Actualización de la resistencia antimicrobiana en instituciones de salud de nivel III y IV en Colombia entre enero 2018 a diciembre 2021

Introduction. Antimicrobial resistance surveillance is a fundamental tool for the development, improvement, and adjustment of Antimicrobial Stewardship Programs, therapeutic guidelines, and universal precautions to limit the cross-transmission of resistant bacteria between patients. Since the beginning of 2020, the SARS-CoV-2 pandemic profoundly challenged the health system and, according to some reports, increased the rates of antimicrobial resistance. Objective. To describe the behavior of antimicrobial resistance of the most frequent bacterial pathogens in 20 Colombian hospitals during the period from January 2018 to December 2021. Materials and methods. Descriptive study based on microbiological information obtained between January 2018 to December 2021 from 20 level III and level IV health institutions, in 12 Colombian cities. Species identification of the 10 most frequent bacteria along with their resistance profile against antibiotic markers, which in addition, are used therapeutically in general hospitalization and adult intensive care units. The microbiological information was determined by analyzing the data via WHONET (version 5.6). Results. For most of the pathogens analyzed, there were no statistically significant changes in their resistance profiles during the period from January 2018 to December 2021. In contrast, Pseudomonas aeruginosa, had a statistically significant increase in its resistance profile, particularly to piperacillin/tazobactam and carbapenems. Conclusions: the changes in antimicrobial resistance in these 4 years have not been statistically significant, except for P. aeruginosa, to piperacillin/tazobactam and carbapenems.  Introducción. El comportamiento de la resistencia antimicrobiana es fundamental en el mejoramiento y ajuste de los programas de optimización de antimicrobianos, la implementación de las guías terapéuticas y las precauciones que limitan la transmisión cruzada de bacterias resistentes entre pacientes. Desde el inicio del 2020, la pandemia del SARS-CoV-2 desafió profundamente al sistema de salud y según algunos reportes, aumento las tasas de resistencia antimicrobiana. Objetivo. Describir el comportamiento de la resistencia antimicrobiana en los microrganismos más frecuentes en 20 hospitales colombianos durante el periodo 2018 - 2021. Materiales y métodos. Estudio descriptivo basado en la información microbiológica reportada entre enero 2018 a diciembre 2021 por 20 instituciones de salud de nivel III y IV, en 12 ciudades de Colombia que hacen parte del Grupo para el Estudio de la Resistencia Nosocomial en Colombia, liderado por la Universidad El Bosque. La identificación de género y especie de los microorganismos más frecuentes, junto con su perfil de resistencia frente a antibióticos marcadores se determinó mediante el análisis de los datos vía WHONET.  Resultados. La mayoría de los 10 microorganismos más frecuentes analizados a través de los 4 años no presentaron cambios estadísticamente significativos en sus perfiles de resistencia durante el periodo evaluado 2018 – 2021. En contraste, Pseudomonas aeruginosa, aumento su resistencia frente a piperacilina/tazobactam y carbapenémicos, lo cual fue estadísticamente significativo. Conclusiones. Los cambios en la resistencia antimicrobiana en estos años no han sido estadísticamente significativos, excepto para P. aeruginosa, donde se observó un incremento en las tasas de resistencia a piperacilina/tazobactam y carbapenémicos

Antimicrobial stewardship programs in seven Latin American countries: facing the challenges

Antecedentes: Diversos estudios han demostrado que más del 50% de los antibióticos utilizados en los hospitales son innecesarios o inadecuados y que la resistencia a los antimicrobianos puede suponer cada año hasta 20.000 millones de dólares de sobrecostes médicos. Por otro lado, los programas de administración de antimicrobianos (PEA) reducen significativamente el uso inadecuado de antimicrobianos, la aparición de resistencias a los antimicrobianos, las infecciones asociadas a la atención sanitaria y los costes en el ámbito hospitalario. Objetivo: Evaluar el desarrollo de ASP y el ahorro de antibióticos en 7 hospitales latinoamericanos utilizando indicadores cuantitativos estandarizados en todas las instituciones de salud participantes. Métodos: Se realizó un estudio de intervención, donde se realizaron evaluaciones pre y post utilizando una herramienta de puntuación estandarizada adaptada de los estándares de acreditación de la Joint Commission International y, del Instituto Colombiano de Normas Técnicas y Certificación. Se evaluó ASP de 7 hospitales latinoamericanos entre 2019 y 2020. Se realizó una evaluación pre-intervención en cada hospital para cuantificar el grado de desarrollo de la ASP (ASP Development score). Con base en estos resultados, se implementó una capacitación in situ adaptada en cada hospital, seguida de una evaluación posterior a la intervención para cuantificar la mejora de los indicadores de desarrollo de ASP. Además, se estimó el ahorro monetario en antimicrobianos derivado de la intervención del PEA. Resultados: En la evaluación previa a la intervención, la puntuación media de desarrollo del PEA en las 7 instituciones fue del 65,8% (40-94,3%). Los puntos con la puntuación más baja fueron los relacionados con el seguimiento y la comunicación de los progresos y el éxito del PEA. Para la evaluación posterior a la intervención, 2 instituciones no pudieron participar debido a la presión impuesta por la pandemia COVID-19. Para los 5/7 hospitales restantes, la puntuación media del desarrollo del PEA fue del 82,3%, con un aumento del 12,0% en comparación con la medición previa a la intervención de las mismas instituciones (puntuación media previa a la intervención 70,3% (48,2%-94,3%) Los puntos con un aumento significativo fueron los indicadores clave de rendimiento, la educación de los AMS y la formación de los prescriptores. Tres de los siete (3/7) hospitales informaron de ahorros monetarios en antibióticos asociados a la intervención ASP. Conclusiones: El uso de la herramienta descrita demostró ser útil para evaluar áreas específicas del desarrollo del PEA que eran deficientes y adaptar las intervenciones para los hospitales participantes, en consecuencia, ayudó a mejorar el desarrollo del PEA en las instituciones que se sometieron al análisis previo y posterior a la intervención. Además, las estrategias mostraron ahorros monetarios en los costes antimicrobianos cuando se midieron. © 2023, Los autores.Background: Studies have shown that more than 50% of the antibiotics used in hospitals are unnecessary or inappropriate and, that antimicrobial resistance may cost up to 20 billion USD in excess medical costs each year. On the other hand, Antimicrobial Stewardship Programs (ASP) significantly reduce inappropriate antimicrobial use, emergence of antimicrobial resistance, healthcare associated infections, and costs in hospital settings. Objective: To evaluate the development of ASP and antibiotic savings in 7 Latin American hospitals using standardized quantitative indicators in all the participating health care institutions. Methods: An interventional study was conducted, where pre- and post- evaluations were performed using a standardized score tool adapted from the Joint Commission International accreditation standards and, the Colombian Institute of Technical Standards and Certification. We evaluated ASP from 7 Latin American hospitals between 2019 and 2020. A pre-intervention evaluation was done in each hospital to quantify the degree of development of the ASP (ASP Development score). Based on these results, tailored on-site training was implemented in each hospital, followed by a post-intervention evaluation to quantify improvement of ASP-development indicators. In addition, monetary savings in antimicrobials derived from the ASP intervention were estimated. Results: In the pre-intervention evaluation, the average ASP development score for the 7 institutions was 65.8% (40-94.3%). The items with the lowest development score were those related to monitoring and communicating the ASP progress and success. For the post-intervention evaluation, 2 institutions couldn’t participate due to the pressure imposed by the COVID-19 pandemic. For the remaining 5/7 hospitals, the average ASP development score was 82.3% with an increase of 12.0% when compared to the pre-intervention measurement of the same institutions (average pre-intervention score 70.3% (48.2%-94.3%) The items with a significant increase were key performance indicators, AMS education and training of the prescribers. Three of the seven (3/7) hospitals reported antibiotic monetary savings associated to the ASP intervention. Conclusions: The use of the tool described shown to be useful to evaluate specific areas of ASP-development that were lacking and tailor interventions for the participating hospitals, consequently, it helped improve ASP-development in the institutions that underwent pre- intervention and post-intervention analysis. In addition, the strategies showed monetary savings on antimicrobial costs when measured. © 2023, The Author(s)

Mecanismos Moleculares de Resistencia a Ceftazidima/Avibactam en Aislados Clínicos de Enterobacterales y Pseudomonas aeruginosa en Hospitales Latinoamericanos

Ceftazidima-avibactam (CZA) es la combinación de una cefalosporina de tercera generación y un nuevo inhibidor de β-lactamasas no β-lactámico capaz de inactivar β-lactamasas de clase A, C y algunas D. A partir de una colección de 2.727 aislamientos clínicos de Enterobacterales (n = 2.235) y P. aeruginosa (n = 492) que se recogieron entre 2016 y 2017 de cinco países latinoamericanos, investigamos los mecanismos moleculares de resistencia a CZA de 127 (18/2.235 [0,8%] Enterobacterales y 109/492 [22,1%] P. aeruginosa). En primer lugar, mediante qPCR para detectar la presencia de genes que codifican las carbapenemasas KPC, NDM, VIM, IMP, OXA-48-like y SPM-1, y en segundo lugar, mediante secuenciación del genoma completo (WGS). De los aislados resistentes a la CZA, se detectaron genes codificadores de MBL en los 18 Enterobacterales y los 42/109 aislados de P. aeruginosa, lo que explica su fenotipo resistente. Los aislados resistentes que dieron un resultado negativo en la qPCR para cualquiera de los genes codificadores de MBL se sometieron a WGS. El análisis WGS de los 67 aislados de P. aeruginosa restantes mostró mutaciones en genes previamente asociados con una susceptibilidad reducida a la CZA, como los implicados en la bomba de eflujo MexAB-OprM y la hiperproducción de AmpC (PDC), PoxB (blaOXA-50-like), FtsI (PBP3), DacB (PBP4) y OprD. Los resultados aquí presentados ofrecen una instantánea del panorama epidemiológico molecular para la resistencia a CZA antes de la introducción de este antibiótico en el mercado latinoamericano. Por lo tanto, estos resultados sirven como una valiosa herramienta de comparación para rastrear la evolución de la resistencia a CZA en esta región geográfica endémica de carbapenemasas.Ceftazidime-avibactam (CZA) is the combination of a third-generation cephalosporin and a new non-β-lactam β-lactamase inhibitor capable of inactivating class A, C, and some D β-lactamases. From a collection of 2,727 clinical isolates of Enterobacterales (n = 2,235) and P. aeruginosa (n = 492) that were collected between 2016 and 2017 from five Latin American countries, we investigated the molecular resistance mechanisms to CZA of 127 (18/2,235 [0.8%] Enterobacterales and 109/492 [22.1%] P. aeruginosa). First, by qPCR for the presence of genes encoding KPC, NDM, VIM, IMP, OXA-48-like, and SPM-1 carbapenemases, and second, by whole-genome sequencing (WGS). From the CZA-resistant isolates, MBL-encoding genes were detected in all 18 Enterobacterales and 42/109 P. aeruginosa isolates, explaining their resistant phenotype. Resistant isolates that yielded a negative qPCR result for any of the MBL encoding genes were subjected to WGS. The WGS analysis of the 67 remaining P. aeruginosa isolates showed mutations in genes previously associated with reduced susceptibility to CZA, such as those involved in the MexAB-OprM efflux pump and AmpC (PDC) hyperproduction, PoxB (blaOXA-50-like), FtsI (PBP3), DacB (PBP4), and OprD. The results presented here offer a snapshot of the molecular epidemiological landscape for CZA resistance before the introduction of this antibiotic into the Latin American market. Therefore, these results serve as a valuable comparison tool to trace the evolution of the resistance to CZA in this carbapenemase-endemic geographical region

Reverse-Phase Phosphoproteome Analysis of Signaling Pathways Induced by Rift Valley Fever Virus in Human Small Airway Epithelial Cells

Rift valley fever virus (RVFV) infection is an emerging zoonotic disease endemic in many countries of sub-Saharan Africa and in Egypt. In this study we show that human small airway epithelial cells are highly susceptible to RVFV virulent strain ZH-501 and the attenuated strain MP-12. We used the reverse-phase protein arrays technology to identify phosphoprotein signaling pathways modulated during infection of cultured airway epithelium. ZH-501 infection induced activation of MAP kinases (p38, JNK and ERK) and downstream transcriptional factors [STAT1 (Y701), ATF2 (T69/71), MSK1 (S360) and CREB (S133)]. NF-κB phosphorylation was also increased. Activation of p53 (S15, S46) correlated with the increased levels of cleaved effector caspase-3, -6 and -7, indicating activation of the extrinsic apoptotic pathway. RVFV infection downregulated phosphorylation of a major anti-apoptotic regulator of survival pathways, AKT (S473), along with phosphorylation of FOX 01/03 (T24/31) which controls cell cycle arrest downstream from AKT. Consistent with this, the level of apoptosis inhibitor XIAP was decreased. However, the intrinsic apoptotic pathway marker, caspase-9, demonstrated only a marginal activation accompanied by an increased level of the inhibitor of apoptosome formation, HSP27. Concentration of the autophagy marker, LC3B, which often accompanies the pro-survival signaling, was decreased. Cumulatively, our analysis of RVFV infection in lung epithelium indicated a viral strategy directed toward the control of cell apoptosis through a number of transcriptional factors. Analyses of MP-12 titers in challenged cells in the presence of MAPK inhibitors indicated that activation of p38 represents a protective cell response while ERK activation controls viral replication

Acciones de reducción de riesgos volcánicos, implementados por el Observatorio Vulcanológico del Ingemmet frente a la erupción del volcán Ubinas 2013 – 2014

El volcán Ubinas ha presentado desde el año 1550 D.C. alrededor de 25 erupciones y es considerado el volcán más activo del sur peruano (Rivera, 1998). Se ubica en el extremo norte de la región Moquegua, a 70 km al SE de la ciudad de Arequipa. El Observatorio Vulcanológico del INGEMMET OVI, fue creado oficialmente el 21 de marzo del 2013, bajo Resolución de Presidencia N° 037-2013-INGEMMET/ PCD, en este observatorio laboran alrededor de 20 vulcanólogos en diferentes disciplinas como geólogos, sismólogos, geoquímicos, geodestas, electrónicos, ing. De sistemas y comunicadores, con especialidades en vulcanología. Por medio del OVI se vienen monitoreando y estudiando los volcanes activos en el Sur del Perú como por ejemplo Misti, Ubinas, Sabancaya entre otros. El volcán Ubinas viene siendo monitoreado desde el año 2006. A la fecha se cuenta con 7 estaciones sísmicas alrededor del volcán, termómetros a 6 km del cráter, dataloggers para medir temperaturas y CO2, 1 MiniDOAS para mediciones de SO2, 4 bases de geodesia con 15 prismas de control para medir la deformación del edificio volcánico, además se cuenta con una cámara que cambia de imagen cada 30 segundos. Por otro lado, se han instalado hasta 30 cenizómetros, para medir la cantidad y dispersión de la ceniza. Tanto las imágenes de la cámara como de los sismógrafos se pueden apreciar en tiempo real en http://ovi.ingemmet.gob.pe/portal_volcan/ para conocimiento de las autoridades, la población en riesgo y público en general. Además, se cuenta con imágenes OMI (Ozone Monitoring Instrument) de la NASA; así mismo se cuenta con estudios de las anomalías térmicas del Ubinas reportados por la Universidad de Torino – Italia. Por otro lado, se cuenta con un modelo de dispersión de cenizas elaborado en colaboración con el SENAMH

Acciones en la reducción de riesgos, implementados por el Observatorio Vulcanológico del INGEMMET frente a la erupción del volcán Ubinas 2013 - 2014

Cuando un volcán entra en erupción, puede que unas pocas semanas no sean suficientes para prevenir una tragedia. La planificación es la clave para salvar vidas. Mucho antes de que aparezcan los signos precursores, hay que educar a la gente e informarles acerca de los peligros de los volcanes, así como fijar los planes de evacuación. La comunicación entre científicos, autoridades, prensa y el público en general debe ser fluida. El volcán Ubinas es el volcán más activo del Perú, ha presentado desde el año 1550 D.C. alrededor de 25 erupciones (Rivera, 1998). Se ubica en el extremo norte de la región Moquegua, a 70 km al SE de la ciudad de Arequipa

La erupción del volcán Ubinas 2013-2014: evolución, productos emitidos y efectos

El objetivo de este trabajo es describir la evolución de la erupción del volcán Ubinas que tuvo lugar entre setiembre de 2013 y junio de 20t4. El volcán Ubinas (16"22'S, 70"54'0) está localizado -65 km al este de la ciudad de Arequipa. Se han reportado al menos 25 eventos eruptivos (VEI 1-3) entre el inicio de la conquista (1532 AD) hasta la actualidad (Simkim & Siebert, 1994; Thouret et al., 2005; Rivera et al., 2010). Durante el período histórico, la actividad del Ubinas se caracterizó por la ocurrencia de frecuentes erupciones de talla pequeña a moderada (VEI 1-2), que incluían explosiones de tipo vulcaniano y frecuentes emisiones de gases y ceniza. Este tipo de erupciones corresponde a la actividad observada para el Ubinas durante el reciente episodio eruptivo (2006-2009 AD; Rivera et al., 2010). Sin embargo, el evento más importante del período histórico fue una erupción de talla moderada (VEI 3), catalogada como de tipo vulcaniana, acaecida en el año 1667 AD, que se caracterizó por generar flujos piroclásticos de escoria que fueron depositados en los flancos superiores del edificio. Luego de 4 años de reposo, el 1ero de setiembre de 2013, el Ubinas inició un nuevo ciclo de actividad. Entre el 1ero y 7 de setiembre se registraron 7 explosiones freáticas importantes que generaron importantes columnas eruptivas de gases y ceniza de hasta 2 km de altura (Fig. 1). Posteriormente, entre el 8 de setiembre de 2013 y el 31 de enero de 2014, la actividad volcánica se mantuvo en niveles bajos, con emisiones de gases y esporádicamente ceniza pero de muy poco volumen, que formaron columnas de emisión de menos de 1 km de altura sobre el cráter. A partir del 1ero de febrero de 2014, la actividad eruptiva se incrementó gradual- y sostenidamente, hasta alcanzar el periodo más importante hasta le fecha, del 13 al 23 de abril de 2014, con la ocurrencia de constantes e importantes explosiones y formación de columnas eruptivas que alcanzaron alturas máximas entre 3 y 5 km (Fig. 2). Durante fines de abril y mayo las emisiones de gases y ceniza siguieron siendo importantes, con columnas eruptivas que alcanzaron en promedio entre 500 m y 3 km de altura. Sin embargo, el número y energía de las explosiones disminuyeron respecto a lo registrado entre la primera y segunda semana de abril

La erupción del volcán Ubinas 2013-2014: evolución, productos emitidos y efectos

El objetivo de este trabajo es describir la evolución de la erupción del volcán Ubinas, entre setiembre 2013 y junio 2014. El volcán Ubinas (16º 22' S, 70º 54' O) está localizado a ~65 km al este de la ciudad de Arequipa. Se han reportado al menos 25 eventos eruptivos (VEI 1-3) entre el inicio de la conquista (1532 AD) hasta la actualidad (Simkim & Siebert, 1994; Rivera et al., 2010; Thouret et al., 2005). Durante el período histórico, la actividad del Ubinas se caracterizó por la ocurrencia de frecuentes erupciones de talla pequeña a moderada (VEI 1-2), que incluían explosiones de tipo vulcaniano y frecuentes emisiones de gases y ceniza. Este tipo de erupciones corresponde a la actividad observada para el Ubinas durante el reciente episodio eruptivo (2006-2009 AD; Rivera et al., 2010). Sin embargo, el evento más importante del período histórico fue una erupción de talla moderada (VEI 3) catalogada como de tipo vulcaniana acaecida en 1667 AD y que se caracterizó por generar flujos piroclásticos de escoria que fueron depositados en los flancos superiores del edificio. Luego de 4 años de reposo, el 01 de setiembre 2013, el Ubinas inició un nuevo ciclo de actividad. Entre el 1 y 7 de setiembre se registraron 7 explosiones freáticas importantes que generaron importantes columnas eruptivas de gases y ceniza de hasta 2 km de altura. Posteriormente, entre el 8 de setiembre 2013 y el 31 de enero 2014, la actividad volcánica se mantuvo en niveles bajos, caracterizado por emisiones de gases y esporádicamente ceniza, pero de muy poco volumen, que formaron columnas de emisión de menos de 1 km de altura sobre el cráter. A partir del 1 de febrero 2014 la actividad eruptiva se incrementó gradual y sostenidamente, hasta alcanzar el periodo más importante hasta le fecha, del 13 al 23 de abril 2014, con la ocurrencia de constantes e importantes explosiones y formación de columnas eruptivas que alcanzaron alturas máximas entre 3 y 5 km. Durante fines de abril y mayo las emisiones de gases y ceniza siguieron siendo importantes, con columnas eruptivas que alcanzaron en promedio entre 500 m y 3000 km de altura, sin embargo, el número y energía de las explosiones disminuyeron respecto al registrado entre la primera y segunda semana de abril

COVID-19 Vaccination in Patients with Inborn Errors of Immunity Reduces Hospitalization and Critical Care Needs Related to COVID-19: a USIDNET Report

Background The CDC and ACIP recommend COVID-19 vaccination for patients with inborn errors of immunity (IEI). Not much is known about vaccine safety in IEI, and whether vaccination attenuates infection severity in IEI. Objective To estimate COVID-19 vaccination safety and examine effect on outcomes in patients with IEI. Methods We built a secure registry database in conjunction with the US Immunodeficiency Network to examine vaccination frequency and indicators of safety and effectiveness in IEI patients. The registry opened on January 1, 2022, and closed on August 19, 2022. Results Physicians entered data on 1245 patients from 24 countries. The most common diagnoses were antibody deficiencies (63.7%). At least one COVID-19 vaccine was administered to 806 patients (64.7%), and 216 patients received vaccination prior to the development of COVID-19. The most common vaccines administered were mRNA-based (84.0%). Seventeen patients were reported to seek outpatient clinic or emergency room care for a vaccine-related complication, and one patient was hospitalized for symptomatic anemia. Eight hundred twenty-three patients (66.1%) experienced COVID-19 infection. Of these, 156 patients required hospitalization (19.0%), 47 required ICU care (5.7%), and 28 died (3.4%). Rates of hospitalization (9.3% versus 24.4%, p < 0.001), ICU admission (2.8% versus 7.6%, p = 0.013), and death (2.3% versus 4.3%, p = 0.202) in patients who had COVID-19 were lower in patients who received vaccination prior to infection. In adjusted logistic regression analysis, not having at least one COVID-19 vaccine significantly increased the odds of hospitalization and ICU admission. Conclusion Vaccination for COVID-19 in the IEI population appears safe and attenuates COVID-19 severity

Clonal chromosomal mosaicism and loss of chromosome Y in elderly men increase vulnerability for SARS-CoV-2

The pandemic caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2, COVID-19) had an estimated overall case fatality ratio of 1.38% (pre-vaccination), being 53% higher in males and increasing exponentially with age. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, we found 133 cases (1.42%) with detectable clonal mosaicism for chromosome alterations (mCA) and 226 males (5.08%) with acquired loss of chromosome Y (LOY). Individuals with clonal mosaic events (mCA and/or LOY) showed a 54% increase in the risk of COVID-19 lethality. LOY is associated with transcriptomic biomarkers of immune dysfunction, pro-coagulation activity and cardiovascular risk. Interferon-induced genes involved in the initial immune response to SARS-CoV-2 are also down-regulated in LOY. Thus, mCA and LOY underlie at least part of the sex-biased severity and mortality of COVID-19 in aging patients. Given its potential therapeutic and prognostic relevance, evaluation of clonal mosaicism should be implemented as biomarker of COVID-19 severity in elderly people. Among 9578 individuals diagnosed with COVID-19 in the SCOURGE study, individuals with clonal mosaic events (clonal mosaicism for chromosome alterations and/or loss of chromosome Y) showed an increased risk of COVID-19 lethality