Expression of catalytic mutants of the mtDNA helicase Twinkle and polymerase POLG causes distinct replication stalling phenotypes.

The mechanism of mitochondrial DNA replication is a subject of intense debate. One model proposes a strand-asynchronous replication in which both strands of the circular genome are replicated semi-independently while the other model proposes both a bidirectional coupled leading- and lagging-strand synthesis mode and a unidirectional mode in which the lagging-strand is initially laid-down as RNA by an unknown mechanism (RITOLS mode). Both the strand-asynchronous and RITOLS model have in common a delayed synthesis of the DNA-lagging strand. Mitochondrial DNA is replicated by a limited set of proteins including DNA polymerase gamma (POLG) and the helicase Twinkle. Here, we report the effects of expression of various catalytically deficient mutants of POLG1 and Twinkle in human cell culture. Both groups of mutants reduced mitochondrial DNA copy number by severe replication stalling. However, the analysis showed that while induction of POLG1 mutants still displayed delayed lagging-strand synthesis, Twinkle-induced stalling resulted in maturated, essentially fully double-stranded DNA intermediates. In the latter case, limited inhibition of POLG with dideoxycytidine restored the delay between leading- and lagging-strand synthesis. The observed cause-effect relationship suggests that Twinkle-induced stalling increases lagging-strand initiation events and/or maturation mimicking conventional strand-coupled replication

Aikakauslehtien verkkojulkaisujen kehitysvaiheet. Tarkastelussa yleisaikakaus- ja erikoislehtien verkkojulkaisut.

Tässä tutkimuksessa selvitettiin suomalaisten aikakauslehtien verkkojulkaisujen kehitysvaiheita sekä nykytilaa. Tutkimuksen kohteena olivat 13 yleisaikakauslehden ja 19 erikoislehden verkkojulkaisut. Tutkimuksessa asetettiin kolme tutkimuskysymystä: Kuinka monipuolisesti WWW:n mahdollistamia ominaisuuksia eli elementtejä verkkojulkaisuissa on käytetty hyväksi, minkälaisia vaiheita verkkojulkaisujen kehityksessä on havaittavissa verkkojulkaisujen elementtien määrän ja monipuolisuuden perusteella sekä mitkä seikat vaikuttavat mahdollisiin eroihin verkkojulkaisujen kehittyneisyydessä. Verkkojulkaisujen kehitysvaiheita hahmottui kaikkiaan seitsemän. Nollavaiheessa aikakauslehdellä ei ole verkkojulkaisua lainkaan. Alkuvaiheessa verkkojulkaisulla elementtejä on vain muutama, yleisimmin palautteen antamisen mahdollisuus ja muuhun tarjontaan lukeutuvat elementit. Asiakaspalveluvaiheessa suosituimpia olivat lukijan asiointia helpottavat elementit, kuten asiakaspalvelun tarjoaminen. Kokeiluvaiheessa verkkojulkaisuihin on yleisimpien elementtien lisäksi otettu varovasti mukaan myös horisontaaliviestintää ilmentäviä elementtejä. Tämä vaihe osoittautui yleisimmäksi verkkojulkaisujen kehitysvaiheeksi. Edistysvaiheessa verkkojulkaisut käyttävät tottuneemmin elementtejä hyväkseen kuin edellisessä vaiheessa. Muun tarjonnan vaiheessa oleva verkkojulkaisu sisältää lähes kaikki elementit ja paljon muuhun tarjontaan kuuluvia elementtejä. Korkean kehityksen vaiheeseen ei sijoittunut aineistoon kuuluvia verkkojulkaisuja lainkaan, mutta mahdollinen kehitys tähän vaiheeseen otettiin huomioon. Tutkimuksessa selvisi, että suomalaisten aikakauslehtien verkkojulkaisut ovat yhä eritasoisia keskenään elementtien määrää ja monipuolisuutta tarkasteltaessa. Joukkoon mahtuu niin pidemmälle kehittyneitä kuin alkuvaiheissa olevia verkkojulkaisuja. Mahdollisia vaikuttajia näihin eroihin etsittiin lehtityypistä, niiden alaluokista, paperilehden kustantajasta ja levikkilukemasta. Osoittautui, että lehtityyppi tai niiden alaluokat eivät vaikuttaneet verkkojulkaisujen kehittyneisyyden eroihin. Sen sijaan selvisi, että suuren ja tunnetun kustantajan verkkojulkaisu on suurella todennäköisyydellä kehittyneempi kuin pienen ja vähemmän tunnetun kustantajan verkkojulkaisu. Levikkilukema vaikutti samaan tapaan kuin kustantaja.fi=Opinnäytetyö kokotekstinä PDF-muodossa.|en=Thesis fulltext in PDF format.|sv=Lärdomsprov tillgängligt som fulltext i PDF-format

The first Linguatula serrata case in an imported dog in Finland

Non peer reviewe

Termien kääntäminen science fiction -kirjallisuudessa : Tarkastelun kohteena Risto Isomäen romaani Sarasvatin hiekkaa ja sen saksannos Die Schmelze

Tässä pro gradu -tutkielmassa perehdytään termien kääntämiseen science fiction -kirjallisuudessa. Termien ja erikoisalan sanaston kääntämisen tutkimus kaunokirjallisissa teksteissä on jäänyt käännöstieteessä vähemmälle huomiolle, vaikka se tarjoaa mielenkiintoisen tutkimuskohteen jo runsaan ja monipuolisen materiaalinsa ansiosta. Tämä tutkimus pyrkii selvittämään, minkälaisia ongelmia kääntäjä kohtaa kääntäessään termejä science fiction -kirjallisuudessa, ja millaisia käännösmenetelmiä hän käyttää kääntäessään vieraita termejä kohdekielelle. Tutkimuksen analysoitavaksi aineistoksi valikoitui Risto Isomäen vuonna 2005 ilmestynyt tieteisromaani Sarasvatin hiekkaaja siitä vuonna 2008 ilmestynyt Angela Plögerin saksannos Die Schmelze. Teos soveltuu hyvin tutkimusaineistoksi, koska se sisältää paljon erilaisia termejä useilta aloilta. Teoksessa on esillä erityisesti jäähän, veteen ja geologiaan liittyvä sanasto, mutta se sisältää myös paljon tekniikkaan liittyvää sanastoa. Analysoitava aineisto koostuu monipuolisesti eri aihealueiden termeistä. Analyysi toteutettiin vertaamalla lähtö- ja kohdetekstin termejä keskenään. Analyysin apuna käytettiin reaalioiden kääntämisen tutkimiseen kehitettyjä menetelmiä, komparatiiviseen stilistiikkaan (stylistique comparée) perustuvaa menetelmää sekä Michael Schreiberin käännösmenetelmää. Aineistoa analysoitaessa selvisi, että kääntäjä on käyttänyt kymmentä erilaista käännösmenetelmää romaanin saksannoksessa. Menetelmät ovat: leksikaalinen korvaus, komponenttianalyyttinen kääntäminen, suora laina, käännöslaina, hyperonyyminen kääntäminen, hyponyyminen kääntäminen, kohyponyyminen kääntäminen, assosiatiivinen kääntäminen, eksplikaatio ja lisäys. Aineisto sisälsi ylivoimaisesti eniten leksikaalisia korvauksia (67 %), jotka voidaan nähdä myös termin täydellisinä vastineina. Muiden menetelmien osuus oli huomattavasti vähäisempi, mutta ei merkityksetön. Aineiston analyysi osoitti, että kääntäjän tekemät ratkaisut käännösmenetelmien suhteen eivät noudattaneet mitään tiettyä kaavaa, vaan kääntäjä saattoi päätyä käyttämään osittaista vastinetta tai aivan jotain muuta käännösratkaisua tapauksissa, joissa täydellinen vastine olisi ollut olemassa. Kääntäjän syitä tekemilleen ratkaisuille voidaan vain arvailla, mutta niitä miettiessä tulee ottaa huomioon kaunokirjallisen kääntämisen erityisluonne sekä se, että sanastotyö, jota käännöstyön aikana tehdään, on deskriptiivistä sanastotyötä.       Avainsanat: termien kääntäminen, käännösmenetelmät, science fiction, kaunokirjallisuuden kääntäjä     Deutsche Kurzfassung: Das Übersetzen von Fachausdrücken in der Science-Fiction-Literatur : am Beispiel des Romans "Sarasvatin hiekkaa" von Risto Isomäki und seiner deutschen Übersetzung "Die Schmelze"

Deutschsprachiger CLIL-Unterricht in Finnland. Bestandsaufnahme und Zukunftsaussichten

Englannin valta-asema maailman yleiskielenä on aiheuttanut myös Suomessa sen, että muiden kielten kielivalinnat kouluissa ovat vähentyneet ja niiden opiskelua ei enää pidetä tärkeänä. Työelämässä kaivataan kuitenkin myös jatkossa ihmisiä, jotka hallitsevat englannin lisäksi muitakin isoja kieliä, kuten saksaa ja venäjää. Kaksikielinen opetus on yksi keino tehdä kieltenopiskelusta mielenkiintoisempaa ja saada oppilaat käyttämään kieltä arkipäiväisissä tilanteissa. Kaksikielisen opetuksen yläkäsitteenä on Euroopassa 1990-luvun alusta lähtien käytetty nimitystä CLIL-opetus (Content and Language Integrated Learning), ja kuten nimestä voi päätellä, opetetaan CLIL-opetuksessa oppiaineiden sisältöjä (osittain) vieraalla kielellä. Myös Suomessa CLIL-opetuksella on jo yli kaksikymmentävuotinen historia, ja tässä tutkielmassa keskitytään nimenomaan saksankieliseen CLIL-opetukseen Suomessa opettajien näkökulmasta. Tutkielman aluksi esitellään CLIL-opetuksen taustaa ja erityisiä piirteitä, sekä kerrotaan CLIL-opettajuuden vaatimuksista Suomessa. Saksankielistä CLIL-opetusta erilaisine variantteineen käsitellään omassa kappaleessaan kattavammin, ja esitellään samalla muutamia suomalaisia saksankielistä CLIL-opetusta tarjoavia kouluja. CLIL-aiheisista tutkimuksista on jo aiemmin käynyt ilmi opettajien haasteet kohdekielen käytössä sekä CLIL-opettajankoulutuksen puute ja jatkokoulutuksien vähäisyys. Niinpä päädyin kyselytutkimuksen avulla selvittämään saksankielisen CLIL-opetuksen opettajien mielipiteitä kielitaidostaan ja jatkokoulutustoiveistaan. Vaikka tutkimusjoukko on pieni, voidaan tulosten perusteella päätellä, että opettajat eivät koe kielitaitonsa aiheuttavan ongelmia. He ovat saaneet paljon positiivista palautetta kielitaidostaan, ja ajoittaiset pienet kielivaikeudet opettajat kokevat vain (innostavana) haasteena työssään. Jatkokoulutustoiveista opettajat eivät olleet yksimielisiä, mutta vuosittainen melko lyhytkestoinen jatkokoulutus tuntuisi monille sopivimmalta. Hienointa olisi, jos opettajat voisivat itse valita omia tarpeitaan parhaiten vastaavan koulutuksen ilman huolta esimerkiksi sijaiskustannuksista

Scenopinus jerei, a new species of window fly (Diptera, Scenopinidae) from Finland

A new species of window fly (Diptera: Scenopinidae), Scenopinus jerei sp. nov., with characteristic bicoloured legs and completely black halteres, is described from Finland. To exclude potential previously named species, a survey of the relevant type specimens as well as original descriptions of the Palearctic and Nearctic Scenopinus species has been conducted, including old Scenopinus fenestralis (Linnaeus) synonyms. Scenopinus jerei sp. nov. is likely to be an overlooked, boreal forest specialist living in the nests of cavitynesting birds. An identification key to the European species is provided

Promiscuous specialists : Host specificity patterns among generalist louse flies

Ectoparasites such as louse flies (Diptera: Hippoboscidae) have tendency for host specialization, which is driven by adaptation to host biology as well as competition avoidance between parasites of the same host. However, some louse fly species, especially in genera attacking birds, show wide range of suitable hosts. In the presented study, we have surveyed the current status of bird specific louse flies in Finland to provide comprehensive host association data to analyse the ecological requirements of the generalist species. A thorough sampling of 9342 birds, representing 134 species, recovered 576 specimens of louse flies, belonging to six species: Crataerina hirundinis, C. pallida, Ornithomya avicularia, O. chloropus, O. fringillina and Ornithophila metallica. Despite some overlapping hosts, the three Ornithomya species showed a notable pattern in their host preference, which was influenced not only by the host size but also by the habitat and host breeding strategy. We also provide DNA barcodes for ten Finnish species of Hippoboscidae, which can be used as a resource for species identification as well as metabarcoding studies in the future.Peer reviewe

Checklist of the superfamilies Oestroidea and Hippoboscoidea of Finland (Insecta, Diptera)

An updated checklist of the superfamilies Oestroidea and Hippoboscoidea recorded from Finland is presented. The checklist covers the following families: Calliphoridae, Rhiniidae, Sarcophagidae, Rhinophoridae, Tachinidae, Oestridae and Hippoboscidae.Peer reviewe