The SIB Swiss Institute of Bioinformatics' resources: focus on curated databases

The SIB Swiss Institute of Bioinformatics (www.isb-sib.ch) provides world-class bioinformatics databases, software tools, services and training to the international life science community in academia and industry. These solutions allow life scientists to turn the exponentially growing amount of data into knowledge. Here, we provide an overview of SIB's resources and competence areas, with a strong focus on curated databases and SIB's most popular and widely used resources. In particular, SIB's Bioinformatics resource portal ExPASy features over 150 resources, including UniProtKB/Swiss-Prot, ENZYME, PROSITE, neXtProt, STRING, UniCarbKB, SugarBindDB, SwissRegulon, EPD, arrayMap, Bgee, SWISS-MODEL Repository, OMA, OrthoDB and other databases, which are briefly described in this article

Reconstitution des débits des crues artificielles destinées au flottage du bois dans le massif du Morvan (centre de la France, XVIe-XIXe siècles) d’après les documents d’archive et la géomorphologie de terrain

[Departement_IRSTEA]Eaux [TR1_IRSTEA]QUASARENational audienceLe flottage du bois dans le Morvan a fait l’objet de nombreuses études historiques ou économiques. Toutefois, la modification de l’écoulement pour le flottage à bûches perdues n’a jamais été véritablement étudiée d’un point de vue hydrologique. Pendant plus de deux siècles, des lâchers d’eau répétés ont été effectués à partir d’étangs artificiels afin de faciliter le transport des bûches dans les petits ruisseaux morvandiaux. Grâce aux données historiques existantes, le débit de ces lâchers a pu être évalué : il était compris entre 2 m3/s et 3 m3/s à l’aval immédiat des étangs, ce qui est considérable dans de petits ruisseaux dont le bassin-versant ne couvre que quelques kilomètres carrés. La comparaison de ces chiffres avec l’écoulement naturel des rivières étudiées fait apparaître une différenciation très nette entre les cours d’eau de tête de bassin, où les crues artificielles étaient exceptionnellement fortes, et l’Yonne amont, où les crues pour le flottage demeuraient dans la classe des événements ordinaires. Ces manipulations d’écoulements ont entraîné des perturbations disparates sur le milieu fluvial, les ruisseaux de tête de bassin ayant été les plus perturbés. Par ailleurs, l’estimation de la puissance spécifique critique dissipée à l’aval des barrages et les observations géomorphologiques montrent que la capacité de cisaillement des écoulements artificiels était très importante. On peut ainsi faire l’hypothèse que les lâchers d’eau destinés au flottage ont favorisé l’érosion des vallons et alimenté une vague sédimentaire

Reconstitution des débits des crues artificielles destinées au flottage du bois dans le massif du Morvan (centre de la France, XVIe-XIXe siècles) d’après les documents d’archive et la géomorphologie de terrain

[Departement_IRSTEA]Eaux [TR1_IRSTEA]QUASARENational audienceLe flottage du bois dans le Morvan a fait l’objet de nombreuses études historiques ou économiques. Toutefois, la modification de l’écoulement pour le flottage à bûches perdues n’a jamais été véritablement étudiée d’un point de vue hydrologique. Pendant plus de deux siècles, des lâchers d’eau répétés ont été effectués à partir d’étangs artificiels afin de faciliter le transport des bûches dans les petits ruisseaux morvandiaux. Grâce aux données historiques existantes, le débit de ces lâchers a pu être évalué : il était compris entre 2 m3/s et 3 m3/s à l’aval immédiat des étangs, ce qui est considérable dans de petits ruisseaux dont le bassin-versant ne couvre que quelques kilomètres carrés. La comparaison de ces chiffres avec l’écoulement naturel des rivières étudiées fait apparaître une différenciation très nette entre les cours d’eau de tête de bassin, où les crues artificielles étaient exceptionnellement fortes, et l’Yonne amont, où les crues pour le flottage demeuraient dans la classe des événements ordinaires. Ces manipulations d’écoulements ont entraîné des perturbations disparates sur le milieu fluvial, les ruisseaux de tête de bassin ayant été les plus perturbés. Par ailleurs, l’estimation de la puissance spécifique critique dissipée à l’aval des barrages et les observations géomorphologiques montrent que la capacité de cisaillement des écoulements artificiels était très importante. On peut ainsi faire l’hypothèse que les lâchers d’eau destinés au flottage ont favorisé l’érosion des vallons et alimenté une vague sédimentaire

Coupling ecological network analysis with high-throughput sequencing-based surveys: Lessons from the next-generation biomonitoring project

Biomonitoring ecosystems is necessary in order to evaluate risks and to efficiently manage ecosystems and their associated services. Agrosystems are the target of multiple stressors that can affect many species through effects cascading along food webs. However, classic biomonitoring, focused on species diversity or indicator species, might be a poor predictor of the risk of such whole-ecosystem perturbations. Thanks to high-throughput sequencing methods, however, it might be possible to obtain sufficient information about entire ecological communities to infer the functioning of their associated interaction networks, and thus monitor more closely the risk of the collapse of entire food webs due to external stressors.In the course of the ‘next-generation biomonitoring’ project, we collectively sought to experiment with this idea of inferring ecological networks on the basis of metabarcoding information gathered on different systems. We here give an overview of issues and preliminary results associated with this endeavour and highlight the main difficulties that such next-generation biomonitoring is still facing. Going from sampling protocols up to methods for comparing inferred networks, through biomolecular, bioinformatic, and network inference, we review all steps of the process, with a view towards generality and transferability towards other systems.Biosurveillance Next-Gen des changements dans la structure et le fonctionnement des écosystèmesAdaptation et résilience des réseaux écologiques spatialisés face aux changements d'origine humain

Coupling ecological network analysis with high-throughput sequencing-based surveys: Lessons from the next-generation biomonitoring project

International audienceBiomonitoring ecosystems is necessary in order to evaluate risks and to efficiently manage ecosystems and their associated services. Agrosystems are the target of multiple stressors that can affect many species through effects cascading along food webs. However, classic biomonitoring, focused on species diversity or indicator species, might be a poor predictor of the risk of such whole-ecosystem perturbations. Thanks to high-throughput sequencing methods, however, it might be possible to obtain sufficient information about entire ecological communities to infer the functioning of their associated interaction networks, and thus monitor more closely the risk of the collapse of entire food webs due to external stressors. In the course of the ‘next-generation biomonitoring’ project, we collectively sought to experiment with this idea of inferring ecological networks on the basis of metabarcoding information gathered on different systems. We here give an overview of issues and preliminary results associated with this endeavour and highlight the main difficulties that such next-generation biomonitoring is still facing. Going from sampling protocols up to methods for comparing inferred networks, through biomolecular, bioinformatic, and network inference, we review all steps of the process, with a view towards generality and transferability towards other systems. © 2022 Elsevier Lt

De l’âge du Bronze à l’âge du Fer en France et en Europe occidentale (Xe-VIIe siècle av. J.-C.)

Les actes du XXXe colloque de l’Association Française pour l’Étude de l’Âge du Fer (A.F.E.A.F.) - Saint-Romain-en-Gal, 2006 - rassemblent en un seul volume les 16 communications du thème régional et les 28 du thème spécialisé, co-organisé avec l’Association pour la Promotion des Recherches sur l’âge du Bronze (A.P.R.A.B.). La question du territoire est la trame de fond de la partie régionale, suscitée par le dynamisme et les résultats de l’archéologie à Lyon et dans la région (du Mâconnais à la Loire et aux Alpes). Cette question est abordée par l’examen des sources écrites, d’utiles synthèses et la présentation de sites remarquables, en contexte d’habitat ou funéraire. L’enjeu du thème spécialisé était s’éclaircir la difficile question du passage de l’âge du Bronze à l’âge du Fer. Comment cerner les signes du changement, l’expliquer, en saisir le moment ? La plupart des auteurs ont choisi une fourchette chronologique large et se sont placés dans l’optique d’une évolution d’ordre endogène. Le critère du métal n’apparaît pas comme le plus pertinent. La fragmentation des faciès céramiques, la rupture de l’unité culturelle prévalant entre le XIIe et le VIIe siècles, des comportements nouveaux constatés dans les habitats et les pratiques funéraires : la situation est contrastée dans une Europe étudiée ici avec des exemples allant de l’Espagne à l’Italie, de la Grande-Bretagne à la Bohême.So dynamic was archaeology in Lyon and its surrounding region (Macon, the Loire Country and the Alps), that focus was kept on regional topics and that the question of «territory» was kept as the main line of research. The question has been tackled from many angles: written sources, enlightening summaries and synthetized works, presentation of quite remarkable sites, whether settlement sites or burial sites. The whole point was to shed light on the transitional phase between the Bronze Age and the Iron Age. What are the signs of a change, how to explain them, how to pinpoint them? Most scientists have led their research on a fairly large time span, always in the perspective of an endogenous evolution. The metal criterion do not come up as the most relevant factor anymore. Differenciation in pottery groups and disruption in the cultural cohesion prevail between the XIIthand the VIIth centuries. New practices arise in settlement patterns as well as funeral rites: the situation in Europe here under study, is richly contrasted and documented with case studies coming from a zone spreading from Spain to Italy, from Great Britain to Bohemia. The records of the 30th «A.F.E.A.F., Association Française pour l’Étude de l’Âge du Fer» ’symposium - Saint-Romain en Gal, 2006 - gather in one single volume the 16 papers on regional issues, as well as 28 papers on more specific issues, organized in collaboration with the Association pour la Promotion des Recherches sur l’âge du Bronze (A.P.R.A.B.)

Low incidence of SARS-CoV-2, risk factors of mortality and the course of illness in the French national cohort of dialysis patients

International audienceThe aim of this study was to estimate the incidence of COVID-19 disease in the French national population of dialysis patients, their course of illness and to identify the risk factors associated with mortality. Our study included all patients on dialysis recorded in the French REIN Registry in April 2020. Clinical characteristics at last follow-up and the evolution of COVID-19 illness severity over time were recorded for diagnosed cases (either suspicious clinical symptoms, characteristic signs on the chest scan or a positive reverse transcription polymerase chain reaction) for SARS-CoV-2. A total of 1,621 infected patients were reported on the REIN registry from March 16th, 2020 to May 4th, 2020. Of these, 344 died. The prevalence of COVID-19 patients varied from less than 1% to 10% between regions. The probability of being a case was higher in males, patients with diabetes, those in need of assistance for transfer or treated at a self-care unit. Dialysis at home was associated with a lower probability of being infected as was being a smoker, a former smoker, having an active malignancy, or peripheral vascular disease. Mortality in diagnosed cases (21%) was associated with the same causes as in the general population. Higher age, hypoalbuminemia and the presence of an ischemic heart disease were statistically independently associated with a higher risk of death. Being treated at a selfcare unit was associated with a lower risk. Thus, our study showed a relatively low frequency of COVID-19 among dialysis patients contrary to what might have been assumed