The hypomethylating agent Decitabine causes a paradoxical increase in 5-hydroxymethylcytosine in human leukemia cells

The USFDA approved "epigenetic drug", Decitabine, exerts its effect by hypomethylating DNA, demonstrating the pivotal role aberrant genome-wide DNA methylation patterns play in cancer ontology. Using sensitive technologies in a cellular model of Acute Myeloid Leukemia, we demonstrate that while Decitabine reduces the global levels of 5-methylcytosine (5mC), it results in paradoxical increase of 5-hydroxymethylcytosine (5hmC), 5-formylcytosine (5fC) and 5-carboxylcytosine (5caC) levels. Hitherto, the only biological mechanism known to generate 5hmC, 5fC and 5caC, involving oxidation of 5mC by members of Ten-Eleven-Translocation (TET) dioxygenase family, was not observed to undergo any alteration during DAC treatment. Using a multi-compartmental model of DNA methylation, we show that partial selectivity of TET enzymes for hemi-methylated CpG dinucleotides could lead to such alterations in 5hmC content. Furthermore, we investigated the binding of TET1-catalytic domain (CD)-GFP to DNA by Fluorescent Correlation Spectroscopy in live cells and detected the gradual increase of the DNA bound fraction of TET1-CD-GFP after treatment with Decitabine. Our study provides novel insights on the therapeutic activity of DAC in the backdrop of the newly discovered derivatives of 5mC and suggests that 5hmC has the potential to serve as a biomarker for monitoring the clinical success of patients receiving DAC

Fonctionnement d'une population d'éperlan (Osmerus eperlanus, Osmériformes Osmeridae) située en limite méridionale de son aire de répartition, influence de la température

Ce travail présente le fonctionnement de la population d'éperlan Osmerus eperlanus dans le bassin versant de la Gironde entre 1979 et 1996 et examine les liens possibles avec la température. Les données utilisées proviennent d'un suivi de l'ichtyofaune effectué mensuellement sur un transect situé à 43 km de l'embouchure de la Gironde (zone oligohaline) dans le cadre du suivi lié à l'installation de la centrale nucléaire de Braud et St-Louis. L'échantillonnage effectué sur cinq stations de surface et sur cinq stations de fond a permis une estimation de la densité de la population. Ce petit migrateur amphihalin, situé en limite méridionale de son aire de répartition, a présenté durant la période d'étude une très forte diminution de sa fréquence et de son abondance alors que les impacts anthropiques le concernant ne semblent pas avoir augmenté. Durant la même période, la température de l'eau de l'estuaire mesurée dans la même zone et corrigée des variations saisonnières s'est élevée (+2 °C). Nous avons examiné le lien éventuel entre ces deux phénomènes concomitants et analysé les répercussions éventuelles de la température sur la dynamique de cette population. Pour cela, nous avons établi une première relation stock/recrutement entre les effectifs de géniteurs et ceux des juvéniles en provenant, relation qui a été confrontée aux températures. Nous avons également procédé à une analyse des taux de mortalité instantanés par rapport aux températures moyennes correspondantes. On constate que la mortalité augmente avec la température. Outre son action sur la mortalité, nous posons l'hypothèse d'une action indirecte de la température qui, en ralentissant la croissance, ferait passer l'âge de première maturité sexuelle de 1 an à 2 ans. Le cycle de vie relativement court de l'éperlan et donc sa rapidité de réaction aux variations environnementales pourrait en faire un modèle intéressant pour l'étude du fonctionnement des populations de salmoniformes

Fonctionnement d'une population d'éperlan (Osmerus eperlanus, Osmériformes Osmeridae) située en limite méridionale de son aire de répartition, influence de la température

Ce travail présente le fonctionnement de la population d'éperlan Osmerus eperlanus dans le bassin versant de la Gironde entre 1979 et 1996 et examine les liens possibles avec la température. Les données utilisées proviennent d'un suivi de l'ichtyofaune effectué mensuellement sur un transect situé à 43 km de l'embouchure de la Gironde (zone oligohaline) dans le cadre du suivi lié à l'installation de la centrale nucléaire de Braud et St-Louis. L'échantillonnage effectué sur cinq stations de surface et sur cinq stations de fond a permis une estimation de la densité de la population. Ce petit migrateur amphihalin, situé en limite méridionale de son aire de répartition, a présenté durant la période d'étude une très forte diminution de sa fréquence et de son abondance alors que les impacts anthropiques le concernant ne semblent pas avoir augmenté. Durant la même période, la température de l'eau de l'estuaire mesurée dans la même zone et corrigée des variations saisonnières s'est élevée (+2 °C). Nous avons examiné le lien éventuel entre ces deux phénomènes concomitants et analysé les répercussions éventuelles de la température sur la dynamique de cette population. Pour cela, nous avons établi une première relation stock/recrutement entre les effectifs de géniteurs et ceux des juvéniles en provenant, relation qui a été confrontée aux températures. Nous avons également procédé à une analyse des taux de mortalité instantanés par rapport aux températures moyennes correspondantes. On constate que la mortalité augmente avec la température. Outre son action sur la mortalité, nous posons l'hypothèse d'une action indirecte de la température qui, en ralentissant la croissance, ferait passer l'âge de première maturité sexuelle de 1 an à 2 ans. Le cycle de vie relativement court de l'éperlan et donc sa rapidité de réaction aux variations environnementales pourrait en faire un modèle intéressant pour l'étude du fonctionnement des populations de salmoniformes

A thermodynamic model for the prediction of pore water composition of clayey rock at 25 and 80 °C -- Comparison with results from hydrothermal alteration experiments

International audienceThis study proposes a thermodynamic model that is able to predict the pore water chemical composition of clayey rocks at temperatures up to 80 °C. The model is based on equilibrium with a quartz/kaolinite/calcite/dolomite/Mg-chlorite mineralogical buffer and accounts for the sorption properties of both the montmorillonite and illite phases. Hydrothermal alteration experiments were also performed at 80 °C on centimeter-sized samples from the Callovo-Oxfordian clay-rich formation (Paris Basin, France) to assess the validity of the proposed model at this temperature. The experiments were performed in both open and closed systems, and the initial CO2(g) partial pressure (pCO2(g)) used in each system was fixed to log pCO2(g) = − 0.4. After 15 months of alteration, the aqueous and gas phases were extracted at 80 °C and analyzed. The evolution of the clay mineralogy was also characterized using X-ray diffraction profile modeling of experimental patterns and transmission electron microscopy (TEM). The composition of the Callovo-Oxfordian pore water predicted by our model at 25 °C is in good agreement with that reported in the literature and measured in the geological formation. At 80 °C, experiments in open systems were used to assess the kinetics of alteration process and the time needed to reach equilibrium for several dissolution-precipitation mineral reactions. For the closed system, it is shown that the proposed model well predicts the chemical composition of the fluid extracted at 80 °C, considering the existing variability in the solubility constants for both Mg-chlorite and kaolinite minerals. Despite the need for additional alteration experiments to better constrain the temperature-dependence of the predicted pCO2(g) values, the proposed model provides reliable predictions of pore fluid composition at 80 °C, a temperature expected in the framework of radioactive waste storage

The effect of an activation solution with siliceous species on the chemical reactivity and mechanical properties of geopolymers

Precursors are critical parameters in geopolymerization mechanisms because they govern the reaction kinetics as well as the working properties of the final materials. This study focuses on the effect of alkaline solutions on geopolymer formation. Toward this end, several geopolymer samples were synthesized from the same metakaolin and various alkaline solutions. First, the solutions were characterized by thermogravimetric analysis as well as DTA–TGA, infrared spectroscopy, and MAS-NMR spectrometry. The structural evolution of the formed geopolymers was investigated using infrared spectroscopy. The measurement of mechanical strength was tested by compression. The results provide evidence of relationships between the chemical composition, the extent of depolymerization of the alkaline solutions, the kinetics of Si–O–Si bond substitution by Si–O–Al and the compressive strength. For a given aluminosilicate source, the nature and the quantity of siliceous species in the activation solution appear to lead to variation in the reactivity and, consequently, to the formation of various networks that control the kinetics of formation of geopolymers and their mechanical properties

A case report of a therapeutic drug monitoring-guided sofosbuvir-velpatasvir crushed treatment

International audienceMeeting Abstract PS-19