persisted after controlling for smoking and income (P<0.0001). Across the U.S., exposure to arsenic may contribute to up to 5,297 lung cancer cases per year. There was also a significant interaction between arsenic exposure levels and smoking prevalence (P<0.05).Arsenic was significantly associated with lung cancer incidence rates in the U.S. after controlling for smoking and income, indicating that low-level exposure to arsenic is responsible for excess cancer cases in many parts of the U.S. Elevated county smoking prevalence strengthened the association between arsenic exposure and lung cancer incidence rate, an effect previously unseen on a population level

Combining Clinical, Pathological, and Demographic Factors Refines Prognosis of Lung Cancer: A Population-Based Study

In the treatment of lung cancer, an accurate estimation of patient clinical outcome is essential for choosing an appropriate course of therapy. It is important to develop a prognostic stratification model which combines clinical, pathological and demographic factors for individualized clinical decision making.A total of 234,412 patients diagnosed with adenocarcinomas or squamous cell carcinomas of the lung or bronchus between 1988 and 2006 were retrieved from the SEER database to construct a prognostic model. A model was developed by estimating a Cox proportional hazards model on 500 bootstrapped samples. Two models, one using stage alone and another comprehensive model using additional covariates, were constructed. The comprehensive model consistently outperformed the model using stage alone in prognostic stratification and on Harrell's C, Nagelkerke's R(2), and Brier Scores in the whole patient population as well as in specific treatment modalities. Specifically, the comprehensive model generated different prognostic groups with distinct post-operative survival (log-rank P<0.001) within surgical stage IA and IB patients in Kaplan-Meier analyses. Two additional patient cohorts (n = 1,991) were used as an external validation, with the comprehensive model again outperforming the model using stage alone with regards to prognostic stratification and the three evaluated metrics.These results demonstrate the feasibility of constructing a precise prognostic model combining multiple clinical, pathologic, and demographic factors. The comprehensive model significantly improves individualized prognosis upon AJCC tumor staging and is robust across a range of treatment modalities, the spectrum of patient risk, and in novel patient cohorts

Erityislasten sosiaalinen osallisuus koulussa

Opinnäytetyömme aihe on toimeksianto Suomen Vanhempainliitto ry:ltä. Se liittyy valtakunnalliseen EPeLI-hankkeeseen, jonka tavoitteena on edistää erityislasten ja heidän huoltajiensa osallisuutta. Työmme tavoitteena on kuvata, miten sosiaalinen osallisuus toteutuu erityisoppilaiden keskinäisessä vuorovaikutuksessa sekä opettajan ja erityisoppilaiden välillä hankkeen yhdessä pilottiryhmässä. Työmme on laadullinen, käytännönläheinen tutkimus. Hankkeen tutkija Sari Haapakangas keräsi aineiston osallistavalla toimintatutkimuksella menetelmänään osallistuva havainnointi. Hän videoi ja haastatteli erään pilottikoulun yhden pienryhmän oppilaita noin kolmen kuuden ajan. Kerätyn materiaalin analyysin toteutimme teoriaohjaavalla sisältöanalyysillä. Teoriapohjana käytimme Shierin osallisuuden porrasmallia sekä erityisesti Leemannin sosiaalisen osallisuuden jakoa eri toimintoihin. Aineistomme perusteella erityislasten sosiaalinen osallisuus toteutui useissa tilanteissa heidän omassa luokassa, muttei koko koulussa. Erityisoppilailla oli hyvin vähän vuorovaikutusta yleisopetuksessa olevien oppilaiden kanssa. Leemannin teorian mukaisista sosiaalisen osallisuuden toiminnoista materiaaleistamme löytyi eniten toiminta-ja tieto-osallisuutta. Eri toiminnot toteutuivat monesti limittäin ja yhtäaikaisina. Yhteistä lähes kaikissa taltioiduissa hetkissä oli kerronnallinen osallisuus. Se on uusi osallisuuden muoto, joka tarkoittaa ihmisen roolia yhteisessä tarinassa. Opettajan ja oppilaiden välisessä sosiaalisessa osallisuudessa Shierin porrasmallin ylimmät portaat jäivät saavuttamatta. Materiaalista nousee vahvasti esille opettajien ja ylipäätään yhteisössä toimivien ihmisten asenteen, arvojen ja toimintatapojen merkitys ja vaikuttavuus osallisuuden suhteen. Myönteinen tunnistaminen ja kuuntelemisen pedagogiikka näkyvät useampaan otteeseen vuorovaikutustilanteissa sosiaalisen osallisuuden mahdollistajina tai puuttuessaan sen esteinä. Työmme tulokset lisätään hankkeen nettisivuilla olevaan hyvien käytänteiden pankkiin. Hanke hyödyntää tuloksia myös kouluttaessaan erityisopettajia ja vanhempia. Lisäksi niitä voivat hyödyntää kaikki koulussa työskentelevät henkilöt. Tuloksia voidaan käyttää myös muutoksen indikaattoreina pohdittaessa muun muassa uusiamtoimintamalleja, koulutustarpeita ja tutkimusaiheita. Erityislapsi ja hänen hyvinvointinsa ovat lopulta kaiken keskiössä.The topic of our thesis was given by Finnish Parents' League and it is part of national EPeLI-programme. The target of the programme is to enhance the participation of pupils with special needs and their caretakers. The aim of our thesis is to describe how the social participation of pupils with special needs comes true in their mutual interaction and between those pupils and the teacher in one pilot group of the programme. Our thesis is qualitative and practical study. The researcher of the programme Sari Haapakangas collected the material by participatory action research. She used participatory observation as a research method. Haapakangas took videos and interviewed the pupils with special needs of one small group of a pilot school for three months. We analyzed the collected material by theory-driven content analysis. Our theory frame consisted of Shier’s pathways to participation and Leemann’s different actions of social participation. According to our material special pupils’ social participation came true in many situations in their own small group but not at the whole school level. Special pupils had very few interactions with mainstream education pupils. Leemann’s information and action participation were found most from the material. Different actions occured often overlapping and simultaneously. Narrative participation which is very new form of participation was common in nearly all situations. Narrative participation means person’s role in the mutual story. Shier’s upper steps weren’t achieved. Teachers’ and generally adults’ attitudes, values and working have a great meaning and impact to participating according to our material. Positive recognition and listening pedagogy seem to allow or when they do not exist seem to prevent social participation in interaction. The results of our thesis will be added to the good practices list of the programme in the net. The programme will use the results also when training parents and special education teachers. Overall all people working at school can utilize the results. They can also be used as change indicators when thinking new practices, training needs and research topics. In the end pupils with special needs and their well-being are always at the centre

PINP:n eri varianttimuotojen tutkiminen

Tyypin I prokollageenin aminoterminaalinen propeptidi (PINP) muodostuu tyypin I kollageenin synteesin aikana ja erittyy verenkiertoon. Seerumista mitattava intakti-PINP on heterotrimeerinen antigeeni, joka kuvaa luun aineenvaihduntanopeutta. PINP:n patologisen eli homotrimeerisen muodon on todettu liittyvän luukudoksen eri sairauksiin sekä luustoon etäpesäkkeitä lähettäviin syöpiin. Homotrimeeriselle antigeenille ei ole tarjolla spesifistä analysointimenetelmää, mikä hidastaa sen kliinisen merkityksen selvittämistä. Tämän opinnäytetyön tarkoituksena oli tutkia PINP:n eri varianttimuotoja leimattujen monoklonaalisten vasta-aineiden avulla. Tavoitteena oli optimoida sekä vasta-aineparien että tutkittavien antigeeninäytteiden pitoisuudet siten, että vasta-aineet sitoutuisivat spesifisesti joko heterotrimeeriseen tai homotrimeeriseen PINP-varianttiin. Analysoinneissa käytettiin Oulun yliopiston Diagnostiikan laitoksen Kliinisen kemian laboratoriossa olevaa IDS-iSYS-analysaattoria, jonka analysointimenetelmä perustuu vasta-aineeseen liitetyn merkkiaineen hajoamisessa emittoituvan valon määrän mittaamiseen (kemiluminesenssi). Tutkittavat PINP-näytteet puhdistettiin pleura- ja askitesnesteistä kromatografisilla menetelmillä. Toimeksiantajan laboratoriossa aikaisemmin tehdyn tutkimuksen perusteella valitut vasta-aineet leimattiin joko biotiinilla tai akridiumesterillä. Vasta-aineiden pitoisuusoptimoinnin jälkeen leimaparien toimivuutta testattiin analysoimalla niiden sitoutuminen puhdistettuihin soluviljelynäytteisiin sekä denaturoituihin antigeeninäytteisiin. PINP-näytteiden puhtautta ja antigeenien rakennetta arvioitiin lisäksi geelielektroforeesin avulla. Työn tuloksena saatiin optimoitua kolme erilaista vasta-aineparia, joilla mitattaessa PINP-näytteet titraantuivat tavoitteiden mukaisesti. Vasta-aineparit sitoutuivat hyvin soluviljelynäytteiden antigeeneihin, eli leimapareja on mahdollista käyttää apuna eri solulinjojen tutkimisessa. Vasta-aineiden sitoutuminen kohdeantigeeniin inhiboitui lämpödenaturoinnin seurauksena, eli menetelmä on herkkä antigeenin rakenteen muutoksille. Lisäksi työn aikana leimattujen vasta-aineiden todettiin olevan herkkiä pakastus-sulatussyklin toistumiselle. Työn tuloksia on mahdollista käyttää eri PINP-variantit erottelevan automaattisen analysointimenetelmän jatkokehityksessä ja pystytyksessä.The aminoterminal propeptide of type I procollagen (PINP) is a trimeric antigen which is secreted into the blood circulation during collagen synthesis. In human serum PINP is mostly in a heterotrimeric form (so called intact PINP) and it is a clinically valid indicator for bone synthesis. In some pathological tissues like breast cancer or osteoarthrosis PINP is synthesized as a homotrimeric form which is weak and fragile compared to intact PINP. Present PINP immunoassays do not distinguish between the heterotrimeric and homotrimeric forms of the PINP antigen. The purpose of this thesis was to study different variants of the PINP antigen and the structure of trimeric isoforms of the propeptide. The objective was to optimize the concentrations for monoclonal antibodies to bind spesifically either heterotrimeric or homotrimeric form of the antigen from the sample matrix. PINP antigen samples were purified from human pleural and ascites fluid by cromatographic methods, and the purity of PINP samples was verified by gel electrophoresis. Monoclonal antibodies against different variants were either biotinylated or labeled with acridinium esther. Different samples were analyzed using automated IDS-iSYS-analyzer which assay method is based on the amount of light emitted by acridinium label of an antibody (chemiluminescence). The structure of antigens was studied by heat denaturation and gel electrophoresis. After optimization the antigen-binding specificity of different antibody pairs was good. The antigen-binding ability was inhibited by heat denaturation so the method is sensitive to changes in antigen conformation. According to the results of gel electrophoresis the antigen samples were pure and the molecular weight of the polypeptide chains of PINP did not depend on the origin of the antigen. The results of this thesis can be used for establishing a new automated assay method for different PINP variants

KOKOUS- JA KONGRESSIPALVELUI-DEN ASIAKASTYYTYVÄISYYS : Case: Hotel Sorsanpesä

Opinnäytetyöni tavoitteena oli selvittää Hotel Sorsanpesän kokous- ja kongressi-palvelun asiakkaiden sekä tilaajien tyytyväisyyttä. Kokous- ja kongressipalvelu-asiakkaiden asiakastyytyväisyyskysely suoritettiin paperiversiona maaliskuussa 2013. Vastauksia kyselyyn sain 50 kappaletta. Kokous- ja kongressipalvelujen tilaajien tyytyväisyyttä tutkin e-lomakkeella Internetissä. Vastauksia kyselyyn sain 11 kappaletta. Tutkimuksen teoreettisessa viitekehyksessä kävin läpi yleisellä tasolla kokous- ja kongressipalveluiden sisältämiä palveluita, Hotel Sorsanpesän tarjoamia kokous-palveluita sekä asiakastyytyväisyyden ja asiakaspalvelun teoriaa. Molemmat tekemäni tutkimukset olivat kvantitatiivisia eli määrällisiä tutkimuksia. Kokous- ja kongressipalveluasiakkaiden tyytyväisyyskyselyssä tutkin asiakkaiden tyytyväisyyttä henkilökunnan palveluasenteeseen sekä ammattitaitoon, ko-koustiloihin sekä ravintolapalveluihin. Kokous- ja kongressipalveluiden tilaajia koskevassa kyselyssä tutkin heidän tyytyväisyyttään tarjouspyynnön tekemiseen sekä laskutukseen. Tutkimustulosten perusteella suurin osa Hotel Sorsanpesän kokousasiakkaista oli-vat tyytyväisiä tarjottuihin palveluihin. Suurin osa kyselyyn osallistuneista vastasi henkilökuntaan, kokoustiloihin ja ravintolapalveluita koskeviin kysymyksiin arvosanalla joko hyvä tai erittäin hyvä. Kokousten tilaajat olivat myös tyytyväisiä palveluihin. Suurin osa tilaajista kertoi, että tarjouspyyntöön vastattiin erittäin täsmällisesti ja kokoustilan hinta-laatusuhde oli erittäin hyvä.The objective of this thesis is to clarify customer satisfaction of conference services in Hotel Sorsanpesä. A conference services survey for conference participants was done during March 2013 and the total number of answers was 50. Another survey for a conference organizer was also done during March using the Internet. The total number of answers for this survey was 11. The Theoretical part of the thesis elaborates services covered by conference services at general level, conference services in Hotel Sorsanpesä, and the theory of customer satisfaction and customer service. Both of the surveys are quantitative. In the satisfaction survey for conference participants the participants’ satisfaction of the employees’ professional skills, conference rooms and restaurant services was studied. In the satisfaction survey for conference organizers the organizers’ satisfaction of sales services and invoicing was studied. The results of the study show that most of the conference customers were satis-fied. Results related to employees, conference rooms and restaurant services were mostly good or very good. Conference organizers were also satisfied. Informative responses for bids, and quality-price ratio of conference services were very good

Vanhoillislestadiolaisnaisten kokemuksia parisuhdeväkivallasta irtautumisesta

Tämän tutkimuksen tarkoituksena on analysoida, miten vanhoillislestadiolaiseen herätysliikkeeseen kuuluvat naiset ovat kokeneet uskonnon ja yhteisön merkityksen heidän irtautumisprosessissaan parisuhdeväkivallasta. Parisuhdeväkivalta on sosiaalinen ongelma, josta on yhteiskunnassamme tehty tutkimuksia, mutta yhteisön ja uskonnollisuuden merkitystä selviytymisprosessissa ei ole tutkittu. Tutkin myös naisten kokemuksia virallisesta avusta ja tuesta. Tutkimukseni on laadullinen fenomenologinen tutkimus, jonka aineisto koostuu kahdesta ryhmähaastattelusta. Ryhmäkeskusteluihin osallistui neljä naista ja ne toteutettiin teemaja syvähaastattelun menetelmillä. Aineiston analyysitapa on teoriaohjaava sisällönanalyysi, jossa käytetään abduktiivista päättelylogiikkaa. Tutkimukseni teoriatausta muodostuu vanhoillislestadiolaisuudesta ja parisuhdeväkivallasta. Tutkimukseni tuloksista voidaan päätellä, että vanhoillislestadiolaisten naisten irtaantumisprosessi parisuhdeväkivallasta koostuu kahden päällekkäisen prosessin läpikäymisestä. Naisilla on irtaantuminen ja selviytymisprosessi parisuhdeväkivallasta ja sen lisäksi he joutuvat miettimään suhdettaan vanhoillislestadiolaiseen yhteisöön ja uskontoon. Väkivaltaisen parisuhteen aikana naiset kokivat, että muun muassa anteeksiantamusta on käytetty väärin. Eroratkaisu oli vaikea, koska lestadiolainen yhteisö ja myös oma uskonvakaumus on eroamista vastaan. Eroratkaisu tuli lopulta, koska lasten tilanne vaati sitä. Lestadiolaisyhteisöstä naiset ovat kokeneet saavansa sekä tukea että esteitä selviytymiselleen. Pahinta on ollut eroratkaisun jälkeen naisten uskon kyseenalaistaminen ja juoruilu, joiden vuoksi naiset ovat joutuneet miettimään, kuuluvatko he enää lestadiolaisyhteisöön vai eivät. Voidaan todeta, että parisuhdeväkivalta loppui naisten eroratkaisuun, mutta hengellinen ja yhteisöllinen väkivalta jatkui tämän jälkeen lestadiolaisyhteisön joidenkin uskovaisten jäsenten taholta. Parisuhdeväkivallasta irtautumisen hinnaksi nousee toisen väkivallan lajin, henkisen ja hengellisen väkivallan kohtaaminen. Viranomaisten antamasta avusta ja tuesta tutkimukseni naisilla on hyviä kokemuksia. Viranomaisilta toivotaan normaalia suhtautumista lestadiolaisiin ja lain painottamista ratkaisujen edessä